新方法可校正CRISPR筛选的癌症基因依赖性数据中的假阳性
在一项新的研究中，布罗德癌症依赖性图谱（Broad Cancer Dependency Map）团队将来自342种癌细胞系的基于CRISPR的数据添加到他们不断增加的癌症基因依赖性目录中，并且提供一种新的方法来确保这些数据的准确性。相关研究结果于2017年10月30日在线发表在Nature Genetics期刊上，论文标题为“Computational correction of copy number effect improves specificity of CRISPR–Cas9 essentiality screens in cancer cells”。 基于CRISPR的全基因组敲除筛选是确定细胞基因依赖性---也就是细胞存活和/或增殖所需的基因---的强大工具。然而，这样的CRISPR筛选对一种被称作拷贝数效应（copy number effect）的现象较为敏感。拷贝数效应指的是细胞中重复复制的基因（正如癌......阅读全文
无创产前诊断的假阳性和假阴性
尽管无创产前诊断能够让医生和患者在孕期评估胎儿非整倍体的风险，但在最近召开的美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)年会上，专家们提醒，有时筛查会得到假阳性或假阴性的结果。 目前，美国有四家公司提供无创产前筛查，它们分别是Ariosa Diagnostics、Natera、Sequenom
核酸检测的“假阳性”与“假阴性”指的是什么
一、概念理解。当你真的没有的时候，别人却说你有——假阳性(false positive)当你真的有的时候，别人却说你没有——假阴性(false negative)下面表格列出了四种情况，另外两张判断正确的情况分别是：你真的有，别人也说你有——真阳性（true positive）你真的没有，别人也说你
消除ELISA假阳性的改进措施
当你拿着化验单询问医生，他/她却告诉你需要做更多检查，你的心情想必更加焦虑。例行公事的医学检查好比针对潜在疾病的一场排雷竞赛。医生和患者们都如履薄冰，尽管执行了正确的检验，但其结果却错误地把不具备阳性症状的人检测为了阳性结果，即假阳性。 统计上，假阳性的实质性危害有限，病人通常需要接受额外的抽
尿妊娠试验假阳性原因分析
绒毛膜促性腺激素（hCG）是由胎盘绒毛膜滋养层细胞产生的一种具有促性腺发育的糖蛋白激素，由α和β两个亚基组成。 其中α亚基与垂体分泌的卵泡刺激素（FSH）、黄体生成素（LH）和促甲状腺激素（TSH）的α亚基相似，β亚基则是特异的，因此一般用β-hCG 抗体来测定标本中的β-hCG。 尿妊
等温扩增，存在“假阳性”的Bug？
等温扩增技术作为一种核酸分子诊断技术，从诞生之日起就不断受到研究者的青睐，但也少不了质疑，甚至摒弃。引起这种截然相反的态度的原因在于等温扩增技术自身所存在的缺陷。而最为突出的一点是，在建立方法或者实际样本检测的过程中，等温扩增技术引起假阳性结果的概率相对较高，使得其实际应用范围变窄，未能真正显示出其
与CRISPR/Cas系统相爱相杀的抗CRISPR蛋白研究最新进展
CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统，被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CRISPR/Cas系统中，CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindr
新的生物信息学工具，可以分析CRISPR合并的筛选数据
由贝勒医学院的研究人员领导的团队开发了一种新的生物信息学工具，可以分析CRISPR合并的筛选数据，并以比其他现有方法更高的灵敏度和准确度确定潜在相关基因的候选基因。新的基于网络的分析工具也更快，更友好，因为它不需要生物信息学培训来使用它。该研究发表在《Genome Research》杂志上。
金标法检测HBsAg假阳性和假阴性的原因
金标法假阴性原因1、检测时间短,金标法最适判读时间为15~30分钟,若时间太短就会发生一些弱阳性HBsAg标本出现假阴性。2、灵敏度较低，金标法>1ng/ml,而ELISA法
核酸检测的假阴性和假阳性是什么意思？
假阳性假阳性是指出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更整齐，亮度更高。产生的原因有：①引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在进行 PCR 扩增时，扩增出的 PCR 产物为非目的序列；②靶序列太短或引物太短；③靶序列或扩增产物的交叉污染。解决方法有：操作轻柔
如何辨别ELISA实验中的假阴性和假阳性结果？
【蛋白研究系列专题】-13丨ELISA的真真假假 ELISA被广泛应用于农业、养殖业、食品安全、临床诊断等领域，是一种灵敏度高、特异性强、操作简便的检测方法。在实际应用中，ELISA操作的各方面均对结果产生影响，如移液器的使用、样本存放、加样、溶血、试剂温度、避光等。除此之外，一些非主观因
如何辨别ELISA实验中的假阴性和假阳性结果？
【蛋白研究系列专题】-13丨ELISA的真真假假ELISA被广泛应用于农业、养殖业、食品安全、临床诊断等领域，是一种灵敏度高、特异性强、操作简便的检测方法。在实际应用中，ELISA操作的各方面均对结果产生影响，如移液器的使用、样本存放、加样、溶血、试剂温度、避光等。除此之外，一些非主观因素也会对结果
新技术操控CRISPR基因编辑系统
深圳市第二人民医院973项目首席科学家蔡志明与黄卫人、刘宇辰对CRISPR-Cas9基因编辑系统进行改进完善，实现对Cas9的操控，可控制癌细胞胞内信号流动方向，对癌细胞多种“恶性”行为进行有效干预。相关研究成果在线发表于9月5日的英国《自然·方法学》上。 近年迅猛发展的CRISPR－Cas
Nature重要发现：新型CRISPR样系统
来自法国的研究人员报告称发现，巨型拟菌病毒（mimiviruses）利用了与细菌和其他微生物采用的CRISPR系统相似的防御来抵御入侵者。他们说，在拟菌病毒中发现一种起作用的免疫系统支持了他们的观点：这种巨型病毒代表了生命树的一个新分支。 相关研究论文发布在2月29日的《自然》（Nature）
PNAS：CRISPR协助细胞对抗HIV
宿主细胞在面对病毒感染的时候，会表达一系列对抗病毒的蛋白，这些蛋白被称为宿主限制因子。哺乳动物细胞编码的限制因子，可以限制HIV-1和其他病毒的复制。不过，被病毒感染的细胞往往不表达这样的限制因子。人们普遍认为，诱导宿主限制因子的表达是抑制病毒复制的一个潜在途径。 杜克大学的Bryan R.
Genome－Biology：为CRISPR选择最佳向导
细菌一直在与病毒或入侵核酸进行斗争，为此它们演化出了多种防御机制，CRISPR-Cas9 适应性免疫系统就是其中之一。规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA的指引下，靶标并切割入侵者的遗传物质。 2012年研究者们利用这一特点，将CRISPR系统发展成了强大
什么是CRISPR/CAS9技术
CRISPR/Cas9（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）是最新出现的一种由RNA指导的Cas9核酸酶对靶向基因进行编辑的技术。CRISPR/Cas9是细菌和古细菌为应对病毒和质粒不断攻击而演化来的获得性免疫防御机制。
SMRT测序改善CRISPR效果的评估
新兴的CRISPR技术在短短一年多的时间内掀起了基因组编辑的热潮。然而，对于这些基因改造手段的效率和结果，我们仍难以评估。目前的一些工具如荧光报告基因、克隆分析，缺乏生成报告细胞系时所需的灵敏度。高通量测序方法虽然能克服这一问题，但无奈读长太短，而供体DNA模板往往很长。 到目前为止，还没
中国农大特聘教授发表CRISPR文章
2015年12月10日，中国农业大学特聘教授韩建永带领的研究小组，以Letter的形式在《Protein & Cell》杂志上发表题为“Highly efficient generation of biallelic reporter gene knock-in mice via CRISPR-
CRISPR大规模基因组研究
来自杜克大学的研究人员设计出了一种能快速，方便有效靶向人类基因组任何基因的新方法，这种新工具建立在一种来自细菌的RNA引导酶的基础上，即CRISPR-Cas RNA引导性核酸酶(RNA-guided nucleases，RGNs)。 这一研究成果公布在7月25日Nature Met
新技术有助改善CRISPR基因疗法
基于对人细胞中基因排布和修复方式的理解，加拿大戴尔豪斯大学医学院病理学系副教授Graham Dellaire博士开发出一种很可能能够让基因疗法更加有效和安全的技术。他的研究成果近期发表在Nature期刊和Nucleic Acids Research期刊上。 作为2015年的突破性发现，CRIS
Cell－Reports：CRISPR挖出大量抗癌靶标
白血病是一种造血系统的恶性肿瘤，俗称“血癌”。急性髓性白血病AML是比较常见的一种白血病，现有治疗药物在临床上的效果并不理想。Wellcome Trust Sanger研究所改良了CRISPR基因编辑技术，并用该技术找到了大量治疗AML的新靶标。这项研究发表在十月十八日的Cell Reports
北大Cell－Research发表CRISPR新成果
线粒体是细胞内的能源工厂，负责为细胞提供必要能源。线粒体未折叠蛋白质反应（UPRmt）是一种保护性程序，可以修复线粒体的功能障碍。神经元在UPRmt的系统性调节中起到了核心作用，但人们还不清楚神经系统感知线粒体压力在远端组织诱导UPRmt的具体机制。 北京大学的研究人员最近在Cell Rese
新技术操控CRISPR基因编辑系统
深圳市第二人民医院973项目首席科学家蔡志明与黄卫人、刘宇辰对CRISPR-Cas9基因编辑系统进行改进完善，实现对Cas9的操控，可控制癌细胞胞内信号流动方向，对癌细胞多种“恶性”行为进行有效干预。相关研究成果在线发表于9月5日的英国《自然·方法学》上。 近年迅猛发展的CRISPR－Cas
CRISPR先驱Science发表新成果
来自加州大学伯克利分校、德国马克斯普朗克生物物理化学研究所的研究人员揭示出了为识别靶DNA，预先组织形成的一种Cas9-导向RNA(gRNA)复合物的构象。这项研究发布在近期的《科学》(Science)杂志上。 文章的通讯作者是加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna博士。Do
CRISPR：基因编辑刚初出茅庐
每当有新的CIRSPR-Cas9相关文章发表时，Addgene公司的工作人员就会迫不及待地研读。Addgene是家非盈利公司，研究者们把自己使用的分子工具存放在这里，以供其他科学家们尽快使用这一技术。Addgene公司执行董事Joanne Kamens 指出，一篇大热的论文一发表，几分钟内他们就
CRISPR女神创办公司放“大招”
CRISPR的火热及其在临床上应用的美好愿景，令这一技术相关的公司不断涌现，除了张锋等人创办的Editas Medicine，Emmanuelle Charpentier等人的ERS Genomics，另外一位CRISPR先驱Jennifer Doudna也创办了自家公司：Caribou Bio
Science发布CRISPR技术又一突破
CRISPR技术自2012年首次作为一种基因组编辑工具登台以来，关于这种技术的论文数量就大幅增加，最好的证明之一就是2015年两位科学家由于在CRISPR基因组编辑技术方面的重要贡献而获得“科学突破奖”，其中一位获奖者：Jennifer Doudna 最近在范德堡大学进行客座演讲，主会场和分会场
今天，你被CRISPR刷屏了么
说到生物圈这两年最火的名词，CRISPR当仁不让。不论你爱不爱车、懂不懂车，你一定知道劳斯莱斯。不论你做不做基因组编辑、混不混生物圈，你不会没听过CRISPR。这么一串生僻的字母凭借自己的刷屏能力，硬生生扎根在我们的脑海中。 CRISPR到底是什么？ CRISPR是规律成簇的间隔短回文重复（
PNAS：CRISPR协助细胞对抗HIV
宿主细胞在面对病毒感染的时候，会表达一系列对抗病毒的蛋白，这些蛋白被称为宿主限制因子。哺乳动物细胞编码的限制因子，可以限制HIV-1和其他病毒的复制。不过，被病毒感染的细胞往往不表达这样的限制因子。人们普遍认为，诱导宿主限制因子的表达是抑制病毒复制的一个潜在途径。 杜克大学的Bryan R.
－CRISPR明星技术2015开年精彩不停
可以毫不夸张地说，CRISPR-Cas9已经风靡生物技术世界。 无论是在基础研究，还是临床研究方面，RNA引导性核酸酶使研究人员能够以单核苷酸分辨率编辑活细胞的基因组，这为生物技术不少领域带来了新希望。借助于CRISPR-Cas9基因编辑技术，科学家们能够调查一些基因和遗传突变在人类