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中医科学院中药所等完成菊花基因组测序

近日,中国中医科学院中药研究所和安利植物研发中心宣布,利用纳米孔测序技术突破复杂基因组测序,该团队在世界首次完成了菊属植物菊花的全基因组测序,并完成了重要的药用菊花品种——杭白菊的全长转录组遗传信息发掘。相关研究成果和基因组数据已在中国中医科学院中药研究所官网及安利植物研发中心学术研究网站公布,并向全世界研究菊花的学术团队和非营利组织免费开放。 菊属植物染色体结构复杂,包含从2n=18到8n=72之间的各种染色体组结构。生产上作为菊花茶使用的菊花(以著名的杭白菊为例)是一个复杂的多倍体物种,由多套二倍体亚基组成。菊属是一个非常大的植物分类单位,包括菊组和苞叶组两大分支。面对菊花复杂的染色体遗传结构以及丰富的种质资源多样性,进行菊花基因组测序对于揭示菊属物种的起源进化及物种多样性具有重要意义。 联合团队利用纳米孔测序结合二代高通量测序技术,对分布于江苏南京的野菊花品种进行全基因测序、组装、注释及相关分析,共组装出了约3Gb......阅读全文

融资频频 从华大智造大额融资解析国产测序市场

  短短一个月内,齐碳科技、华大智造、塞纳生物先后宣布完成融资。国产基因测序仪再一次冲上了医疗健康领域的热点话题。  多年来,测序仪行业一直处在少数几家国外巨头的垄断之下。华大智造近两年的频繁动作虽然吹响了国产测序仪反攻的号角,但是从目前的市场占有率上看,想要最终实现进口替代,可能还需要些时间。  

第三代测序重大突破!首次完成人类基因组测序

   第二代测序是当今应用最为广泛的技术,但读长短是它的软肋,并且它无法解决高度杂合的基因组、高度重复序列、高GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点,近年来渐渐被应用于各大研究中。以前谈到第三代测序,也许你想到的是病毒基因组或细菌基因组测序,而如今随着技

纳米孔测序仪为何迟迟不见踪影?

  今年2月,英国Oxford Nanopore Technologies公司(以下简称Oxford)宣布推出一款便携式的基因组测序仪MinION,约摸只有U盘大小,价格低于900美元,立即引发市场轰动。同时,该公司另一测序平台GridION有望在15分钟内完成人类基因组测序,费用约为1,500

2013值得关注的技术:纳米孔测序仪

  《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学(targeted proteomics)。同时,杂志还介绍了2013年值得关注的技术,包括纳米孔测序仪(Disruptive nanopores)、微生物组功能研究(Probing microbiome func

一台笔记本电脑、一个USB!科学家在南极完成了测序

  在过去的几年中,研究界和商业界已经开始开发能用于野外现场研究的测序仪,牛津纳米孔技术就是典型的例子之一。牛津纳米孔公司的MinION测序仪是这几年备受瞩目的一款手持式纳米孔测序商业设备,去年人家可是上过太空的,它也是唯一上过太空的测序仪。如今,科学家们又仅凭一台MinION设备、一台便携式电脑就

如何让DNA测序的成本更低?PNAS又出新招

  在个性化医学中,医生可以快速收集到患者DNA序列中的变化,并确定最合适的治疗方案。然而,当前利用下一代测序技术来阅读DNA序列所需的成本仍很昂贵,并且需要具备精良的仪器设备。如今,哈佛大学Wyss研究所的Church研究团队开发出了一种基于生物工程纳米的新型电子DNA测序平台,该平台可以克服二代

第三代高通量测序技术简介——纳米孔

    第一代Sanger法为DNA测序打开了大门,但它高昂的费用限制了在大规模测序工程上的使用。当今发展迅猛的第二代高通量测序设备,包括Illumina的Solexa、Roche 454系列以及ABI的SOLiD系统等,使测序费用大幅降低到60-1美元/megab

Nature:实时、便携式基因组测序

  埃博拉病毒(EBOV)感染人类会引起致命的出血热,发病率和病死率极高。2014年这种病毒在西非造成了严重的疫情,死亡人数已经超过11,000人。今年一月份,就在人们以为这场疫情正式结束之际,塞拉利昂又出现了新的病例。  本期Nature杂志发表的一项新研究展示了便携式基因组测序仪在这次疫情中起到

关于三代基因测序,你所需要知道的都在这儿!

  一、导读:  在大部分投资者对“二代测序”(NGS)还没有搞清技术细节的情况下,“三代测序”(3GS)又火了。  6月17日,医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅,我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此,我们结合各方面资料归纳总结了三代

纳米孔尺度对DNA输运速度的影响

图一:实验示意图 图二:分子动力学仿真模型示意图   基于纳米孔单分子传感器的第三代DNA测序技术,因其低成本,高通量等优势很有可能成为人类测序史上的创举。最近的一项研究发现,DNA在穿过10.8纳米的纳米孔道时的速度比穿过4.8纳米的纳米孔的速度降低了一倍,这对于实现DNA减速及单碱基精准测序

专业贴:基因创业的“船票”究竟有多贵?

  基因领域的创业热度持续升温。创业门槛有多高?市场规模有多大?哪些领域更适合创业团队切入?  近两年来基因领域的创业热度持续升温,在设备、工具、服务,检测四个跑道上都出现了很多种子创业选手。那么这四个方向的创业门槛有多高?市场规模有多大?哪些领域更适合创业团队切入,下面我给大家盘算一遍。

基因测序“摩尔定律”初现,“三代测序”要革“二代”的命?

  在“二代测序”(NGS)尚未迎来投资热潮的情况下,技术突破捷报连连的“三代测序”(3GS)又进入到了投资人的视野中。1986年,第一台商用基因测序设备正式出现,到第二代测序设备出现,期间间隔了19年时间。而第二代设备问世,到第三代设备的诞生,仅仅用了5年,基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。

仪器发展新趋势 - 体积越来越小,功能越来越强

  随着新颖仪器的不断出现,实验室的空间已变得越来越宝贵。仪器开发商也注意到这一点,开始设计体积小巧、功能强大的仪器。在这一期的《BioTechniques》上,Nathan Blow就带我们了解一些新上市的的小仪器。  智能显微镜  两个月前,Nikon公司推出了最新版本的ECLIPSE倒置显微镜

手持基因测序仪问世 仅手机大小

   康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪,对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。  当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时,MinION可以“看见”五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个特征电流,使MinION可以连续读出DNA编码。  如果说DNA是生命模板

【回顾】一代、二代、三代测序技术

  第一代测序技术-Sanger链终止法  一代测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事首先发明。其基本原理是,聚丙烯酰胺凝胶电泳能够把长度只差一个核苷酸的单链DNA分子区分开来。一代测序实验的起始材料是均一的单链DNA分子。第一步是短寡聚核苷酸在每个分子的相同位置上退火,然后

Nature Methods:纳米孔测序仪潜力无限

  来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时,也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文,称新开发的工具让纳米孔测

【罗氏诊断】讲个故事:大Boss的春天在哪里

辉煌过没落了,飘荡着忧伤;虽有希望,但罗氏面前,迷雾重重。 辉煌与没落 2013年10月,罗氏悄悄地启动454 Life Sciences关闭进程:130名雇员的解聘将在2014-2016年内逐步进行,2015年454测序仪生产计划完成后 ...   辉煌过没落了,飘荡着忧伤;虽有希望,但罗氏面前,

生物学中的应用1:对MinION测序结果中base calling的计算

  记得去年“阿尔法狗”(AlphaGo)的新闻出来后,小编曾下定决心要跨专业学习一下AI,看看它能否在咱们生物领域也掀起热浪。结果当小编刚刚了解到阿尔法狗的命脉乃来自Deep Learning (深度学习)真传时,它的亲兄弟“AlphaFold” 就以迅雷不及掩耳之势(2018年12月初召开新闻发

NIH 1450万美元资助新一代基因测序技术研究

  美国国立卫生研究院(NIH)近日宣布,它将向开发新型测序技术的8支研究团队资助1450万美元。NIH将利用这些资金支持多种技术,包括纳米孔测序技术和微流体技术,资助时间为两年到四年。  这一资助属于国家人类基因组研究所(NHGRI)的先进DNA测序技术项目(Advanced DNA Sequen

微流控技术在即时诊断中的应用

  即时诊断(Point of care technology,POCT或称床边诊断)是现代生物化学分析应用的主要亮点之一。POCT的原始含义是指在病人身边直接进行诊断的一种技术,广义的POCT仪器需直接置于家庭、社区、事故灾害现场或资源匮乏地区的被检对象身边,满足突发事件或公共健康需求。  早在本

基因测序新贵在专利诉讼期间发布新技术

面对启迪公司的诉讼,牛津纳米孔技术公司表示,这种名为CsgG的微小孔隙是其新设备的基础。  首创了一种名为纳米孔测序的新DNA分析技术的英国牛津纳米孔技术公司,对其产品的核心部分一直守口如瓶。不过,紧随一项来自测序行业巨头——启迪公司的专利侵权诉讼,该公司揭示了驱动其最新设备的东

测序仪性能知多少

  2015年二代测序走得更远。因为测序价格下降,技术的提高,测序读长增大,研究人员开始利用二代测序和配套设备来更好的评估长范围的基因组信息。  DeciBio最近的市场报告显示, NGS对应的市场已经达到$ 24亿。并预计2019年将增长至 $ 45亿。临床应用将成为推动这一增长的主要原因,包括单

纳米孔测序技术用于快速的病毒病原体的鉴定及进化研究

  2014-2016年,西非暴发埃博拉疫情流行期间,进行了大量ELISA和基于RT-PCR的检测,这些方法的检测虽然简易、便携、快速,但由于病原体不断进化,这些方法很快变得过时,并且还缺乏能在症状出现前检测出病毒的方法。  使用传统的测序技术虽然可以克服病原体不断进化的问题,但这一技术只有在将样品

英研发出第三代基因测序技术

  巧用纳米孔单分子读取法   基于纳米孔的单分子读取技术,英国牛津纳米孔公司成功研发出第三代基因测序技术。该测序技术读取数据更快、有望大大降低测序成本,改变个人医疗的前景。   当前,基因测序工作费时且昂贵,测序时,分子必须进行多次复制(这一步被称为扩增),同时进行荧光示踪标记,这一过程会带来

纳米孔专利之争落下帷幕

美国国际贸易委员会近日发布文件称,Illumina公司和英国牛津纳米孔公司的官司已经庭外和解。纳米孔公司同意不再出口或售卖包含氨基酸序列纳米孔的产品,并销毁目前库存的产品。但该文件也明确表示,这些限制不会影响牛津纳米孔对CsgG的使用。CsgG是相关诉讼开始后不就,牛津纳米孔发布的另一种新孔,基于全

Oxford Nanopore发布新产品PromethION

  Oxford Nanopore似乎与ASHG(美国人类遗传学协会的年会)有着不解之缘。在ASHG 2012上,Oxford Nanopore展示了MinION的真机。在ASHG 2013上,它又宣布启动MinION的早期试用计划。而在今年的ASHG上,Oxford Nanopore揭开了其新产品

人类科学的又一大步:纳米技术完全测序人类X染色体

  人类基因组计划启动于1990年,如今已匆匆过去30年光景。从2000年人类基因组草图宣告完成后的二十年间,人类参考基因组不断更新迭代。即便如此,其中依然存在数以百计的空缺,尚无一条染色体被真正完成 [1]。  如今,科学家首次完成了一条 “从头到尾” 真正完整的人类染色体测序。7月14日,《自然

基因测序新贵在专利诉讼期间发布新技术

  首创了一种名为纳米孔测序的新DNA分析技术的英国牛津纳米孔技术公司,对其产品的核心部分一直守口如瓶。不过,紧随一项来自测序行业巨头——启迪公司的专利侵权诉讼,该公司揭示了驱动其最新设备的东西,即一种看上去巧妙避开了启迪公司挑战的细菌孔。  同此前方法相比,纳米孔测序在分析DNA方面更加便捷和廉价

Nature 子刊:第三代测序技术或将迎来新升级

  第三代测序技术,即单分子测序技术,又称纳米孔测序,以美国太平洋生物(Pacific Biosciences)的 SMRT 技术为代表。DNA 测序时,不需要经过 PCR 扩增,实现对每一条 DNA 分子的单独测序。  SMRT 测序面临的一个挑战是将更长的 DNA 分子放入 100 纳米大小的零

研究发现提高DNA测序速度和准确度的新材料

提高DNA测序速度和准确度的新材料  基于基因的个性化医疗,为诊断和靶向治疗提供了很多可能性,但是它的一大瓶颈在于:昂贵而耗时的DNA测序过程。  最近,伊利诺伊大学(U of I)香槟分校的研究人员发现,与以往任何可用的材料相比,二硫化钼(MoS2)材料中的纳米孔,能够更准确、更快速和廉