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“万岁婴儿”基因组数据讲述人类迁徙秘辛

英国《自然》杂志3日报告了一项基因组学最新研究成果:一名约生活在11500年前阿拉斯加的人类婴儿基因组序列被测定。这同时也是迄今首个直接基因组证据,证明所有美洲原住民祖先都可追溯至晚更新世一次单一迁徙事件中的同一个源种群。 虽然一般认为,人类最先于更新世(地质时代第四纪的早期)通过白令大陆桥进入美洲定居,但是具体时间和方式仍是一个谜团。幸而,在2013年,科学家于阿拉斯加向阳河遗址发现两名人类婴儿的遗骸,它们可追溯至11500年前左右。 此次,美国马萨诸塞大学本·波特与丹麦哥本哈根大学研究人员艾斯科·威勒斯乐福的团队,利用基因组学技术测定了其中一名婴儿——USR1的全基因组序列。尽管另一名婴儿的DNA样本不足以进行基因组分析,但是研究显示二者是近亲。 测序后,他们对比了USR1婴儿样本和之前测定的当代、古代美洲原住民基因组,发现这名婴儿与现今的美洲原住民亲缘关系最近。他们认为,USR1婴儿样本代表了一个截然不同的种群,......阅读全文

Nat Methods:开发出一种可加速对人类基因组分析的新技术

  刊登在国际杂志Nature Methods上的一项研究报告中,来自澳大利亚的研究者通过研究开发了一种新型“模具”,即可以反映人类基因组的合成性镜像DNA序列,这种用于绘制并且分析基因组复杂性的直观新技术或将被学术研究者免费使用。人类基因组是一个包含有超过60亿个碱基且非常复杂的序列,尽管如今我们

研究发现穿山甲是SARS-CoV-2的中间宿主

  世界范围内正在爆发的SARS-CoV-2引起的肺炎COVID-19正在给全球人民带来巨大的灾难,了解其来源对于开发治疗和防止以后的再次流行具有重要意义。尽管蝙蝠很可能是SARS-CoV-2的宿主,但是我们仍然不知道可能促进其转移到人类身上的中间宿主。3月26日,香港大学/汕头大学联合病毒研究所著

昆明植物所等首次成功破译茶树基因组

  茶是世界上最为古老也是最为广泛饮用的含咖啡因软饮料,目前全球160多个国家的30亿人喝茶爱茶。普遍认为,茶树起源于中国的云南、四川等地;作为传播中国文化的使者,在茶从中国起身向世界各地传播的数千年的漫长历程里,与全球100多个国家多元的文化邂逅交融,发展形成了地球上复杂而美妙的茶文化。除了因为迷

多国实施全基因组分析计划

  由于基因测序可以探查与特定疾病相关的基因,该疗法正在成为日益受欢迎的诊断方法。  英国计划到2017年对10万人进行基因组测序。  美国加州一对龙凤胎出生后,他们的父母非常忧虑:两个婴儿不仅发育缓慢,而且肌肉松软无力。大脑扫描结果显示,男婴或存在大脑性麻痹;然而医生对造成女婴震颤和癫痫的原因却不

研究发展出新型三维基因组成像系统

  4月7日,《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组,以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究

Cell Res封面文章:新型三维基因组成像系统

  来自中科院生物物理研究所,中科院动物研究所等处的研究人员发展了一种新型三维基因组活细胞成像工具TTALE,并利用该系统实现了对端粒缩短和着丝粒构象变化等衰老伴随的染色质结构改变的精准成像。此外,该研究发现了核仁区核糖体DNA拷贝数减少可以作为人类衰老的新型分子标志物。上述成果为在遗传和表观遗传水

研究发展出新型三维基因组成像系统

  4月7日,《细胞研究》发表了中国科学院生物物理研究所刘光慧课题组和徐涛课题组,以及中科院动物研究所曲静课题组合作的题为Visualization of Aging-Associated Chromatin Alterations with an Engineered TALE System的研究

揭开面包小麦基因组的遗传蓝图

  美国马里兰州伯赛大,2014年7月18日  国际小麦基因组测序协作组织今日在国际知名杂志《科学》上公布了普通小麦的基因组草图。作为世界上种植最广泛的谷物作物,这份基于单条染色体而绘制的基因组草图为揭示其复杂而庞大的基因组之结构、组织及进化特征提供了新的视角。 对于植物科学研究者和育种家来说,这份

表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法

人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中,发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3~5%。基因组中绝大部

测序先锋Craig Venter完整测定自身基因组

基因遗传密码比之前预想的复杂的多 科学网 备受争议的基因组研究先锋Craig Venter又有新动作!他的研究小组详细地测定了他自己的基因组序列,使得人们能够观测单个基因组中基因的变化。初步分析报告发表在最新一期的《PLoS生物学》上。 此次研究的领导者、美国J. Craig

中外科学家破译“花蚊子” 有助遏制其传播登革热传染病

  中外科学家19日在新一期美国《国家科学院学报》上报告说,他们已经完成了对白纹伊蚊的基因组测序工作,这种中国民间俗称的“花蚊子”是登革热的主要传播媒介之一。  这项研究的负责人、南方医科大学公共卫生与热带医学学院副院长陈晓光教授对新华社记者说,小小的白纹伊蚊具有非常复杂的基因组,用通常的测序技术很

遗传发育所小麦着丝粒组成及其进化研究获新进展

  植物着丝粒是基因组中进化最剧烈、结构最复杂的区域,在物种形成和分化过程中发挥重要作用。大多数植物着丝粒结构复杂,主要是由高度重复的卫星DNA以及中间穿插的反转座子序列(CR)组成,其中着丝粒卫星序列单元长度主要集中在150-180 bp之间,例如水稻CentO和玉米CentC序列,多年前已经发现

基因测序前景:上游市场增速放缓 中下游市场潜力巨大

  基因测序服务市场增速快,预计2016年超过测序仪器市场。据Markets&Markets预测,2014-2020年上游市场中测序仪的复合增长率是15.4%。中游测序服务市场重资产、技术附加值低,将是产业链中增速最快的,据BCC Research预测2011-2016年复合增长率为29%。

复旦大学从基因组学角度揭示SARS-CoV-2的起源和出现

  新型人类冠状病毒SARS-CoV-2(之前称为2019-nCoV)的持续大流行引起了全球的极大关注。我们和中国的其他人参与了对这种病毒的初始基因组测序。在本文中,我们描述了针对SARS-CoV-2的出现,这些基因组数据揭示了什么,并讨论了我们对其起源理解上所存在的差距。  一种新的人类冠状病毒 

中国学者发文,介绍三代测序数据计算方法的突破

  9月18日,中山大学中山眼科中心谢志、肖传乐、谢尚潜,中山大学数据科学与计算机学院陈颖,湖南农业大学罗峰等学者合作在 Nature Methods 杂志上发表了三代基因组测序数据计算方法,解决了该领域的关键技术难题。  这一项目负责人谢志教授和主要完成人肖传乐副研究员表示:以 PacBio 和

我国科学家绘制出毛白杨基因组序列框架图

  我国林木基因组学研究取得突破。北京林业大学的科学家们选用百年古树作为测序的样本,利用最新的全基因组鸟枪法测序和拼接策略,绘制完成了毛白杨的基因组序列图谱,标志着毛白杨分子育种进入基因组时代。  在“985”平台建设资金支持下,北林大林木育种国家工程实验室的专家们用短短的6个月完成了这一

武汉病毒所Nature发文:揭示肺炎疫情很可能由蝙蝠导致

  在过去的二十年中,冠状病毒已引起两次大规模疫情:严重急性呼吸综合征(SARS)和中东呼吸综合征(MERS)。一般认为,主要在蝙蝠中发现的SARS 相关冠状病毒(SARSr-CoV)可能会导致未来疫情暴发。  在一项新的研究中,中国科学院武汉病毒研究所、武汉金银潭医院和湖北省疾病预防控制中心的研究

遗传发育所参与的番茄基因组成果2012年最受关注

  由“番茄基因组研究国际协作组”(中科院遗传与发育生物学研究所研究员李传友、薛勇彪、程祝宽、左建儒、凌宏清组成的团队负责第3号染色体测序工作)完成的番茄基因组研究成果被美国《科学家》杂志评为2012年最受科学家关注的基因组。   《科学家》杂志对该成果评述如下:“经过14个国家的科学家们9年的不

核酸序列的一般分析流程

1.1 核酸序列的检索 http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide 1.2 核酸序列的同源性分析 1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 http://ww

核酸序列分析的一般流程

1.1 核酸序列的检索 http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide 1.2 核酸序列的同源性分析 1.2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分析 http://ww

北京昨日新增22例本土病例 又一地区升至高风险

  6月19日0—24时,31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例27例,其中境外输入病例4例(广东3例,上海1例),本土病例23例(北京22例,河北1例);无新增死亡病例;新增疑似病例4例,均为本土病例(均在北京)。   6月19日0时至24时,北京新增报告本地确诊病例22例、

中国科学家主导完成盐芥基因组研究

  由中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院等多家单位共同完成的盐芥(Thellungiella salsuginea)基因组研究成果在《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表(http://www.pnas.org/content/early/2012/07/05/12099541

中国科学家主导完成盐芥基因组研究

  由中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院等多家单位共同完成的盐芥(Thellungiella salsuginea)基因组研究成果在《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表(http://www.pnas.org/content/early/2012/07/05/12099541

定位候选克隆

当前,人类基因组研究的重心正在由“结构”向“功能”转移,一个以基因组功能研究为主要内容的所谓“后基因组时代”(post-genomics),也即功能基因组(functional genomics)时代,即将到来。如何获取基因的功能信息,即与人类重大疾病和重要生理功能相关的基因信息,就摆在了我们面前。

破解 “活化石”——银杏基因组

  近日,开放期刊GigaScience发表论文介绍现存的最古老的树种——银杏的基因组。该研究由华大基因、浙江大学和中国科学院的科学家团队完成,研究人员从头组装并分析了这个超大(>10G)的基因组。银杏被认为是“活化石”,也就是说从出现到现在的2.7亿年生存史中,它的形式和结构的变化都非常小。

科学家揭开“垃圾”DNA的神秘角色!

  生物学家们在很长一段时间里都认为,既然几乎所有具体的生理机能都要由蛋白质来完成,那么不编码蛋白质的DNA应该是没有用的,可以称为“垃圾DNA”;而且人类基因组项目发现人的基因组中仅有1.5%的序列是给蛋白质编码的,其余的98.5%的序列是以前认为的“垃圾”DNA。  此前研究人员进行了一项名为E

EST技术及其在基因全长cDNA克隆上的应用策略

第二军医大学细胞生物学教研室;上海200433 何志颖;姚玉成(综述);胡以平(审校)关键词:EST技术;“电子”基因克隆;生物信息学;基因摘要: 随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的数据,从ES

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱

新华网深圳10月11日电  题:科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱     新华社记者 彭勇     中国科学家11日在深圳宣布:世界首张大熊猫基因组序列图谱绘制完成。科学家们说,它将为保护和人工繁育这个被称为“中

DNA分子标记技术研究进展(二)

2.第二代分子标记2.1 SSR标记技术    在真核生物基因组中存在许多非编码的重复序列,如重复单位长度在15~65个核苷酸的小卫星DNA(Minisatellite DNA),重复单位长度在2~6个核苷酸的微卫星DNA(Microsatellite DN