Nature子刊:一种三维代谢模型

卢森堡系统生物医学研究中心(LCSB)的研究人员开发出了第一个人体代谢过程三维计算机模拟模型。 这一研究成果公布在Nature Biotechnology杂志上。 研究人员将已有的4,000多种代谢产物的三维结构以及近13,000种蛋白质整合到现有的计算机模型中,他们还为模拟运行的模型增加了大量的遗传和化学信息。这种新的基于计算机的工具被称为Recon3D。 越来越多的研究表明了计算机模型的重要性。这种方法能使现有的知识具体化,从而帮助科学家准确地制定和有针对性的研究问题。为了创建这样的模型,研究人员分析了他们可以找到关于某个主题的所有出版物和数据库,并将这些信息输入到他们的模型中。 比如这项研究中的人体代谢研究,卢森堡大学LCSB分子系统生理学组负责人Ines Thiele教授说:“Recon3D的前身,Recon 2就是由不同领域大型研究团队组成的研究人员将大量有关人类基因组,化学代谢活动和生理特性的数据汇集在一......阅读全文

Nature子刊:一种三维代谢模型

  卢森堡系统生物医学研究中心(LCSB)的研究人员开发出了第一个人体代谢过程三维计算机模拟模型。  这一研究成果公布在Nature Biotechnology杂志上。  研究人员将已有的4,000多种代谢产物的三维结构以及近13,000种蛋白质整合到现有的计算机模型中,他们还为模拟运行的模型增加了

计算机模型解开塑料的“基因密码”

  人们的生活离不开塑料。但迄今为止,工业上还是先开发出一种塑料,然后才去发现它的用途,或试验几百种不同的“配置”看看哪种管用,既费时又费钱。据美国物理学家组织网9月30日(北京时间)报道,最近,英国利兹大学和杜伦大学解决了这一难题,他们开发出一种计算机模型,能在化学水平预测各种高分子成型时的形状,

Nature:计算机模型预测学术成功

电脑模型预测论文数量、任职机构及性别关乎学术成就  在发表同等数量文章的情况下,和男性生物学家相比,女性生物学家成为学术带头人的可能性更低。  最近,研究者用电脑模型证明:对事业起步期的科学家来说,“不发表就发臭”是一条黄金准则。根据计算公式,对于年轻科学家来说,以第一作者身份在知名期刊上发表的论文

计算机模型高估全球安全捕鱼量

近些年来,针对过度捕捞问题,科学家和资源管理者绞尽了脑汁,通过估算鱼类种群数量,制定各种政策措施,以在商业利益与生态健康和可持续性之间取得平衡。近日,一项发表于《科学》的研究对全球230个海洋渔场1980年至2018年的实际捕鱼数据及计算机模型预测值进行分析后发现,计算机模型往往高估了鱼类种群规模,

DNA计算机模型检测神秘面纱揭开

   DNA计算机的研制是各国竞争的一个科技制高点。17日,记者从郑州大学信息工程学院获悉,该校朱维军副教授、周清雷教授开发出一系列算法,初步解决“DNA模型检测”这一困扰国际DNA计算机学界多年的核心技术难题。 与其他计算工具相比,计算机的本质优点在于通用性,而通用性归根结底在于千变万化的具体

3D计算机模型揭开舌头的奥秘

新3D模型展示出舌头上复杂交织的肌肉。   无论何时说话或者吞咽,我们都会用到舌头。然而,关于舌头如何活动的很多问题仍然是个谜。现在,研究人员创造了一个人类舌头的3D计算机模型,并可以通过它来揭开舌头的秘密。   这个模型的创建是基于“人体可视化计划”的数据,该计划于20世纪90年代用大块明胶对

计算机模型可揭示整联蛋白的运行机制

  据物理学家组织网3月21日报道,最近,美国加利福尼亚大学(UC)伯克利分校和劳伦斯·伯克利国家实验室科学家开发出一种整联蛋白的计算机模型,只有约20纳米长,能模仿真实的整联蛋白在细胞中的活动,且对能量和其他变化产生的反应。这一成果为人们探索整联蛋白如何把细胞内外环境联系在一起开辟了新途径。相关论

计算机模型揭示猴子更适用于痴呆研究

  俄罗斯研究人员发现用老鼠开展早老性痴呆治疗研究所得出的某些结论,一旦用于人体就会出问题。为探究其中原委,俄研究人员研制出一种计算机模型,其分析结果显示,这种病在老鼠和人体内的表达有很大差别,而猴子更适合用于研究这种疾病。   医学界此前发现,大脑中贝塔淀粉样蛋白大量积聚是导致早老性痴呆的直接原

人类激酶计算机模型有望帮助开发新型癌症疗方法

  近日,一项刊登在国际杂志Journal of Chemical Information and Modeling上的研究报告中,来自加州理工州立大学的科学家们通过研究开发了一种人类MEK1蛋白计算机模型,MEK1是科学家们有望开发多种人类癌症疗法的潜在药物靶点。图片来源:theconversat

Nat-Mach-Intell:计算机模型帮助寻找COVID19治疗方法

    根据最近一项研究,一种可以预测人类基因和药物相互作用方式的新的深度学习模型已经确定了至少10种可能有望作为COVID-19疗法的化合物。除两种药物外,所有药物均仍被认为是研究性药物,并且正在针对丙型肝炎,真菌病,癌症和心脏病进行有效性测试。该清单还包括批准的药物环孢菌素和抗真菌药阿尼芬净。

新型超级生物计算机模型问世-三磷酸腺苷驱动能耗更低

  作为人体细胞能量来源的三磷酸腺苷(ATP),也可以用来驱动下一代超级计算机。加拿大研究人员的这个新发现有望为研发只有书本大小的超级生物计算机打开大门。与动辄占地数百平方米的传统超级计算机相比,这样的设想实在诱人。  加拿大麦吉尔大学生物工程系主任丹·尼克劳带领的国际研究团队在近日出版的《美国国家

国际团队开发的黑洞喷流计算机模型结果支持广义相对论

  英国伦敦大学学院(UCL)发布消息称,中英美国际团队开发的M87黑洞喷流的计算机模型计算结果与天文学家观测结果相匹配,为广义相对论提供了新的支持。  M87超大质量黑洞位于距离地球5500万光年的梅西耶87星系中,质量相当于65亿个太阳。这是第一个存在图像的黑洞,由2019年事件视界望远镜国际研

国际团队开发的黑洞喷流计算机模型结果支持广义相对论

  英国伦敦大学学院(UCL)发布消息称,中英美国际团队开发的M87黑洞喷流的计算机模型计算结果与天文学家观测结果相匹配,为广义相对论提供了新的支持。  M87超大质量黑洞位于距离地球5500万光年的梅西耶87星系中,质量相当于65亿个太阳。这是第一个存在图像的黑洞,由2019年事件视界望远镜国际研

三维脱色摇床

三维脱色摇床是一款常用的实验室设备,主要用于蛋白电泳的脱色过程、考马斯蓝染色、脱色时的振荡晃动,硝酸银染色的固定、染色、显影等。装上摇瓶架后,可用于细胞、微生物的培养及各种需振荡、混匀、培养的实验和研究。  基本操作:将需要振荡容器放置在托盘上,然后接通电源,打开电源开关,根据需要调节定时旋钮,顺时

三维荧光分析

三维荧光光谱是近几十年中发展起来的一种新荧光技术。普通荧光分析所得的光谱是二维谱图,包括固定激发波长而扫描发射波长所获得的发射光谱,和固定发射波长而扫描激发波长所获得的激发光谱。但是实际上荧光强度应该是激发和发射这两个波长变量的函数。描述荧光强度同时随激发和发射波长变化的关系谱图,就是三维荧光光谱。

铁代谢是如何代谢的?

(一)铁的来源1.来自食物,正常人每天从食物中吸收的铁量1.0~1.5mg、孕妇2~4mg.2.内源性铁主要来自衰老和破坏的红细胞,每天制造红细胞所需铁20~25mg.(二)铁的吸收动物食品铁吸收率高(可达20%),植物食品铁吸收率低(1%~7%)。食物中铁以三价铁为主,必须在酸性环境中或有还原剂如

胆红素的代谢:肝内代谢

肝内代谢:肝脏对胆红素有摄取、转化、排泄的功能。1)摄取:胆红素随血运输到肝后,在膜上与白蛋白解离,并被肝细胞摄取。肝细胞内有Y蛋白和Z蛋白的两种色素受体蛋白。Y蛋白是肝细胞主要的胆红素转运蛋白,Z蛋白对长链脂肪酸具有很强的亲和力。Y、Z蛋白与进入胞质的胆红素结合,并将它运至内质网。2)转化:肝细胞

COVID19传播的计算机模型如何帮助我们对抗病毒

  利用数学和计算机模拟传染病传播过程的科学家正在研究这种新型冠状病毒,试图预测这种全球疫情可能如何演变,以及如何最好地应对。  但有些人说,利用这些建模工具和研究人员的发现,还可以做更多的工作。  "这是一种临时的、自愿的努力,我认为这是我们可以改进的地方,"约翰霍普金斯卫生安全中心的传染病建模师

胆红素代谢中的肝内代谢

  肝内代谢:肝脏对胆红素有摄取、转化、排泄的功能。  1)摄取:  胆红素随血运输到肝后,在膜上与白蛋白解离,并被肝细胞摄取。  肝细胞内有Y蛋白和Z蛋白的两种色素受体蛋白。Y蛋白是肝细胞主要的胆红素转运蛋白,Z蛋白对长链脂肪酸具有很强的亲和力。Y、Z蛋白与进入胞质的胆红素结合,并将它运至内质网。

胆红素代谢中的肝内代谢

肝内代谢:肝脏对胆红素有摄取、转化、排泄的功能。1)摄取:胆红素随血运输到肝后,在膜上与白蛋白解离,并被肝细胞摄取。肝细胞内有Y蛋白和Z蛋白的两种色素受体蛋白。Y蛋白是肝细胞主要的胆红素转运蛋白,Z蛋白对长链脂肪酸具有很强的亲和力。Y、Z蛋白与进入胞质的胆红素结合,并将它运至内质网。2)转化:肝细胞

α酮酸代谢的代谢过程

氨基酸脱氨后生成的 α-酮酸可进一步代谢。主要有以下三方面:1.经氨基化生成非必需氨基酸实验证明人体不能合成赖、异亮、苯丙、亮、色、缬、苏、蛋等8种氨基酸相对应的α-酮酸,因而这些氨基酸不能在体内合成,必须从食物摄取,称为营养必需氨基酸。其它十二种氨基酸则称为营养非必需氨基酸,所谓非必需氨基酸并不是

肝脏的代谢:蛋白质代谢

蛋白质代谢:(1)合成自身结构蛋白并合成多种血浆蛋白质,其中合成量最多的是白蛋白。(2)肝脏合成的许多凝血因子和纤维蛋白原等,在血液凝固功能上起重要作用。(3)有丰富的氨基酸代谢酶,转化和分解氨基酸。(4)经鸟氨酸循环合成尿素(尿素是血中非蛋白含氮物质主要成分)。

AFM-三维形貌观测

 三维形貌观测通过检测探针与样品间的作用力可表征样品表面的三维形貌,这是AFM 最基本的功能。AFM 在水平方向具有0.1-0.2nm 的高分辨率,在垂直方向的分辨率约为0.01nm。尽管AFM 和扫描电子显微镜(SEM)的横向分辨率是相似的,但AFM 和SEM 两种技术的最基本的区别在于处理试样深

三维离子阱简介

  三维离子阱,由一对环形电极(ring electrod)和两个呈双曲面形的端盖电极(end cap electrode)组成。在环形电极上加射频电压或再加直流电压,上下两个端盖电极接地。逐渐增大射频电压的最高值,离子进入不稳定区,由端盖极上的小孔排出。因此,当射频电压的最高值逐渐增高时,质荷比从

工业CT三维扫描

工业CT是工业用计算机断层成像技术的简称,采用辐射成像原理,实现对产品的非接触式三维高精度扫描成像,可获得产品内部高精度的三维断层数据和材料数据,清晰、准确、直观地展示被检测物体内部的结构、组成、材质及缺损状况。目 的:在不破坏零件的前提下通过CT技术重建零件的三维模型,进行材料缺陷分析、无损测量、

电镜三维重构理论

 电镜三维重构理论D.De Rosier和A.Klug提出的三维重构理论是借助一系列沿不同方向投影的电子显微像来重构被测物体的立体构型;他们提出利用计算机数字图像处理技术进行电子显微像三维重构测定生物大分子结构的概念和方法。电镜三维重构思想的数学基础是傅立叶变换的投影与中央截面定理。中央截面定理的含

三维荧光光谱

三维荧光光谱(Three-dimensional excitation emission matrix fluorescence spectroscopy, 3DEEM),也可称为总发光光谱或激发-发射矩阵图,与常规荧光光谱技术的主要区别是能够普获得激发波长和发射波长同时变化时的荧光强度信息。三维荧

酮体代谢

 由脂肪酸的β-氧化及其他代谢所产生的乙酰CoA,在一般的细胞中可进入三羧酸循环进行氧化分解,但在动物的肝脏、肾脏、脑、等组织中,尤其在饥饿、禁食。糖尿病等情形下,乙酰CoA还有另一条代谢去路。最终生成乙酸乙酯、β-羟基丁酸和丙酮,这三种产物统称为酮体。  酮体是人体利用脂肪的正现象,对于不能利用脂

酮体代谢

由脂肪酸的β-氧化及其他代谢所产生的乙酰CoA,在一般的细胞中可进入三羧酸循环进行氧化分解,但在动物的肝脏、肾脏、脑、等组织中,尤其在饥饿、禁食。糖尿病等情形下,乙酰CoA还有另一条代谢去路。最终生成乙酸乙酯、β-羟基丁酸和丙酮,这三种产物统称为酮体。   酮体是人体利用脂肪的正现象,对于不能利用脂

物质代谢与能量代谢的关系

新陈代谢包括物质代谢与能量代谢。物质代谢是指生物体与外界环境之间物质的交换和生物体内物质的转变过程,能量代谢是指生物体与外界环境之间能量的交换和生物体内能量的转变过程,二者是相互联系、相互偶联的。例如,进食后能量摄人过多时,脂肪合成增加;而在饥饿时进行脂肪动员,释放出能量供机体使用。