“面向蛋白质科学的高性能计算研究”项目通过验收
验收会现场 4月17日至18日，中国科学院计划财务局会同信息化工作领导小组办公室和高技术研究与发展局组织专家，在北京对中科院知识创新工程重大项目——“面向蛋白质科学的高性能计算研究”及该项目下设的9个课题进行了现场验收。 通过四年的努力，项目在高性能计算机系统新技术、领域应用加速新方法、蛋白质组及三维重构新数据、新算法、新软件、协同科研新工具等方面取得了一系列研究成果： 研制了一台聚合计算能力达百万亿次的异构结构的超龙一号高性能计算机系统，对冷冻电镜单颗粒三维重构软件EMAN和电子断层三维重构软件ATOM的加速比达到10倍，有效地支持了生物应用； 构建了迄今为止国际上公开的、最大的人工合成的蛋白质修饰标准肽库，包括无磷酸化标准肽和多种修饰肽260余条；构建了蛋白质冷冻电镜三维重构基准测试数据集，总数据量10TB；为软件和算法的研究和评价奠定了基础。 研制了多个蛋白质翻译后修饰鉴定和定量分析的新算......阅读全文
概述蛋白质复性的冷冻优势
冷冻方式用于蛋白复性可能的优势有几个方面。 一、这种方式的简单易行，只需要冷冻设备即可； 二、此方法的运用可以导致溶液体积的减少，很大程度上对蛋白进行浓缩，方便下一步的处理； 三、变性盐以结晶沉淀方式脱离溶液，防止大量高污染复性尾液的产生； 四、此方法的体系完全开放，可以很好的对接其他复
冷冻电镜样品处理后,样品看不到
1、样品制备不当：样品制备过程中存在一些问题，如样品质量不好、浓度过低或太高、聚集现象等。这些问题导致样品在电镜中无法得到清晰的图像。2、冷冻过程不正确：样品在冷冻过程中需要控制温度和速度，以确保样品结构的冻结过程是均匀的。如果冷冻速度过快或过慢，或者温度不稳定，都导致样品冻结的不均匀，从而无法得到
冷冻电镜从静态结构到动态分子电影
从静态结构到动态分子电影生物分子在室温下是活跃的，而且大多数的分子功能是通过结构的变化来实现的。基于X射线， 尤其是最近发展的X 射线自由电子激光(XFEL)的结构生物学的研究重点之一便是实现时间分辨的结构生物学研究(time-resolved structure determination)。到目
一般冷冻电镜需要做多久时间
一般冷冻电镜需要做真空冷冻干燥2小时。冷冻电镜技术，全称是冷冻电子显微镜技术，是在低温下使用透射电子显微镜观察样品的显微技术。冷冻电子显微镜技术是20世纪70年代提出的，80年代趋于成熟。它主要是研究生物物质结构的技术，与X-射线晶体学和核磁共振波谱学相辅相成，共同解析物质结构并且解决实际问题。
冷冻电镜技术突破原子分辨率障碍
如果想绘制出蛋白质最微小的部分，科学家通常选择不多：使数百万个单个蛋白质分子排列成晶体，然后用X射线晶体学分析它们；或者快速冷冻蛋白质的副本，然后用电子轰击它们，这是一种低分辨率的方法，叫做冷冻电镜技术。 据《科学》报道，现在，科学家们第一次将冷冻电镜的分辨率提高到原子水平，以精确定位各种蛋白质
首届冷冻电镜与药物发现创新峰会
2020年是特别的一年，新冠疫情笼罩全球，各国医药研发同仁众志成城，共抗疫情，同时各方同道积极通过线上方式展开学术活动，推进相关领域学术发展。首届冷冻电镜与药物发现创新峰会（1st GCDD Summit）将于8月15日13：00-17：00以网络直播的形式召开。本届大会将秉承学术性、国际性的原则，
只要使用冷冻电镜，就能有论文发？
知道靶标蛋白结构对研发新药来说，是非常重要的。有价值，蛋白质结构是了解生化反应机理的重要手段，通过结构知道这些蛋白的催化位点，就可以设计抑制剂，使这些蛋白失去催化作用，以这些蛋白为靶点，设计筛选药物。例如2016年清华杨茂君教授研究组先后在《Nature》和《Cell》杂志报道了线粒体呼吸链超级复合
冷冻电镜 细胞内分子结构测定
细胞内分子结构测定：从溶液内(in vitro)到细胞内(in situ)当前的高分辨分子结构基本都是在溶液中提纯出来的分子样品，也就是通常所说的in vitro 实验。现在可以利用快速冷冻的方法把细胞固定，再用高能粒子枪对细胞进行高精度切片。在细胞的某些部位，常常有大量同类分子聚集，比如在内质网
冷冻电镜电子断层扫描成像技术
电子断层扫描成像技术通过在显微镜内倾转样品从而收集样品多角度的电子显微图像并对这些电子显微图像根据倾转几何关系进行重构的方法称为电子断层扫描成像技术（图3.5）。该方法主要应用于细胞及亚细胞器，以及没有固定结构的生物大分子复合物（分子量范围为800kD），最高分辨率约20Å。
细胞冷冻电镜到底是什么神兵利器？
冷冻电镜它首先是一个电镜。 而电镜是电子显微镜的缩写。所谓电子显微镜，又是在光学显微镜的基础上发展出来的。 光学显微镜利用可见光作为探针来观测微观物体，比如光学显微镜可以观察细胞。但是，对于细胞内的蛋白质分子，光学显微镜就看不见它了。 为什么呢？ 原因其实很简单，光学显微镜利用的是光子的
颜宁团队最新综述|冷冻电镜与VGICs
2024年8月5日，深圳医学科学院/清华大学颜宁团队在Nature Reviews Molecular Cell Biology（IF=81）在线发表题为”Structural biology and molecular pharmacology of voltage-gated ion chann
Science深度综述：冷冻电镜的激荡40年
“It is very easy to answer many fundamental biological questions； you just look at the thing!”——1965年诺贝尔物理学奖得主理查德•费曼教授 正如费曼教授所言，结构生物学的核心正在于“看清事物”。只
《Nature》：冷冻电镜蛋白解析再获重大突破！
ATP-柠檬酸裂解酶（ACLY）是一种中心代谢酶，催化ATP依赖性柠檬酸和辅酶A（CoA）转化为草酰乙酸和乙酰-CoA1-5。哥伦比亚大学的科学家们与Nimbus Therapeutics的研究人员合作，利用冷冻电镜技术揭开了这种代谢酶的神秘面纱，这种酶可能成为癌症治疗的下一个主要分子靶点，这
蛋白质机器与生命过程调控重点专项2个项目启动
近日，国家重点研发计划蛋白质机器与生命过程调控重点专项“植物非编码RNA-蛋白质复合机器的功能和作用机制” 项目和“高分辨率冷冻电镜新技术新方法的发展及在结构生物学中的应用”项目的实施启动会在清华大学召开。教育部科技司、清华大学科研院、科技部高技术研究发展中心和项目参与单位相关人员参加了启动会。
《基因组蛋白质组与生物信息学报》影响因子显著提高
在日前举行的第四届中国英文版科技期刊研讨会上，中国科学技术信息研究所发布了《2007年版中国英文版科技期刊引证报告》。根据这一报告提供的数据，中科院北京基因组研究所主办的《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，简称GPB）的
冷冻研磨仪用于核酸/蛋白质提取
法医实验室在医疗和牙齿记录信息不充足时,使用冷冻研磨机从受害人或战争死亡人员中提取DNA,考古学家通过使用冷冻研磨和PCR来划分古老人类残骸的DNA。不仅解开了人们长期困扰的谜团,还加强了低温技术在法医和考古研究中的地位。低温下研磨各种动物组织包括:骨骼、牙齿、毛发、肌肉以及各种脏器,和植物组织(叶
蛋白质的纯化及冷冻干燥
蛋白质的基本组成单位是氨基酸，经肽键连接而成的结构复杂的生物高分子。根据溶解度可将蛋白质分为清蛋白、球蛋白、谷蛋白、谷醇溶蛋白、组蛋白、鱼精蛋白、硬蛋白。蛋白质是怎样提纯？怎样使用冷冻干燥机冻干？蛋白质提纯的方法如：1、根据等电点的不同来纯化蛋白质有等电点沉淀法、等电点沉淀和盐析法联用法、等电点聚焦
200KV冷冻电镜会产生X射线吗
1、电镜是会产生X射线的。2、电镜所产生的X射线非常弱，举个例子，一般的小功率X射线衍射仪的X光管为40kV，40mA，而扫描电镜的的功率约为20kV，300pA，功率要差8个数量级。3、电镜都是全封闭的，密闭性良好，一般没有问题。
冷冻扫描电镜（CryoSEM）及制样技术
常规扫描电镜要求所观察的样品无水，而一些样品在干燥过程中会发生结构变化，致使无法观察其真实结构，用于扫描电镜的超低温冷冻制样及传输技术（Cryo-SEM）可实现直接观察液体、半液体及对电子束敏感的样品，如生物、高分子材料等。样品经过超低温冷冻、断裂、镀膜制样（喷金/喷碳）等处理后，通过冷冻传输系统
这一单位签下复旦400万冷冻电镜项目
近日，复旦大学发布《冷冻电镜高性能计算集群》项目，花费近400万购买冷冻电镜。中标详细信息如下：一、项目编号： 202029DG二、项目名称： 复旦大学冷冻电镜高性能计算集群采购三、项目金额：399.00万元四、项目主体采购人（甲方）： 复旦大学供应商（乙方）：上海月新生科信息科技有限公司五、联系信
冷冻电镜技术揭开重要蛋白原子结构
据物理学家组织网10月30日报道，英国科学家利用2017年诺贝尔化学奖重要成果——冷冻电镜技术，攻克了与基因表达有关的一种重要蛋白的结构难题。发表在最新一期《科学》杂志上的相关论文称，蛋白结构显示，流感病毒可与该蛋白中特定位点结合，摧毁细胞的基因表达能力，为深入研究流感、癌症等疾病打开了一扇大门
冷冻扫描电镜（CryoSEM）及制样技术
常规扫描电镜要求所观察的样品无水，而一些样品在干燥过程中会发生结构变化，致使无法观察其真实结构，用于扫描电镜的超低温冷冻制样及传输技术（Cryo-SEM）可实现直接观察液体、半液体及对电子束敏感的样品，如生物、高分子材料等。样品经过超低温冷冻、断裂、镀膜制样（喷金/喷碳）等处理后，通过冷冻传输系统放
扫描电镜——细胞内部结构冷冻割断法
该方法简便，结构清晰，已得到广泛应用。其操作方法如下：1) 取材和固定：为了使细胞结构清晰，不被过多的血细胞污染，可在取材前用灌注法冲洗。即先将动物麻醉，经腹主动脉注入生理盐水或低分子量的右,切开下腔静脉放血，至无血色为止。然后迅速取材，将样品修成1mm×1mm×5mm大小，投入1%锇酸溶液
冷冻电镜研究中的华人功臣——程亦凡
2017年诺贝尔化学奖颁给了 Jacques Dubochet、Joachim Frank 和 Richard Henderson，表彰他们在用冷冻电镜解析溶液中生物大分子高分辨率结构方法学方面做出的开创性贡献。▲ 程亦凡在物理所做学术报告在冷冻电镜的这场技术革命中，有位华人科学家也功不可没——程
利用冷冻电镜成功解析神经突触超微结构
记者从中国科大获悉，该校合肥微尺度物质科学国家研究中心与生命科学学院毕国强、刘北明与周正洪教授合作课题组的研究成果——利用冷冻电子断层三维重构技术（cryoET）与冷冻光电关联显微成像技术解析神经突触超微结构。图片来源网络 2月7日，美国神经科学学会会刊《神经科学杂志》以封面形式报道了这一成果
冷冻电镜“成长的烦恼”：人才依然是短板
2017年10月4日是冷冻电镜的“高光”时刻。这一天，瑞典皇家科学院向全世界宣布，将2017年诺贝尔化学奖颁给发明冷冻电镜的三位学者：哥伦比亚大学教授约阿基姆·弗兰克（Joachim Frank）、英国剑桥大学生物学家和生物物理学家理查德·亨德森（Richard Henderson）以及瑞士洛桑
冷冻电镜表征金属锂负极材料，能看到什么？
作为二次电池最理想的负极材料，金属锂早已在锂电池的发展初期得到使用。近几年来，由于具有高能量密度的锂硫和锂氧气电池体系需要金属锂作为负极，金属锂负极材料备受关注。 然而，锂枝晶的生长和较低的库伦效率限制了金属锂作为负极材料的实际应用。目前各研究小组主要专注于以下几个方面来改善金属锂的性能，比如电解液
冷冻电镜+清华大学=7篇Cell、Nature、Science
施一公 该校的施一公院士、颜宁教授是这一领域的知名科学家。最近，两位学者都有新成果发表在CNS上。7月22日，施一公教授研究组在Science杂志就剪接体的结构与机理研究发表两篇长文，题目分别为“Structure of a Yeast Activated Spliceosome at 3.5
冷冻电镜衬度传递函数估计与修正
衬度传递函数估计与修正衬度传递函数(contrast transfer function，CTF)是在数学上描述通过透射电子显微镜得到样品图像上的像差变化。准确地判断衬度传递函数对于确认显微图像的质量以及后续的三维结构重建极为重要。常用的估算衬度传递函数的参数软件是CTFFIND4。确定了CTF 的
清华大学最新Nature！冷冻电镜又出新成果
机械门控阳离子通道是一类能够响应机械力刺激而引起阳离子进出细胞、进而诱发细胞兴奋和信号传递的一类重要离子通道，然而其在哺乳动物中的分子组成长期未被发现确定。直到2010年，Piezo基因家族包括Piezo1和Piezo2两个基因被编码该类通道的必要组成成分 (Coste et al., Scie