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GenomeRes:核糖体RNA基因拷贝数变异和表达调控新发现

核糖体是细胞中最重要的细胞器之一,负责将细胞转录出来的信使RNA(messenger RNA,简称“mRNA”)翻译成蛋白质。真核生物的核糖体,主要由4种核糖体 RNA(rRNA)和80多种核糖体蛋白组成。其中,45S rRNA基因位点通过转录加工可以产生18S、5.8S和25S rRNA;而5SrRNA基因位点行使5S rRNA的转录。随后,25S、5.8S以及5S RNA结合核糖体蛋白形成核糖体大亚基,同时18S RNA与其他核糖体蛋白形成核糖体小亚基,最终组装成细胞中的“蛋白加工工厂”。 在绝大多数真核生物的基因组内,不论45S rRNA基因还是5S rRNA基因都在染色体上以多拷贝串联重复的形式存在。然而,这种高度串联重复结构存在的生物学意义目前并没有明确结论。之前,唯一一项对于45S rRNA基因拷贝数变异的大规模研究发生在人类群体中,研究表明人基因组内45S基因位点在个体间存在广泛变异,并且发现其拷贝数与众多基......阅读全文

科学家在核糖体RNA基因拷贝数变异和表达调控方面获进展

  核糖体是细胞中最重要的细胞器之一,负责将细胞转录出来的信使RNA(messenger RNA,简称“mRNA”)翻译成蛋白质。真核生物的核糖体,主要由4种核糖体 RNA(rRNA)和80多种核糖体蛋白组成。其中,45S rRNA基因位点通过转录加工可以产生18S、5.8S和25S rRNA;而5

核糖体RNA基因拷贝数变异和表达调控的新进展

  核糖体是细胞中最重要的细胞器之一,负责将细胞转录出来的信使RNA(messenger RNA,简称“mRNA”)翻译成蛋白质。真核生物的核糖体,主要由4种核糖体 RNA(rRNA)和80多种核糖体蛋白组成。其中,45S rRNA基因位点通过转录加工可以产生18S、5.8S和25S rRNA;而5

Nat Rev Genetics | 环状RNA的合成与功能

  环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新兴的内源性非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),是继microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非编码RNA家族中极具研究潜力的新成员。越来越多的研究表明,环状RNA具

RNAi相关术语

1.RNAi :(RNA interference)RNA干扰一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi ,也译作RNA干预或者干涉)。它也是体内抵御外在感

基因的概念

   基因(gene)的概念随着遗传学、分子生物学、生物化学等领域的发展而不断完善。从遗传学的角度看,基因是生物的遗传物质,是遗传的基本单位——突变单位、重组单位和功能单位;从分子生物学的角度看,基因是负载特定遗传信息的DNA分子片段,在一定条件下能够表达这种遗传信息,变成特定的

核仁小RNA(snoRNAs)的功能及其在癌症研究中的作用介绍

  核仁小RNA(snoRNAs)是一类中等长度的非编码小RNA,它们的长度在60-300nt不等,能与核仁核糖核蛋白结合形成snoRNPs 复合物[1]。在脊椎动物中编码核仁小RNA的基因主要存在于蛋白编码基因或非蛋白编码基因的内含子区域,并且经过进一步的转录后加工处理形成成熟的核仁小RNA[2]

Science杂志最受关注的文章(4月)

  美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办,是国际上著名的自然科学综合类学术期刊,与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论,许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的,比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的

RNAi技术专有名词(2)

21.Homologous Chromosome:同源染色体一对染色体,分别来自父本和母本,染色体上有着相同的线性基因序列。 22.Recombinant Clone:重组克隆将不同来源的DNA片段合成在一个DNA分子中,这种技术称为重组,得到的分子为重组克隆。 23.Ribonucleic

2017年不能错过的长非编码RNA研究推荐

  2017年即将过去,这一年的非编码RNA研究取得了很多重磅级成果。与早先的主要是在不同类型的疾病(癌症)中大规模鉴定非编码RNA,今年的研究是对非编码RNA机制的更深入探索,给我们展现了作用方式更丰富多彩的非编码RNA世界。图片来源于网络  一 长非编码RNA(lncRNA)  长非编码RNA是

核仁小RNA的功能及其在癌症研究中的作用(一)

为什么研究snoRNAs?引言核仁小RNA(snoRNAs)是一类中等长度的非编码小RNA,它们的长度在60-300nt不等,能与核仁核糖核蛋白结合形成snoRNPs 复合物[1]。在脊椎动物中编码核仁小RNA的基因主要存在于蛋白编码基因或非蛋白编码基因的内含子区域,并且经过进一步的转录后加

【Science特刊】RNA中的信号

  6月17日的Science出了一期关于RNA的特刊。RNA与基因表达的分子生物学紧密相关:有形成特定结构的能力;作为信号载体;对自身的调节。例如非编码小分子RNA,已知是基因表达的调控因子,和哺乳动物干细胞基因表达变化相关,而这种变化反过来和胚胎发育过程中细胞命运的决定有联系。  DNA甲基化是

RNA实验方案和应用(一)

RNA是具有多种不同的功能的生物大分子。信使RNA(mRNA)是DNA转录得到的,用做蛋白质合成的模板。蛋白质的合成是由核糖体完成的,核糖体由核糖体RNA(rRNA)和蛋白质组成。用于蛋白合成的氨基酸,是通过转运RNA(tRNA)输送到核糖体上的。RNA分子也是参与RNA转运过程的核糖蛋白的一部分。

令人费解的核糖体病变

  核糖体绝对是维持生命必不可少的一份子,因为细胞生长所需的各种蛋白全都是通过核糖体合成而来的。多年以来,主流的观点都认为,核糖体蛋白或者核糖体组装因子如果发生突变,对于发育中的胚胎一定是个致命性的打击。小鼠试验也发现,彻底丧失任意一种核糖体蛋白往往都会使胚胎夭折。可是核糖体蛋白或者核糖体组装因子突

生物制药技术大跃进:RNA-Base时代悄悄到来

  以RNA为基础(RNA-Base)的生物制药是一类相对较新的技术,包括以RNA为基础开发新疗法和疫苗,该技术主要针对一些慢性疾病和罕见疾病的治疗和预防,如癌症、糖尿病、肺结核以及某些心血管疾病等。据市场研究分析,DNA与RNA疗法预计以12%的年复合增长率增长,预计到2020年市场规模达12亿美

科学家发现新的RNA降解机制

  在任何时候,一个生物体中的全部RNA分子,都是一段微妙的舞蹈所产生的产物。基因必须是“打开”或表达的,以便于把DNA转化为RNA,然后RNA被转化成蛋白质,才能完成一个生物体的生理需求。但是,同样重要的是,那些RNA转录本一旦不再需要就必须被清除。  最近,宾夕法尼亚大学的研究人员对于后面这个过

生物谷7月份结构生物学研究进展一览

  1. Cell:中科院生物物理所王艳丽/章新政课题组从结构上揭示Cas13a切割RNA机制  doi:10.1016/j.cell.2017.06.050  CRISPR/Cas系统是目前发现存在于大多数细菌与所有的古菌中的一种免疫系统,被用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。在CR

PNAS:核糖体装配的引路者

  在机体内的蛋白执行着多种功能,在它们起作用时特异性往往很重要。如果蛋白丧失了这些特异性,就会在体内引起混乱,甚至导致疾病。DEAD-box 蛋白因其氨基酸序列而得名,是一大类RNA依赖型的ATP酶。这些蛋白负责调节基因表达和RNA代谢,并参与了核糖体装配和细胞代谢。   近日,斯克里普斯研

于军:人与黑猩猩的“百分之一差别理论”并未被否定

近日,美国《科学》杂志发表了题为《人类与黑猩猩差别仅有1%吗?》的评论,文章归纳了近两年来世界科学家有关人类与黑猩猩物种差异比较的研究成果,并认为这些研究已经将1975年提出的“1%差别理论”推上末路。但中国科学院北京基因研究所副所长于军研究员指出:“当谈到物种差别时,无论是公众还是科学家,如果没有

人与黑猩猩的“百分之一差别理论”并未被否定

近日,美国《科学》杂志发表了题为《人类与黑猩猩差别仅有1%吗?》的评论,文章归纳了近两年来世界科学家有关人类与黑猩猩物种差异比较的研究成果,并认为这些研究已经将1975年提出的“1%差别理论”推上末路。但中国科学院北京基因研究所副所长于军研究员指出:“当谈到物种差别时,无论是公众还是科学家,如果没有

Globin-Zero,使血液RNA Seq研究更简便高效

  由基因公司代理的Epicentre品牌 (an illumina company)一向致力于为RNA-Seq研究提供更好的产品。Epicentre在2013年正式推出Globin-Zero™ Gold Kit及ScriptSeq™ Complete Gold Kit (Blood),可去

RNA分析的几个热点领域及主要技术路线

DNA,RNA和蛋白质是三种重要的生物大分子,是生命现象的分子基础。基因组DNA中的基因通过转录为mRNA并进一步翻译为蛋白质,很多种类的蛋白质在最终发挥功能时又经历磷酸化、糖基化、酶原激活等翻译后修饰。DNA的遗传信息决定生命的主要性状,而mRNA在信息传递中起很重要的作用。其它两大类RNA,rR

实时荧光定量PCR(realtime PCR)

实验步骤一、 样品RNA的抽提 1.  取冻存已裂解的细胞,室温放置5分钟使其完全溶解。2.  两相分离 每1 ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2 ml的氯仿,盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12 000 rpm离心15分

实时荧光定量PCR(realtime PCR)

实验材料 细胞样品试剂、试剂盒 RNA提取试剂盒荧光定量PCR MixTRIZOLdNTP氯仿逆转录酶MMLV异丙醇Taq酶DEPC水ddH2OTEMgCl2琼脂糖溴化乙锭MOPS甲醛乙酸钠EDTAEB溴酚兰仪器、耗材 离心管离心机风光光度计电泳槽凝胶板Realtime PCR仪实验步骤 一、 样品

荧光定量PCR具体使用操作步骤简介

操作步骤荧光定量PCR 实验步骤:折叠样品RNA的抽提①取冻存已裂解的细胞,室温放置5分钟使其完全溶解。②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的,盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层

荧光定量PCR

  荧光定量PCR( realtime fluorescence quantitative PCR,RTFQ PCR) 是1996 年由美国Applied Biosystems 公司推出的一种新定量试验技术,它是通过荧光染料或荧光标记的特异性的探针,对PCR产物进行标记跟踪,实时在线监控反应过程,结

实时荧光定量PCR(realtime PCR)

            实验方法原理 实时荧光定量PCR技术,是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。

如何做实时荧光定量 PCR (realtime PCR)

  标签: 实时 荧光定量 PCR realtime PCR 本生生物   所谓实时荧光定量 PCR 技术,是指在 PCR 反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个 PCR 进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。   原理及材料:   实验材料:细胞样品   试剂、

内含子的重要功能:帮助酵母应对压力下的生存

  内含子(intron)的存在,是真核细胞蛋白质编码基因与原核细胞最大的区别。在真核细胞基因表达的过程中,需要经过RNA剪接反应将其去除。一般来说,内含子的长度远比编码蛋白的外显子序列长,并且执行剪接反应的酶——剪接体高度复杂,由170多个相关蛋白组成。剪接反应需要高度精准,移码错位一个碱基都会导

中科院JBC文章揭示转录调控新机制

  来自中科院广州生物医药与健康研究院、吉林大学等机构的研究人员证实,凝集蛋白复合体负向调控了基因组调控蛋白CTCF介导的核糖体RNA基因转录。这项工作发表在7月24日的《生物化学杂志》(JBC)上。   中科院广州生物医药与健康研究院的姚红杰(Hongjie Yao)是这篇论文的通讯作者。其主要

GTEx项目检测遗传学效应

  组织内的转录本表达丰度在不同个体之间存在着差异。目前,研究者们对这种个体差异的遗传基础进行了分析。  研究者们在过去的几年里开展了大量的基因组分析,并从中获得了诸多经验,其中一条经验是:如果由大型研究团队开展一系列设计严谨、目标宏大、分析周全的遗传学研究的话,将会推动该研究领域取得巨大的飞跃。这