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通过单细胞测序解析体细胞重编程路径

随着单细胞技术日新月异的发展和应用,准确有效地解读数据提供的信息尤为重要。这项研究提供了利用单细胞测序数据研究细胞命运动态变化的新方法,通过发现细胞命运分支的产生,找到影响分支产生的原因,更好的实现对生理或病理条件下细胞命运变化理解,实现控制细胞命运变化的目标。 体细胞重编程是研究细胞命运转变的重要模型,然而受到重编程效率以及细胞异质性强等问题的干扰,精确的重编程细胞命运变化路径及调控机制尚鲜有报道。 中国科学院广州生物医药与健康研究院陈捷凯研究组和裴端卿研究组合作发表了题为“Resolving Cell Fate Decisions during Somatic Cell Reprogramming by Single-Cell RNA-seq”的文章,结合高效体细胞重编程和单细胞RNA-seq技术,揭示了小鼠体细胞重编程过程中细胞命运的动态变化过程。 这一研究成果公布在Molecular Cell杂志上。 如何......阅读全文

单细胞测序技术“遍地开花”,精准医疗“如虎添翼”!

作者:Carrie  单细胞测序技术  基因测序在体外诊断市场中的重要性日益突出。其中,单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、S

单细胞基因组学:通往个体化医疗之门

  随着第二代测序技术的普及,单细胞测序迎来了迅猛发展。  近日,南方科技大学生物学系副教授贺建奎在美国冷泉港参加了单细胞分析会议后,在科学网博客里写道:“这是一个非常令人激动的前沿学术会议,我深深地体会到了单细胞基因组学时代的来临。”  他对《中国科学报》表示:“单细胞基因测序技术的突破,只是开了

多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果

  本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习!  【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传

超1.7亿 7大生物医学“重大研究计划”2017年度项目指南出炉

  自1月22日以来,国家自然科学基金委员会官网已先后公布了16个重大研究计划2017年度项目指南,其中与生物医学相关的共7个。具体如下:  备注:血管稳态与重构的调控机制重大研究计划拟资助总直接费用并未在指南中直接标出,是根据信息计算所得  何为“重大研究计划”?  据悉,国家自然科学基金委员会于

单细胞测序技术应用于发育生物学研究登顶三大学术杂志

  2019年即将结束,在这一年中,单细胞测序的火热充分展示了该技术在科学研究领域的重要。发育生物学作为生命基本过程研究的基础学科,单细胞测序技术是该领域研究突飞猛进的助推器。在这300多个日夜里,科学研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些发育生物学的成果跟单细胞技术

单细胞测序技术应用于发育生物学研究登顶三大学术杂志

  2019年即将结束,在这一年中,单细胞测序的火热充分展示了该技术在科学研究领域的重要。发育生物学作为生命基本过程研究的基础学科,单细胞测序技术是该领域研究突飞猛进的助推器。在这300多个日夜里,科学研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些发育生物学的成果跟单细胞技术

2018单细胞测序盘点:北大汤富酬教授连发11篇论文

  单细胞RNA测序技术随着近几年的迅速发展,已在多个领域,从早期胚胎发育到组织和器官发育、以及免疫学和肿瘤学开花结果。  2018年,这一领域国内外成果不断,比如北京大学的汤富酬课题组就接连发表了11篇文章,获得了单细胞测序领域的接连重要成果。  3月,这一研究组与中国科学院生物物理研究所王晓群课

基于单细胞测序绘制肿瘤微环境相关细胞代谢图谱

  肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”,不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性,可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中,每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性,肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式(即“代谢重编程”)来适应不同的微环境,以满足其对能量

Cell Res重点论文:单细胞表观多组学测序技术最新突破

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

Cell Res重点论文:单细胞表观多组学测序技术最新突破

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

Cell:单细胞测序深度解析三阴乳腺癌

  美国MD安德森癌症中心联合瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员利用单细胞测序对三阴乳腺癌展开分析,表明耐药性是来源于现有的带有基因突变的克隆。这些结果于周四发表在《Cell》杂志上,将对这种癌症的诊断、预后和治疗具有临床意义。  三阴乳腺癌是指雌激素受体、孕激素受体和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。

北大乔杰、汤富酬、黄岩谊发表环状RNA新成果

  早在几十年前,生物学家们就发现了环状RNA。与线性RNA相比,环状RNA受到的关注比较少,一直被认为是剪切过程中发生的错误。随着二代测序的发展,近几年人们意识到环状RNA其实是非常普遍的。这些分子广泛存在于多种生物的细胞中(从古生菌、酵母、小鼠到人类),能够通过不同途径影响基因表达,很可能在细胞

Cell重磅!恶性乳腺癌在化疗之前就存在耐药癌细胞!

  对接受化疗的乳腺癌病人进行了单细胞测序;  病人在治疗中表现出克隆持久性或者消退;  病人通过治疗前预先存在的基因突变的适应性选择获得了耐药性;  化疗导致耐药信号的转录重编程。图片来源:Cell  三阴性乳腺癌(TNBC)是一种常对化疗产生耐药性的恶性乳腺癌。一个长久未解决的问题是这种耐药性是

Nature Genetics:单细胞全基因组DNA甲基化组新发现

  北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心,北大生命科学学院与第三医院等处的研究人员发表了题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimplantation Embryos”的文章,利用单细胞DNA甲基化组高通量测序方法,首次在单细胞分辨

Hoxb5细胞的命运我做主将B细胞重编程为功能性T淋巴细胞

  小编:天地悠悠过客匆匆潮起又潮落~~~   小鼠甲:咳咳,咱们是个严肃的科普节目……   小编:天地洪荒,宇宙万物,生命起源,又到了万物~~~   小鼠乙:(咆哮体)现在是冬天!冬天!咱们几(今)天要讲的是细胞!细胞!   小编:呃(⊙o⊙)… 好吧,咱们今天要讲的是细胞(*^▽^*),

Nature2015最佳评论文章:汤富酬、文路、马晓娅入选

  Nature杂志近日展开了一年一度的年终大盘点,评出了2015年的最佳评论文章。本次盘点选入了三名中国学者的两篇文章,他们分别是北京大学的研究员汤富酬和研究员文路,以及云南大学的研究员马晓娅。  汤富酬和文路在这篇文章中重点介绍了Grün等人开发的RaceID的算法,该算法能够在复杂的细胞混合物

单细胞测序揭示了人类胚胎DNA甲基化动态

  2017年12月19日,北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心、生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组和北京大学第三医院乔杰研究组合作在国际知名学术期刊《自然遗传学》上在线发表题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimpla

2018年12月Science期刊不得不看的亮点研究

  12月份Science期刊又有哪些亮点研究值得学习呢?小编对此进行了整理,与各位分享。  1. Science:CRISPRa加入肥胖之战,无需对基因组进行编辑就能对抗肥胖doi:10.1126/science.aau0629  在一项重要的新研究中,来自美国加州大学旧金山分校的研究人员证实CR

北大汤富酬Cell Stem Cell点评重编程研究成果

   将体细胞重编程为诱导多能干细胞的iPS技术有着广阔的应用前景。但目前人们对iPS体细胞重编程的分子机制还知之甚少。这主要是因为目前iPS重编程的效率比较低,得到的细胞存在很大的异质性。  北京大学生物动态光学成像中心BIOPIC的研究员汤富酬和助理研究员文路在Cell Stem Cell杂志上

北大汤富酬发表表观基因组新成果

  表观遗传学修饰可以在不改变DNA序列的情况下调控基因的活性。基因表达在时间和空间上的表观遗传学调控,对于人类发育是至关重要的。近年来,表观基因组已经成为了生物医学领域的一大研究热点。  北京大学的研究团队对早期人类胚胎进行深入研究,获得了胎儿大脑、心脏和肝脏的表观基因组景观。这一成果发表在十二月

Cell子刊:重编程过程中的lncRNA动态

  利用体细胞重编程生成诱导多能干细胞的技术称为iPS,该技术生成的诱导多能干细胞(iPSC)理论上可以生成任何类型的细胞。现在这一技术已经渗透到了生命科学的各个领域,帮助研究者们寻找致病基因、进行药物研发和开发细胞疗法。  全面挖掘iPS技术的临床潜力,需要详细了解重编程各个阶段发生的细胞事件。为

《Nature》发文阐述人类围着床期胚胎发育分子调控规律

  2019年8月22日,北京大学第三医院乔杰课题组和汤富酬课题组合作,在国际权威学术期刊《自然》(Nature,IF:43.07)在线发表研究成果“Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human impl

2018前10月生物医学风云榜 袁隆平 曹雪涛及施一公等上榜

  经过特殊的算法,我们得到了2018年前10个月中国生物医学风云榜人物及最火爆的3个重大学术界事件,能够上榜的风云人物/事件,都曾长时间占据过100多个公生物医学公众号的头版头条。  在此,我们精选了其中的3个事件及16位风云榜人物。我们对其进行了划分,分别是:6星级的3个事件,分别位诺贝尔奖,国

北大汤富酬课题组发表单细胞表观多组学测序技术新成果

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

西安交大李磊Cell Res用单细胞外显子组测序研究肾细胞癌

  生物通报道:肾细胞癌(RCC)占成人恶性肿瘤的3%,和肾肿瘤的90%~95%。转移性疾病通常会对放疗和化疗产生耐药性。免疫治疗表现出15%至20%的有限反应率。肿瘤干细胞(CSCs)是肾癌发生、发展以及耐药性的关键参与因子。以前的研究已经表明,RCC是一种遗传学明显不同的成人癌症,具有相对较低的

大跃进 | 中国学者CNS发表超过100篇生命科学领域研究成果

  【50】2019年4月12日,中科院上海药物所徐华强,王明伟,浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r

2019年中国学者发表CNS统计,谁是CNS发表之王?

  【51/52】2019年4月4日,清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章,完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析,揭示了NLR作用的关键分子机制,是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是: "Li

《科学家》期刊:2018 top 10创新产品

随着大数据和全基因组测序的发展成熟和大量研究的广泛开展,有时不免让人觉得研究人员将他们的显微镜(microscope)更换为宏观镜(macroscope)。但是,《科学家》杂志举办的2018年十大创新竞赛讲述了一个不同的故事:单个细胞。在《科学家》杂志的独立评审团评选出的2018年十大创新产品中,它

2019中国生命科学领域CNS盘点:曹雪涛 颜宁 施一公上榜

  截至2019年12月23日,中国学者在Cell,Nature及Science在线发表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已经全部更新),iNature团队对于这些文章做了系统的总结:  按杂志来划分:Cell 发表了31篇,Nature 发表了44篇,Scie

利用纳米孔测序技术揭示基因表达的染色质调控基础

  作为染色质的基本单元,核小体由大约147 bp的DNA和组蛋白八聚体(H2A, H2B, H3和H4)组成。核小体的动态定位和折叠组织会产生两种不同的染色质状态:“开放”(open)和“闭合”(closed)。核小体的定位和染色质状态的动态变化对以DNA为模板的生物学过程(比如,转录、DNA复制