研究揭示拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构

6月11日,《核酸研究》(Nucleic Acids Research)杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chromatin organization and transcriptional regulation 的研究论文。该论文利用染色质构象捕获等技术解析了拟南芥基因组加倍所导致的基因三维空间变化及对基因转录调控的影响。 植物多倍化是自然界中非常普遍的现象,是推进植物进化、适应环境的主要方式之一。多倍体的形成增加了基因表达调控的复杂程度,目前很多研究证明基因组的三维结构对基因组的转录调控起到很重要的作用。为了解析多倍化过程中三维基因组结构变化及多倍体基因组表达调控的影响,方玉达研究组利用染色体构象捕获技术(Hi-C)绘制了拟南芥同源四倍体的......阅读全文

异染色质的定义

  异染色质分为结构异染色质和功能异染色质两种类型。结构异染色质是指各类细胞在整个细胞周期内处于凝集状态的染色质,多定位于着丝粒区、端粒区,含有大量高度重复顺序的脱氧核糖核酸(DNA),称为卫星DNA(satellite DNA)。功能异染色质只在一定细胞类型或在生物一定发育阶段凝集,如雌性哺乳动物

异染色质的区分

  常染色质易被碱性染料染成浅色,或对福尔根反应呈弱阳性。异染色质易被碱性染料染成深色,或对福尔根反应呈阳性。  [1]  异染色质着色较深,常位于细胞核的边缘和核仁周围,构成核仁相随染色质的一部分。可以分为结构性异染色质(constitutive heterochromatin)和兼性异染色质(f

常染色质的定义

常染色质是染色质(由DNA、RNA和蛋白质组成)的一种松散聚集的形式,这种聚集方式在基因中大量存在,并且相应的片段通常处于活跃的转录当中(但并非必要,即常染色质部分不一定都是高表达的序列)。常染色质构成了细胞核基因组中表达最活跃的一部分。

什么是Y-染色质?

  Y染色质又称Y小体或荧光小体。Y染色体用荧光染料染色后,呈亮暗不一的荧光带,在Y染色体长臂的远侧段呈明亮的荧光区。在问期时Y染色体长臂远侧段的强荧光特性仍然存在,经荧光染色后,呈强荧光亮点,直径为0.25—0.3um,位于细胞核内的任何部位。

常染色质的功能

常染色质区域的基因可以被转录为信使RNA。常染色质区域非折叠的结构允许基因调控蛋白和RNA聚合酶与其上的DNA序列结合,从而开启转录过程。在转录过程中,并非所有的常染色质都会被转录,但基本上非转录的部分会折叠为异染色质以保护暂时其上不用的基因。因此细胞的活性与细胞核中的常染色质数目有直接关系。常染色

驱动染色质拓扑关联结构域形成关键因素获揭示

  华南农业大学教授刘柏平团队与香港科技大学讲师常富杰、华南师范大学教授罗琼团队合作,首次揭示染色质物理特性中的DNA压缩密度是驱动染色质拓扑关联结构域形成的关键因素,为理解基因组三维结构形成机理提供了全新视角。近日,相关成果发表于美国《国家科学院院刊》(PNAS)。  “DNA压缩密度——染色质3

三维荧光分析

三维荧光光谱是近几十年中发展起来的一种新荧光技术。普通荧光分析所得的光谱是二维谱图,包括固定激发波长而扫描发射波长所获得的发射光谱,和固定发射波长而扫描激发波长所获得的激发光谱。但是实际上荧光强度应该是激发和发射这两个波长变量的函数。描述荧光强度同时随激发和发射波长变化的关系谱图,就是三维荧光光谱。

三维脱色摇床

三维脱色摇床是一款常用的实验室设备,主要用于蛋白电泳的脱色过程、考马斯蓝染色、脱色时的振荡晃动,硝酸银染色的固定、染色、显影等。装上摇瓶架后,可用于细胞、微生物的培养及各种需振荡、混匀、培养的实验和研究。  基本操作:将需要振荡容器放置在托盘上,然后接通电源,打开电源开关,根据需要调节定时旋钮,顺时

常染色质的结构特点

常染色质的结构类似于未折叠的一串珠子中间被一根细绳穿过,这其中的珠子代表核小体结构。每个核小体由八个蛋白质单体组成,这些蛋白质叫做组蛋白,每个组蛋白单体周围有147个碱基对长度的双链DNA环绕;在常染色质中,DNA在组蛋白上的包裹是较为松散的,从而其上的原始DNA序列是暴露在外可被读取的。每一个处于

凝聚染色质的概念

中文名称凝聚染色质英文名称condensed chromatin定  义处于凝缩状态的染色质。应用学科遗传学(一级学科),细胞遗传学(二级学科)

间期染色质的主要类型

间期染色质按其形态特征、活性状态和染色性能区分为两种类型:常染色质和异染色质。按功能状态的不同可将染色质分为活性染色质和非活性染色质。

间期染色质的基本介绍

  在细胞不分裂的间期,存在两种类型的染色质:常染色质,由具有活性的 DNA 组成; 异染色质,主要由无活性的 DNA 组成,似乎在染色体阶段起到结构性作用。异染色质可进一步区分为两种类型: 组成型异染色质,位于着丝粒周围,通常包含重复序列,从未表达;兼性异染色质,有时表达。

凝聚染色质的定义

中文名称凝聚染色质英文名称condensed chromatin定  义处于凝缩状态的染色质。应用学科遗传学(一级学科),细胞遗传学(二级学科)

关于异染色质的定义

  异染色质分为结构异染色质和功能异染色质两种类型。结构异染色质是指各类细胞在整个细胞周期内处于凝集状态的染色质,多定位于着丝粒区、端粒区,含有大量高度重复顺序的脱氧核糖核酸(DNA),称为卫星DNA(satellite DNA)。功能异染色质只在一定细胞类型或在生物一定发育阶段凝集,如雌性哺乳动物

常染色质的结构介绍

常染色质的结构类似于未折叠的一串珠子中间被一根细绳穿过,这其中的珠子代表核小体结构。每个核小体由八个蛋白质单体组成,这些蛋白质叫做组蛋白,每个组蛋白单体周围有147个碱基对长度的双链DNA环绕;在常染色质中,DNA在组蛋白上的包裹是较为松散的,从而其上的原始DNA序列是暴露在外可被读取的。每一个处于

异染色质的构成种类

常染色质易被碱性染料染成浅色,或对福尔根反应呈弱阳性。异染色质易被碱性染料染成深色,或对福尔根反应呈阳性。异染色质着色较深,常位于细胞核的边缘和核仁周围,构成核仁相随染色质的一部分。可以分为结构性异染色质(constitutive heterochromatin)和兼性异染色质(facultativ

染色质的发现过程介绍

  1879年,W. Flemming提出了染色质(chromatin)这一术语,用以描述细胞核中能被碱性染料强烈着色的物质。  1888年,Waldeyer正式提出染色体的命名。  经过一个多世纪的研究,人们认识到,染色质和染色体是在细胞周期不同阶段可以相互转变的形态结构。

异染色质化的概念

中文名称异染色质化英文名称heterochromatinization定  义常染色质转变为异染色质的过程。应用学科遗传学(一级学科),细胞遗传学(二级学科)

关于染色质的相关介绍

  染色质(chromatin)最早是1879年Flemming提出的用以描述核中染色后强烈着色的物质。现在认为染色质是细胞间期细胞核内能被碱性染料染色的物质。染色质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白,它是由DNA、组蛋白、非组蛋白和少量RNA组成的复合物。用于化学分析的原核细胞的染色质含裸露的DN

常染色质的外形介绍

一般来说,常染色质通过G显带技术表现为浅色带状,这样的结构在光学显微镜下可见,其颜色与异染色质较深的染色不同。其染色较浅是由于其聚集程度较低导致的。常染色体的基本结构是一条细长且开放未折叠的10纳米长微纤维。在原核细胞中,常染色质是其染色质的唯一存在形式;这表明异染色质是一种与细胞核一同在原核细胞之

简述染色质的组装模型

  人的每个体细胞所含DNA约6×109bp分布在46条染色体中,总长达2米,平均每条染色体DNA分子长约5厘米,而细胞核直径只有5~8微米,这就意味着从染色质DNA组装成染色体要压缩近万倍,相当于一个网球内包含有2千米长的细线。

水相法分离染色质

水相法分离染色质试剂、试剂盒:水相裂解缓冲液仪器、耗材:离心机实验步骤:像聚胺法的第 1、2 步中讲的那样诱导悬浮或单层培养细胞的中期阻遏状态。2. 细胞在 4℃,1000 g 离心 10 分钟然后重悬浮,典型的制备量为 10 ml 新鲜培养基含 108 个细胞。3. 将浓的细胞悬液在冰上放置至少

聚胺法分离染色质

聚胺法分离染色质试剂、试剂盒:秋水仙胺、聚胺缓冲液实验步骤:有丝分裂中细胞的同步化37℃,用合适的含有 FCS,抗生素和其他必要成分的培养基培养细胞。2. 收集有丝分裂细胞前 10~16 小时在培养基中以 0.06 μg/ml 的浓度加入秋水仙胺。收获细胞并在聚胺缓冲液中裂解3. 收获细胞。对于悬浮

染色质免疫共沉淀(ChIP)

实验方法原理 在保持组蛋白和DNA联合的同时,通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体,染色质被切成很小的片断,并沉淀下来。IP是利用抗原蛋白质和抗体的特异性结合以及细菌蛋白质的“prorein A”特异性地结合到免疫球蛋白的FC片段的现象活用开发出来的方法。目前多用精制的prorein A预先结

关于染色质的功能简介

  如果说细胞核是细胞遗传与代谢的调控中心,那么这个中心的最重要成员便是染色质。几乎所有细胞生命活动都要从染色质开始。我们知道细胞的成长、分裂甚至衰老与死亡都是受基因控制的,而细胞内基因存在与发挥功能的结构基础是染色质。与基因组直接相关的细胞活动都是在染色质水平进行的,如DNA复制、基因转录、同源重

异染色质的功能介绍

关于异染色质的功能,还未深入了解。但以下的几点是明显的。1结构型异染色质可以加强着丝点区,使着丝粒稳定,以确保染色体分离。2可以隔离和保护重要基因(例如NOR区的18S和28S基因),防止或减少基因突变和交换。3促进物种分化,同源染色体可通过其异染色质区的重复序列在减数分裂时配对,这种配对能帮助染色

染色质免疫沉淀分析

真核生物细胞状态是由内源和外源因素共同影响的,所有信号传递途径的终点都是DNA 。DNA 通过核蛋白复合物组成染色质,染色质是基因调控的一个重要作用位点。转录激活因子和辅助抑制因子的研究显示存在一种新的调节机制--" 组蛋白密码" ,其信息存在于组蛋白的转录后修饰等过程中。该类修饰包括组蛋白磷酸

染色质免疫共沉淀研究

真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。与传统的EMSA技术相比,染色质免疫沉淀技术(ChIP)能真实完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白,是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用的最佳方法。染色质免疫沉淀技术(chro

异染色质的主要类型

异染色质分为结构异染色质和功能异染色质两种类型。结构异染色质是指各类细胞在整个细胞周期内处于凝集状态的染色质,多定位于着丝粒区、端粒区,含有大量高度重复顺序的脱氧核糖核酸(DNA),称为卫星DNA(satellite DNA)。功能异染色质只在一定细胞类型或在生物一定发育阶段凝集,如雌性哺乳动物含一

异染色质的功能介绍

  关于异染色质的功能,还未深入了解。但以下的几点是明显的。  1、结构型异染色质可以加强着丝点区,使着丝粒稳定,以确保染色体分离。  2、可以隔离和保护重要基因(例如NOR区的18S和28S基因),防止或减少基因突变和交换。  3、促进物种分化,同源染色体可通过其异染色质区的重复序列在减数分裂时配