新发现，曹晓风／钱文峰揭示蛋白翻译的调控新机制
多聚腺苷酸化在真核生物中产生成熟mRNA中起关键作用。人们普遍认为，聚（A）结合蛋白（PAB）与聚（A） -尾mRNA均匀结合，调节其稳定性和翻译效率。尽管PAB的重要性及其与mRNA poly（A）尾部的普遍结合，PAB结合的分子功能仍不清楚。 2019年9月3日，中国科学院遗传发育研究所曹晓风及钱文峰共同通讯在Genome Biology 在线发表题为“Impact of poly(A)-tail G-content on Arabidopsis PAB binding and their role in enhancing translational efficiency”的研究论文，该研究发现AtPAB2，AtPAB4和AtPAB8的纯合三重突变体是胚胎致死的。为了理解分子基础，研究人员描述了这些PAB的RNA结合全景。AtPAB结合效率在基因中变化超过一个数量级。为了确定考虑变化的序列，研究人员执行p......阅读全文
真核生物翻译的调控（2）
5′端非翻译区的二极结构影响到调控蛋白与帽结构的接近，阻碍40S前起始复合体的装配和在mRNA上的扫描，起负调控的作用。但若二极结构位于 AUG的近下游，（最佳距离为14 nt），将会使移动的40亚基停靠在AUG位点，增强起始反应。真核的系列翻译起始因子可使二极结构解链，使翻译复合体顺利通过
研究揭示拟南芥组蛋白去甲基化酶JMJ13的结构功能
3月21日，《自然-通讯》（Nature Communications）杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海植物逆境生物学研究中心杜嘉木研究组、中科院遗传与发育生物学研究所曹晓风研究组和河北师范大学孙大业研究组合作完成的题为The Arabidopsis H3
遗传发育所揭示同义密码子对mRNA水平的调控
基因组中同义密码子的使用频率存在差异，这一现象被称为密码子使用偏好。基因表达水平与密码子使用偏好之间的正相关关系已被广泛报道。传统观点认为，对翻译速率和翻译准确性的自然选择导致了这一相关关系。然而，另一种可能的机制——密码子使用偏好对mRNA水平的调控作用却被长期忽略。 中国科学院遗传与发育生
北大，中科院最新Nature子刊揭示miRNA的新调控作用
生物通报道：中科院遗传与发育生物学研究所，北京大学生科院的研究人员发现了一个单子叶植物所特有的、受RSV侵染抑制的水稻负调控抗病因子miR528，这项研究揭示了miR528及其调控的靶基因在水稻与病毒相互作用过程中的抗病机制。 这一研究成果公布在Nature Plants杂志上，文章的通讯作者
组蛋白修饰分工调控基因表达水平和基因表达噪音
基因表达过程依赖于转录因子、染色质调控因子和染色质等生物大分子在布朗运动过程中的随机碰撞，因此，即使是基因型和分化类型完全相同的细胞在相同环境下也存在基因表达的差异，被称为基因表达噪音。研究基因表达噪音，对研究干细胞增殖分化、个体发育、病原菌的抗药性以及农作物的稳产有着重要的意义，而其在人类早期
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验 实验步骤 一、引言 蛋 白 质 翻 译 后 修 饰 (P T
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验
蛋白质翻译后修饰 (PTM) 在细胞生物调节中发挥着基本作用。PTM 是 mRNA 翻译后蛋白质的酶促共价化学修饰。蛋白质化学修饰非常重要，因为它们会潜在地改变蛋白质的物理或化学性质、组成、活性、细胞定位或稳定性。实际上，在氨基酸或蛋白质的 N 端或 C 端加入或移除化学基团会导致大部分蛋白质发生变
关于翻译后修饰的蛋白质的基本介绍
前体蛋白是没有活性的，常常要进行一个系列的翻译后加工，才能成为具有功能的成熟蛋白。加工的类型是多种多样的，一般分为以下几种：N-端fMet或Met的切除、二硫键的形成、化学修饰和剪切。当合成蛋白质时，20种不同的氨基酸会组合成为蛋白质。蛋白质的翻译后蛋白质其他的生物化学官能团（如醋酸盐、磷酸盐、
一文了解afp甲胎蛋白
甲胎蛋白（AFP）是一种糖蛋白，它属于白蛋白家族，主要由胎儿肝细胞及卵黄囊合成。甲胎蛋白在胎儿血液循环中具有较高的浓度，出生后则下降，至生后2～3月甲胎蛋白基本被白蛋白替代，血液中较难检出，故在成人血清中含量极低。甲胎蛋白具有很多重要的生理功能，包括运输功能、作为生长调节因子的双向调节功能、免疫
研究揭示水稻miR528积累的精细调控和抗RSV病毒机制
miRNA是调控植物生长、发育及环境适应性的一类重要转录后调节因子。中国科学院遗传与发育生物学研究所曹晓风研究组早期通过对水稻miRNA加工关键酶OsDCL1蛋白的研究，鉴定到了一系列重要的水稻miRNA成员（Liu et al., Plant Physiology, 2005）。其中，miR
蛋白质生物合成的调控
生物体内蛋白质合成的速度，主要在转录水平上，其次在翻译过程中进行调节控制。它受性别、激素、细胞周期、生长发育、健康状况和生存环境等多种因素及参与蛋白质合成的众多的生化物质变化的影响。由于原核生物的翻译与转录通常是偶联在一起的，且其mRNA的寿命短，因而蛋白质合成的速度主要由转录的速度决定。弱化作用是
小G蛋白的调控功能介绍
小G蛋白：近年来研究发现小G蛋白，特别是一些原癌基因表达产物有着广泛的调节功能。Ras蛋白主要参与细胞增殖和信号转导；Rho蛋白对细胞骨架网络的构成发挥调节作用；Rab蛋白则参与调控细胞内膜交通（membrane traffic）。此外，Rho和Rab亚家庭可能分别参与淋巴细胞极化（polariza
蛋白质生物合成的调控
生物体内蛋白质合成的速度,主要在转录水平上,其次在翻译过程中进行调节控制。它受性别、激素、细胞周期、生长发育、健康状况和生存环境等多种因素及参与蛋白质合成的众多的生化物质变化的影响。由于原核生物的翻译与转录通常是偶联在一起的,且其mRNA的寿命短,因而蛋白质合成的速度主要由转录的速度决定。弱化作用是
GTP结合蛋白的调控作用介绍
G蛋白在信号转导过程中起着分子开关的作用。与GDP（紫色）结合后，G蛋白处于非活性状态。GTP取代GDP后，G蛋白活化并传递信号。G蛋白形式多样，大多数用于信号传递，有些则在诸如蛋白质合成中起重要作用。本文主要介绍异三聚体G蛋白，它由三条不同的链组成，分别为α（棕黄色）β（蓝色）γ（绿色）。红色部分
简述蛋白质合成的调控
生物体内蛋白质合成的速度,主要在转录水平上,其次在翻译过程中进行调节控制。它受性别、激素、细胞周期、生长发育、健康状况和生存环境等多种因素及参与蛋白质合成的众多的生化物质变化的影响。由于原核生物的翻译与转录通常是偶联在一起的,且其mRNA的寿命短,因而蛋白质合成的速度主要由转录的速度决定。弱化作
研究揭示G蛋白选择调控机制
中国科学院上海药物研究所吴蓓丽、赵强研究团队与中国科学院生物物理研究所孙飞、澳大利亚莫纳什大学Denise Wootten研究团队合作，在G蛋白偶联受体（GPCR）结构与功能研究领域取得突破性进展：解析了人源胰高血糖素受体（GCGR）分别与激活型G蛋白（Gs）和抑制型G蛋白（Gi）结合的复合物三
基因表达的翻译后调控的简介
翻译后修饰（PTM）是对蛋白质的共价修饰。像RNA剪接一样,它们有助于使蛋白质组更加丰富多样。这些修饰通常由酶催化。此外,诸如氨基酸侧链残基的共价添加这样的修饰过程通常可以被其它酶逆转。但蛋白水解酶对蛋白质骨架的水解切割是不可逆转的。PTM在细胞中发挥着许多重要作用。例如,磷酸化主要涉及激活和失
遗传发育所等在表观遗传调控水稻转座子活性方面获进展
转座元件是指在基因组中能够移动或复制并重新整合到基因组新位点的DNA片段，它们对动植物基因组的组成、进化和基因表达具有重要影响。而在宿主基因组中，如果失去对转座元件的有效抑制，这些元件将对基因表达和基因组的稳定性构成影响。水稻是主要的粮食作物同时也是重要的单子叶模式植物，其中
中外学者合作Cell子刊解析蛋白翻译后修饰
来自密西根大学，中科院上海药物研究所，芝加哥大学等处的研究人员发表了题为“SIRT5-Mediated Lysine Desuccinylation Impacts Diverse Metabolic Pathways”的文章，首次在哺乳动物细胞中对去乙酰化调控酶Sirt5调控的琥珀酰底
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验（五）
六、CID、ECD和 ETD的对比 基于质谱的蛋白质组学分析依赖于气相中肽段在低碰撞能量下断裂, 在质量谱图中形成峰。进而通过峰图确定肽段序列，再推断出相关蛋白质。完成肽段断裂最主要的方法就是碰撞诱导解离（collision induced dissociation，C I
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验3
三、蛋白质的硝化修饰酪氨酸、色氨酸、甲硫氨酸、半胱氨酸侧链的硝化与亚硝化作用构成了蛋白质硝化PT M 的主要部分。这些加成反应由发育、氧化应激及衰老过程中产生的活性氮介导。活性氮的增加是由一氧化氮和活性氧的过度反应或调控紊乱造成的（Yeo et al.，2008)。活性氮和活性氧能够靶向于DNA、脂
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验4
五、质 谱 分 析质谱仪器的多种设计和配置都支持蛋白质组的动态性质及其相关 P T M 的研究工作 。对 鉴 定 PTM 而言，质谱仪的最重要的两个特征（feature) 就是其质量准确度和分辨率 。与蛋白质鉴定不同 (其通常是基于鉴定同一蛋白质中的多个独立肽段)P T M 必须通过单独的 MS/M
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验5
六、CID、ECD和 ETD的对比基于质谱的蛋白质组学分析依赖于气相中肽段在低碰撞能量下断裂, 在质量谱图中形成峰。进而通过峰图确定肽段序列，再推断出相关蛋白质。完成肽段断裂最主要的方法就是碰撞诱导解离（collision induced dissociation，C I D ) ( S w a n
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验6
七、P T M 的定量分析当研究 P T M 的生物学意义时，如能了解一个特定修饰或一组P T M 的相对或绝对丰度通常会有帮助。这样可以将不同的生物样品间的目的修饰进行直接比较。例如, 将正常与疾病状态下细胞或组织内某一 P T M 的丰度进行比较。定量分析这些变化能够帮助深人了解 P T M 在
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验6
七、P T M 的定量分析 当研究 P T M 的生物学意义时，如能了解一个特定修饰或一组P T M 的相对或绝对丰度通常会有帮助。这样可以将不同的生物样品间的目的修饰进行直接比较。例如, 将正常与疾病状态下细胞或组织内某一 P T M 的丰度进行比较。定量分析这些变化能够帮助
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验（五）
六、CID、ECD和 ETD的对比基于质谱的蛋白质组学分析依赖于气相中肽段在低碰撞能量下断裂, 在质量谱图中形成峰。进而通过峰图确定肽段序列，再推断出相关蛋白质。完成肽段断裂最主要的方法就是碰撞诱导解离（collision induced dissociation，C I D ) ( S w
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验2
二、用 于 鉴 定 P T M 的富 集 技 术2.1 磷酸化丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸残基的可逆磷酸化也许是研究最为深人的 PT M 。蛋白质磷酸化信号网络介导细胞对与不同的应激因子、生长因子、细胞因子以及细胞间相互作用作出响应。憐酸化还影响多种细胞进程，如增殖、凋亡 、迁移 、转录和蛋白质翻译（W
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验（四）
三、蛋白质的硝化修饰酪氨酸、色氨酸、甲硫氨酸、半胱氨酸侧链的硝化与亚硝化作用构成了蛋白质硝化PT M 的主要部分。这些加成反应由发育、氧化应激及衰老过程中产生的活性氮介导。活性氮的增加是由一氧化氮和活性氧的过度反应或调控紊乱造成的（Yeo et al.，2008)。活性氮和活性氧能够靶向于D
翻译全局控制改善外源蛋白质的折叠效率
近日，华南理工大学林影教授和暨南大学张弓教授的团队在Biotechnology for Biofuels杂志（生物工程类一区）上发表文章，使用翻译全局控制方法，改善外源蛋白质在毕赤酵母中表达的折叠效率，有效提高活性蛋白质产量。据悉，这是翻译组调控在真核生物细胞工厂底盘细胞中的首次成功应用，极大地
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验（三）
2.2 糖基化糖 基 化 是 一 种 常 见 的 P T M , 并 且 已 经 证 明 能 够 影 响 酶 的 活 性 、蛋 白 质 定 位 、稳 定 性 、信 号 转 导 、细 胞 黏 附 和 蛋 白 质 相 互 作 用 (Spiro, 2002k 目 前 已 经 发 现 在 肿 瘤 恶