基于最大频繁序列的蛋白质分类算法
摘要 针对现有基于频繁模式的分类算法未考虑完全频繁模式所产生的大量无效序列, 提出了一种基于最大频繁序列的蛋白质分类算法, 此算法每一类都以独有的最大频繁式作为代表, 执行模式裁减和测试数据分类实验表明该算法在继承传统算法优点的同时提高了结果的精确度, 降低了模式的冗余度, 此应用增加了分类的仁物信息学意义。点击这里进入下载页面:进入下载页面......阅读全文
标准核酸序列的分类
标准核酸序列可分为植物来源、动物来源、微生物来源及重组生物制品的鉴别或鉴定用标准核酸序列等。 1.植物来源 植物来源的标准核酸序列系指用种属来源明确的植物样本按DNA测序技术指导原则测定得到的标准序列,可用于植物来源的物种如中药材、中药饮片或提取物等的原植物鉴别或鉴定。 2.动物来源 动
基因序列仪的分类介绍
根据电泳类型分为平板型电泳和毛细管电泳两类:1. 平板型电泳:平板型电泳的凝胶灌制在两块玻璃板中,聚合后厚度一般小于0.4mm或更薄,因此又称为超薄片层凝胶电泳。是经典的电泳技术,具有样品判读序列长(600-900bp)、一块凝胶板上可同时进行多个样品测序的优点。2. 毛细管电泳:将凝胶高分子聚合物
核酸和蛋白质序列分析1
在获得一个基因序列后,需要对其进行生物信息学分析,从中尽量发掘信息,从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子/外显子分析、ORF分析、表达谱分析等,能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等,识别调控区的顺式作用元件,可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本
核酸和蛋白质序列分析2
(2)输出:除了以文本形式外,还可以通过JalView显示和编辑结果。此外,还可以另外使用GeneDoc(常见于文献)及DNAStar软件等显示结果。多序列比对的结果还用于进一步绘制进化树。3、ORF(Open Reading Frame)分析从核酸序列翻译得到蛋白质序列,需要进行ORF分析,每个生
蛋白质序列分析和结构预测
【实验目的】 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法; 2、熟悉蛋白质基本性质分析; 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测; 4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】 1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(ad
蛋白质序列分析和结构预测
【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;2、熟悉蛋白质基本性质分析;3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)
前导序列
中文名前导序列外文名leader sequence前导序列是结构基因中编码区之前的一段序列,这部分序列能被转录,但不被翻译,在mRNA是从5′端起至结构基因第一编码子开始点(通常 AUG)为止,在蛋白质合成过程中不被翻译。
蛋白质序列分析和结构预测实验
实验步骤 1. 人脂联素蛋白质序列的检索(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);(2)在Search后的选择栏中选择protein;(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;
蛋白质序列分析和结构预测实验
实验步骤1. 人脂联素蛋白质序列的检索(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);(2)在Search后的选择栏中选择protein;(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;(
蛋白质序列分析和结构预测实验
蛋白质序列分析和结构预测实验 实验步骤 1. 人脂联素蛋白质序列的检索(1)调用Internet浏览器并在其
核酸序列分析
【实验目的】1、 掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤;2、 掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析;3、 熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析(内含子/外显子分析);4、 了解基因的电子表达谱分析。【实验原理】针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因,找出基因的位置和
预测蛋白质序列的新AI模型问世
瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能(AI)驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列,有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内的多个领域带来重大进展。这一成果发表在最新一期《自然·通讯》杂志上。CARBonAra是在一个包含约370000个
预测蛋白质序列的新AI模型问世
瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能(AI)驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列,有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内的多个领域带来重大进展。这一成果发表在最新一期《自然·通讯》杂志上。CARBonAra是在一个包含约370000个
预测蛋白质序列的新AI模型问世
瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能(AI)驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列,有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内的多个领域带来重大进展。这一成果发表在最新一期《自然·通讯》杂志上。使用CARBonAra进行序列预测(示意图
N-端封闭蛋白质内部序列测定实验
实验方法原理 实验材料 蛋白质样品(约 200 mol)试剂、试剂盒 1%乙酸溶液(含丽春红 S 染料)1% 乙酸0.2 mol/L NaOH0.1 mol/L 乙酸溶液(含PVP-40) 消化缓冲液 1 mg/ml 胰蛋白酶层析溶液 A 层析溶液 B仪器、耗材 0.22 μm 硝酸纤维素膜酸洗过的
N-端封闭蛋白质内部序列测定实验
基本方案 实验方法原理 实验材料 蛋白质样品(约 200 mol)
N-端封闭蛋白质内部序列测定实验
实验材料蛋白质样品(约 200 mol) 试剂、试剂盒1%乙酸溶液(含丽春红 S 染料)1% 乙酸0.2 mol/L NaOH0.1 mol/L 乙酸溶液(含PVP-40)消化缓冲液1 mg/ml 胰蛋白酶层析溶液 A层析溶液 B仪器、耗材0.22 μm 硝酸纤维素膜酸洗过的玻璃/Petri 培养皿
预测蛋白质序列的新AI模型问世
使用CARBonAra进行序列预测(示意图)。图片来源:瑞士洛桑联邦理工学院科技日报北京8月8日电 (记者张佳欣)瑞士洛桑联邦理工学院开发了一种名为CARBonAra的新型人工智能(AI)驱动模型。该模型可以根据不同分子环境所施加限制的主链支架预测蛋白质序列,有望在蛋白质工程及包括医学和生物技术在内
设计引物用cds序列和cdna序列的区别
cDNA和mRNA的序列是互补的,如果用两个引物,最后的两条DNA序列分别对应于mRNA和cDNA中的一段。由于引物方向从5‘至3’,所以两个引物对应于mRNA和cDNA中相应序列即可。
冲激序列信号与阶跃序列信号各有什么特性
单位脉冲序列只在n=0 处有一个单位值1,其余点上皆为0;单位阶跃序列只有在n>=0时,才取非零值1,当n
DNA微序列技术
· Protocols for Making Drosophila Arrays (Stanford U.)Detailed protocol for making arrays including PCR Amplification of cDNAs for Printing,
DNA-序列分析技术
试剂、试剂盒 琼脂糖TE 水饱和酚无水乙醇70%乙醇TEMED测序酶溴化乙锭仪器、耗材 电泳仪离心管离心机冰浴箱恒温板DNA 测序仪
序列排比额概念
中文名称序列排比英文名称sequence alignment定 义核酸或蛋白质序列的比较分析法。将序列之间的相同和不同部分排列出来,由此显示序列间的相关性或同源性程度。常借助计算机软件进行分析。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),方法与技术(二级学科)
信号序列的概念
信号序列是引导蛋白质定向转移的线性序列,通常有16-26个氨基酸残基,对所引导的蛋白质没有特异性要求。
SD序列的作用
SD序列的作用是与16S rRNA的3'端上一段富含嘧啶的序列结合,小亚基16S rRNA的3'端的这个小片段就被称为反SD序列。当mRNA中的SD序列于16S rRNA上的反SD序列结合后,就指示了下游的AUG,即是蛋白质合成的起始密码子。
什么是回文序列?
遗传学上讲的回文序列指的是双链DNA或RNA分子中的特定的核苷酸片段,该片段在其中一条链上按5'到3'读取的序列与其互补链上按相同的5'到3'读取的序列一致。回文序列的单链DNA或RNA,存在对称中心,对称中心两侧碱基关于该对称中心对称,可形成互补。故回文序列能够形成
核心序列的概念
中文名称核心序列英文名称core sequence定 义重复序列共有的核苷酸序列。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)
转化序列的概念
中文名称转化序列英文名称transforming sequence定 义起变化作用的基因或序列。应用学科遗传学(一级学科),发育遗传学(二级学科)
同位序列的概念
同位序列(Homeobox)或称同源异型盒,是某些影响动物、真菌及植物发育的基因所拥有的一段DNA序列,拥有homeobox的基因称作homeobox基因,统称homeobox基因家族。同源异形盒模体在进化中广泛存在。其重要意义是通过同源异形盒探针与很多真核的基因组进行杂交而获得。在蛙,小鼠和人的D
RGD序列的定义
RGD序列由精氨酸、甘氨酸和天冬氨酸组成,存在于多种细胞外基质中,可与11种整合素特异性结合,能有效地促进细胞对生物材料的粘附。