llumina高通量测序平台的应用(二)
3、可逆化学阻断技术测序 利用边合成边测序(Sequencing by synthesis)的原理,加入改造过的DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP。这些核苷酸是“可逆终止子”,因为3’羟基末端带有可化学切割的部分,每个循环它只容许掺入单个碱基。去除其他多余的dNTP后,用激光扫描反应板表面,读取每条模板序列第一轮反应所聚合上去的核苷酸种类。随后将这些基团化学切割,恢复3’端粘性,继续聚合第二个核苷酸。如此循环,直到每条模板序列都完全被聚合为双链。统计每轮收集到的荧光信号,就可得知每个模板DNA片段的序列。 4、 数据分析 自动读取碱基,数据被转移到自动分析通道进行二次分析。&nb......阅读全文
llumina高通量测序平台的应用(二)
3、可逆化学阻断技术测序 利用边合成边测序(Sequencing by synthesis)的原理,加入改造过的DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP。这些核苷酸是“可逆终止子”,因为3’羟基末端带有可化学切割的部分,每个循环它只容许掺入单个碱基。去除其他多余的dNTP后,用激光扫描
llumina高通量测序平台的应用
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其ZL核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收
llumina高通量测序平台的应用
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其ZL核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收
llumina高通量测序平台的应用(一)
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其ZL核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了
单细胞多组学高通量测序平台(二)
虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出,但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞,早期的技术代表F
罗氏454高通量测序平台的特点及应用
Genome Sequencer FLX (GS FLX)系统是罗氏454 公司的第二代测序台,GS FLX的命名正是来源于其在多领域的灵活(flexible)应用。随着该系统性能和应用领域的不断提升和扩展,必将带动整个测序领域的技术发展,对大规模基因序列研究的相关应用领域产生巨大的推动作用。美吉生
高通量测序平台发展及在临床分子诊断中的应用
自2000年人类基因组计划完成,测序技术得到了快速的发展。在美国ABI公司基于末端终止法的第一代测序基础上,各大公司相继推出了不同的NGS测序平台。核酸(DNA和RNA)测序技术的发展推动了医学对遗传病分子特征的认识。以揭示疾病分子特征为目的的高通量测序,即下一代测序(next generati
高通量测序技术的应用
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行重头测序(de novosequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析
随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析
随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以
单细胞多组学高通量测序平台(一)
一单细胞多组学高通量测序技术简介通过测序手段检测细胞多层次信息,如基因组、表观组、转录组甚至蛋白组已经成为生物学研究的重要手段。几乎一切生命体的活动都围绕着DNA->RNA->蛋白质的过程,而现有的组学技术也围绕这一过程获取信息(如DNA层面的基因序列),从而解读生物体运行机制,应用于疾病的诊断和治
高通量测序平台及其性能参数介绍
Roche 454、Illumina、Solexa和ABI SOLiD为主的三个测序平台,目前最主流的二代测序平台是 Illumina 所生产的测序仪,包括 MiSeq 系列、 HiSeq 系列、 NextSeq系列等。另外的还包括罗氏公司的 454 测序仪(目前已关闭)、华大基因的 BGI-C
高通量测序的应用及前景
一、高通量测序的应用 高通量测序可以帮助研究者跨过文库构建这一实验步骤,避免了亚克隆过程中引入的偏差。 依靠后期强大的生物信息学分析能力,对照一个参比基因组(reference genome)高通量测序技术可以非常轻松完成基因组重测序(re-sequence),2007年van Orsouw
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析-6
应用WGS正在成为NGS中最广泛的应用。通过该技术并且结合生物学应用,研究人员可以获得基因组信息中最值得注意的信息73。举例来说,2012年,Ellis等报道了基因与乳腺癌患者芳香酶抑制剂(aromatase inhibitor)治疗法之间的关联。他们指出突变,后果与诊断之间的关联,同样还有
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析-3
边合成边测序:SNA(454,Ion Torrent)与CRT不同的是,SNA方法依赖于单信号标记dNTP来对链进行延伸。四种核糖核酸都必须反复添加到测序反应过程中。不仅如此,SNA不需要将dNTP屏蔽,因为测序反应过程中下一个碱基的缺失会阻止链的延伸。碱基的寡聚体则是一个例外,在这种情况下,信号的
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析-4
表一:NGS平台概述。单分子长读长测序(PacBio和ONT)最近这段时间,最常用的长读长测序法平台就是使用PacBio Biosciences(PacBio)57的单分子实时测序法(single-molecule real-time sequencing, SMRT)(图5a)。该设备使用
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析-5
图5: 长读长实时测序原理。长reads的合成与真正测序的平台不同的是,合成长读长技术依赖于一个barcode系统来结合不同的片段,通过已有的短读长测序仪来获得长读长reads61。该方法将大的DNA分子分割成若干个小片段到微孔中或者乳液中。每个微孔或者乳液中的模板被切割并且加上了barcodes。
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析-2
边连接边测序(SOLiD和Complete Genomics)从根本上来说,SBL法包含了杂交和对标记的探针的连接15。探针包含了一到两个特定碱基序列和一系列通用序列,这可以使得探针与模板之间进行互补配对。锚定的片段则包含一段已知的和接头互补的序列用于提供连接位点。连接之后,模板被系统进行测序反应1
高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析-1
随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以
高通量测序的技术应用的介绍
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novosequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测
关于高通量测序的技术应用介绍
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展,科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重
高通量测序技术——第二代测序技术
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(de
九大测序平台对比(二)
2.454企业: Roche推出时间: 2005年主流型号: Genome Sequencer FLX Titanium(2008年推出)样品要求: 5 μg of DNA,浓度≥300 ng/μL测序原理:焦磷酸测序在测序时,使用了一种叫做“Pico TiterPlate”(PTP)的平板,它
九大测序平台对比(二)
Helicos企业: Helicos Biosciences推出时间: 2008年主流型号: HeliScope™ Single Molecule Sequencer(2008年推出)样品要求: 1-3 μg,起始DNA体积不超过100 μL.测序原理: 边合成边测序,可逆阻断测序待测DNA被随机打
高通量测序技术技术的应用及前景
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称
高通量测序技术技术的应用及前景
高通量测序技术技术的应用及前景 (作者:生物芯片上海国家工程研究中心 滕晓坤, 肖华胜) 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划
高通量测序技术技术的应用及前景
高通量测序技术技术的应用及前景 (作者:生物芯片上海国家工程研究中心 滕晓坤, 肖华胜) 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划
高通量测序技术应用发展现状
根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等,主要有以下几种:大规模平行签名测序(MassivelyParallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆(Polony Sequencing)、454焦磷酸测序(454 pyrosequencing)、Illumina
高通量测序
高通量测序技术又称“下一代”测序技术,以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序包括:大规模平行签名测序、聚合酶克隆、454焦磷酸测序、离子半导体测序和DNA 纳米球测序等技术。 高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DN
不同平台的二代测序技术
二代测序技术基于大规模平行测序技术(massive parallel analysis,MPS),它能同时完成测序模板互补链的合成和序列数据的获取。主要可以分成Roche 454焦磷酸测序、Illumina Solexa合成测序和ABI SOLiD连接法测序。 (1)Roche 454焦磷酸测