DNA测序技术的现状和发展（十一）
2.1.2 短片段作图软件Maq和Bowtie（见表16）都属于上述提及的程序。它们使用的是一种称作“建立索引（indexing）”的策略。同时，人们也对大量的DNA序列建立了一份索引，借助这份索引就能快速地找到其中的短DNA片段了。Maq软件是基于一种直接的但是很有效的策略——空位种子片段索引法（spaced seed indexing）（图12a）。它将一个短片段（read）分成了4条长度相等的更短的片段——种子片段（seed）。如果整段短小片段（read）可以与参考基因组序列完全配对，那么很显然所有的种子片段（seed）也理所应当地应该与参考基因组序列完全配对。但如果其中有一处错配，例如SNP，那么肯定有一条种子片段无法与参考基因组序列完全匹配。依次类推，如果出现了两处错配就会导致一条或两条种子片段无法与参考基因组序列完全匹配。因此，对所有种子片段两两组合后的片段（共有6种组合方式）进行比对，就有可能找出该短小片段......阅读全文
DNA测序技术的现状和发展（十一）
2.1.2 短片段作图软件Maq和Bowtie（见表16）都属于上述提及的程序。它们使用的是一种称作“建立索引（indexing）”的策略。同时，人们也对大量的DNA序列建立了一份索引，借助这份索引就能快速地找到其中的短DNA片段了。Maq软件是基于一种直接的但是很有效的策略——空位种子片段索引法（
DNA测序技术的现状和发展（四）
1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过，由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性，因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法（isothermal）。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增
DNA测序技术的现状和发展（七）
3. 新一代测序技术的前景在2007年6月，James Watson的基因组序列登录到了GenBank数据库当中，这是第一次使用非Sanger测序法获得了人类个体基因组序列，并且第一次将个人基因组序列公之于众。整个测序过程在两个月之内就完成了，花费不到100万美元，这只占耗时10年之久的人类
DNA测序技术的现状和发展（一）
一、我们将如何应对海量的基因信息新一代测序技术带给人们大量遗传信息的同时，却成为限制其广泛应用的一个障碍。1980年，英国生物化学家Frederick Sanger与美国生物化学家Walter Gilbert建立了DNA测序技术并获得诺贝尔化学奖，至今已有近三十年了。在这三十年，DNA测序技
DNA测序技术的现状和发展（五）
1.3 AB SOLiD测序仪AB SOLiD测序仪可以对由任何方法制成的DNA文库进行测序。AB SOLiD测序仪有一个极大的特点就是能够将富集模板片段的微珠在芯片上进行高度可控的任意排列。AB SOLiD测序仪也是使用如图5a中所示的微乳液PCR方法扩增模板片段的，不过，它这里使用的
DNA测序技术的现状和发展（八）
虽然这些最初的纳米孔实验并没有获得预期结果，但它们至少显示出纳米孔在单分子技术方面的应用优势，例如高度的敏感性，同时也带动了纳米孔核酸分析技术的研究热潮，并在理论及实验方面取得了一些成果。自从发现在电场力作用下，长达1000个碱基的单链DNA分子也能通过纳米孔之后，人们就更加坚信， 廉价的纳米孔
DNA测序技术的现状和发展（六）
2. 用于处理新一代测序技术数据的软件和标准各种新一代测序仪的飞速发展面临着一个极其重要的问题，那就是生物信息学问题，这些问题包括序列质量评分（sequence quality scoring）问题、序列比对问题、序列组装问题、数据发布问题等。下面将逐个进行讨论。2.1 序列质量问题目前，序列质量评
DNA测序技术的现状和发展（十）
五、更多阅读1. 核糖体印记与深度测序技术将核糖体图谱（ribosome profiling）和深度测序（deep sequencing）相结合，研究人员可以从基因组水平监测蛋白质的翻译状况。深度测序的强大功能对生物学研究的各个领域都产生了极大的影响。在诸如全基因组测序等方面，新技术的高效性和经济性
DNA测序技术的现状和发展（二）
三、新一代DNA测序技术DNA测序技术已广泛应用于生物学研究的各个领域，很多生物学问题都可以借助高通量DNA测序技术予以解决。过去三年，大规模平行 测序平台（massively parallel DNA sequencing platform）已经发展为主流的测序技术，这项测序技术的出现不仅
DNA测序技术的现状和发展（三）
1.1.1 摩尔定律对454测序仪的影响454测序仪的迅猛发展不是因为我们想要Sanger测序仪小型化，而是因为新型奔腾芯片的出现以及摩尔定律法则给我们带来的希望。很明显，常规的人类基因测序项目会对我们处理测序技术的能力提出更高要求，这与我们对计算机处理能力的要求是一样的。不过，只有将计算机的电子管