多重序列比对及系统发生树的构建实验(二)

2. 文件outfile改为infile。点击DNADIST程序。选项M是输入刚才设置的republicate的数目,输入D选择data sets,输入200。设置好条件后,输入Y确认参数。程序开始运行,并在EXE文件夹中产生outfile,部分内容如下:将outfile文件名改为infile,为避免与原先infile文件重复,将原先文件名改为infile1。 3. EXE文件夹中选择通过距离矩阵推测进化树的算法,点击NEIGHBOR程序。输入M更改参数,输入D选择data sets。输入200。输入奇数种子3。输Y确认参数。程序开始运行,并在EXE文件夹中产生outfile和outtree两个结果输出。outtree文件是一个树文件,可以用treeview等软件打开。outfile是一个分析结果的输出报告,包括了树和其他一些分析报告,可以用记事本直接打开。部分内容如下:4. 将EX......阅读全文

蛋白质氨基端及羧基端序列分析实验

方案1 两相柱测序仪的样品上样实验 方案2 将蛋白质从凝胶电转移至 PVDF 膜实验 方案3 检测 PVDF 膜上的蛋白质实验 方案4 浓缩聚丙烯酰胺凝胶上的蛋白质点实验 方案5 磷酸化多肽的固相微量测序实验 方案6 羧基端序列分

蛋白质氨基端及羧基端序列分析实验

方案1 两相柱测序仪的样品上样实验实验材料样品溶液试剂、试剂盒甲醇(HPLC级)三氟乙酸(TFA)仪器、耗材双向测序柱(Agilent)氮气供应设备聚丙烯试管样品加样器上样漏斗实验步骤一、浸润层析柱1.将准备好的两相柱的亲水段(凸向接头)移开,放在一边。2.将柱的疏水段(凹向接头)和上样漏斗装配在一

VOC在线监测系统到底有多重要?

VOC在线监测系统到底有多重要?对人们的生产生活到底有哪些影响?长期居住在vocs污染的室内,可引起慢性中毒,损害肝脏和神经系统、引起全身无力、瞌睡、皮肤瘙痒等。有的还可能引起内分泌失调、影响性功能;苯和二甲苯还能损害系统,以至引发白血病。vocs对儿童健康的影响经国外医学研究在证实,生活在vocs

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重磅|华大智造首度公开旗下测序仪文库构建核心序列

  2018年9月8日,在华大基因集团19周年庆前夕,华大智造首次向业内公开华大智造测序仪文库构建核心序列,致敬华大基因集团。华大智造成立于2016年,一直致力于研发和生产基因测序设备。如行业内小伙伴们所知,华大智造已拥有四款高通量测序仪——BGISEQ-500、BGISEQ-50、MGISEQ-2

BMC-System-Biology发布超大规模进化树构建软件

  中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台,利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合,相

科学家开发出BEST技术来构建酵母细胞家族树

  在利用四分体分析技术进行遗传研究中,酿酒酵母是被广泛使用的有机体之一。两个亲代酵母之间的交配产生四个子代酵母或者说孢子,这四个子代酵母粘连在一起,因而被称作四分体。为了在遗传上分析这些子代酵母,人们需要在物理上将每个四分体中的四个孢子分离开。当前的分离方法相当费时费力,而且75年以来,基本上都没

国际标准ISO-TR22335实验比对

为了制定"技术报告"类国际标准ISO TR22335,2005年2月ISO/TC201技术委员会委托美国国家标准学会负责召集工作小组,小组成员由中国、匈牙利、日本、英国、美国、瑞士、韩国、菲律宾、俄罗斯等9个国家组成,中国等3个国家的6个实验室参加了实验比对,其中清华大学分析中心扫描俄歇电子能谱仪测

比对实验,你离标准动作还差多少?

  一. 实验室比对的管理要求   1.实验室应根据年度质量控制计划的需要制定用于内部质量控制的比对试验计划。   2.实验室用于内部质量控制的比对试验计划中,应明确各项比对试验的检测项目、比对形式、参加人员、预计日期、结果评价准则、不满意结果的处置要求等内容。   3.进行比对试验时,

实验室间比对和能力验证程序

l. 目的 定期开展实验室之间比对和能力验证活动,综合考察实验室检测能力或者为无法溯源的检测设备提供测量结果可靠证据。 对参加实验室间比对和能力验证活动进行控制管理,以确保实验室检测数据的可靠性和有效性。 2. 适用范围 适用于本中心各专业检测室参加实验室间比对及验证等外部质量控制活动的组织、实施和

华南植物园等完成麻疯树基因组组装及高密度遗传图谱构建

  麻疯树(Jatropha curcas L.)为大戟科木本油料植物,是生产生物柴油的重要能源植物之一。  中国科学院华南植物园研究员吴国江团队联合国内多家单位完成了麻疯树全基因组测序和组装,组装基因组大小为320.5 Mbp,在基因组中共发现了27,172个蛋白编码基因。另外研究人员构建了以麻疯

Tutorial-II:构建中心切割及全二维液相色谱系统(2DLC)

  Tutorial II:构建中心切割及全二维液相色谱系统(2D-LC)的理论背景和实践方法  Tutorial II:Theoretical background and practical method set‐up for comprehensive and heart‐cutting tw

桃仁树的形态特征及分布范围

  形态特征  花单生,先叶开放;萼片5,外面被毛;花瓣5,淡红色,稀白色;雄蕊多数,短于花瓣;心皮1,稀2,有毛。核果肉质,多汁,心状卵形至椭圆形,1侧有纵沟,表面具短柔毛;果核坚硬,木质,扁卵圆形,顶端渐尖,表面具不规则的深槽及窝孔。种子1粒。花期4月,果期5~9月。  【采制】 果实成熟后收集

没药树的形态特征及分布范围

  形态特征  低矮灌木或乔木,高3米。树干粗,具多数不规则尖刺状的粗枝。树皮薄,光滑,小片状剥落,淡橙棕色,后来灰色。叶散生或丛生,单叶或3出复叶,柄短,小叶倒长卵形或倒披针形,中央一片长7-18毫米,宽4-8毫米,远较两侧一对大,钝头,全缘或于末端稍具锯齿。  小叶全缘或具齿,托叶有或无。圆锥花

PK120-的纯化及肽段氨基酸序列分析实验

实验材料PK-120试剂、试剂盒Q-Sepharose 树脂S-Sepharose 树脂Hudroxyapatite 羟基磷灰石Sephacryl S-200 凝胶赖氨酸内切酶乙腈三氯醋酸仪器、耗材Applied Biosystems model 477A 气相蛋白质测定仪Applied Biosy

PK120-的纯化及肽段氨基酸序列分析实验

实验方法原理 实验材料 PK-120试剂、试剂盒 Q-Sepharose 树脂S-Sepharose 树脂Hudroxyapatite 羟基磷灰石Sephacryl S-200 凝胶赖氨酸内切酶乙腈三氯醋酸仪器、耗材 Applied Biosystems model 477A 气相蛋白质测定仪A

PK120-的纯化及肽段氨基酸序列分析实验

基本方案             实验方法原理 实验材料 PK-120

兔的外形及解剖实验(二)

三、消化系统 处死实验动物:将兔置于解剖盘内或实验室的地面上,在耳缘静脉处插入针头,注射进10mL空气,几分钟内兔即可死亡。注意从耳缘静脉的远端开始注射。也可以用乙醚熏或断颈法处死活兔。 解剖:取断颈处死的兔,仰置于解剖盘中。用线绳固定四肢,用棉花蘸清水润湿腹部正中线的毛,然后自生殖器开口稍前方处,

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

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  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

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  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

关键基因组被破解有望加速苹果矮化品种选育

目前占我国苹果产量70%上的主栽品种“富士”,其实是礼泉短富、“玉华早富”等100余个富士系芽变品种群的总称。这些品种芽变的基因组基础是什么?其广受欢迎的短枝型性状,即就是矮化品种类型是哪个关键基因在起作用?  a.苹果短枝型和标准型形态观察;b.苹果短枝型和标准型MdTCP11基因启动子序列对比;

水稻HAK转运体基因家族的种系特异性扩张和适应性进化

实验概要高亲和力钾离子(high-affinity   K)转运体基因家族是植物中最大的钾离子转运基因家族,在植物的生长发育中起着重要的作用。本研究中通过全基因组搜索,在水稻基因组中发现27个基因编码高亲和力钾离子转运子。通过系统发生树将拟南芥与水稻的HAK转运子基因家族分成4个相互独立的亚族。在单

研究者构建了哺乳动物进化树中的更多分支

  近日,在一项发表在PLOS Biology杂志上的新研究中,美国耶鲁大学的研究人员公布了一项对物种数据收集和分析方法的全面改革,以构建哺乳动物的生命进化树。该研究的目的是为科学家、动物保护管理者、政策制定者和环保主义者提供关于物种多样性过去与现在关系的更准确更全面的信息。  该研究第一作者、耶鲁

YAC实验——YAC文库构建

YAC带有天然染色体所有的功能元件,包括一个着丝粒,一个DNA复制起点,两个端粒。YAC能够容纳长达几百kb的外源DNA,这是质粒和黏粒办不到的。大片段的插入更有可能包含完整的基因,在染色体步移中每次允许更大的步移距离,同时能够减少完整基因组文库所需的克隆数目。实验步骤1.  尽管当插入片段大于10

安捷伦与华盛顿大学合作构建嵌入式系统教学实验室

  安捷伦科技公司与华盛顿大学联合宣布将展开合作,将行业最新的电子测试设备带到该大学电气工程系实验室。   安捷伦将提供 12 台具有4 个模拟和16个数字通道的电容式触摸屏控制功能的数字示波器,其带宽为350MHz。此次合作将确保为华盛顿大学嵌入式系统教学实验室的学生打造前所未有的非凡体验。

RNA介导的基因沉默实验

实验材料pGEM-T 载体                                                                  DNA 模板                                                          试剂、试剂盒d

RNA介导的基因沉默实验

实验材料pGEM-T 载体DNA 模板试剂、试剂盒dNTP 混合物DNA 聚合酶(Sigma) 及配套缓冲液限制酶仪器、耗材PCR 纯化试剂盒或柱子实验步骤一、筛选目的基因片段的参数1. 序列( 1 ) 构建一个指定的 RNA 沉默载体首先要进行生物信息学分析。根据目的基因对应的已知 cDNA 序列