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随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用短读序列（reads）组装出一个基因组草图，然后通过自动注释标出可能的开放阅读框（open reading frame, ORF）。然而现行的测序平台和自动拼接算法的限制，并不能一次拼接出较长的基因组序列，而是输出数以万计的短碎的contig，这些contig常常缺乏完整的ORF，或者很难对ORF进行预测，甚至对于基因组较小的生物也存在这种问题。因此，想要做到较好的基因组拼接效果，就必须额外进行测序以及更复杂的计算处理。然而即便是这样，拼接结果仍然错误频发。研究报道，当食烷菌（Alcanivorax borkumensis）SK2菌株的......阅读全文
随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略 随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列
在日前举行的第四届中国英文版科技期刊研讨会上，中国科学技术信息研究所发布了《2007年版中国英文版科技期刊引证报告》。根据这一报告提供的数据，中科院北京基因组研究所主办的《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，简称GPB）
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式
11月30日，国际学术期刊《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所系统生物学重点实验室曾嵘研究组与美国范德堡大学定量科学中心石瑜研究组的最新合作研究成果，揭示了稳定同位素化学标
如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE，那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定. 在这里，我们不考虑传统的蛋白鉴定方法，如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析，或者在一个有机体中有意义的基因的过表达. 并不是因为这些方法无效，而是因为它们通常耗
如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE，那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定. 在这里，我们不考虑传统的蛋白鉴定方法，如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析，或者在一个有机体中有意义的基因的过表达. 并不是因为这些方法无效，而是因为它们通常耗时、耗力，
如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE，那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定. 在这里，我们不考虑传统的蛋白鉴定方法，如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析，或者在一个有机体中有意义的基因的过表达. 并不是因为这些方法无效，而是因为它们通常耗时、
暨南大学的研究人员利用翻译组测序(RNC-seq)数据作为稳态细胞内蛋白质的“标准答案”，并另辟蹊径，提出了蛋白水平上的一种简单有效的多算法结果整合策略，不用做额外的实验，零成本轻松提高蛋白质组鉴定数量，同时有效降低假阳性率。 鸟枪法质谱(shotgun mass spectrometry)是
研讨会现场 3月20日至23日，在中国科学院的支持下，由中国科学院昆明动物研究所和台湾成功大学联合主办的海峡两岸“非模式生物进化基因组学”学术研讨会在昆明召开。来自台湾五所大学的11位专家和大陆9个单位的21位专家参加了本次学术研讨会。 参会专家围绕会议主题“非模式