原噬菌体denovo预测新算法在南海研究所建立
中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队建立了一种不依赖于噬菌体基因序列相似性的原噬菌体de novo预测新算法，集成分析流程的工具名为Prophage Tracer。9月22日，相关研究成果在线发表在《核酸研究》上。 烈性噬菌体侵染细菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主细胞释放子代噬菌体粒子。温和噬菌体则是进入宿主细胞内，将自身的DNA整合在宿主的基因组中，随着宿主细胞的复制而复制。这一过程称噬菌体的“溶原化”，整合在宿主基因组中的噬菌体DNA称“原噬菌体”（prophage）。特定条件能重新激活原噬菌体使其裂解宿主。研究发现在人、小鼠肠道以及珊瑚微生物组中溶原化的温和噬菌体比裂解状态更普遍。温和噬菌体的溶原-裂解转换是微生物生态领域的重要科学问题之一。 温和噬菌体能和宿主形成长期共生关系，其整合切离等可以破坏或恢复宿主的基因正常功能，是宿主基因表达调控的重要途径。研究团队前期发现，希瓦氏菌的原噬菌体CP4So可以在低温诱导条......阅读全文
全基因组测序确定脑瘤的基因变异
日前，圣犹达儿童研究医院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人员在新研究中鉴别出了一种儿童脑瘤亚型一半以上患者的致病性突变。此外他们还证实这些肿瘤对已经在研发中的一些药物敏感。这项研究论文刊登在了近期出版的《自然-遗传学》（Nature Genet
细菌宿主对温和噬菌体“沉默—激活”机制获揭示
中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队发现细菌宿主H-NS蛋白调控原噬菌体的“沉默—激活”过程的新机制。相关研究3月8日在线发表于《核酸研究》。刘晓晓副研究员为该论文第一作者，王晓雪研究员为论文通讯作者。 噬菌体是海洋中最丰富、最多样化的一类病毒。同其他病毒一样，噬菌体依靠宿主进行生存繁殖
原噬菌体de－novo预测新算法在南海研究所建立
中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队建立了一种不依赖于噬菌体基因序列相似性的原噬菌体de novo预测新算法，集成分析流程的工具名为Prophage Tracer。9月22日，相关研究成果在线发表在《核酸研究》上。 烈性噬菌体侵染细菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主细胞释放子代噬菌体粒子。温和噬
雪貂基因组测序加深人类疾病研究
近日，一个国际研究团队进行了雪貂基因组测序,他们认为这将巩固雪貂作为研究人类呼吸道疾病如流感和囊性纤维化的生物模型。 研究人员检查了雪貂感染大范围流感病毒后基因随着时间推移的不同表达，通过研究囊性纤维化雪貂模型反映了人类疾病的发展。 基因分析中心的合著人Federica Di Palm
细菌宿主对温和噬菌体“沉默激活”机制研究进展
近期，中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队发现细菌宿主H-NS蛋白调控原噬菌体的“沉默-激活”过程的新机制。相关研究成果以Xenogeneic silencing relies on temperature-dependent phosphorylation of the host H-NS
谢晓亮：单细胞全基因组测序曙光初现
谢晓亮 12月21日出版的美国《科学》杂志发表了题为《单细胞全基因组测序探索精子重组规律和遗传缺陷》的论文。同时，该期《科学》杂志也将单细胞全基因测序列为2013年六大值得关注的科学领域之一。 该论文由美国科学院院士、哈佛大学教授谢晓亮课题组与北京大学生物动态光学成像中心（
南海海洋所发现新颖的I型毒素抗毒素系统
近日，国际刊物《核酸研究》在线报道了发现并鉴定出位于原噬菌体中的I型毒素-抗毒素系统RalR-RalA的论文(Nucleic Acids Research, 2014, doi: 10.1093/nar/gku279)，证明噬菌体基因整合到宿主基因组后会发生功能变化。该成果由中国科学院南海海洋研
Nucleic－Acids－Res：王晓雪等发现新颖的I型毒素抗毒素系统
近日，国际刊物《核酸研究》在线报道了发现并鉴定出位于原噬菌体中的I型毒素-抗毒素系统RalR-RalA的论文(Nucleic Acids Research，2014，doi： 10.1093/nar/gku279)，证明噬菌体基因整合到宿主基因组后会发生功能变化。该成果由中国科学院南海海洋研究所
国家能源局原副局长王晓林被“双开”
日前，经中共中央批准，中共中央纪委对国家能源局原党组成员、副局长王晓林严重违纪问题进行了立案审查。 经查，王晓林严重违反政治纪律和政治规矩，违规打探巡视信息；违反中央八项规定精神，长期违规打高尔夫球，违规接受宴请，甘于被“围猎”；违反组织纪律，在干部选拔任用中为他人谋取利益并收受财物，不按规定
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
全基因组测序可识别癌症相关变异－有助预防护理
美国德州大学(UT)西南医学中心研究人员证明，全基因组测序可识别病人患遗传性癌症的风险，有望改善癌症的预防、诊断和护理。这项研究首次用全基因组测序评估了258个癌症病人的基因组，提高了诊断出有癌变倾向的基因变异的能力。相关论文在线发表于最近的《E生物医学》杂志上。 “全基因组测序是一种新的基因
研究发现噬菌体协助细菌之间建立“界限”
细菌是“高情商”的生物，懂得“社交”。他们以团结协作的群体形式生活在自然环境中，以抵抗来自外界环境的压力。同一细菌群体中还存在自我识别能力，可以区分哪些是同一家族，同时共同抵抗“异族”。具有扩散能力的化学信号分子和细菌的表面受体可作为细菌群体识别的语言和工具。 噬菌体是地球上数量最多的一种细菌
北京本起疫情病例病毒全基因组测序完成，均系Delta变异
2021年11月10日我市接报1例在京存在活动轨迹的外省协查病例后，立即响应、迅速行动、严格落实各项防控措施、坚决阻断病毒传播链条。 截至11月11日24时，全市共发现7例与外省协查病例存在关联的新冠病毒感染者，其中朝阳区2例、海淀区5例。目前北京市疾控中心实验室已完成5例确诊病例病毒全基因组
王晓雪、欧阳松应团队发现VII型毒素/抗毒素系统
中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室研究员王晓雪团队与福建师范大学教授欧阳松应团队，合作发现广泛分布在细菌和古菌中的一大类毒素/抗毒素（TA）系统的新作用机制，并建议命名为VII型 TA。相关研究10月12日在线发表于《核酸研究》。 TA系统广泛分布于原核生物基因组中，目前
PNAS:外显子变异检测——全基因组测序比全外显子测序更强大
目前，全外显子测序和全基因组测序技术在遗传分析和发现导致疾病发生的潜在基因突变方面应用越来越广泛，随着测序技术的不断迭代更新，越来越成熟，昂贵的价格会逐渐降低，那么在排除价格因素之后，全外显子测序和全基因组测序在检测外显子突变方面究竟谁更加强大呢？来自美国的科学家对这一问题进行了相关研究，其研究
长读长测序显优势－基因组复杂结构变异检测实现新突破
基因组结构变异是很多癌症、遗传病等疾病的重要诱因。目前基于二代测序技术检测基因组结构变异存在很大的局限性，而三代测序存在错误率较高等多种问题，尤其针对复杂结构变异大多软件识别能力较差。针对这一问题，近日，在Nature Methods发表的一项最新研究中，研究人员开发了基因组比对工具NGMLR和
PNAS：甜瓜基因组测序
甜瓜在世界范围具有很高的经济价值，日前西班牙的九个研究中心通力合作，利用罗氏454平台完成了甜瓜基因组的测序。除了甜瓜的全基因组，科学家还得到了 7个特定甜瓜品种的基因组，文章发表在Proceedings of the National Academy杂志上。 联合国粮农组织2009年
基因组测序仪简介
基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器，于2012年12月19日启用。 技术指标 个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。 主要功能 样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库，从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道，以节约试剂用量。
认识泛基因组测序
什么是泛基因组？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pangenome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年，Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接，发现了个体独有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
与结球白菜驯化相关的重要候选基因的鉴定
021年5月31日，Genome Biology（IF3y=12.683）在线发表了中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武团队完成的题为“Impacts of allopolyploidization and structural variation on intraspecific diversi
神华原副总王晓林履新能源局－煤炭脱困再添专家
王晓林调入能源局，意味着2013年能源局和电监会重组后，迎来一位煤炭行业出身的副局长，或为当前煤炭行业脱困带来助力。 国家能源局迎来重组后首位来自煤炭企业的副局长。 8月19日，人力和社会保障部官网发布消息，国务院任命郑栅洁为国家能源局副局长(副部长级)，王晓林为国家能源局副局长；同时，免去
我国完成桑蚕大规模基因组重测序和遗传变异图谱构建
北京时间8月28日凌晨2时，由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”在国际权威学术刊物《科学》上发表，这是科学家继2003年在家蚕基因组研究领域取得进展后的又一重要成果。 据悉，科学家共获得了40个家蚕突变品系和中国野桑蚕的全基因
单细胞测序技术应用于癌症无创诊断
2013年12月10日著名学术期刊美国《国家科学院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences USA)在线发表了北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心谢晓亮、白凡课题组与北大肿瘤医院王洁团队合作的研究结果。在题为“Reprod
解码“基因组学之父”桑格：测序，测序，测序
“桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’，他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础，彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、 有一天，65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验，转身走出实验室，宣布自己正式退休。那一年是1983
关于全基因组测序的测序指标介绍
一、全基因组测序的测序指标— 深度 测序深度（Sequencing depth）是指测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。测序的个体，如果采用的是双末端或Ma
原核生物基因组的特点
原核生物基因组的特点如下：1、基因组较小，通常只有一个环形或线形的DNA分子；2、通常只有一个DNA复制起点；3、非编码区主要是调控序列；4、存在可移动的DNA序列；5、基因密度非常高，基因组中编码区大于非编码区；6、结构基因没有内含子，多为单拷贝，结构基因无重叠现象；7、重复序列很少，重复片段为转
454用于西红柿基因组测序
最近，西红柿基因组学会完成了一个农业种植西红柿品系Solanum lycopersicum的基因组图谱，以及一个野生型西红柿品系S. pimpinellifolium的基因组图谱，并将其与已知的土豆基因组以及其他植物比较，寻找与水果有些特性相关的基因，相关文献在Nature杂志作为封面文章发
Nature完成桉树基因组测序
一个横跨五大洲的科学团队宣布，巨桉(Eucalyptus grandis)的基因组测序已经完成，巨桉是世界上最广泛种植的树木之一。这一成果于六月十一日发表在Nature杂志上。 巨桉生长速度快，可以用作燃料和木材，是纤维、纸浆、生物燃料、药物和工业用油的重要可再生原料。这种树木原产于澳大利亚东
让基因组测序绕过PCR
在基因组测序中，PCR扩增似乎是绕不过去的一步。然而，PCR也带来一些问题，包括不均匀扩增，导致某些序列的比例过高。对目前的新一代测序（NGS）平台而言，测序某些碱基组成上存在严重偏向的基因组区域仍是一大挑战。在GEN杂志上，Patricia Fitzpatrick Dimond博士介绍了PCR-
测序基因组勘探食品污染
上周，两家公司因李斯特菌食品感染发令召回其所有产品。Sabra Dippin召回30,000例鹰嘴豆泥制成的食品，至今疾病防治中心未发现因食用该公司食品造成的食物中毒或死亡的病例。然而，堪萨斯州的蓝铃冰激淋工厂（Blue Bell Creameries）已确认有少量食品原料已感染李斯特菌，目