青岛能源所元基因组计算方法学研究取得新进展
近日，在科技部863计划、国家自然科学基金等项目的支持下，中国科学院青岛生物能源与过程所功能基因组团队在元基因组计算方法学取得了系列进展。 纤维素降解、沼气生成等生物能源过程均由复杂微生物群落完成。元基因组学可克服自然界中大部分微生物难以培养的问题，通过直接测定、分析微生物群落的遗传信息，深入认识复杂微生物群落的结构和功能。而海量数据的高效分析则是元基因组学领域的技术瓶颈之一。 该团队计算生物学组宁康、苏晓泉等研究人员利用GPGPU（高性能并行化通用处理器）等先进计算硬件，设计了高性能微生物群落数据分析软件Parallel-META。利用该软件对微生物群落进行分析，较之传统方法，在准确性相同的条件下，速度提高10倍以上（图1）。相关研究结果发表在BMC Systems Biology 2012，6(Suppl 1):S16上，并申请一项软件著作权（登记号：2012R11S039241）和一项发明ZL（受理......阅读全文
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
青岛能源所提出“微生物组影响指数”
微生物组是微生物在自然界的存在形式，与人体、空气、土壤与海洋的健康息息相关。因此，微生物组科学与产业已经成为国际科技合作与竞争的“战略高地”。然而，大数据挖掘工具的匮乏，阻碍着微生物组研究从“数据分析”向“数据科学”的跨越。2010年，来自43个国家的500多名研究人员联合启动了“地球微生物组计
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
河南省科学院生物所命名三个微生物新种
河南省科学院生物研究所副研究员王亚南等日前确认3个新的微生物物种，并以其在河南的发现地进行了命名。目前，研究人员已完成3个相关新物种的鉴定，确定了其分类地位，并在国内外菌保中心进行有效保藏，同时提交国际微生物系统分类学权威杂志进行有效物种认证。 据了解，王亚南等对河南省境内施用磺酰脲类除草剂—
Cell重磅发布15万人体微生物基因组！－揭示微生物新物种
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。 在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生
赵立平当选美国微生物科学院院士
近日，记者从上海交通大学获悉，该校教授赵立平当选美国微生物科学院院士。 美国微生物科学院每年都在全球范围内遴选出数十名院士，以彰显他们在微生物科学研究或微生物学技术服务及公益事业中作出的卓越贡献。赵立平是第三位获此殊荣的中国大陆学者。
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接(
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
研究人员构建人类阴道微生物基因组库
6月21日，深圳市宝安中医院（集团）副院长黄链莎、转化医学中心助理研究员孙文与大连医科大学副教授鄢秋龙等课题组的最新合作成果发表于《自然—微生物学》。人类女性阴道是一个包括细菌、真菌和病毒在内的复杂微生态系统，各微生物之间是相互制约、相互作用、相互依赖、对立统一的关系，其间的平衡关乎女性生殖健康及胎
“万种微生物基因组计划”在深圳启动
由深圳华大基因研究院联合中国微生物领域顶尖研究机构、院校和企业组成的“万种微生物基因计划”，八月一日在深圳启动。 据悉，该计划是深圳华大基因研究院在“国际千人基因组计划”后启动的又一重大基因组计划，目前该计划的地位为亚洲第一、世界第三。 该计划预计在三年内完成一万种微生物物种全基因组
美国艺术与科学院院士David－Drubin教授访问微生物所
9月19日，应微生物研究所陈吉龙研究员邀请，美国艺术与科学院院士、加州大学伯克利分校David G. Drubin教授来微生物所访问，进行学术交流。 David Drubin教授带来了题为Molecular Mechanisms of Endocytic Traffickin
青岛能源所在微生物燃料电池研究取得系列进展
近日，在国家自然科学基金和中国科学院知识创新工程重要方向项目等项目支持下，中国科学院青岛生物能源与过程研究所生物传感器团队负责人、中科院“百人计划”入选者刘爱骅等在基于木糖脱氢酶表面展示体系的微生物燃料电池研究取得新进展。 生物燃料电池是指以微生物或酶为催化剂，将生
生物质能源研究中微生物发酵的拉曼光谱法检测
随着化石能源的日益枯竭和环境问题的日趋严重,开发洁净可再生资源已成了紧迫的课题。一些微生物在合适的生长环境下能在细胞内部合成或者代谢转化出乙醇、油脂,或者有重要经济价值的代谢产物,如类胡萝卜素等,其中微生物油脂能够替代化石能源来制取生物柴油,类胡萝卜素可以作为食物色素添加剂及药物添加剂,而乙醇则可以
科学院生物研究所有限责任公司与微生物所签署合作协议
合作签约仪式现场 为推进中科院与河南省人民政府签署的《共同推进中原经济区建设全面合作协议书》的实施，7月18日，河南省科学院生物研究所有限责任公司与中科院微生物研究所在北京签署了合作协议。中科院院地合作局局长戚强，微生物所所长黄力，河南省科学院院长郭新和、副院长张占仓、孙爱芳，河南省科
农业部能源微生物实验室开放基金开始申请
农业部能源微生物与利用重点开放实验室开放基金开始申请 农业部能源微生物与利用重点开放实验室成立于2006年，依托于农业部沼气科学研究所，其前身是成立于1993年的农业部厌氧微生物重点开放实验室，现任实验室主任为邓宇研究员，学术委员会主任为张辉研究员。 为了推动和促进国内相关领域的研究
微生物的营养类型有哪些,分别利用哪些能源和碳源
分为：光能自养型、光能异养型、化能自养型和化能异养型四种。根据微生物生长所需要的碳源物质的性质，可将微生物分成自养型与异养型两大类。又可以微生物生长所需能量来源的不同进行分类，可分成化能营养型与光能营养型。还可根据其生长时能量代谢过程中供氢体性质的不同来分，将微生物分成有机营养型无机营养型综合起来，
“非粮柴油能源植物与相关微生物资源”项目
会议现场 4月13日至17日，国家科技基础性工作专项重点项目“非粮柴油能源植物与相关微生物资源的调查、收集与保存”2012年度工作进展报告会暨学术研讨会在中国科学院华南植物园召开。中科院植物研究所洪德元院士，中山大学计亮年院士，科技部基础司、中科院计财局等专家与领导，以及来自华南植物园、中国农
青岛能源所元基因组计算方法学研究取得新进展
近日，在科技部863计划、国家自然科学基金等项目的支持下，中国科学院青岛生物能源与过程所功能基因组团队在元基因组计算方法学取得了系列进展。 纤维素降解、沼气生成等生物能源过程均由复杂微生物群落完成。元基因组学可克服自然界中大部分微生物难以培养的问题，通过直接测定、分析微生物群落
微生物
现代定义：微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物，个体微小，结构简单，通常要用光学显微镜和电子显微镜才能看清楚的生物，统称为微生物。微生物包括细菌、病毒、霉菌、酵母菌等。（但有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝等。）
中美携手合作“十万食源性病原微生物基因组计划”
5月28日，北京诺赛基因组研究中心（国家人类基因组北方研究中心）、北京师范大学、中国科学院微生物研究所与美国加州大学戴维斯分校在北京师范大学就“十万食源性病原微生物基因组计划”达成合作协议。据悉，中美双方将共同参与十万食源性病原微生物基因组计划的研发，建立重要的食源性致病微生物基因序列综合数据库
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀
我国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目
近日，深圳华大基因研究院宣布，我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目，对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。 与以往的微
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
概 述 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则