专家指南：如何开展基因表达研究（一）
众所周知，在不同的情况下，在不同的组织中，基因表达的水平也不同。如今，研究人员可利用多种技术来追踪基因表达水平的差异，如定量 PCR、芯片或测序。《Genome Technology》杂志这一次请来了几位科学家，让他们分享一下应如何选择这些技术。此外，研究人员也谈到了解决质量控制和数据分析的问题，以及如何验证基因表达研究的发现。 Q1：您如何评估哪种方法(芯片、定量PCR或测序)最适合基因表达研究? Gary Hardiman(加州大学圣地亚哥分校) 答案在很大程度上取决于研究的目的。传统的qPCR最适合于少量目标和大量样品。芯片和RNA-seq最适合于整体的转录谱分析。芯片和RNA-seq之间的选择在于成本、数据处理的轻松程度以及检测灵敏度。 芯片实验的优势在于它们很快，相对廉价，且数据存储和处理较为轻松。在很短的时间内可生成两个样品之间差异表达基因的列表，并用于指导通路、基因本体、网络/互......阅读全文
用DNA芯片技术检测基因的表达
一、芯片制备基因芯片的制备主要有两种基本方法，一是在片合成法，另一种方法是点样法。在片合成法是基于组合化学的合成原理,它通过一组定位模板来决定基片表面上不同化学单体的偶联位点和次序。在片合成法制备DNA芯片的关键是高空间分辨率的模板定位技术和固相合成化学技术的精巧结合。目前，已有多种模板技术用于基因
用DNA芯片技术检测基因的表达
一、芯片制备基因芯片的制备主要有两种基本方法，一是在片合成法，另一种方法是点样法。在片合成法是基于组合化学的合成原理,它通过一组定位模板来决定基片表面上不同化学单体的偶联位点和次序。在片合成法制备DNA芯片的关键是高空间分辨率的模板定位技术和固相合成化学技术的精巧结合。目前，已有多种模板技术用于基因
用DNA－芯片技术检测基因的表达
实验概要生物芯片是将生命科学研究中所涉及的不连续的分析过程(如样品制备、化学反应和分析检测)，利用微电子、微机械、化学、物理技术、计算机技术在固体芯片表面构建的微流体分析单元和系统，使之连续化、集成化、微型化。生物芯片技术主要包括四个基本要点：芯片方阵的构建、样品的制备、生物分子反应和信号的检测。1
生物芯片技术用于基因表达水平的检测
用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地检测出成千上万个基因的表达情况。谢纳(M.Schena) 等用人外周血淋巴细胞的cDNA文库构建一个代表1046个基因的cDNA微阵列，来检测体外培养的T细胞对热休克反应后不同基因表达的差异，发现有5个基因在处理后存在非常明显的高表达，11个基因中度表达增加
表达谱基因芯片实验
表达谱基因芯片可应用于：（1）疾病诊断；（2）新药开发；（3）环境保护。实验方法原理按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。在一定条件下，载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交。如果把样品中的核酸片段进行标记，在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号
生物芯片技术应用与基因表达水平的检测
用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地检测出成千上万个基因的表达情况。谢纳(M.Schena) 等用人外周血淋巴细胞的cDNA文库构建一个代表1046个基因的cDNA微阵列，来检测体外培养的T细胞对热休克反应后不同基因表达的差异，发现有5个基因在处理后存在非常明显的高表达，11个基因中度表达增加
蛋白质芯片技术应用与基因表达的筛选
基因表达的筛选AngelikaL．等人从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片，用特异性的抗体对其也进行检测，结果的准确率在87%以上，而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比，用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆，灵敏度可达到pg级。
基因组中表达基因的类型介绍
基因组中表达的基因分为两类：⑴一类是维持细胞基本生命活动所必须的，称管家基因（house keeping gene），如各种组蛋白基因；⑵另一类是指导合成组织特异性蛋白的基因，对分化有重要影响，称奢侈基因（luxury gene），即组织特异性(tissue-specific gene)表达的基因，
表达谱基因芯片实验操作流程
一、试剂1. TRIzol2. 异丙醇3. 氯仿4. 75%乙醇（RNase-free）5. Milli-Q水（RNase-free）6. 无水乙醇7. dNTPs8. Cy5-dCTP和Cy3-dCTP9. 杂交试剂110. 标记试剂I11. 杂交试剂212. 标记试剂II13. 反转录酶14.
基因差异表达技术
真核生物中，从个体的生长、发育、衰老、死亡，到组织的得化、调亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答，本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30000个不同的基因，但在生物体内任意8细胞中只有10%的基因的以表达，而这些基因的表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着，这种表达的方式即为基因的差异表达
比较基因组杂交芯片介绍
比较基因组杂交芯片（Comparative Genomic Hybridization Array）、基于芯片的比较基因组杂交（Microarray-based comparative genomic hybridization）或者阵列比较基因组杂交技术（array comparative g
比较基因组杂交芯片介绍
比较基因组杂交芯片（Comparative Genomic Hybridization Array）、基于芯片的比较基因组杂交（Microarray-based comparative genomic hybridization）或者阵列比较基因组杂交技术（array comparative gen
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式
生物芯片入门（三）：基因表达谱芯片实验操作1
待检测样品制备生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应，必须将样品进行生物处理。从血液或活组织中获取的DNA/mRNA样品在标记成为探针以前必须扩增以提高阅读灵敏度，但这一过程操作起来却有一定的难度。比如在一个癌细胞中有成千上万个正常基因的干扰，杂合癌基因的检
用－cDNA－芯片分析人类基因表达实验
实验材料 母板试剂、试剂盒 细菌细胞中的标记LB 培养基氨苄青霉素乙醇Super 肉汤培养基 甘油96孔碱裂液T low E 缓冲液10 X PCR 缓冲液 20 X SSC琥拍酸酐仪器、耗材 96深孔板和V 形塑料细胞培养皿水平微量培养板离心96孔多位点复制针1 加仑储存袋多微孔的带层带孔的振荡器
生物芯片用于基因表达水平的检测
用基因芯片进行的表达水平检测可自动、快速地检测出成千上万个基因的表达情况。谢纳(M.Schena) 等用人外周血淋巴细胞的cDNA文库构建一个代表1046个基因的cDNA微阵列，来检测体外培养的T细胞对热休克反应后不同基因表达的差异，发现有5个基因在处理后存在非常明显的高表达，11个基因中度表达增加
基因是否表达：cfDNA全基因组测序可揭晓
《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的蛋白质分子的
全基因组表达谱芯片应用于TMED3调控原发性肝细胞癌...
全基因组表达谱芯片应用于TMED3调控原发性肝细胞癌（HCC）的转移机制研究原发性肝细胞癌（HCC）肝内外转移是导致临床手术后病人预后较差的重要原因之一。由于目前临床上尚缺乏有效的靶向治疗肝癌的化疗药物，寻找治疗HCC转移的有效靶点一直是科学家关注的重点。来自东方肝胆外科医院周伟平教授，第二军医大学
基因是否表达，做个cfDNA全基因组测序就可揭晓
8月29日，《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的
基因芯片相关技术
样品的准备及杂交检测目前，由于灵敏度所限，多数方法需要在标记和分析前对样品进行适当程序的扩增，不过也有不少人试图绕过这一问题，如 Mosaic Technologies 公司引入的固相 PCR 方法，引物特异性强，无交叉污染并且省去了液相处理的烦琐； Lynx Therapeutics 公司引入
基因表达快速分析新技术
实验概要介绍了一种新的基因表达快速分析技术-MPSS 技术的基本原理、技术路线及其优点和应用。实验原理MPSS技术是利用限制性内切酶和荧光检测知识,发展出的一种辨认和测定细胞每一个cDNA 克隆片段末端16～20bp序列的方法,从而查明细胞内所有基因的表达情况。MPSS 分析系统大体可划分为三大部分
表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法
人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中，发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3～5％。基因组中绝大部
关于植物叶绿体基因组基因表达调控的研究的介绍
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式
细胞化学基础植物叶绿体基因组基因表达调控的研究
叶绿体基因组的特点是具相同或相关功能的基因组成复合操纵子结构。这一特点有利于叶绿体基因的表达与调控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操纵子是由编码RNA聚合酶各个亚基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操纵子则编码PSⅡ的部分蛋白质。叶绿体基因组基因表达调控方式。转
蛋白质芯片对于基因表达的筛选的应用
从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片，用特异性的抗体对其也进行检测，结果的准确率在87%以上，而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比，用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆，灵敏度可达到pg级。
天津生物芯片参与绘制海参基因组
海参属于棘皮动物，是其中体型与形态最为特殊的种类，且处于从无脊椎向脊椎动物分化的独特进化地位，也是国内外重要的海产经济物种，具有极高的营养与医用价值。 10月12号，国际学术期刊PLoS Biology在线刊发了天津生物芯片参与的海参全基因组精细参考图谱项目文章-“The sea cucumb