直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的S蛋白中诱导的框内缺失突变的证据。研究人员使用Oxford Nanopore的纳米孔DNA测序仪MinION进行直接RNA测序，确定了生长在Vero E6细胞中的SARS-CoV-2的转录组特征。该细胞系被广泛用于新型冠状病毒的增殖。研究揭示了病毒转录的模式(即亚基因组mRNAs)，通常符合冠状病毒的复制和转录预测模型。在编码S蛋白的亚基因组mRNAs中检测到24nt的框内缺失。这一特征在一半以上的转录本中被确认，并被预测将从S蛋白中移除一个疑似的Furin蛋白酶切位点。此前的研究表明，Furin蛋白酶切位点的存在是新冠病毒的一个重要......阅读全文
“组学国标”项目结硕果：最精准的mRNA测序与蛋白质组质谱
二代测序、蛋白质组质谱，这些“高大上”的组学手段早已不是稀罕事，使人们对生命和疾病的理解进入了一个崭新的时代。这些组学技术大量用于科研的同时，在应用领域却陷入了巨大的困境。 蛋白质组质谱技术和RNA测序目前几乎没有任何值得一提的临床应用，即便是在临床应用得相对较多的DNA测序，也饱受重复性差、
质谱和蛋白质组学：击中目标
Nature Methods - 5, 741 - 747 (2008) 作者：Nathan Blow 分析测试百科 译 近年来，质谱仪大幅提高了动态范围和灵敏度，使研究者们在疾病生物标志物的发现和验证方面，更从容地面对挑战。 在2008年6月的美国质谱大会（ASMS）
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
蛋白质质谱测序技术和仪器国产化
2015年10月17日，第二届全国质谱分析学术报告会在浙江大学紫荆港校区体育馆盛大开幕，在5位院士的精彩报告后，多位学者做了高水平的大会报告。 复旦大学杨芃原教授：蛋白质质谱测序技术和仪器国产化 复旦大学教授杨芃原教授做题为《蛋白质质谱测序技术和仪器国产化》的报告。蛋白质质谱测
Orbitrap质谱蛋白质组沙龙在京举行
【导语】使用质谱仪器进行蛋白质组研究中有三个关键环节，第一个是样品的处理阶段，这是最简单，也是最重要的一个步骤。第二个阶段是仪器的操作部分，使用液相、质谱等仪器把蛋白质进行分离、分析。主要涉及仪器参数的优化调整。第三步是生物信息学分析部分，这也是最难的部分。本期沙龙中中科院生物物理所的
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）
无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）
同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有
蛋白质组质谱新方法一览
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）
摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋