深度学习实现蛋白质序列高成功率从头设计

中国科学技术大学生命科学与医学部教授刘海燕、副教授陈泉团队与信息科学技术学院教授李厚强团队合作,开发了一种基于深度学习为给定主链结构从头设计氨基酸序列的算法ABACUS-R。经过实验验证,ABACUS-R的设计成功率和设计精度超过了原有统计能量模型ABACUS。研究成果北京时间7月21日发表于《自然-计算科学》。一个来自天然蛋白的目标结构(天蓝色)与相应从头设计蛋白的晶体结构(绿色)叠合图 课题组供图 刘海燕、陈泉团队长期致力于发展数据驱动的蛋白质设计方法,先后建立并实验验证了对给定主链结构设计氨基酸序列的统计能量函数ABACUS模型,以及利用神经网络能量函数从头设计主链结构的SCUBA模型。然而,基于传统统计能量技术的ABACUS模型在成功率、计算效率等方面仍有不足。 近期有多项研究表明,用深度学习进行氨基酸序列设计,能够在天然氨基酸残基类型恢复率等计算指标上超过能量函数方法。但截至目前已正式发表的工作中,对相关方法的......阅读全文

中国科学技术大学教授发现“仿制”天然蛋白质新路径

  中国科学技术大学生命科学学院刘海燕教授、陈泉副教授研究组在蛋白质设计领域取得重要进展,成功实现给定目标结构的蛋白全序列从头设计。研究成果近日发表在英国《自然·通讯》杂志上。  蛋白质由氨基酸构成,按特定顺序串联成长链状生物大分子,链状分子折叠成不同的立体结构才能从生物体内发挥功能。据介绍,目前能

中国科学技术大学教授发现仿制天然蛋白质新路径

  中国科学技术大学生命科学学院刘海燕教授、陈泉副教授研究组在蛋白质设计领域取得重要进展,成功实现给定目标结构的蛋白全序列从头设计。研究成果近日发表在英国《自然·通讯》杂志上。  蛋白质由氨基酸构成,按特定顺序串联成长链状生物大分子,链状分子折叠成不同的立体结构才能从生物体内发挥功能。据介绍,目前能

白春礼调研中国科学技术大学

   9月27日,中国科学院院长、党组书记白春礼一行至中国科学技术大学调研,中国科学技术大学党委书记许武、校长包信和汇报学校巡视整改工作和近期工作进展,会议由许武主持。  许武对白春礼一行来中国科大调研表示热烈欢迎,并汇报了学校中央专项巡视整改和意识形态专项整改有关工作的情况。许武表示,巡视整改期间

清华大学团队提出蛋白质序列功能空间压缩的概念

蛋白质作为最重要的生命构建单元之一,其序列和功能之间的映射(适应性景观,Fitness landscape)的针对性研究对于蛋白质理性设计以及工程应用都有极大的意义。目前人们只能对于蛋白质序列-功能关系进行少量低纬度的点采样,例如深度突变搜索(DMS)、单位点饱和突变等,或是利用随机建库等方式以极低

中国科学院中国科学技术大学科学数据中心正式通过认定

  中国科学院中国科学技术大学科学数据中心(Science Data Center, University of Science and Technology of China, CAS,以下简称科学数据中心)近日正式通过中国科学院所级数据中心认定以及由校网络信息中心主任薛开平兼任校科学数据中心主任

中国科学技术大学与南方科技大学合力再发《Nature》

  近年来,中国科学技术大学基础科学研究进步明显,在国际顶尖学术期刊上(Nature、Science、Cell)中科大科学家发表的高水平学术论文也越来越多,部分研究领域经常会有重大突破性进展。  截止到5月9日,我们发现中国科学技术大学发表3篇Nature、3篇Science和1篇Cell,同时了解

科学家公布中国胆囊癌基因序列

  《自然—遗传学》在线公布了中国患者的胆囊癌基因序列。这或有助于针对世界1/3的胆囊癌患者研发出新的靶向疗法。  胆囊癌是一种罕见的致命癌症,多发于特定人群比如东亚人群和印度北部人群。此外,胆结石和慢性炎症患者本身也有胆囊癌的高发风险。  Yingbin Liu和同事对57个中国胆囊癌患者样本中的

700万!中国科学技术大学公开采购质谱仪

一、项目基本情况项目编号: OITC-G230322032项目名称: 中国科学技术大学多接收电感耦合等离子体质谱仪采购项目预算金额: 700万元(人民币)最高限价(如有): 700万元(人民币)采购需求:包号货物名称数量(台/套)是否允许采购进口产品1多接收电感耦合等离子体质谱仪1是投标人须以包为单

中国科学技术大学科技商学院成立

本报合肥10月26日电 (记者田先进)26日,由安徽省政府、中国科学技术大学、合肥市政府三方合力共建的中国科学技术大学科技商学院正式成立。 据介绍,中国科学技术大学科技商学院致力于培养“懂科技、懂产业、懂资本、懂市场、懂管理”的复合型科技产业组织人才,推动创新链产业链资金链人才链深度融合,促进科

中国科学技术大学科技商学院成立

  26日,由安徽省政府、中国科学技术大学、合肥市政府三方合力共建的中国科学技术大学科技商学院正式成立。  据介绍,中国科学技术大学科技商学院致力于培养“懂科技、懂产业、懂资本、懂市场、懂管理”的复合型科技产业组织人才,推动创新链产业链资金链人才链深度融合,促进科技成果高效率转化和科技产业高质量发展

DNA微序列技术

·         Protocols for Making Drosophila Arrays (Stanford U.)Detailed protocol for making arrays including PCR Amplification of cDNAs for Printing, 

DNA-序列分析技术

试剂、试剂盒 琼脂糖TE 水饱和酚无水乙醇70%乙醇TEMED测序酶溴化乙锭仪器、耗材 电泳仪离心管离心机冰浴箱恒温板DNA 测序仪

DNA序列测定技术

DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干

DNA-序列分析技术

DNA序列分析技术可用于:(1)分析物种的遗传多样性;(2)鉴定新的物种;(3)用于比较基因组学。实验方法原理本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDe

DNA-序列分析技术

            实验方法原理 本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDeoy TM Terminator

DNA序列测定技术

DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略  目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的

核酸和蛋白质序列分析1

在获得一个基因序列后,需要对其进行生物信息学分析,从中尽量发掘信息,从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子/外显子分析、ORF分析、表达谱分析等,能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等,识别调控区的顺式作用元件,可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本

蛋白质序列分析和结构预测

【实验目的】   1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;  2、熟悉蛋白质基本性质分析;  3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;  4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】   1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(ad

蛋白质序列分析和结构预测

【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;2、熟悉蛋白质基本性质分析;3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)

核酸和蛋白质序列分析2

(2)输出:除了以文本形式外,还可以通过JalView显示和编辑结果。此外,还可以另外使用GeneDoc(常见于文献)及DNAStar软件等显示结果。多序列比对的结果还用于进一步绘制进化树。3、ORF(Open Reading Frame)分析从核酸序列翻译得到蛋白质序列,需要进行ORF分析,每个生

常进任中国科学技术大学校长

日前,中央批准:常进同志任中国科学技术大学校长、党委副书记;包信和同志不再担任中国科学技术大学校长职务。10月11日,中国科学技术大学召开教师干部会议。中央组织部副部长彭金辉同志到会宣布中央决定并讲话,中国科学院副院长、党组成员周琪同志,安徽省委常委、组织部部长丁向群同志出席会议并讲话。中国科学技术

中国科学技术大学:在量子世界翻起“筋斗云”

  在《西游记》里,孙悟空一个“筋斗云”就能越过十万八千里。  几百年后,中国科学技术大学潘建伟团队在微观粒子的层面验证了“筋斗云”这种超能力的可实现性——利用量子纠缠发展出的量子隐形传态,可以将物质的未知量子态精确传送到遥远地点,就像孙悟空的“筋斗云”一样,可以实现从A地到B地的瞬间传输。  中国

中国科学技术大学-又一位院士接任校长!

  据中国科大新创校友基金会消息,2024年10月11日15点,中国科学技术大学在东校区理化大楼东三报告厅召开全校教师干部大会。会议宣布:中国科学院副院长、中央候补委员常进院士(844校友)履新接任中国科学技术大学第11任校长。2015年1月,782校友侯建国离任校长。这是时隔近十年之后,中国科学技

中国科学技术大学实现钙41单原子灵敏检测

  中国科学技术大学教授卢征天、博士夏添等,利用原子阱痕量分析方法实现了对极稀有同位素钙-41的单原子灵敏检测,将该同位素丰度的检测极限压低至10-17(十亿亿分之一)量级,并演示了对骨头、岩石、海水等典型样品的钙-41同位素分析。该工作解决了地质、生物样品中钙-41同位素的探测难题,使得钙-41有

中国科学院大学成立“未来技术学院”

  31日,国内首个“未来技术学院”在中国科学院大学雁栖湖校区成立。会上,中国科学院院长白春礼指出,未来技术学院将着眼于探索研发未来的、能够重塑人类生活、工业生产、商业消费模式乃至全球经济革命性进步的技术,及时分析科技发展的态势,把握新一轮科技革命的战略机遇,大幅提升我国科技创新与产业化能力。  

香港科技大学与中国科学技术大学签署合作备忘录

4月12日,香港科技大学(以下简称港科大)与中国科学技术大学共同举行合作备忘录线上签署仪式并开展战略合作会谈。双方就未来合作愿景展开了热烈、友好、富有建设性的讨论。 港科大副校长汪扬表示,非常高兴能作为毕业多年的中科大学子,代表港科大与母校拓展合作、

香港科技大学与中国科学技术大学签署合作备忘录

4月12日,香港科技大学(以下简称港科大)与中国科学技术大学共同举行合作备忘录线上签署仪式并开展战略合作会谈。双方就未来合作愿景展开了热烈、友好、富有建设性的讨论。 港科大副校长汪扬表示,非常高兴能作为毕业多年的中科大学子,代表港科大与母校拓展合作、

蛋白质序列分析和结构预测实验

蛋白质序列分析和结构预测实验             实验步骤 1.  人脂联素蛋白质序列的检索(1)调用Internet浏览器并在其

蛋白质序列分析和结构预测实验

实验步骤 1.  人脂联素蛋白质序列的检索(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);(2)在Search后的选择栏中选择protein;(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;

蛋白质序列分析和结构预测实验

实验步骤1.  人脂联素蛋白质序列的检索(1)调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez);(2)在Search后的选择栏中选择protein;(3)在输入栏输入homo sapiens adiponectin;(