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深度学习实现蛋白质序列高成功率从头设计

中国科学技术大学生命科学与医学部教授刘海燕、副教授陈泉团队与信息科学技术学院教授李厚强团队合作,开发了一种基于深度学习为给定主链结构从头设计氨基酸序列的算法ABACUS-R。经过实验验证,ABACUS-R的设计成功率和设计精度超过了原有统计能量模型ABACUS。研究成果北京时间7月21日发表于《自然-计算科学》。一个来自天然蛋白的目标结构(天蓝色)与相应从头设计蛋白的晶体结构(绿色)叠合图 课题组供图 刘海燕、陈泉团队长期致力于发展数据驱动的蛋白质设计方法,先后建立并实验验证了对给定主链结构设计氨基酸序列的统计能量函数ABACUS模型,以及利用神经网络能量函数从头设计主链结构的SCUBA模型。然而,基于传统统计能量技术的ABACUS模型在成功率、计算效率等方面仍有不足。 近期有多项研究表明,用深度学习进行氨基酸序列设计,能够在天然氨基酸残基类型恢复率等计算指标上超过能量函数方法。但截至目前已正式发表的工作中,对相关方法的......阅读全文

白春礼调研中国科学技术大学

   9月27日,中国科学院院长、党组书记白春礼一行至中国科学技术大学调研,中国科学技术大学党委书记许武、校长包信和汇报学校巡视整改工作和近期工作进展,会议由许武主持。   许武对白春礼一行来中国科大调研表示热烈欢迎,并汇报了学校中央专项巡视整改和意识形态专项整改有关工作的情况。许武表示,巡视整

中国科学技术大学教授发现"仿制"天然蛋白质新路径

  中国科学技术大学生命科学学院刘海燕教授、陈泉副教授研究组在蛋白质设计领域取得重要进展,成功实现给定目标结构的蛋白全序列从头设计。研究成果近日发表在英国《自然·通讯》杂志上。  蛋白质由氨基酸构成,按特定顺序串联成长链状生物大分子,链状分子折叠成不同的立体结构才能从生物体内发挥功能。据介绍,目前能

中国科学技术大学教授发现“仿制”天然蛋白质新路径

  中国科学技术大学生命科学学院刘海燕教授、陈泉副教授研究组在蛋白质设计领域取得重要进展,成功实现给定目标结构的蛋白全序列从头设计。研究成果近日发表在英国《自然·通讯》杂志上。  蛋白质由氨基酸构成,按特定顺序串联成长链状生物大分子,链状分子折叠成不同的立体结构才能从生物体内发挥功能。据介绍,目前能

中国科学技术大学与南方科技大学合力再发《Nature》

  近年来,中国科学技术大学基础科学研究进步明显,在国际顶尖学术期刊上(Nature、Science、Cell)中科大科学家发表的高水平学术论文也越来越多,部分研究领域经常会有重大突破性进展。  截止到5月9日,我们发现中国科学技术大学发表3篇Nature、3篇Science和1篇Cell,同时了解

中国科学院中国科学技术大学科学数据中心正式通过认定

  中国科学院中国科学技术大学科学数据中心(Science Data Center, University of Science and Technology of China, CAS,以下简称科学数据中心)近日正式通过中国科学院所级数据中心认定以及由校网络信息中心主任薛开平兼任校科学数据中心主任

科学家公布中国胆囊癌基因序列

  《自然—遗传学》在线公布了中国患者的胆囊癌基因序列。这或有助于针对世界1/3的胆囊癌患者研发出新的靶向疗法。  胆囊癌是一种罕见的致命癌症,多发于特定人群比如东亚人群和印度北部人群。此外,胆结石和慢性炎症患者本身也有胆囊癌的高发风险。  Yingbin Liu和同事对57个中国胆囊癌患者样本中的

香港科技大学与中国科学技术大学签署合作备忘录

4月12日,香港科技大学(以下简称港科大)与中国科学技术大学共同举行合作备忘录线上签署仪式并开展战略合作会谈。双方就未来合作愿景展开了热烈、友好、富有建设性的讨论。 港科大副校长汪扬表示,非常高兴能作为毕业多年的中科大学子,代表港科大与母校拓展合作、

中国科学院大学成立“未来技术学院”

  31日,国内首个“未来技术学院”在中国科学院大学雁栖湖校区成立。会上,中国科学院院长白春礼指出,未来技术学院将着眼于探索研发未来的、能够重塑人类生活、工业生产、商业消费模式乃至全球经济革命性进步的技术,及时分析科技发展的态势,把握新一轮科技革命的战略机遇,大幅提升我国科技创新与产业化能力。  

中国科学技术大学:在量子世界翻起“筋斗云”

  在《西游记》里,孙悟空一个“筋斗云”就能越过十万八千里。  几百年后,中国科学技术大学潘建伟团队在微观粒子的层面验证了“筋斗云”这种超能力的可实现性——利用量子纠缠发展出的量子隐形传态,可以将物质的未知量子态精确传送到遥远地点,就像孙悟空的“筋斗云”一样,可以实现从A地到B地的瞬间传输。  中国

DNA 序列分析技术

            实验方法原理 本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDeoy TM Ter