分子模拟的主要方法

分子模拟的主要方法有两种:分子蒙特卡洛法和分子动力学法。......阅读全文

分子模拟的主要方法

分子模拟的主要方法有两种:分子蒙特卡洛法和分子动力学法。

分子模拟的概念

一些微生物和正常宿主细胞或细胞或细胞外成分有相似的抗原表位,感染人体后激发的免疫应答也能攻击人体的细胞或细胞外成分,引起自身免疫性疾病。

分子对接技术的主要方法

各种分子对接方法对体系均有一定的简化,根据简化的程度和方式,可以将分子对接方法分为三类。刚性对接:刚性对接方法在计算过程中,参与对接的分子构像不发生变化,仅改变分子的空间位置与姿态,刚性对接方法的简化程度最高,计算量相对较小,适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接:半柔性对接方法允许对接过程中小分子

分子模拟的工作类型

分子模拟的工作可分为两类:预测型和解释型。预测型工作是对材料进行性能预测、对过程进行优化筛选,进而为实验提供可行性方案设计。解释型工作即通过模拟解释现象、建立理论、探讨机理,从而为实验奠定理论基础。

分子模拟的原理优势

利用适当的简化条件,将原子间的作用等效为质点系的运动,从而避免了求解繁琐的量子力学方程。原子的运动遵从牛顿第二定律,质点系整体遵从哈密顿原理。与之对应,完全从量子力学出发进行的原子计算称为”第一性原理(ab into)计算“。第一性原理计算虽然精度高,但是计算复杂,难以实现大规模的模拟。而分子模拟则

分子模拟的应用特点

分子模拟是指利用理论方法与计算技术,模拟或仿真分子运动的微观行为,广泛的应用于计算化学,计算生物学,材料科学领域,小至单个化学分子,大至复杂生物体系或材料体系都可以是它用来研究的对象。

分子模拟的定义和原理

分子模拟(Molecular Simulation) 利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上,通过基本原理,构筑起一套模型和算法,从而计算出合理的分子结构与分子行为。分子模拟不仅可以模拟分子的静态结构,也可以模拟分子体系的动态

大连化物所生物分子模拟理论方法研究取得系列进展

  随着生物大分子实验技术的飞速发展,越来越巨大和复杂的分子体系被发现和鉴定出来,凸显了生物分子体系本身特有的多尺度特性,而分子动力学模拟作为生物分子功能解析的强有力工具和研究手段,已经必不可少。但是由于这些体系包含的原子数目巨大,从几千到上百万,行使功能所涉及到的时间尺度从皮秒到毫秒,解析他们行使

量子系统模拟分子再创纪录

  最新一期《自然》杂志刊登了量子计算机领域一项重大突破:IBM公司科学家利用其研发的全新算法,成功在7量子位系统中模拟出氢化铍(BeH2)分子,是迄今量子系统模拟的最大、最复杂分子,打破了以往纪录。新研究意味着用小型量子系统研发新药和各种新材料指日可待。  当今超级计算机能模拟氢化铍和其他简单分子

超导器件可以模拟分子振动光谱啦!

  量子化学模拟已成为量子计算机的「杀手级」应用之一。近年来,Google,IBM和其他IT公司为了模拟分子结构,一直在设计越来越好的超导比特。最开始,为了计算分子的基态能量,人们提出了量子相位估计算法。然而,这种量子算法的可扩展性对于目前的量子技术来说要求太高。一种替代方法被称为“变分本征值求解法

分子模拟技术发展和应用

近年来分子模拟技术发展迅速并在多个学科领域得到了广泛的应用。在药物设计领域,可用于研究病毒、药物的作用机理等;在生物科学领域,可用于表征蛋白质的多级结构与性质;在材料学领域,可用于研究结构与力学性能、材料的优化设计等;在化学领域,可用于研究表面催化及机理等;在石油化工领域,可用于分子筛催化剂结构表征

分子治疗的主要方式

(1)抗体 包括多克隆抗体、单克隆抗体和基因工程抗体。(2)分子疫苗 包括重组载体疫苗、合成肽疫苗和DNA疫苗,可作为肿瘤和感染性疾病的治疗性疫苗。(3)细胞因子 包括①外源性细胞因子,可用于肿瘤、感染、造血障碍等疾病的治疗。②细胞因子拮抗疗法,通过抑制细胞因子的产生、阻止细胞因子与相应受体结合或阻

信号分子的主要作用

多细胞生物中有几百种不同的信号分子在细胞间传递信息,这些信号分子中有蛋白质、多肽、氨基酸衍生物、核苷酸、胆固醇、脂肪酸衍生物以及可溶解的气体分子等。根据信号分子的溶解性分为水溶性信息和脂溶性信息,前者作用于细胞表面受体,后者要穿过细胞质膜作用于胞质溶胶或细胞核中的受体。其实,信号分子本身并不直接作为

信号分子的主要类型

人体中有几百种不同的信号分子,按照其分泌腺体或细胞种类,运载体以及作用的靶细胞位置。 种类分泌细胞运载体作用的靶细胞位置激素旁分泌激素(局部介质)(如组织胺、生长因子等)旁分泌细胞细胞间液在众多相邻细胞间、非常有限范围内发生作用内分泌激素(如甲状腺激素、胰岛素等)内分泌腺细胞血液远距离的靶细胞神经激

IBM量子计算机商业化突破:发现模拟分子的新方法

  今天,IBM的研究人员宣布了一种在量子计算机上模拟分子结构的新方法,这项研究还上了科学期刊《Nature》的封面。   研究论文也于今天刊登在《Nature》上,由Abhinav Kandala,Antonio Mezzacapo,Jerry M. Chow & Jay M. Gambetta

使用分子动力学模拟红外光谱

  化学中经常用红外光谱来分析溶液的组成和变化,因为某些分子基团有红外特征指纹。问题是,溶剂和溶质的峰常常叠在一起,分析起来甚是棘手。所以,我们可以借助于分子动力学模拟来模拟溶剂的红外光谱,以便帮助分析整个溶液的红外光谱。  要想计算一种物质的红外光谱,最简单的方法是用量子化学计算气相中的一个单分子

双原子分子的主要特性

双原子分子指所有由两个原子组成的分子。双原子分子内的化学键通常是共价键,分子间存在色散力和部分诱导力。

分子光谱的主要作用

分子光谱是提供分子内部信息的主要途径,根据分子光谱可以确定分子的转动惯量、分子的键长和键强度以及分子离解能等许多性质,从而可推测分子的结构。分子的内部运动状态发生变化所产生的吸收或发射光谱(从紫外到远红外直至微波谱)。分子运动包括整个分子的转动,分子中原子在平衡位置的振动以及分子内电子的运动,因此,

双原子分子的主要分类

同核双原子分子一切物质都由粒子构成,基本粒子有分子、原子等。很多非金属元素(包括氢、氮、氧、氟、氯、溴、碘等)的单质均是双原子分子。其他元素(如磷)也可能以双原子分子构成单质,但这些双原子分子并不稳定。这些构成单质的双原子分子称为同核双原子分子。其中,氮和氧的同核双原子分子占地球大气层成份的 99%

常用的模拟环境试验方法

环境试验的试验场地应能具有广泛的代表性,能进行近可能多的试验项目,并且应与将来可能作战的环境近可能地接近。但是,环境试验场往往与真实的使用环境存在差别 . 在选择模拟试验项目时,应具体地分析对待试验物品的使用要求,应使选择的试验项 目既代表了主要的使用环境,又能加快试验速度,节省经费。 第二次世界大

新技术让生物分子模拟更快更准

  美国佛罗里达大学和巴西南马托格罗索州联邦大学的研究人员利用最先进的模拟技术评估了pH和氧化还原电势,或者说电子传递速率对生物分子的影响。此外,论文作者之一Vinícius Cruzeiro还利用图形处理器(GPU)硬件,使所需的计算处理时间显著缩短。最新开发的方法在美国物理联合会(AIP)出版集

号外,号外!超导器件可以模拟分子振动光谱啦!

  量子化学模拟已成为量子计算机的「杀手级」应用之一。近年来,Google,IBM和其他IT公司为了模拟分子结构,一直在设计越来越好的超导比特。最开始,为了计算分子的基态能量,人们提出了量子相位估计算法。然而,这种量子算法的可扩展性对于目前的量子技术来说要求太高。一种替代方法被称为“变分本征值求解法

我国学者在恒电势分子模拟方法研究方面取得新进展

图 考虑电子溢出效应分子模拟方法的示意图。(a)双电层界面的电极诱导电荷;(b)诱导电荷的多极矩展开;(c)诱导电荷分布的示意图。红色、蓝色等值面分别代表正电和负电  在自然科学基金项目(批准号:T2325012、92472109)等资助下,华中科技大学冯光教授课题组与合作者在恒电势分子模拟方法研究

分子杂交仪的主要特征

  FYY系列分子杂交仪  该仪器采用微电脑智能控制,液晶显示三种功能(温度显示、瓶架旋转速度、托盘摆动速度)。  具有存储记忆功能,可以直观显示系统的运行状况。  温度控制采用数字PID技术,输出采用PWM方式,控温精度高,稳定性好,并设有超温保护装置。  该仪器可以同时直观箱内控温温度,滚动式瓶

分子杂交仪的主要特征

  FYY系列分子杂交仪  该仪器采用微电脑智能控制,液晶显示三种功能(温度显示、瓶架旋转速度、托盘摆动速度)。  具有存储记忆功能,可以直观显示系统的运行状况。  温度控制采用数字PID技术,输出采用PWM方式,控温精度高,稳定性好,并设有超温保护装置。  该仪器可以同时直观箱内控温温度,滚动式瓶

核酸分子杂交的主要类型介绍

核酸分子杂交可分为液相杂交和固相杂交。1.液相杂交液相杂交是让DNA探针和待测核酸在溶液中进行反应。在溶液中,待测核酸和探针均自由运动,增加了两者结合的机会,因此液相杂交要比固相杂交快5~10倍。但液相杂交不易分离杂交体和游离核酸探针,常规应用不易。2.固相杂交固相杂交是先将待测核酸样本结合到固相载

生物分子模拟应用研究取得新进展

  近日,中国科学院大连化学物理研究所研究员李国辉团队与中科院上海生物化学与细胞生物学研究所研究员杨巍维团队合作,通过分子动力学模拟的手段,解释了胶质瘤细胞中关键氨基酸的磷酸化过程对肿瘤细胞生长的影响,相关结果以共同通讯作者的形式发表于《分子细胞》(Molecular Cell)杂志。  杨巍维团队

力学所提出离子喷射分子模拟新策略

  近日,中国科学院力学研究所微纳米流体力学团队利用分子模拟,探讨了离子液体-真空界面电场诱导离子喷射现象。该工作为选择合适的离子喷射分子模拟策略提供了指导,并为后续研究更复杂的电喷射现象奠定了基础。相关研究成果发表在《流体物理》(Physics of Fluids)上,并入选编辑精选。  离子液体

胸腔穿刺模拟人的使用方法

  胸腔穿刺模拟人又称为胸腔穿刺模型,用于胸腔穿刺术和气、液胸闭式引流操作模拟教学训练和技能考核。下面上海康季的小编为您介绍下胸腔穿刺模拟人的使用方法:  1、安放仿真标准化病人反坐于靠背椅上,用螺丝妥善固定。  2、将控制器机箱挂在椅背上,电源插头插入电源插座。  3、将微型潜水泵放入小水桶中,接

分子杂交仪主要特征

FYY系列分子杂交仪该仪器采用微电脑智能控制,液晶显示三种功能(温度显示、瓶架旋转速度、托盘摆动速度)。具有存储记忆功能,可以直观显示系统的运行状况。温度控制采用数字PID技术,输出采用PWM方式,控温精度高,稳定性好,并设有超温保护装置。该仪器可以同时直观箱内控温温度,滚动式瓶架旋转速度,酶标板或