Nature子刊：基于Transformer的单细胞可解释注释方法
近年来得益于单细胞测序技术的发展，我们可以以单细胞分辨率去理解生物学过程，包括发育，衰老和疾病等。细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键，传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间，再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类，最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标准，很大程度上受到研究人员偏好的影响。此外，移除批次效应的同时保留生物学差异也是单细胞研究的难点。幸而，随着技术进步，越来越多大规模单细胞图谱产生并公开发表，为后续研究提供了重要参考，但同时也产生了开发能够高效处理大规模数据的计算工具的需求。所以，统一标准的，高效的，生物学可解释的细胞类型标注工具对于单细胞分析结果的可重复性和科学研究的持续发展至关重要。 近日，北京大学韩敬东课题组在 Nature Communications 期刊发表题为：Transformer for One Stop Interpretable Cell ty......阅读全文
Nature子刊：基于Transformer的单细胞可解释注释方法
近年来得益于单细胞测序技术的发展，我们可以以单细胞分辨率去理解生物学过程，包括发育，衰老和疾病等。细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键，传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间，再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类，最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标
研究提出非对称孪生Transformer模型
近日，中国科学院合肥物质科学研究院研究员王红强团队提出了一种基于非对称孪生Transformer的全局-局部对齐注意力模型（AST-GLAA），显著提升了可见光-X光跨模态包裹重识别任务的性能。研究成果发表于《IEEE信息取证与安全汇刊》。 可见光-X光跨模态包裹重识别是安检领域的核心技术，其
MOFormer：无需3D结构、基于Transformer的预测语言模型
金属有机框架（MOF）是具有高比表面积、高孔隙率和结构可设计的结晶性多孔材料，可用于气体吸附、气体储存、气体分离、催化剂等领域。 然而，MOF 的化学空间非常巨大。发现适合特定应用的最佳 MOF 需要对无数潜在候选材料进行高效、准确的搜索。快速且低成本地为特定任务选择性能最佳的 MOF 一直具有挑
研究开发出细胞身份鉴定新型AI引擎
随着单细胞和空间组学技术的快速发展，公开可共享数据量已突破亿级大关。然而，技术平台产生的差异、复杂疾病状态、跨物种研究带来的批次效应和离群细胞等，对数据解读构成挑战。面对动辄百万规模的离群细胞，传统的“先聚类、后注释”分析方法难以快速、精准且可解释地将这些“身份不明”的细胞映射到参考细胞图谱上，进而
我国团队首创新算法，让细胞与计算机“对话”
细胞内有数以亿计的碱基、表达程序以及运行策略，而且各不相同。单细胞测序技术可解读单个细胞里的这些信息，但人工干预多、过度依赖人为选定的标记基因使得单细胞测序技术对细胞的注释稳定性较低。可以理解为，同一类细胞用不同的模型解析，结果不同，对一些特殊细胞“公说公有理婆说婆有理”的分析结果往往难以得到广泛认
单细胞分离用于单细胞基因扩增
单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针，可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等，如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。 单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测；获得单克隆细胞；用于单细胞基因扩增，
单细胞分离用于单细胞基因扩增介绍
单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针，可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等，如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。 单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测；获得单克隆细胞；用于单细胞基因扩增，用
Namocell单细胞分离仪应用——单细胞测序
2018年11月，Namocell与CZ-Biohub（Chan Zuckerburg Biohub）合作，在单细胞测序领域做出了新的尝试。CZ-Biohub利用Namocell单细胞分离仪分选出目的B细胞，并且将其进行单细胞测序，为抗体新药的发现迈出了重要一步。单细胞RNA测序（scRNA-s
CloneSelect 单细胞分离系统 OR 传统单细胞克隆方法
CloneSelect™ Single-Cell Printer™ f.sight™ （ f.sight ）被开发用于满足这些需求， 它可以柔和地接种单个细胞至微孔，同时记录整个细胞接种过程，提供单克隆性的图像证据以及优异的接种后细胞生长用于细胞株开发在这个研究中，我们开展了六组实验，用无血清培养基
单细胞分离系统 OR 传统单细胞克隆方法对比
随着监管机构对细胞株开发的要求愈加严格，研究人员被要求开展单细胞克隆并提供细胞株源于单个细胞的证据（ 即单克隆性的证据 ）。 有限稀释是一个普遍接受的建立单克隆性的方法，它基于统计概率因此只有很少一部分（ 10-30% ）的微孔能被接种单个细胞。流式细胞分选是另一种传统的克隆方法，它可以高效地接种单
单细胞分离对单细胞测序领域的作用
单细胞分离可以采用特制的毛细管在载玻片的琼脂涂层上选取单孢子并切割下来，然后移到合适的培养基进行培养，分离法对操作技术有比较高的要求，多限于高度专业化的科学研究中采用。 它不仅仅可以用于分离单细胞，还可以用于nl级别试剂的分配和磁珠的分选，对于单细胞测序领域有着很大的帮助。快速高效接种单个活细胞至
准确率68.7％，基于Transformer架构的WES数据体细胞和种系CNV调用程序开发
拷贝数变异（CNV）与多种遗传性疾病的病因有很大关联。利用全外显子组测序（WES）数据准确检测 CNV 一直是临床上长期追求的目标。尽管最近性能有所提高，但这是不可能的，因为算法大多精度低，专家策划的黄金标准调用集的召回率甚至更低。 牛津大学（Oxford University）、瑞士洛桑联邦理工
单细胞凝胶电泳法检测单细胞DNA损伤
单细胞凝胶电泳（single-cell gel eiectrophoresis，SCGE）又称慧星试验（comet assay）是一项较新的电泳方法。自1978年被Rydcbert B.等人成功地用于检验DNA单链断裂以来，经过不断的改进，已成为一种快速、灵敏、简便的检测DNA损伤的方法，广泛地应用
Namocell单细胞分离仪应用介绍——藻类单细胞分离
Namocell单细胞分离仪最新应用：随着人们对环境研究的不断深入，研究人员逐渐将目光转向藻类的单细胞层面：有些需要对藻类进行单细胞级别的分析（如藻类单细胞测序等），也有需要对单细胞藻类进行培养。这样就面临一个棘手的问题，那就是如何获取藻类的单个细胞。通常实验室里的方式，是在显微镜下用毛细管吸取。这
单细胞的作用
在人体组织中有着令人难以置信的细胞类型、状态和相互作用的多样性。为了更好地了解这些组织和存在的细胞类型，scRNA-seq 提供了在单个细胞水平上研究表达情况的可能。scRNA-seq 可以用来：探索组织中存在哪些细胞类型识别未知/稀有细胞类型或状态阐明分化过程中或跨时间或跨状态的基因表达变化鉴定特
单细胞是什么
单细胞既可以指单细胞生物，比如细菌等，也可以指从多细胞生命体分离的单个细胞，比如实验室培养的人体细胞等。此外，受精卵也是单细胞，属于可以发育成完整生命体的全能干细胞。
什么是单细胞？
单细胞生物 生物可以根据构成的细胞数目分为单细胞生物（Protozoa）和多细胞生物（Metazoa）。单细胞生物只由单个细胞组成，个体微小，用肉眼很难看的见，大多数单细胞生物生活在水域环境中，有些寄生在我们身上。单细胞生物靠分裂繁殖（酵母菌在适宜的环境下出芽繁殖）单细胞生物包括所有古细菌和真细菌和
单细胞是什么
单细胞既可以指单细胞生物，比如细菌等，也可以指从多细胞生命体分离的单个细胞，比如实验室培养的人体细胞等。此外，受精卵也是单细胞，属于可以发育成完整生命体的全能干细胞。
单细胞分离技术
单细胞测序日趋火爆的原因很大程度上得益于单细胞分离技术的不断完善。这一讲，我们将跟大家一起回顾传统的单细胞分离技术，并重点介绍单细胞分离技术的新宠微孔芯片技术及微流控技术。图1为目前常见单细胞分离设备。图1：目前常见单细胞分离设备传统单细胞分离技术相信许多实验人员，都见过下面我们要介绍的传统的单细胞
什么是单细胞
单细胞生物 生物可以根据构成的细胞数目分为单细胞生物（Protozoa）和多细胞生物（Metazoa）。单细胞生物只由单个细胞组成，个体微小，用肉眼很难看的见，大多数单细胞生物生活在水域环境中，有些寄生在我们身上。单细胞生物靠分裂繁殖（酵母菌在适宜的环境下出芽繁殖）单细胞生物包括所有古细菌和真细菌和
Namocell单细胞分离仪在单细胞测序领域的应用
9月26至27日2019年细胞产业大会暨2019第四届（上海）细胞与肿瘤医疗高峰论坛在上海新南雅酒店举行。本届会议，邀请了全国30位专家学者、人物演讲、40家企业参展，400余人报名参会，逾500人参加了会议，就细胞储存、细胞治疗、细胞培养、细胞工程、细胞银行、细胞能量与代谢、细胞免疫学、细胞生理学
单细胞分离对单细胞测序领域有着很大的帮助
单细胞分离可以采用特制的毛细管在载玻片的琼脂涂层上选取单孢子并切割下来，然后移到合适的培养基进行培养，分离法对操作技术有比较高的要求，多限于高度专业化的科学研究中采用。 它不仅仅可以用于分离单细胞，还可以用于nl级别试剂的分配和磁珠的分选，对于单细胞测序领域有着很大的帮助。快速高效接种单个活细胞
将领域知识引入神经网络，MIT团队用光谱Transformer研究非靶向代谢组学图谱
代谢组学研究已经确定了介导细胞信号传导、竞争和疾病病理学的小分子，部分原因是大规模社区努力测量数千种代谢物标准品的串联质谱。然而，在临床样品中观察到的大多数光谱不能与已知结构明确匹配。令人惊讶的是，用于阐明小分子结构的深度学习方法无法与经典统计方法相媲美，科学家认为这可能是由于缺乏纳入当前神经网络架
单细胞分离技术应用于众多领域的单细胞分析
单细胞分离目前主要有三种选择：手动分离、荧光激活细胞分选和微流体技术。当然，除了成熟的方法，巧妙的新方法也在不断涌现，能以更高的准确性和特异性来分离单细胞。 将细胞分散到悬液中，会失去它们在组织里的位置信息。如果想了解单细胞所处的环境，就需要用到激光捕获显微切割技术，这种技术通过扫描组织切片来
单细胞分离仪在单细胞测序领域有着很大的帮助
单细胞分离仪可以实现从微孔芯片转移单细胞到细胞收集管中。单细胞转移分离系统集单细胞成像，单细胞隔离，单细胞选择功能于一体，自动聚焦成像。 转移单细胞到微管，PCR微孔板或其它反应微管中，在隔离单细胞后，它可以对选定收集的细胞进行扫描并成像，采用倒置荧光显微镜，配备自动扫描显微镜载物台，自
Nature：单细胞测序（上）
Nicholas Navin所需要的就只是一个细胞――问题是如何得到它。这是在2010年，冷泉港实验室的博士后研究员正在探究驱动乳腺癌的遗传改变。此前的大部分癌症基因组研究都是碾碎少量的肿瘤组织，一并将这些DNA进行测序，生成的是一张癌症基因组的一致图像。但Navin想要解析来自单个细胞的序
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。简介编辑细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。
单细胞动物的简介
没有神经系统,没有反射,只有“应激性” 草履虫等单细胞动物也是自然界中降解水体中有机物的主要动力。 草履虫是研究单细胞动物最好的标本，因为它具有这类动物的全部属性。单细胞动物就是只有由一个细胞构成的生物个体，这种动物往往比较低级，如很多细菌就是单细胞生物．其他生物就比单细胞生物要高级的多，而且身
如何－解读－单细胞－测序
单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。简介编辑细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。