新工具可轻松搜索世界已知10%的基因
一种功能类似于谷歌搜索的计算工具已经证明了它的前景——可以廉价且容易地搜索生物序列数据。开发该工具的瑞士团队表示,在一项原理验证研究中,他们利用该工具成功索引了10%世界已知DNA、RNA和蛋白质序列,同样的方法也可以用于完成其余部分。 日前,该进展在预印本平台bioRxiv上公布。这款名为MetaGraph的计算工具,可以将公开的序列数据组织并压缩为可搜索的格式,就像互联网搜索引擎对网页及其内容所做的那样。由此产生的索引可供下载,也可通过门户网站获得,用户可以扫描包含数万亿对碱基对和数十亿个氨基酸的序列。 没有参与该工作的美国马里兰大学的计算生物学家Rob Patro说,这项研究“是一项巨大成就,是对所有公开的测序数据进行索引这一重大挑战的里程碑。”这样的资源可以助力无数领域的研究,从鉴定新病毒到揭示与疾病相关的RNA序列。虽然MetaGraph并不是唯一一个旨在实现这一目标的项目,但该团队已经创建了迄今最大的索引,并......阅读全文
具有遗传风险的基因介绍SDHB基因
呼吸链的复合物II,特别参与琥珀酸的氧化,携带电子从FADH到COQ。复合物由四个核编码亚单位组成,并定位于线粒体内膜。铁硫亚单位高度保守,包含三个富含半胱氨酸的簇,这些簇可能包含酶的铁硫中心。该基因的零星和家族性突变导致副神经节瘤和嗜铬细胞瘤,并支持线粒体功能障碍和肿瘤发生之间的联系。
负相关基因ALK基因的临床解释
ALK基因编码一种受体酪氨酸激酶(eceptor tyrosine kinase ,RTK),为跨膜蛋白,属于胰岛素受体超家族,在大脑发育与及特定的神经元中起重要作用。最初在间变性大细胞淋巴瘤(anaplastic large cell lymphoma, ALCL)发现ALK-NPM1融合蛋白,目
具有遗传风险的基因介绍PDGFRA基因
PDGFRA基因编码的蛋白全名为血小板源性生长因子受体α,是一种细胞表面受体酪氨酸激酶,PDGFRA可以与其相应的配体PDGF结合后活化,再激活磷脂酰肌醇、cAMP及多种蛋白质的磷酸化途径,调控细胞的分裂和增殖,当基因激活异常时,则会导致肿瘤的发生并促进肿瘤血管生成,PDGFRA的突变与胃肠道间质瘤
具有遗传风险的基因介绍KIT基因
KIT基因编码的蛋白是干细胞因子受体SCFR,也被称为原癌基因c-kit或酪氨酸蛋白激酶kit或CD117,是一种受体酪氨酸激酶,这个基因突变与胃肠道间质瘤,肥大细胞病,急性髓性白血病有关。
具有遗传风险的基因介绍SDHA基因
这个基因编码琥珀酸泛醌氧化还原酶的一个主要催化亚单位,一个线粒体呼吸链的复合物。该复合物由四个核编码亚单位组成,位于线粒体内膜。这种基因突变与一种线粒体呼吸链缺乏症(leigh综合征)有关。在染色体3q29上发现了一个假基因。另外,已经发现该基因编码不同亚型的剪接转录变体。
具有遗传风险的基因介绍MAX基因
该基因编码的蛋白质是碱性螺旋环螺旋亮氨酸拉链(bhlhz)转录因子家族的成员。它能与其他家族成员形成同二聚体和异二聚体,包括mad、mxi1和myc。myc是一种参与细胞增殖、分化和凋亡的肿瘤蛋白。同二聚体和异二聚体竞争一个共同的dna靶位点(e盒),这些二聚体形式之间的重排提供了一个复杂的转录调控
具有遗传风险的基因介绍ATM基因
ATM基因编码的蛋白属于PI3/PI4激酶家族,这种蛋白是一种重要的细胞周期检查点激酶,通过磷酸化调控下游一系列重要蛋白,包括抑癌蛋白p53和BRCA1、检查点激酶CHK2、检查点蛋白RAD17和RAD9以及DNA修复蛋白NBS1。ATM和与其密切相关的蛋白ATR被认为是在细胞周期调控以及DNA损伤
基因编辑技术可以编辑所有基因吗
即便当前不能,以后会能的。基因编辑技术指能够让人类对目标基因进行“编辑”,实现对特定DNA片段的敲除、加入等。在过去几年中, 以ZFN (zinc-finger nucleases)和TALEN (transcription activator-like effector nucleases)为代表
关于基因重组的基因诊断的介绍
通过使用基因芯片分析人类基因组,可找出致病的遗传基因。癌症、糖尿病等,都是遗传基因缺陷引起的疾病。医学和生物学研究人员将能在数秒钟内鉴定出最终会导致癌症等的突变基因。借助一小滴测试液,医生们能预测药物对病人的功效,可诊断出药物在治疗过程中的不良反应,还能当场鉴别出病人受到了何种细菌、病毒或其他微
正相关基因KRAS基因的临床解释
KRAS (Kirsten Rat Sarcoma Viral Oncogene Homolog)基因是GDP/GTP结合蛋白,比较重要的同家族基因还包括HRAS和NRAS。KRAS与GTP结合呈激活状态,与GDP结合呈关闭状态,KRAS可被生长因子或酪氨酸激酶(如EGFR)短暂活化,活化后的KRA
具有遗传风险的基因介绍VHL基因
VHL基因的突变会导致林岛综合征(Von Hippel—Lindau Syndrome,VHL),即VHL综合征,也VHL基因名字的来源。VHL综合征是常染色体显性遗传性肿瘤疾病,一般包括肾囊肿、肾细胞癌、胰腺囊肿、胰腺癌、嗜铬细胞瘤、视网膜血管瘤、上皮性囊腺瘤和大脑脊髓的血管瘤病。发病机制为VHL
进口转基因大豆将带来“基因污染”
今年头两个月,黑龙江省大豆进口量激增,达到26.9万吨,同比增长6563.5%。而黑龙江省的大豆出口呈相反态势,今年头两个月仅出口1879吨,同比下降92.2%。 “一旦进口的转基因大豆占领黑龙江市场,危及的将不仅是当地世代以大豆种植为生的农户的利益和生存,黑龙江大豆的原产种源、环境也将遭
基因治疗或基因疗法的概念
基因治疗或基因疗法(英语:gene therapy)是利用分子生物学方法将目的基因导入患者体内,使之达成目的基因产物,从而使疾病得到治疗,为现代医学和分子生物学相结合而诞生的新技术。基因治疗作为疾病治疗的新手段,它已有一些成功的应用,并且科学突破将继续推动基因治疗向主流医疗发展。
基因突变和基因重组的区别
基因重组是指控制不同性状的基因重新组合。能产生大量的变异类型,但只产生新的基因型,不产生新的基因。基因重组发生在有性生殖的减数第一次分裂过程中,即四分体时期,同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换和减数第一次分裂后期非等位基因随着非同源染色体的自由组合而自由组合,基因重组是杂交育种的理论基础。基因突变是
具有遗传风险的基因介绍HFE-基因
该基因编码的蛋白是一种膜蛋白,与mhcⅠ类蛋白相似,与beta2微球蛋白(beta2m)相关。认为该蛋白通过调节转铁蛋白受体与转铁蛋白的相互作用来调节铁的吸收。铁储存障碍,遗传性血色素沉着症,是一种隐性遗传疾病,是由该基因缺陷引起的。至少有9个选择性剪接的变异已经被描述为这个基因。已发现其他变体,但
正相关基因Fanca基因的临床解释
Fanconi贫血互补组(FANC)目前包括Fanca、Fancb、Fancc、Fancd1(也称为brca2)、Fancd2、Fance、Fancf、Fancg、Fanci、Fancj(也称为brip1)、Fancl、Fancm和Fancn(也称为palb2)。先前定义的组fanch与fanca相
具有遗传风险的基因介绍FANCG基因
fanconi贫血互补组(fanc)目前包括fanca、fancb、fancc、fancd1(也称为brca2)、fancd2、fance、fancf、fancg、fanci、fancj(也称为brip1)、fancl、fancm和fancn(也称为palb2)。先前定义的组fanch与fanca相
具有遗传风险的基因介绍FANCC基因
Fanconi贫血互补组(FANC)目前包括Fanca、Fancb、Fancc、Fancd1(也称为brca2)、Fancd2、Fance、Fancf、Fancg、Fanci、Fancj(也称为brip1)、Fancl、Fancm和Fancn(也称为palb2)。先前定义的组fanch与fanca相
基因敲除真把整个基因敲掉吗?
一般我们把基因分成两类:编码蛋白的基因不编码蛋白的基因这两类基因的敲除方式有着很大的区别编码蛋白的基因这些基因的功能主要是通过编码区中的三联体密码所编码的蛋白来实现的。基因敲除的最终目的是让这个基因的蛋白产物不能发挥功能,或者蛋白不能表达。整个编码区统统删掉所有的密码都没了,当然就不能翻译出蛋白啦!
转基因技术的转基因标识方法
我国对转基因产品实行按目录定性强制标识制度。2002年,农业部发布了《农业转基因生物标识管理办法》,制定了首批标识目录,对在中华人民共和国境内销售的大豆、油菜、玉米、棉花、番茄5类17种转基因产品进行强制定性标识,其它转基因农产品可自愿标识。 目前,包括中国在内,全世界有70%的人口居住在已经批准种
简述基因治疗的基因转移方法
(1)特异正常基因的分离与克隆:应用重组DNA和分子克隆技术结合基因定位研究成果,已有不少基因并将会有更多人类基因被分离和克隆,这是基因治疗的前提,在当代分子生物技术条件下,一般来说,只要有基因探针和准确的基因定位,任何基因都可被克隆。除此,如今既可人工合成DNA探针,还可用DNA合成仪在体外人
具有遗传风险的基因介绍FH基因
该基因编码的蛋白质是三羧酸循环(tca)或krebs循环的酶组分,催化富马酸盐生成L-苹果酸。它以胞质形式和n-末端延伸形式存在,仅在所使用的翻译起始位点不同。n-末端延伸形式的靶向是线粒体,在线粒体中,延伸的移除产生与细胞质中相同的形式。它类似于一些耐高温的Ⅱ类延胡索酸酶,具有四聚体的功能。该基因
具有遗传风险的基因介绍BLM基因
bloom综合征基因产物与含有dna解旋酶的desh盒recq亚群有关,具有dna刺激的atp酶和atp依赖的dna解旋酶活性。引起布鲁姆综合征的突变会删除或改变螺旋酶基序,并可能使3'-5'螺旋酶活性丧失。正常蛋白可能起到抑制不适当重组的作用。
华大基因:挖掘基因测序的“超级金矿”
日前公布的2012年度深圳市科学技术奖拟奖名单上,奖金高达100万元的“市长奖”拟颁给一个37岁的年轻人;去年底,英国《自然》杂志评选出2012年科学界年度十大人物,他又是唯一入选的中国人。这个年轻人,就是华大基因研究院院长王俊。 他所在的深圳华大基因,没有享受到任何财政拨款,却坐上了《自
具有遗传风险的基因介绍MITF基因
该基因编码一个转录因子,包含碱性螺旋环螺旋和亮氨酸拉链结构特征。调节黑素细胞视网膜色素上皮的分化和发育,并负责黑素生成酶基因的色素细胞特异性转录。该基因的杂合子突变引起听觉色素综合征,如Waardenburg综合征2型和Tietz综合征。另外,还发现了编码不同亚型的剪接转录变体。
操纵基因和调节基因的鉴别
野生型的操纵子以被调节的方式进行表达,调节系统若发生突变可能使表达停止或者在没有诱导物存在时仍然表达。前者称为不可诱导性(uninducible)突变;后者对调节没有反应能力,无论诱导物是否存在都进行表达,故称为组成型突变(constitutive mutants)。操纵子调节系统的成份通过突变已被
具有遗传风险的基因介绍MUTYH基因
该基因编码一种参与dna氧化损伤修复的dna糖苷酶。这种酶在腺嘌呤与鸟嘌呤、胞嘧啶或8-氧-7,8-二氢鸟嘌呤(一种主要的氧化损伤的DNA损伤)不适当配对的部位从DNA主干上切除腺嘌呤碱。蛋白质定位于细胞核和线粒体。这种基因产物被认为通过在氧化损伤后引入单链断裂而在细胞凋亡信号中发挥作用。该基因突变
融合基因跟基因突变的区别
这应该是肿瘤患者用药过程中才会出现的问题 融合基因比例升高就意味着耐药性的产生 比如说ALK ROS 等基因的融合 专业角度来说的话基因融合和基因突变实际上是两个平行关系 属于基因变异的两者类型
操纵基因和调节基因的鉴别
野生型的操纵子以被调节的方式进行表达,调节系统若发生突变可能使表达停止或者在没有诱导物存在时仍然表达。前者称为不可诱导性(uninducible)突变;后者对调节没有反应能力,无论诱导物是否存在都进行表达,故称为组成型突变(constitutive mutants)。操纵子调节系统的成份通过突变已被