上海药物所发展出基于知识图谱的计算模型
9月19日,中国科学院上海药物研究所郑明月课题组在《细胞-基因组学》(Cell Genomics)上,发表了题为Identifying compound-protein interactions with knowledge graph embedding of perturbation transcriptomics的研究论文。该研究提出了基于知识图谱的计算模型PertKGE。这一模型以数据驱动的形式在微扰转录组数据中解耦出化合物-蛋白质相互作用。化合物和蛋白质是药物发现中两个基本实体,而关于二者相互作用的建模是药物发现的基础。目前,尚无通用的计算方法来预测和解释所有的化合物-蛋白质相互作用,但科研人员可以利用不同的生物数据并从多种研究视角构建化合物-蛋白质相互作图谱。在药物发现领域,微扰转录组学连接了药物发现中最重要的实体(化合物)和组学数据,提供了化合物微扰受试体后产生的直观微扰结果,为解耦化合物-蛋白质相互作用(CPI)......阅读全文
如何简单分析XRD图谱
XRD图谱峰的面积表示晶体含量,面积越大,晶相含量越高。峰窄说明晶粒大,可以用谢乐公式算晶粒尺寸。XRD图谱峰高如果是相对背地强度高,表示晶相含量高,跟面积表示晶相含量一致。XRD图谱峰高如果是A峰相对B峰高很多,两峰的高度比“A/C”相对标准粉末衍射图对应峰的高度比要大很多,那么这个材料是A方向择
如何阅读基因载体图谱?
基因载体是基因工程的核心,也是基因治疗中强有力的生物工具,我们先来认识和阅读载体图谱吧。 载体分类及载体组成元件 载体分类 1、按属性分类:病毒载体和非病毒载体 病毒载体是一种常见的分子生物学工具,可将遗传物质带入细胞,原理是利用病毒具有传送其基因组进入目的细胞,进行感染的分子机制。
xrd图谱怎么看
XRD图中有很多信息,如组成(物相)和结构、粒度、应力、结晶度等,其分析方法各不相同。比如,若是做物相分析,样品是已知物质的,你只要将XRD图谱与标准图进行比对就可以大致判断,一般设备中都会提供已知物数据库,供调用比对。若是做的未知物(新物相),则必须做纯,再用相应软件如PowderX等来处理,也有
如何阅读基因载体图谱
基因载体是基因工程的核心,也是基因治疗中强有力的生物工具,我们先来认识和阅读载体图谱吧。 一、载体分类及载体组成元件 载体分类 1、按属性分类:病毒载体和非病毒载体 病毒载体是一种常见的分子生物学工具,可将遗传物质带入细胞,原理是利用病毒具有传送其基因组进入目的细
核磁图谱怎么分析
目前应用的主要是氢谱和碳谱。以核磁共振氢谱为例,峰的数量就是氢的化学环境的数量,而峰的相对高度,就是对应的处于某种化学环境中的氢原子的数量。使用核磁共振仪自带的自动积分仪可以对各峰的面积进行自动积分,得到的数值用阶梯式积分曲线高度表示出来。 不同化学环境中的H,其峰的位置是不同的。峰的强度(也称为
基因图谱是什么
人类基因图谱名称: 人类基因图谱主题词或关键词: 生命科学内容人类基因组图谱今天将宣布完成。专家说,这是医学上一场革命的开始,但这场革命的成功将需要更长的时间。中国科学家承担了这个工程1%的工作量。人类的基因决定了人的生老病死,它存在于人体每一个细胞内的脱氧核糖核酸分子即DNA分子。DNA分子在细胞
简单EIS图谱分析
基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持着生命的基本构造和性能。储存着生命的种族、血型、孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。环境和遗传的互相依赖,演绎着生命的繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理过程。生物体的生、长、衰、病、老、死等一切生
XRD图谱要怎么分析
可以通过对材料进行XRD,分析其衍射图谱,获得材料的成分、材料内部原子或分子的结构或形态等信息。1、定性分析(XRD的最主要功能),通过八强峰匹配标准pdf卡片,得知样品是由哪些物质构成的。2、通过版看峰宽等来分析结晶度,峰越尖锐,结晶度越好。3、看信噪比,信噪比越高,说明这张XRD图拍得越好,越精
什么是基因图谱?
基因图谱指综合各种方法绘制成的基因在染色体上的线性排列图。生物的性状千差万别,决定这些性状的基因成千上万。这些基因成群地存在于遗传物质的载体——染色体上。基因定位就是要确定基因所在的染色体,并测定基因在特定染色体上线性排列的顺序和相对距离。通过测定重组率得到的基因线性排列图称为遗传图谱,将遗传重组值
诡异DSC图谱的解析
图1. 一张集诡异之大成的DSC图谱 热分析做多年了,好像经常碰到一些很诡异的图谱,令人百思不得其解。可能很多人得到一张很奇怪的图谱时,就会开始怀疑是否仪器有问题?或是样品有问题?否则怎么跟预期完全不同呢?其实,热分析毕竟还是属于材料科学的一环,再怎样诡异的图谱,经过理性的思维和分
迄今最精细黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱发布
近期,中国科学院自动化研究所脑网络组研究团队联合国内外科研机构,发布了迄今为止最精细的黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱(ChimpBNA)。这一成果为比较神经科学研究提供了重要工具,并为探讨人脑演化提供了新视角。黑猩猩是人类最亲近的灵长类亲戚之一,与人类共享约600万至800万年前的共同祖先。尽管
最大动物基因组图谱——南极磷虾基因组图谱破译
原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495141.shtm ? Cell官网截图。黄海水产研究所供图 日前,由中国水产科学研究院黄海水产研究所联合青岛华大基因研究院、德国阿尔弗雷德?魏格纳研究所、澳大利亚联邦科学
滴定知识
滴定是一种化学实验操作也是一种定量分析的手段。它通过两种溶液的定量反应来确定某种溶质的含量。滴定最基本的公式为: c1 V1 / ν1 = c2 V2 / ν2 其中c为溶液浓度,V为溶液体积,ν为反应方程序中的系数。 原理滴定过程需要一个定量进行的反应,此反应必须能完全进行,且速率要快,也就是平衡
玻璃知识
.物质的玻璃态 自然界中,物质存在着三种聚集状态,即气态,液态和固态。固态物质又有两种不同的形式存在,即晶体和非晶体(无定形态)。 玻璃态属于无定形态,其机械性质类似于固体,是具有一定透明度的脆性材料,破碎时往往有贝壳状断面。但从微观结构看,玻璃态物质中的质点呈近程有序,远程无序,因而又有些
研磨知识
利用涂敷或压嵌在研具上的磨料颗粒,通过研具与工件在一定压力下的相对运动对加工表面进行的精整加工(如切削加工)。研磨可用于加工各种金属和非金属材料,加工的表面形状有平面,内、外圆柱面和圆锥面,凸、凹球面,螺纹,齿面及其他型面。加工精度可达IT5~01,表面粗糙度可达Ra0.63~0.01微米。研磨方法
线虫知识
2002 生理或医学奖 Sydney Brenner John E Sulston H. Robert Horvitz这三位科学家以构造简单的线虫为研究对象,在观察线虫的细胞生长分化过程中,发现多个能够调控器官发育与细胞程序性死亡的基因;并且证明包括人类在内的高等生物体内也有相对应的基因存在。200
检验知识
红细胞形态学报告等实用性 问:能对做全细胞计数(CBC)的样品报告红细胞(RBC)形态学与全血细胞分类对照的实用性进行一下评论吗?我们目前对任何红细胞分布密度(RDW)17.0、或有异常RBC/HGB比率的样品均进行血片扫描。这些指南临床上有用吗?同样,我们对指数与形态学的相关性感到疑
乙烯知识
硫酸乙醇三比一,温计入液一百七。迅速升温防碳化,碱灰除杂最合适。 乙烯分子含双键,氧化加成皆不难。高锰酸钾紫红去,卤素氢气氢卤酸。 乙烯聚合好塑料,燃焰明亮出黑烟。乙烯水化制乙醇,氧化得醛又得酸。 解释: 1、乙烯分子含双键,氧化加成皆不难:这两句的意思是说因为乙烯中含有双键,所以易
Science绘制细胞药物反应图谱
为什么对于同一种药物人们会有不同的反应?研究人员第一次解开了与药物反应相关的遗传和环境因素,使得我们朝着预测出药物将会对我们造成的影响又近了一步。 来自英属哥伦比亚大学的研究人员将6,000种酵母菌株暴露于3,000种药物之中。他们对酵母菌株进行了改造使得能够测量这些酵母的反应。研究人员发
全球首份癌症病例图谱发布
日前,《科学》杂志刊登了瑞典科学家的重磅成果——全球首份癌症病例图谱“Atlas”,将数千种特定癌症相关基因与患者生存情况联系起来,发掘出32种不以癌症类型分类、但与80%人类癌症相关的“公共”基因,可作为潜在新药研发的精准靶点。新图谱被认为是肿瘤临床实践革命性改进的重要推手。 据《麻省理工技
失散医学图谱的崎岖归途
《实用解剖图谱》第三版封面。资料图片 父亲的遗作被选编入书,却没有署上父亲的名字。他将对方告上了法庭,终为父亲争回了著作权。然而,胜诉后的他没有丁点儿兴奋,“胜诉甚至获得赔偿都不是我的目的,”这位72岁的儒雅老人语气坚定,“父辈们呕心沥血创作的数千张优秀医学美术作品原件,是依照中国人的身体标
全球首份土壤病毒图谱绘成
一个包括美国太平洋西北国家实验室在内、由全球近50个机构组成的国际联盟,成功绘制出了首份全球土壤病毒(GSV)图谱。该图谱对全球土壤病毒圈进行了全面描述,阐释了土壤病毒对全球生物地球化学过程可能的影响,并揭示了有望在哪些领域进一步开展土壤病毒生态学研究等重要信息。相关论文发表于新一期《自然·微生物学
中药指纹图谱的分类
狭义的中药指纹图谱是指中药化学(成分)指纹图谱,广义的中药指纹图谱则可按应用对象、测定手段进行不同的分类。 中药指纹图谱按测定手段可分为中药化学(成分)指纹图谱和中药生物指纹图谱。中药生物指纹图谱主要是测定各种中药材的DNA图谱,由于每个物种基因的唯一性和遗传性,中药材DNA指纹图谱可用于对中药材的
全球首份土壤病毒图谱绘成
科技日报北京8月6日电 (记者刘霞)一个包括美国太平洋西北国家实验室在内、由全球近50个机构组成的国际联盟,成功绘制出了首份全球土壤病毒(GSV)图谱。该图谱对全球土壤病毒圈进行了全面描述,阐释了土壤病毒对全球生物地球化学过程可能的影响,并揭示了有望在哪些领域进一步开展土壤病毒生态学研究等重要信息。
eis图谱怎么看阻抗
通过搭建合适的等效电路对EIS数据进行拟合,拟合可以得到电容值。发表文章,搭建拟合电路是关键,这里建议参照并引用一些文献,说服力大一点。稳定性关系:扰动不会引起系统内部结构发生变化,当扰动停止后,系统能够恢复到原先的状态,可逆反应容易满足稳定性条件,不可逆电极过程,只要电极表面的变化不是很快,当扰动
XPS图谱之全谱分析
全谱分析一般用来说明样品中是否存在某种元素。比较极端的,对于某一化学成分完全未知的样品,可以通过XPS全谱分析来确定样品中含有哪些元素(H和He除外)。而更多情况下,人们采用已知成分的原料来合成样品,然后通过XPS全谱来确定样品中到底含有哪些元素;或者对某一已知成分的样品进行某种处理(掺杂或者脱除)
尿液检验常见尿沉渣图谱
尿沉渣检查是指用显微镜对离心后尿液的沉渣物(尿中有形成分)进行检查,是尿液干化学分析仪不能替代的。尿沉渣检查对泌尿系统疾病诊断十分重要。我们选取了一些图谱给大家复习一下哦! 红细胞大于3个/高倍镜视野即为镜下血尿。增多见于泌尿系统的炎症、肿瘤、结石性等疾病。如以形态异常的红细胞为主,提示肾性疾病;
“指纹图谱”解开灵芝“密码”
全球权威药学专业期刊《美国质谱学杂志》日前公布了中国科学院上海中药现代化研究中心一项最新研究成果:科学家们从上海绿谷集团的灵芝产品中分离鉴定出5 大类32种灵芝三萜,其中6种是首次发现的新活性物质。与此同时,绿谷集团自主研发的灵芝、丹参、枸杞等5大系列、10余种创新中药先后拿到12个国家的
尿液检验常见尿沉渣图谱
尿沉渣检查是指用显微镜对离心后尿液的沉渣物(尿中有形成分)进行检查,是尿液干化学分析仪不能替代的。尿沉渣检查对泌尿系统疾病诊断十分重要。我们选取了一些图谱给大家复习一下哦!红细胞大于3个/高倍镜视野即为镜下血尿。增多见于泌尿系统的炎症、肿瘤、结石性等疾病。如以形态异常的红细胞为主,提示肾性疾病;但也