挑出CpG甲基化位点的新策略

DNA甲基化是基因表达的一种有效的调节器。DNA甲基化主要发生在富含CG的区域,所以称为CpG岛。如CpG岛位于某基因的启动子区域,CpG岛的甲基化会显著降低甚至完全沉默该基因的转录,继而影响蛋白的表达。但是,如何决定一个目标位点的甲基化是否会影响转录,是具有挑战性的。最近,约翰霍普金斯大学的研究人员研制出一种新方法,可以阐明这个问题。 CpG二核苷酸上的DNA甲基化,是真核生物中被充分研究过的一种表观遗传转录调控机制。通常,这种形式的甲基化涉及到多个位点,但是单个CpG位点的甲基化也会影响基因的表达。为了促进单一位点甲基化研究的发展,约翰霍普金斯大学的Marc Ostermeier和他以前的研究生Brian Chaikind,开发出一种新技术,可以选择优化的位点特异性DNA甲基转移酶,相关研究结果发表在最近的《PLoS One》。 Ostermeier的这种最新方法以其研究小组以前描述过的一种方法为基础,利用一种裂开的......阅读全文

核糖体结合位点

核糖体结合位点(ribosomebinding site,简称RBS),是指mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处,存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-,可被16SrRNA通过碱基互补精确识别的序列。

SNP位点的选择原则

1,如果是检测基因的所有已知的SNP,那么首先要去了解并查询到这些SNP位点,SNP位点可以通过查询dbSNP数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)和TSC(The SNP Consortium)数据库(http://snp.cshl.org/),可以获知基因及上

降水监测降水采样点监测点位环境要求

①采样点应位于开阔、平坦的地区,测点周围的下垫面无裸露上壤,以免风沙扬尘的影响。②采样点应避开局地污染排放源,包括排放酸碱物质的烟尘、粉尘和生活排放源、废物堆积场、停车场以及交通T线等。③采样点周应无遮挡雨、雪的障碍物,其中包括房屋、桥梁、高大树木等。障碍物与采样器之间的水平距离不得小于该障碍物高度

研究人员利用“机器学习”帮助鉴定磷酸化位点

  EMBL的欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)的研究人员创建了迄今为止最大的参考磷酸化蛋白质组,将近120000个人类磷酸化位点。为了识别最重要的成员,他们使用了一种机器学习方法,能够根据功能重要性对其进行排名。  蛋白质是细胞的核心分子机器,可以通过类似于分子开关的蛋白质修饰来调节。磷酸化

RNA甲基化研究

近期华人科学家辛辛那提大学陈建军教授研究了METTL14和m6A RNA甲基化修饰在正常和恶性造血过程中的重要作用,表明SPI1-METTL14-MYB/MYC信号轴在髓系分化以及白血病发生过程中的作用。该研究于2018年1月发表在干细胞顶级期刊《Cell Steam Cell》(影响因子:

位点专一诱变的概念

中文名称位点专一诱变英文名称site-specific mutagenesis;site-directed mutagenesis定  义使DNA分子中某一特定的核苷酸序列发生改变。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

细胞化学词汇加帽位点

中文名称:加帽位点英文名称:cap site定  义:mRNA中加帽结构的部位,该位点在前体mRNA的5'端。应用学科:遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

细胞化学词汇进入位点

中文名称:进入位点英文名称:entry site定  义:特指氨酰tRNA进入核糖体的部位。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

无嘌呤嘧啶位点的概念

所有细胞中都带有不同细胞类型,能识别受损核酸位点的糖苷水解酶,它能特异性切除受损核苷酸上的N-β糖苷键,在DNA链上形成去嘌呤或去嘧啶位点,统称为AP位点。

大脑RNA编辑位点“辞典”发布

美国西奈山伊坎医学院研究人员对大脑中的数千个位点进行了编目,在这些位点中,RNA在整个人类生命周期中被修饰,这个过程被称为腺苷到肌苷(A-to-I)编辑,其为理解大脑发育的细胞和分子机制以及它们如何影响健康和疾病提供了重要的新途径。在《细胞报告》上发表的论文中,研究团队描述了大脑中RNA编辑的速率如

位点专一诱变的定义

中文名称位点专一诱变英文名称site-specific mutagenesis;site-directed mutagenesis定  义使DNA分子中某一特定的核苷酸序列发生改变。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

什么是位点专一诱变?

中文名称位点专一诱变英文名称site-specific mutagenesis;site-directed mutagenesis定  义使DNA分子中某一特定的核苷酸序列发生改变。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

土壤现状监测点位如何选择

  根据土壤导则要求污染影响型建设项目,二级要求监测柱状样和表层样,三级要求监测表层样。如果建设项目场地已经硬底化,该如何如何选取监测点?是需要把已经硬底化的场地破坏还是另外选取监测点?    根据建设项目实际情况,如果项目场地已经做了防腐防渗(包括硬化)处理无法取样,可不取样监测,但需要详细说明

位点专一诱变的定义

中文名称位点专一诱变英文名称site-specific mutagenesis;site-directed mutagenesis定  义使DNA分子中某一特定的核苷酸序列发生改变。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

细胞化学词汇无嘧啶位点

中文名称:无嘧啶位点英文名称:apyrimidinic site定  义:核酸中脱去嘧啶碱的部位。产生的醛基,易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

细胞化学词汇无嘌呤位点

中文名称:无嘌呤位点英文名称:apurinic site定  义:核酸中脱去嘌呤碱的部位。产生的醛基,易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

关于位点特异重组的简介

  位点特异性重组(sile-specific recombinalion)是指发生在特定的DNA序列之间的片段交换,序列之间不要求有同源性。位点特异性重组发生于包括基因表达调控、胚胎发育过程中的程序性基因重排、免疫球蛋白基因的重排、一些病毒DNA和质粒复制周期中发生的整合与解离等过程中。

精确转录因子结合位点绘图

  “掌握转录因子活动控制高等生物发育的基本原理非常有用,”纽约大学生物学系教授Stephen Small说。“更具体地讲,这项机理的发现为由于转录因子受到干扰的突变基因导致胚胎发育深层破坏和一系列疾病提供了一个潜在的治疗途径。”  这项研究发表于《Genes & Development》,参与研究

酶的活性位点的定义

酶的活性位点通常是蛋白质表面一个能够让底物结合和嵌入的凹陷或裂隙,底物通常通过不同的相互反应结合位点上与现存的氨基酸结合,如:氢键、离子键、范德华力相互作用或偶极-偶极相互作用。例如,底物可能通过氢键结合在丝氨酸残基上,也可通过离子键结合在天冬氨酸残基上,或通过范德华力结合在苯丙氨酸残基上。这些结合

序列标签位点图的定义

中文名称序列标签位点图英文名称sequence tagged site map定  义标明序列标签位点在基因组上位置的物理图。应用学科遗传学(一级学科),基因组学(二级学科)

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP试剂、试剂盒乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材培养室MS 培养基实验步骤一、转基因插入位点的数目第一代( T0)转基因植株外源基因的插入位点数目,一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行,但是一般选择转基因植株自交,或与野生型测交后得到的

基因插入位点和模式实验

实验材料dCTP                                                          试剂、试剂盒乙醇                                                                  次氯酸钠    

酶的活性位点的作用

酶的活性位点通常是蛋白质表面一个能够让底物结合和嵌入的凹陷或裂隙,底物通常通过不同的相互反应结合位点上与现存的氨基酸结合,如:氢键、离子键、范德华力相互作用或偶极-偶极相互作用。例如,底物可能通过氢键结合在丝氨酸残基上,也可通过离子键结合在天冬氨酸残基上,或通过范德华力结合在苯丙氨酸残基上。这些结合

土壤现状监测点位如何选择

  根据土壤导则要求污染影响型建设项目,二级要求监测柱状样和表层样,三级要求监测表层样。如果建设项目场地已经硬底化,该如何如何选取监测点?是需要把已经硬底化的场地破坏还是另外选取监测点?    根据建设项目实际情况,如果项目场地已经做了防腐防渗(包括硬化)处理无法取样,可不取样监测,但需要详细说明

细胞化学词汇无碱基位点

中文名称:无碱基位点英文名称:abasic site定  义:核酸中失去碱基的部位。该部位碱基失去后,产生一个醛基,易发生β消除反应而使核酸链在该处断裂。应用学科:生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

如何寻找转录起始位点

一、引物延伸分析(primer extension analysis) 引物延伸分析用于定量mRNA的量,测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端, 确定转录的精确起始。特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域,随后用RNA作为模板,用反转录酶延伸引物得到cDNA,

转录因子定义和结合位点

定义人类金属巯基因调节区转录因子(transcription factor)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。结合位点转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS)是转录因子

无嘌呤嘧啶位点的定义

所有细胞中都带有不同细胞类型,能识别受损核酸位点的糖苷水解酶,它能特异性切除受损核苷酸上的N-β糖苷键,在DNA链上形成去嘌呤或去嘧啶位点,统称为AP位点。

如何寻找转录起始位点?

一、引物延伸分析(primer extension analysis)引物延伸分析用于定量mRNA的量,测定低丰度的mRNA的种类。另外引物延伸实验可标定转录产物的5`-端, 确定转录的精确起始。特异的末端标记的引物退火到RNA链的互补区域,随后用RNA作为模板,用反转录酶延伸引物得到cDNA,用变

为什么蛋白质保守丝氨酸位点是其磷酸化位点

磷酸化位点一般有丝氨酸,苏氨酸,酪氨酸。其中,丝氨酸和苏氨酸是最常见的磷酸化位点,因为其结构末端含有羟基,羟基很活泼,可以与磷酸基团结合。磷酸化的过程就是传递磷酸基团。所以说,蛋白质中如果某个丝氨酸很保守的话,很大程度上就是磷酸化位点。