中国科大在蛋白质设计领域取得进展

近日,中国科学技术大学生命科学学院刘海燕教授、陈泉副教授研究组在蛋白质结构功能设计研究领域取得新进展,研究成果发表在10月27日出版的Nature Communications上。 蛋白质氨基酸序列和空间结构之间的关系是科学界悬而未决的课题。国际上蛋白质设计领域有实验验证的自动设计方法只有寥寥一两种,且蛋白质全序列从头设计的成功率还很低。 统计能量函数是一种从天然蛋白质序列和结构数据中抽提、总结得出的普适性模型,有了准确的能量模型,就可以通过优化序列能量进行蛋白质设计。研究人员提出了一种用全新策略构建的统计能量函数,理论分析表明其设计结果显著不同于、且在一些重要方面优于现有最好的蛋白质设计模型。研究人员还将一种基于融合内酰胺酶活性的在体检测方法应用于从头设计蛋白折叠性的高效鉴定和改进。研究人员还通过三套目标主链结构从头设计的序列,获得了四个稳定折叠的人工蛋白;用核磁共振方法解析了其中两个蛋白质的溶液结构,其实际空间结构与......阅读全文

AI能“构想”新蛋白质结构

科技日报北京12月2日电 (实习记者张佳欣)半个世纪以来,科学家一直在寻找解决“蛋白质折叠问题”的方法。这是生物学领域的一项重大挑战,难倒了几代科学家。但现在,人工智能(AI)解决了这一问题。据《自然》杂志1日发表的论文,包括美国华盛顿大学、伦斯勒理工学院和哈佛大学的研究人员在内的研究小组描述了一种

蛋白质复合物的结构

蛋白质复合物的分子结构可以通过实验技术确定,例如X射线晶体学,单颗粒分析或核磁共振。蛋白质-蛋白质对接的理论选择也越来越多。是通常用于识别一个meomplexes方法是免疫沉淀。最近,Raicu及其同事开发了一种确定活细胞中蛋白质复合物的四级结构的方法。该方法基于确定像素级Förster共振能量转移

关于βBGT蛋白质结构的简介

  β-银环蛇毒素最初是从台湾银环蛇(Bungarus multicinctus)中分离鉴定出的为突触前碱性多肽神经毒素,由A链和B链两条链构成,其分子量为20~22kD,等电点为8.8~9.7。A链通过Cys15和B链的Cys55相连,把2条链连接起来。 [27] A链含120个氨基酸,有13个半

蛋白质组结构和功能特点

蛋白质组(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出,指由一个基因组(Genome),或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(protein). 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。在转录时,一个基因可以多种mRNA形式剪接,一个蛋白质组不是一个基

关于蛋白质结构的内容介绍

  蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。蛋白质主要由碳、氢、氧、氮等化学元素组成,是一类重要的生物大分子,所有蛋白质都是由20种不同氨基酸连接形成的多聚体,在形成蛋白质后,这些氨基酸又被称为残基。  蛋白质和多肽之间的界限并不是很清晰,有人基于发挥功能性作用的结构域所需的残基数认为,若残基数少于40

蛋白质结构预测(protein-structure-prediction)

一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质,基因规定了组成蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成,但是,它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和相应的生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能,也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的。确定蛋白质的结构对于生物

突变按照蛋白质结构改变分类

按照蛋白质结构改变分类移码突变任何不能被3整除的插入或缺失引起的突变称为移码突变。由于密码子的三联体性质,插入或缺失破坏了阅读框或密码子的分组,从而导致与野生型完全不同的翻译  。缺失或插入发生位置在序列中越靠前,引起的蛋白质变化越明显。相反,任何可被3整除的插入或缺失引起的突变称为框内突变。同义突

蛋白质序列分析和结构预测

【实验目的】   1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;  2、熟悉蛋白质基本性质分析;  3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;  4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】   1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(ad

关于蛋白质结构肽键的介绍

  两个氨基酸可以通过缩合反应结合在一起,并在两个氨基酸之间形成肽键。而不断地重复这一反应就可以形成一条很长的残基链(即多肽链)。这一反应是由核糖体在翻译进程中所催化的。肽键虽然是单键,但具有部分的双键性质(由C=O双键中的π电子云与N原子上的未共用电子对发生共振导致),因此C-N键(即肽键)不能旋

关于κBGT蛋白质结构的介绍

  κ-BGT是1983年从台湾产银环蛇毒素中首次分离、分子量6500,等电点为9.1的一种神经毒素,由于k-BGT能选择性地阻断α3β2亚型,被认为是少数能作为神经元烟碱乙酰胆碱受体(nAChRs)分型的特异性工具之一。κ-BGT的蛋白质一级结构由A、B两条链构成,每条链由66个氨基酸残基组成,含

蛋白质结构解析的方法简介

到目前为止,蛋白质结构解析的方法主要是两种,x射线衍射和NMR。近年来还出现了一种新的方法,叫做Electron Microscopy。其中X射线的方法产生的更早,也更加的成熟,解析的数量也更多,我们知道,第一个解析的蛋白的结构,就是用x晶体衍射的方法解析的。而NMR方法则是在90年代才成熟并发展起

关于蛋白质结构的分类介绍

  对蛋白质结构进行分类的方法有多种,有多个结构数据库(包括SCOP、CATH和FSSP)分别采用不同的方法进行结构分类。存放蛋白质结构的PDB数据库中就引用了SCOP的分类。对于大多数已分类的蛋白质结构来说,SCOP、CATH和FSSP的分类是相同的,但在一些结构中还有所区别。

关于蛋白质结构的类型介绍

  许多蛋白质都可以被分为多个结构组成单元,结构域就是这样一个组成单元。结构域一般可以自稳定,且常常独立进行折叠,而不需要蛋白质其他部分的参与;很多结构域都有自己独特的生物学功能。很多结构域并不是一个基因或基因家族对应蛋白质的独特结构单元,而往往是许多类蛋白质的共同结构单元。结构域常常是以其生物学功

蛋白质的种类和结构特点

蛋白质:亦称朊。一般分子量大于10000。蛋白质是生物体的一种主要组成物质,是生命活动的基础。各种蛋白质中氨基酸的组成、排列顺序、肽链的立体结构都不相同。已有多种蛋白质的氨基酸排列顺序和立体结构搞清楚了。蛋白质按分子形状可分为纤维状蛋白和球状蛋白。纤维蛋白如丝、毛、发、皮、角、蹄等,球蛋白如酶、蛋白

关于蛋白质结构的组成介绍

  一、化学组成:  (1)单纯蛋白质:仅含有AAs;  (2)结合蛋白质:由AAs和其他非蛋白质化合物所组成;  (3)衍生蛋白质:用化学或酶学方法得到的化合物。  二、分子组成:  基本单位:氨基酸 有不同的AAs通过肽键相互连接而成;  蛋白质→眎→胨→多肽→二肽→多肽→氨基酸。  三、元素组

噬菌体的蛋白质结构介绍

  无尾部结构的二十面体:这种噬菌体为一个二十面体,外表由规律排列的蛋白亚单位——衣壳组成,核酸则被包裹在内部。  有尾部结构的二十面体:这种噬菌体除了一个二十面体的头部外,还有由一个中空的针状结构及外鞘组成的尾部,以及尾丝和尾针组成的基部。  线状体:这种噬菌体呈线状,没有明显的头部结构,而是由壳

蛋白质序列分析和结构预测

【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;2、熟悉蛋白质基本性质分析;3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测;4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)

简述黏蛋白的蛋白质结构

  成熟黏蛋白是由两个不同的区域:  氨基和羧基末端区域被轻度糖基化,且富含半胱氨酸。半胱氨酸残基参与建立二硫内和黏蛋白单体之间的联系。  的10〜80残基序列的多个串联重复序列,其中多达一半的形成的大的中央区域的氨基酸是丝氨酸或苏氨酸。这个区域被与数百饱和O-连接的寡糖。N-连接寡糖中也发现对粘蛋

蛋白质(十二)相关研究

相关研究延长寿命据国外媒体11日报道,一项开创性研究可能成为老年人长寿和保持健康的关键。美国研究人员发现一种名为SIRT1的蛋白质。它不仅可以延长老鼠寿命,还能推迟和健康有关的发病年龄。另外,它还改善老鼠的总体健康,降低胆固醇水平,甚至预防糖尿病。研究人员表示,虽然这项研究是在老鼠身上进行的,但它有

蛋白质(十五)主要研究

主要研究历史在18世纪,安东尼奥·弗朗索瓦(Antoine Fourcroy)和其他一些研究者发现蛋白质是一类独特的生物分子,他们发现用酸处理一些分子能够使其凝结或絮凝。当时他们注意到的例子有来自蛋清、血液、血清白蛋白、纤维素和小麦面筋里的蛋白质。荷兰化学家格利特·马尔德(Gerhardus Joh

蛋白质的研究方法

   蛋白质是被研究得最多的一类生物分子,对它们的研究包括“体内”(in vivo)、“体外”(in vitro)、和“在计算机中”(in silico)。体外研究多应用于纯化后的蛋白质,将它们置于可控制的环境中,以期获得它们的功能信息;例如,酶动力学相关的研究可以揭示酶催化反应的化学机制和与不同底

蛋白质组研究系统

4700 TOF/TOF蛋白质组分析系统4700TOF/TOF蛋白质组分析系统是全球第一台TOF/TOF 串联飞行质谱仪,它作为目前的最新质谱技术,它一问世即被世界各大蛋白组研究中心和著名蛋白质实验室所争相采用。它由两级TOF和高能碰撞池组成,其工作原理是离子在MALDI源中产生并被加速和聚焦;对于

蛋白质的结构域与三级结构的分类α/β型结构

一、结构域是蛋白质三级结构的基本结构单位和功能单位  蛋白质三级结构的基本结构单位是结构域。一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由几个结构域组成,故结构域是能够独立折叠为稳定的三级结构的多肽链的一部分或全部。结构域也是功能单位,通常多结构域蛋白质中不同的结构域是与不同的功能相关联的。许多已知的例子表

苏州纳米所等在蛋白质纳米结构单功能化研究中取得进展

  蛋白质纳米结构因其大小均一、组装可控、易于改造和大量制备等特性受到了越来越多的关注。作为典型代表,蛋白质纳米壳(例如病毒纳米颗粒、铁蛋白、热休克蛋白等)具有空心对称结构,在纳米材料合成、纳米颗粒排布、纳米器件组装、生物活性分子可控输送等方面已显现出诱人的应用价值。打破蛋白纳米壳表

耳朵能“听”出蛋白质结构突变

  能想象吗,用耳朵也能研究蛋白质!一国际研究小组20日在线上杂志《Heliyon》发表文章称,他们研发出一种声处理技术,可将蛋白质数据转换成有旋律的乐曲,科学家经过一定训练后即可从中听出不同的蛋白质结构,从而发现异常突变。研究人员称,这一独特的研究手段为枯燥的蛋白质研究添加了一点儿趣味。  一双慧

关于γBGT蛋白质结构的基本介绍

  γ-BGT是从银环蛇毒腺中分离出的一种新的突触后神经毒素。Aird SD等(1999)利用质谱测量法和Edman降解法测定了其一级结构。γ-BGT的一级结构由68个氨基酸残基构成,分子量为7524.7。其氨基酸序列为:MQCKTCSFYT CPNSETCPDGKNICVKR-SWT AVRGDG

关于蛋白质工程的结构分析

  蛋白质工程的核心内容之一就是收集大量的蛋白质分子结构的信息,以便建立结构与功能之间关系的数据库,为蛋白质结构与功能之间关系的理论研究奠定基础。三维空间结构的测定是验证蛋白质设计的假设即证明是新结构改变了原有生物功能的必需手段。晶体学的技术在确定蛋白质结构方面有了很大发展,但是最明显的不足是需要分

蛋白质三级结构的特点

蛋白质的三级结构是指在生物化学里,蛋白质的三级结构是指其整体形状,亦称为其折叠,整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置,即整条肽链的三维空间结构。

不同层次的蛋白质结构的介绍

  蛋白质结构,从一级结构到四级结构  蛋白质的分子结构可划分为四级,以描述其不同的方面:  一级结构:组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。  二级结构:依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠。  三级结构:通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋

不同层次的蛋白质结构的介绍

  蛋白质结构,从一级结构到四级结构  蛋白质的分子结构可划分为四级,以描述其不同的方面:  一级结构:组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。  二级结构:依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠。  三级结构:通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋