Nature子刊：12种癌症中找到16个关键基因网络
来自布朗大学的研究人员利用一种新型计算机算法，筛选庞大的遗传数据，从中发现了几个相互作用的基因，这些基因一旦突变就会导致多种癌症的发生发展。 研究人员将这种运算方法称之为 Hotnet2，可以用于分析癌症基因组图谱（TCGA）项目中12种不同类型癌症的遗传数据。此次研究人员聚焦的是体细胞突变，也就是非父母遗传的突变，我们会携带一生的突变。他们在3281个样品中发现了16个关键基因网络，其中几个在之前的研究中并未发现其与癌症的重要关联。 这一研究成果公布在Nature Genetics杂志上，这将能帮助科学家们寻找驱使癌症发生的体细胞突变，目前可以在线下载Hotnet2软件。 这项研究没有选择癌症遗传学研究，而是采用了与众不同的方式，寻找癌症样品中频繁出现的单个基因的突变。基因并不会常常独自作战，主要还是与其它基因形成网络和途径，调控细胞功能。在某些情况下，途径中多个基因中出现一个突变，就会引发故障发生，导致癌症。因为......阅读全文
癌症相关的基因突变类型及临床解释ANKRD46
这个基因编码一种含有多个锚蛋白重复序列的蛋白质锚蛋白结构域在多种细胞过程中的蛋白质-蛋白质相互作用中发挥作用。选择性剪接导致多个转录变体。
癌症相关的基因突变类型及临床解释ANK3
ankyrins是一个蛋白质家族，被认为能将完整的膜蛋白与潜在的spectrin-actin细胞骨架连接起来，并在细胞运动、活化、增殖、接触和维持特殊膜域等活动中发挥关键作用。锚蛋白的多个亚型对不同的靶蛋白具有不同的亲和力，以组织特异性、发育调控的方式表达大多数锚蛋白通常由三个结构域组成：含有多个锚
癌症相关的基因突变类型及临床解释－－ADGRB1
血管生成是由新血管生长的刺激剂和抑制剂之间的局部平衡控制的，并且在正常生理条件下被抑制血管生成对实体瘤的生长和转移至关重要为了获得生长所需的血液供应，肿瘤细胞在诱导因子分泌增加和内源性负调节因子产生减少的情况下，具有很强的血管生成和吸引新血管的能力bai1在内含子中至少包含一个“功能性”p53结合位
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ARHGAP26
细胞与细胞外基质的相互作用触发整合素细胞表面受体开始调节肌动蛋白细胞骨架组织的信号级联。参与这些级联反应的蛋白之一是粘着斑激酶该基因编码的蛋白是一种GTPase激活蛋白，它与粘着斑激酶结合并介导GTP结合蛋白RHOA和CDC42的活性。该基因缺陷是青少年粒单核细胞白血病（JMML）的病因之一已发现该
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ABCC2
该基因编码的蛋白质是atp结合盒（abc）转运蛋白超家族的成员。abc蛋白通过细胞外和细胞内的膜运输各种分子。abc基因分为七个不同的亚家族（abc1，mdr/tap，mrp，ald，oabp，gcn20，white）。该蛋白是mrp亚家族的一员，参与多药耐药。这种蛋白在肝细胞的小管（顶端）部分表达
癌症相关的基因突变类型及临床解释ZEB1
这个基因编码锌指转录因子。编码蛋白可能在白细胞介素2的转录抑制中起作用。该基因突变与后多形性角膜营养不良-3和晚发型Fuchs内皮性角膜营养不良有关。另外，还描述了编码不同亚型的剪接转录变体。
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ARAP3
该基因编码一种磷酸肌醇结合蛋白，包含ARF-GAP、RHO-GAP、RAS结合和pleckstrin同源结构域ARF-GAP和RHO-GAP结构域协同介导细胞骨架和细胞形态的重排是一种特异性的PtdIns（3,4,5）P3/PtdIns（3,4）P2刺激的Arf6间隙蛋白已发现该基因的选择性剪接转录
癌症相关的基因突变类型及临床解释AFF4
该基因编码的蛋白属于白血病相关转录因子AF4家族它是正转录延长因子b（p-tefb）复合物的组成部分。在患有ins（5；11）（q31；q31q23）的婴儿急性淋巴细胞白血病中发现了一个染色体易位，涉及该基因和11号染色体上的mll基因。
牛津大学发现的基因突变，居然还能防止癌症复发？
日前，英国牛津大学的科学家与欧洲其它研究所的研究人员合作发现，在一部分肠癌(Bowel Cancer)患者的肿瘤中存在着的一种罕见基因突变，与这些患者更好的预后相关——携带这类基因突变的患者可能在手术后不需要化疗，就能防止肠癌复发。 对癌症进行精准医疗的基础在于通过生物标记物，将癌症患者分为不
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ABCB1
由该基因编码的膜相关蛋白是ATP结合盒（ABC）转运蛋白超家族的成员。ABC蛋白通过细胞外膜和细胞内膜转运各种分子。ABC基因分为7个不同的亚家族（abc1，mdr/tap，mrp，ald，oabp，gcn20，white）。这种蛋白是MDR/TAP亚家族的成员。MDR/TAP亚家族成员参与多药耐药
癌症相关的基因突变类型及临床解释APEX1
无嘌呤/无嘧啶（AP）位点经常出现在DNA分子中，通过自发水解、DNA损伤剂或DNA糖基化酶去除特定的异常碱基AP位点是可以阻止正常DNA复制的突变前损伤，因此细胞含有识别和修复这些位点的系统II类AP内切酶将磷酸二酯主链5'切割到AP位点。该基因编码人类细胞中的主要AP内切酶这个基因的剪接
癌症相关的基因突变类型及临床解释－－ADAMTS6
该基因编码ADAMTS（一种具有血小板反应蛋白基序的去整合素和金属蛋白酶）蛋白家族的成员。家族成员共享几个不同的蛋白质模块，包括一个预肽区、一个金属蛋白酶结构域、一个类去整合素结构域和一个血栓反应蛋白1型（TS）基序这个家族的个别成员在c-末端ts基序的数目上不同，有些成员具有独特的c-末端结构域。
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ABCG2
由该基因编码的膜相关蛋白包含在ATP结合盒（ABC）转运子的超家族中。ABC蛋白通过细胞外膜和细胞内膜转运各种分子。ABC基因分为7个不同的亚家族（abc1，mdr/tap，mrp，ald，oabp，gcn20，white）。这种蛋白是白色亚家族的成员。或者称为乳腺癌抵抗蛋白，这种蛋白作为外源性转运
癌症相关的基因突变类型及临床解释BRCC3
该基因编码brca1-brca2复合物（brcc）的一个亚单位，它是一种e3泛素连接酶。这种复合物在dna损伤反应中起作用，它负责brca1在dna断裂位点的稳定积累。该基因编码的组分能特异性地切割Lys 63连锁的多泛素链，并调节染色质中这些多泛素链的丰度该基因的缺失导致血管生成异常，并与脑血管病
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ARFGEF2
adp-核糖化因子（arfs）在细胞内囊泡转运中起重要作用。该基因编码的蛋白通过加速GTP替代结合的GDP参与ARFs的激活，并参与高尔基体的转运它含有一个Sec7结构域，可能与它的鸟嘌呤核苷酸交换活性和布雷菲尔德a抑制有关。
癌症相关的基因突变类型及临床解释－－AEBP1
这个基因编码羧肽酶A蛋白家族的一个成员。编码蛋白可能作为转录抑制因子发挥作用，并在脂肪生成和平滑肌细胞分化中发挥作用。对小鼠的研究表明，这种基因在伤口愈合和腹壁发育中起作用。该基因的过度表达与胶质母细胞瘤有关。
癌症相关的基因突变类型及临床解释－AMER1
该基因编码的蛋白上调了wilms肿瘤蛋白的转录激活，并与许多其他蛋白相互作用，包括ctnnb1、apc、axin1和axin2。这种基因的缺陷是导致头颅硬化（OSCS）的纹状体骨病变的原因。
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ABCC1
该基因编码的蛋白质是atp结合盒（abc）转运蛋白超家族的成员。abc蛋白通过细胞外和细胞内的膜运输各种分子。abc基因分为七个不同的亚家族（abc1，mdr/tap，mrp，ald，oabp，gcn20，white）。这种全转运蛋白是mrp亚家族的一员，参与多药耐药。该蛋白作为一种多特异性有机阴离
癌症相关的基因突变类型及临床解释ZFHX3
该基因编码一个具有多个同源结构域和锌指基序的转录因子，并调节肌源性和神经元分化。编码的蛋白质通过与富含at的增强子基序结合抑制甲胎蛋白基因的表达。该蛋白还被证明对c-myb具有负性调节作用，并反式激活细胞周期抑制剂细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1a（也称为p21cip1）。据报道，该基因在几种癌症中起
癌症相关的基因突变类型及临床解释ALDH2
这种蛋白质属于醛脱氢酶家族的蛋白质Aldehyde dehydrogenase是酒精代谢的主要氧化途径的第二个酶。乙醛脱氢酶的两个主要肝脏亚型，胞质和线粒体，可以通过它们的电泳迁移率、动力学性质和亚细胞定位来区分。大多数白种人有两个主要同工酶，而东亚50%的人具有胞浆同工酶，而不是线粒体同工酶。东亚
癌症相关的基因突变类型及临床解释－－ZIC4
该基因编码c2h2型锌指蛋白zic家族的一个成员。这个家族的成员在发育过程中很重要，并与x连锁内脏异种分类和5型无前脑畸形有关。该基因与3号染色体上的一个相关家族成员小脑1的锌指蛋白基因紧密相连。这些连锁基因的杂合缺失与先天性小脑畸形Dandy-Walker有关已鉴定出该基因的多个转录变体。
癌症相关的基因突变类型及临床解释ZNF384
该基因编码一种C2H2型锌指蛋白，可能作为转录因子发挥作用该基因还含有编码连续谷氨酰胺残基的长CAG三核苷酸重复序列该蛋白似乎结合并调节细胞外基质基因MMP1、MMP3、MMP7和COL1A1的启动子小鼠的研究表明，核基质转录因子（NP/NMP4）可能是细胞外基质重塑过程中连接细胞结构和功能的一般机
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ADGRG4
该基因编码一个G蛋白偶联受体，属于参与多种生理功能的多种膜蛋白大家族这个超家族的成员具有一个特征性的7-跨膜结构域基序。这个家族成员的配体是未知的，因此它是一个孤儿受体。该受体在正常肠嗜铬细胞和胃肠神经内分泌癌细胞中均有表达，因此被认为是一种新的免疫治疗生物标志物或靶点。
癌症相关的基因突变类型及临床解释ACTL6A
该基因编码肌动蛋白相关蛋白（arps）的一个家族成员，与传统肌动蛋白具有显著的氨基酸序列同源性。肌动蛋白和ARPs都有肌动蛋白折叠，这是ATP结合裂缝，是一个共同的特征ARPs参与多种细胞过程，包括囊泡转运、纺锤体定向、核迁移和染色质重塑该基因编码哺乳动物BAF（BRG1/brm相关因子）复合物的5
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ABCC9
该基因编码的蛋白质是atp结合盒（abc）转运蛋白超家族的成员。abc蛋白通过细胞外和细胞内的膜运输各种分子。ABC基因分为七个不同的亚家族（ABC1，MDR/TAP，MRP，ALD，OABP，GCN20，White）该蛋白是mrp亚家族的一员，参与多药耐药。这种蛋白质被认为在心脏、骨骼、血管和非血
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ACVR1
激活素是属于结构相关信号蛋白转化生长因子β（TGFβ）超家族的二聚生长和分化因子。激活素通过受体丝氨酸激酶的异聚体复合物传递信号，该复合物包括至少两个I型（I和IB）和两个II型（II和IIB）受体。这些受体都是跨膜蛋白，由一个与富含半胱氨酸区域结合的配体胞外结构域、一个跨膜结构域和一个具有预测丝氨
癌症相关的基因突变类型及临床解释－ABCC11
该基因编码的蛋白质是atp结合盒（abc）转运蛋白超家族的成员。abc蛋白通过细胞外和细胞内的膜运输各种分子。ABC基因分为七个不同的亚家族（ABC1，MDR/TAP，MRP，ALD，OABP，GCN20，White）ABC全转运蛋白是MRP亚家族的一员，参与多药耐药该基因的产物参与胆汁酸、结合类固
癌症相关的基因突变类型及临床解释ACYP2
酰基磷酸酶能水解不同膜泵的磷酸酶中间产物，特别是骨骼肌肌浆网中的Ca2+/Mg2+-atp酶根据肌酰磷酸酶和红细胞酰磷酸酶的组织定位，分离出两种同工酶。这个基因编码肌肉类型亚型（MT）MT亚型的增加与肌肉分化有关已经发现了一些编码不同亚型的转录变体。
癌症相关的基因突变类型及临床解释ASPSCR1
该基因编码的蛋白质含有一个UBX结构域，与葡萄糖转运蛋白4（GLUT4）相互作用这种蛋白质是一种系链，在没有胰岛素的情况下，它将肌肉和脂肪细胞内囊泡中的glut4隔离，并在胰岛素刺激的几分钟内将glut4重新分配到质膜上。该基因与转录因子tfe3基因的易位t（x；17）（p11；q25）导致肺泡软组
癌症相关的基因突变类型及临床解释ZNF2
该基因编码的蛋白属于c2h2型锌指蛋白家族。该基因的确切功能尚不清楚，然而，锌指蛋白与dna相互作用并作为转录调节因子发挥作用。另外，已经发现该基因编码不同亚型的剪接转录变体。