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西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）的科学家们开发了一个新技术，可以更精确地揭示细菌群体的表观遗传学异质性。这项研究发表在六月十五日的Nature Communications杂志上，为人们提供了表观遗传学研究的新工具，有助于解决愈演愈烈的致病菌耐药性问题。 DNA所蕴含的信息不只是核苷酸序列这么简单，DNA上的化学修饰也会产生显著的功能性影响。DNA甲基化是细菌中最普遍的表观遗传学修饰，尤其是腺嘌呤和胞嘧啶上的甲基化。这些修饰在调控基因表达、细菌毒力和抗生素抗性中起到了重要作用。 研究团队使用PacBio® RS II测序系统，在收集DNA序列数据的同时获取碱基修饰数据。PacBio单分子实时测序技术可以检测到N6-methyladenine（6mA）和4-methylcytosine（4mC），这是组成细菌甲基化组的两种主要修饰。 现有的细菌甲基化组研究......阅读全文
来自国家自然科学基金委员会的消息，8月18日国家自然科学基金委员会公布了2015年国家自然科学基金申请项目评审结果，其中面上项目16709项、重点项目624项、创新研究群体项目38项、优秀青年科学基金项目400项、青年科学基金项目16155项、地区科学基金项目2829项、海外及港澳学者合作研究基
New England Biolabs联合Pacific Biosciences的研究人员利用PacBio RS系统对6种细菌基因组进行了重测序，不仅鉴定出细菌基因组中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位点，还鉴定出介导这些表观遗传学标志的甲基转移酶。该研究成果近日发表在《Nucleic Acid
近日，刊登在国际杂志PLoS Genetics上的一项研究论文中，来自美国能源部联合基因组研究院的研究人员对230种古细菌和细菌基因组进行了测序，旨在研究DNA甲基化在原核生物中所扮演的关键角色。 细胞的表观基因组是基因组DNA特殊剪辑发生改变的一个特殊集合，这些表观基因组的改变会影响基因组的
高等生物的基因组DNA围绕着由四种组蛋白组成的八聚体，形成碟状的核小体结构。基因组DNA以这样的形式包装成为染色质，使DNA受到良好的保护。染色质的结构和动态受到组蛋白表观遗传学修饰的调控，比如最近发现的组蛋白赖氨酸巴豆酰化。这种组蛋白修饰在基因表达、DNA损伤应答等重要的细胞过程中起到了关键性
结核病是全球最常见的传染病之一，据WTO“2015年全球结核病年报”报告，2014年全球新增感染人数960万，死亡150万，新增耐多药结核（MDR）病例48万（其中我国新增结核感染病例93万，居全球第三位），其目前仍是全球第二大传染病。结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberc
结核病是全球最常见的传染病之一，据WTO“2015年全球结核病年报”报告，2014年全球新增感染人数960万，死亡150万，新增耐多药结核（MDR）病例48万（其中我国新增结核感染病例93万，居全球第三位），其目前仍是全球第二大传染病。结核分枝杆菌复合群（Mycobacterium tuberc
创刊于2005年的Nature Chemical Biology杂志日前迎来了自己的十周岁生日。该杂志在十周年之际回顾了过去发表的一系列研究成果，评出了一系列最受瞩目的精品文章以飨读者。这一精品文集总共选入了三位华人学者的成果，他们分别是何川（Chuan He）教授、赵英明（Yingming Z
长期以来，人们普遍认为作为有机体发育关键步骤的甲基化只是静态地DNA修饰，不会随环境条件变化而改变。Salk生物研究所的研究人员发现，处于逆境下植物的DNA甲基化模式会发生变化，从而改变对基因的调控。 科学家发现植物遭遇致病菌后，其表观遗传学密码会发生广泛的大量改
来自北京生命科学研究所，中科院生物物理研究所，遗传与发育研究院，清华大学生命科学与生物技术系，美国康奈尔大学的研究人员报道了第一个细菌效应蛋白和植物中对应的抗性蛋白的复合物AvrPto-Pto的晶体结构，基于该结构和相关实验结果，提出了AvrPto通过解除Pto对防御响应的抑制引发疾病抗性的机制。
许多研究者都在探寻各种复杂性状背后的遗传学基础。然而，大家往往忽视了天然表观遗传学变化为表型带来的多样性。表观遗传学突变发生在DNA序列之外，将其与DNA序列突变区分开是一项富有挑战性的工作。 在本期Science杂志上Cortijo等人向人们展示，表观等位基因( epialleles
维生素A（vitaminA）又称视黄醇（其醛衍生物视黄醛）或抗干眼病因子，是一个具有脂环的不饱和一元醇，包括动物性食物来源的维生素A1、A2 两种，是一类具有视黄醇生物活性的物质。 维生素A1多存于哺乳动物及咸水鱼的肝脏中，维生素A2常存于淡水鱼的肝脏中。由于维生素A2的活性比较低，所以通常所
随着表观遗传学研究的不断深入，组蛋白修饰（甲基化，乙酰化，磷酸化…）和 DNA 甲基化修饰相关的高水平研究成果如雨后春笋般涌现，遍布 Nature, Cell 和 Science 等期刊杂志。在分子生物学的中心法则中，遗传信息从 DNA、RNA 流向蛋白。基因组 DNA 和组蛋白上都存
最近，来自法国Collège大学微生物系的一项研究证明，肠道菌群失衡会促进大肠癌的发作。作者发现，将结肠癌患者的粪便菌群移植到小鼠中会引起恶性肿瘤发展的病变和表观遗传变化。 相关结果发表在最近的《PNAS》杂志上。 散发性结直肠癌是由于个人与其环境之间复杂的交互作用而发生的。在不利的环境下，
细菌DNA新型限制修饰机制 近日，上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室在DNA磷硫酰化修饰研究方面取得新进展，由德林教授研究小组与美国麻省理工学院Peter C. Dedon教授课题组合作，以博士生曹博为第一作者，在微生物领域顶级期刊《Molecular Mi
美国第三代测序公司Pacific Biosciences近日宣布推出一个独特的解决方案，可利用PacBio® RS测序仪检测与表观遗传学调控和DNA损伤相关的DNA碱基修饰。 DNA碱基修饰(如甲基化)在多个生物进程中扮演了重要角色，包括生长和衰老、免疫、细菌致病性以及疾病发展。Pac
随着表观遗传学研究的不断深入，组蛋白修饰（甲基化，乙酰化，磷酸化…）和 DNA 甲基化修饰相关的高水平研究成果如雨后春笋般涌现，遍布 Nature, Cell 和 Science 等期刊杂志。在分子生物学的中心法则中，遗传信息从 DNA、RNA 流向蛋白。基因组 DNA 和组蛋白
这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图，该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。 随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘，帮助我们了解表观转录组学（epitranscriptomics）的工具也变得越来越多了。 2004 年，以色列特拉维夫大学（Tel Aviv University
当我们提到DNA的甲基化，通常是指胞嘧啶(C)碳环上5号碳原子的甲基化，5-甲基胞嘧啶(5mC)。实际上，在原核生物中存在着3种DNA甲基化型式，5mC、4mC（4-甲基胞嘧啶）和6mA（6-甲基腺嘌呤），6mA起主导作用，缺乏6mA可导致一些细菌的死亡。科学家们曾经以为具有重要生理功能的DNA
人们盼星星、盼月亮，总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今，1000多个实验室测试了MinION测序仪，并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。 纳米孔（nanopore）技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个
近日来自上海交通大学生命学院的研究人员在DNA骨架硫修饰科学领域又取得新进展，揭示了DNA抗氧化损伤的新机制。相关论文 “Phosphorothioate DNA as an antioxidant in bacteria”发表在公布在国际知名分子生物学刊物《Nucleic Acids
本文中，小编整理了多篇重要研究成果，共同解读科学家们在甲基化研究领域取得的新进展，分享给大家！图片来源：Vossman/ Wikipedia 【1】Nature：母体维生素C调节DNA甲基化重编程和生殖细胞产生 doi：10.1038/s41586-019-1536-1 发育通常被认为是在
一些奇思妙想似乎会突然冒出来，不过2008年，Chuan He却有意地寻找这样一个想法。美国国立卫生研究院当时刚刚启动资金支持高风险、高影响项目，伊利诺伊州芝加哥大学化学家He打算申请。不过，他首先需要一个好的领域。 他一直在研究修复损伤DNA的蛋白家族，他开始怀疑这些酶可能也会对RNA产生作
什么是数字PCR？ 提起PCR，在生物及其相关行业内可谓无人不知无人不晓，半个世纪以来分子诊断的高速发展离不开分子生物学技术特别是PCR技术日新月异的进步。1983年由美国Mullis首先提出设想，1985年发明了聚合酶链反应，即简易DNA扩增法，标志着PCR技术的真正诞生。1999 年，美
数字PCR简介 数字PCR（Digtal PCR）是一种核酸定量精密检测的新兴技术手段，于20世纪由Vogelstein等提出。它是将稀释后的核酸模板分配到大量不同的反应单元中，使每个反应单元中有一个或没有核酸。利用PCR扩增的同时，加入可检测荧光。待扩增结束时，使用统计学方法采集每个反应单元
人为什么会变老？对于人类来说，如何才能长生不老真的是一个令人着迷的问题。但是至今为止都没有一个让人满意的答案。衰老一直是生命过程中的核心环节，也是影响整个人类社会健康发展的重要问题。目前世界各国均面临着严重的人口老龄化，数据显示到2050年约三分之一的中国人口年龄将超过60岁。因此，深入了解衰老
封面故事：埃平森林的农田鸟瞰图景 英国全国范围的研究揭示了得到土地终极价值的策略 一项新的研究强调，通过考虑土地的多种用途——并不只是那些像农业生产这种会产生眼前利益的用途——我们赖以生存的土地最终会产出更多的价值。组成我们多种生态系统景观的树木、土壤、平原和水路会产生让社会受益的范围广
英研究揭示得到土地终极价值策略 一项新的研究强调，通过考虑土地的多种用途——并不只是那些像农业生产这种会产生眼前利益的用途——我们赖以生存的土地最终会产出更多的价值。组成我们多种生态系统景观的树木、土壤、平原和水路会产生让社会受益的范围广泛的服务，其中包括温室气体的封存、防洪、开放式获取的
加州大学圣芭芭拉分校的研究人员发现大肠杆菌的Dam酶在DNA上移动进行修饰时会发生“跳跃”，并对其物理特性和行为进行了分析，这一研究成果能为生物医学研究和其他科学应用提供帮助。该文章发表在Journal of Biological Chemistry杂志上。 大肠杆菌的适应机制使其能依
一度被认为在线虫和果蝇中即便不是不存在但也不会多见的DNA甲基化表观遗传标记，实际上普遍存在于这些生物体和藻类的整个基因组，且其并非发生于在哺乳动物中已知被修饰的胞嘧啶而是在腺嘌呤上。来自中外的华人科学家将这一重大发现发布在4月30日《细胞》（Cell）杂志上的3篇研究论文中。 西班
一度被认为在线虫和果蝇中即便不是不存在但也不会多见的DNA甲基化表观遗传标记，实际上普遍存在于这些生物体和藻类的整个基因组，且其并非发生于在哺乳动物中已知被修饰的胞嘧啶而是在腺嘌呤上。来自中外的华人科学家将这一重大发现发布在4月30日《细胞》（Cell）杂志上的3篇研究论文中。 西班牙塞维利亚