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GenomeResearch发表基因组研究新发现基因组

多伦多大学的科学家们发现,作为基因组看门人的C2H2-锌指蛋白(C2H2-ZF)实际上肩负着更加多样化的职责。这项发表在Genome Research杂志上的研究,有助于我们更准确地解读个人基因组。C2H2-ZF有大约七百个成员,是规模最大的一种人类蛋白。然而,人们对这些蛋白一直知之甚少。C2H2-ZF蛋白通过直接结合DNA起作用,对附近的基因进行控制。因此,了解这些蛋白的作用机制非常重要。此前人们认为,C2H2-ZF的功能是抑制大范围的基因。研究人员分析了131个C2H2-ZF蛋白,发现绝大多数C2H2-ZF其实有独特的DNA结合位点。过去人们还认为C2H2-ZF结合其他蛋白的能力有限。但这项研究表明,C2H2-ZF不仅能结合DNA,还可以与多种蛋白搭档,以不同方式调节基因。根据C2H2-ZF的互作蛋白来看,C2H2-ZF既能压制基因,也能启动基因,甚至会协助DNA包装。那么,C2H2-ZF是如何演化成最大最多样化的人类蛋白呢......阅读全文

蛋白质组学概念的起源和发展

  蛋白质组学的诞生和发展,离不开多学科和技术的逐渐交叉融合。这些学科技术包括(但不限于)基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学。近年来,分子医学、大数据技术和人工智能的发展,进一步加速推动了蛋白质组学的成长,使之在精准医疗领域展示出越来越大的应

蛋白质组:解码生命的“天书”

   人类和老鼠的外貌可说是天渊之别,但实际上他们却有着近99%相同的基因组。何以“失之毫厘差之千里”?正是蛋白质放大了他们基因上的细微差别。   日 前,中国人类蛋白质组计划全面启动。“基因组学中微小的差异,在蛋白质组学中可以被千倍甚至几近万倍地放大。”亚太蛋白质组组织主席、中国科学院院士贺福 初

蛋白质组最新研究进展

  蛋白质组(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出,指由一个基因组,或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。 在转录时,一个基因可以多种mRNA形式剪接,一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物,蛋白质组中蛋

Nature发布大规模癌症蛋白质基因组学研究重要成果

  基于来自癌症基因组图谱(TCGA)计划的数据,一个多机构科学家小组完成了首个大规模的乳腺癌“蛋白质基因组学”( proteogenomic)研究,将一些DNA突变与蛋白质信号联系到一起,并帮助确定了一些驱动癌症的基因。  这项研究旨在通过蛋白质和它们的修饰来更好地认识癌症。发表在5月25日《自然

Nat Commun:科学家们首次对心脏中的RNA结构进行成像!

  近日,一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中,来自洛斯阿拉莫斯国家实验室等机构的科学家们通过研究揭示了一种特殊类型RNA分子的3-D图像,其对于干细胞重编程至关重要,被称之为基因组中的“暗物质”。图片来源:Los Alamos National Laborat

ENCODE书写人类百科全书

    迄今最详细的人类基因组分析数据出炉。   一项大型国际计划显示,与青少年在学校掌握的知识相比,人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时,他们专注于寻找那些用来确定全部生命所需蛋白质的传统

迄今最详细人类基因组分析数据出炉

  迄今最详细的人类基因组分析数据出炉。图片提供:ENCODE计划    一项大型国际计划显示,与青少年在学校掌握的知识相比,人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时,他们专注于寻

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

科学家认为生物体内的基因至少有50%无用

科技日报2007年12月20日讯 人类基因组测序工作的最终完成,花费了全球6个国家的顶尖科学家们10年多的时间和精力以及30亿美元的财力。虽然不断有科学家报道他们关于治病基因的发现成果,但含有30亿碱基对的人类基因组数量太庞大,基因疗法距离实际运用还需要很长时间的等待。几十年来,不断有科学家认为,基

5分钟了解:啥仪器让蛋白质组学界诞生如此多牛人大咖

  蛋白质组学(Proteomics)一词,源于蛋白质(protein)与基因组学(genomics)两个词的组合,意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。” 1994年澳大利亚的Marc Wikins首次提出蛋白质组(Proteome)的概念,1997年

盘点:2012年顶尖基因组研究

  基因组研究是一门新兴的、发展迅速的生命科学,其普遍应用及向其他学科、领域的不断渗透日趋明显,这些学科涵盖了现代农业、生物能源、生态环境和人类健康等各个方面。随着测序成本的下降,基因组研究成果也呈现井喷之势。近日The Scientist对2012年最突出的基因组研究进行了盘点……   1.

Nature Biotechnology:哈佛华裔发布基因组编辑新技术

   作为潜在的新一代治疗和研究工具,几乎没有什么生命科学技术比基因组编辑蛋白质更具发展前景——研究人员可通过编程这些分子来改变特定基因,以治疗或甚至治愈一些遗传性疾病。  可是,要将这些基因组编辑蛋白导入到细胞中,尤其是活体动物或人类患者体内,对于研究人员而言却仍是一个巨大的挑战。  通常,研究人

科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱

新华网深圳10月11日电  题:科学家绘制完成世界首张大熊猫基因组序列图谱     新华社记者 彭勇     中国科学家11日在深圳宣布:世界首张大熊猫基因组序列图谱绘制完成。科学家们说,它将为保护和人工繁育这个被称为“中

4D-蛋白质组学:如何通过软件创新变得更强大?

  在过去的二十年中,新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展,蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。  当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得

PLoS Genet:科学家深度解析基因组的“黑暗面”:内含子

  近日,一项刊登在国际杂志PLoS Genetics上的一篇研究报告中,来自纽卡斯尔大学等机构的科学家们通过研究揭示了内含子突变与人类种群变异之间的直接关联;科学家们在基因组学研究中所面临的最大挑战之一就是揭示人类基因组的“黑暗面”所扮演的关键角色,这些区域即科学家们尚未找到携带特殊功能的基因组区

科学家揭开“垃圾”DNA的神秘角色!

  生物学家们在很长一段时间里都认为,既然几乎所有具体的生理机能都要由蛋白质来完成,那么不编码蛋白质的DNA应该是没有用的,可以称为“垃圾DNA”;而且人类基因组项目发现人的基因组中仅有1.5%的序列是给蛋白质编码的,其余的98.5%的序列是以前认为的“垃圾”DNA。  此前研究人员进行了一项名为E

NAR:人类基因组中或含有超过20%的非编码基因

  近日,一项刊登在国际杂志Nucleic Acids Research上的研究报告中,来自美国国家癌症研究中心的科学家们通过研究发现,高达20%的编码基因可能根本就无法进行编码,因为这些基因具有非编码或伪基因(即过时的编码基因)的特征,由此导致的人类基因组的缩小或许会对生物医学领域产生重要的影响,

14年,人类肝脏蛋白质组计划干了哪些事儿

   全球每年约有70万例左右的新发肝癌病人,其中35万例以上在中国。中国是肝病大国,同时也是肝癌大国。一直以来,人类和肝病的斗争不曾停歇。  “得了肝癌不可怕,怕的是其复发转移,要抑制肿瘤的复发和转移,需要对其表达的标志蛋白分子进行监测和预警。如果执行肝脏基本代谢及解毒功能的蛋白质表达量降低,而与

Autoimmunity:能研究细胞表观基因组学特性的新型工具

  如今研究人员都知道,表观基因组在控制DNA表达上扮演着关键角色,而且表观基因组的一系列改变与多种健康问题直接相关,比如癌症、自身免疫性障碍等多种疾病,但目前科学家们关于表观基因组并不是知道地很多,甚至也并没有工具去研究表观基因组。图片来源:CC0 Public Domain  刊登在国际杂志Au

通过软件创新打造更强大的4D-蛋白质组学技术

  在过去的二十年中,新技术、新方法的重大进步使蛋白质组学成为蛋白质科学家、生物学家和临床研究人员的一个极其强大的工具1。随着分析仪器的不断发展,蛋白质组学研究的每一项技术进步都会产生更多的数据。与此同时也给生物信息学软件的开发带来了新挑战。  当代基于高通量质谱的蛋白质组学方法使人们对生命过程获得

科学家发现193种未知蛋白:功能至今不清晰

  据国外媒体报道,科学家正在探索人体蛋白的未知领域并发现大量此前未知的蛋白。新研究发现科学家此前认为不会为蛋白质合成指定遗传密码的DNA区域实际上产生193种奇异蛋白,它们的功能至今仍旧是一个不解之谜。这一研究发现表明人类基因组或者说遗传密码要比科学家此前认为的复杂的多。  早期的蛋白质组(完整的

掌控进化:生命这样被改写

  进化的力量通过生命的多样性得以展现。2018年诺贝尔化学奖被授予弗朗西丝·阿诺德、乔治·史密斯和格雷戈里·温特,理由是3人在掌控进化的方式及利用其为人类带来最大福祉方面作出了重要贡献。通过定向进化开发出来的酶如今被用于生产生物燃料、药物和其他事物。同时,利用一种被称为噬菌体展示技术的方法进化出来

最新研究!马普所实验室”重建“基因组

  合成生物学研究不仅包括观察和描述生命过程,而且试图模仿天然的生命过程。在最近的一项研究中。马丁斯里德马克斯·普朗克生物化学研究所的科学家们制作了一个系统,该系统能够再生其自身的DNA和蛋白质构件的一部分。  马克斯·普朗克生物化学研究所“仿生系统”研究小组的负责人Hannes Mutschler

学者呼吁启动重大蛋白质组项目

到目前为止,生物学家仍然还不清楚,人类和其他生物体内到底有多少个编码蛋白质的活性基因,即便一些物种的基因组已经完成了序列测定。只是因为许多基因和它们的蛋白质产物是通过计算机程序预测出来的。 蛋白质组学领域的目标是发现所有由一个特定生物产生的蛋白质。这样的蛋白质组图谱将可能推测出精确的活性基因数量

The scientist:近期最受关注的基因组测序 TOP5

  The scientist杂志集中盘点了近期最受关注的一些基因组测序成果,包括山地大猩猩、绿脓杆菌、金丝雀等。  种属:山地大猩猩(Mountain gorilla)  获得东部大猩猩的一个亚种群——山地大猩猩的第一个全基因组序列,揭示出在10万年的时间里这一种群一直在衰退,因此导致了有限的遗传

研究揭示水稻基因组“垃圾DNA”的真相

  对于动植物的DNA来说,仅有不到5%能够翻译成蛋白质,进行生命活动。而大部分DNA转录成RNA之后,便不再继续翻译,这些非编码RNA一度被认为是转录中的“噪音”“暗物质”, 甚至有人认为这是“垃圾DNA”。  近十年来,随着探索未知的技术的进步,这些所谓“垃圾DNA”的重要性才开始为人们所了解。

研究揭示水稻基因组 “垃圾 DNA” 的真相

  对于动植物的 DNA 来说,仅有不到 5% 能够翻译成蛋白质,进行生命活动。而大部分 DNA 转录成 RNA 之后,便不再继续翻译,这些非编码 RNA 一度被认为是转录中的 “噪音”“暗物质”, 甚至有人认为这是 “垃圾 DNA”。  近十年来,随着探索未知的技术的进步,这些所谓 “垃圾 DNA

郭天南:全景式组学研究为新冠重症早诊断提供决策依据

  分析测试百科网讯 在新冠肺炎COVID-19疫情肆虐全球之际,PCR技术在快速筛查中已大显神威,但进入临床后如何更早地区分轻症和重症患者,从而更准确地治疗和用药?5月27日中国研究人员在《Cell》发表文章,利用蛋白质组学和代谢组学的全景式分析,发现了重症患者体内应对病毒进攻特征性的分子改变,并

Nature重大成果:超越1000个人类基因组

  完成了千人基因组计划(1000 Genomes Project)的第二阶段,一个多国科学家研究小组报告称他们获取了来自14个不同群体总共1092人的样本,并对他们进行了全基因组测序。研究人员将这一壮举描述为集体努力的成果,为生物学家和医生提供了重要的信息,可用于了解人类遗传变异的正常范围,以

美《科学》杂志评出2010年十大科学进展

  美国《科学》杂志日前公布了该刊评选出的2010年十大科学进展,其中第一台量子机研制成功位居榜首。   这10项进展包括:   1.第一台量子机。   迄今为止,所有的机器都按照支配日常物体运动的不足为奇的经典力学法则进行运动。与此相反,由美国加利福尼亚大学圣芭芭拉分校的物理学