染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)获得的DNA片段进行大规模测序,并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。Roche GS FLX Titanium 、Illumina Hiseq2000和AB SOLID 4 这3种测序技术均可以用于ChIP-seq,其中采用Illumina Hiseq2000进行ChIP-Seq已有较多文献报道。 ChIP-Seq技术高质量、高通量、低成本的数据产出,为表观遗传组学研究奠定了技术基础。研究者可以在以下几方面展开研究:(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;(4)CTCF转录因子研究。 ChIP-Seq有什么样品要求? (1) 请提供浓度≥10 ng/ul、总量≥20 ng、OD260/280为1.......阅读全文
“Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推荐文章集合手册,主要介绍某个生命科学研究领域最新的进展及突出成果。相关特辑内容包括研究论文,评论性文章以及snapshots,涉及了同一领域的方方面面,更为重要的是这些文章由赞助商赞助,可以免费获取。 蛋白与DNA之间
【51/52】2019年4月4日,清华大学柴继杰课题组、中科院遗传发育所周俭民课题组和清华大学王宏伟课题联合同期背靠背发表两篇重量级Science文章,完成了植物NLR蛋白复合物的组装、结构和功能分析,揭示了NLR作用的关键分子机制,是植物免疫研究的里程碑事件。两篇文章分别是: "Li
【50】2019年4月12日,中科院上海药物所徐华强,王明伟,浙江大学张岩及匹兹堡大学医学院Jean-Pierre Vilardaga共同通讯在Science发表题为“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r
截至2019年12月23日,中国学者在Cell,Nature及Science在线发表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已经全部更新),iNature团队对于这些文章做了系统的总结: 按杂志来划分:Cell 发表了31篇,Nature 发表了44篇,Scie
日本九州大学和东京理工学院的科学家们研发了一种使用非常少量的细胞,范围从100到1000的细胞,来分析DNA-蛋白质相互作用的新技术。他们的方法可以捕获前所未有的细胞内表观遗传组信息,该技术奖促进生物标记的发现并为精准医学开辟新道路。 这项被称为染色质整合标记测序(Chromatin Inte
2019年8月27日,北京大学分子医学研究所,北京大学-清华大学生命科学联合中心研究员何爱彬研究组在Molecular Cell杂志在线发表题为“CoBATCH for high-throughput single-cell epigenomic profiling”的文章,报道了一种新的具有普
生物通报道:2016年11月8日,国际著名期刊《Cell Research》在线发表了北京大学汤富酬、乔杰团队题为“DNA methylation and chromatin accessibility profiling of mouse and human fetal germ cells”
生物通报道:近日,加州大学圣地亚哥分校任兵教授带领的研究小组,在国际知名学术期刊《Cell Research》以Letter to the Editor的形式,在线发表了题为“Mapping of long-range chromatin interactions by proximity li
来自北卡罗来纳大学教堂山分校,NIH等处的研究人员利用一种新型方法,分析了酵母转录因子Rap1在整个基因组中的结合动态,从而可以更好研究这一转录因子的功能,这一方法将有助于科学家们实时分析转录情况,相关成果公布在Nature杂志上。 对于这一成果,来自法国国家科学研究中心的François
11月17日Cell杂志SnapShot专栏介绍了表观遗传研究的检测方法,这四种方法包括:亚硫酸氢钠测序法 (bisulfite sequencing)、染色质免疫沉淀测序技术(chromatin immunoprecipiation sequencing)、开放染色质测定(determina
如果研究者们想知道蛋白在做什么,他们通常会采取直接的方式:免疫共沉淀能知道蛋白A和蛋白B有没有在一起,ChIP能确定蛋白A是否与核酸序列B结合。 染色质免疫共沉淀ChIP可以鉴定与指定蛋白结合的DNA序列,其基础理念能追溯到几十年前。如今ChIP已经成为了表观基因组学的一个基本工具,与新一代测
越来越多的证据表明,转录控制和染色质活性在很大程度上涉及调节类的RNA,这可能会产生特定的RNA结合蛋白(RBPs)。尽管多个RBP与转录控制有关,但目前尚不清楚RBP如何直接作用于染色质。 2019年6月27日,加州大学圣地亚哥分校付向东及武汉大学医学研究院肖锐共同通讯在Cell 在线发表题
随着人类基因组测序工作的基本完成,功能基因组学逐渐成为研究的热点。而基因表达的调控又是功能基因组学的一个重要研究领域,要想提供蛋白因子直接调控的证据,需要直接检测蛋白质-DNA的相互作用,而染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)就是一种研
据最新发表于CA Cancer J Clin杂志的全球癌症数据统计,全球每年乳腺癌新发病例约210万,死亡病例62.7万,在所有导致死亡的癌症类型中排名第二【1】。乳腺癌细胞可以依据其表达雌激素受体(Estrogen receptor, ER)、孕激素受体 (Progesterone recep
细胞命运决定过程的调控机制是哺乳动物胚胎发育研究领域关注的重点。在哺乳动物胚胎发育过程中,具有全能性的合子会依次经过桑椹胚期、囊胚期、原肠胚期等,最终形成能够发挥完整生物学功能的个体。其中,外、中、内三个胚层形成的原肠运动时期对后续胚胎发育蓝图的构建起着至关重要的作用。 表观遗传调控在哺乳早期
国际人类表观基因组联盟(IHEC)近日在《Cell》等杂志上发表了40多篇论文,为人们呈现了原代组织的表观遗传数据集,以及复杂人类疾病的细胞机制分析。其中,几个团队开始解析免疫细胞发育、谱系确定和分化,以及免疫应答背后的复杂表观遗传相互作用。 在一项发表于《Immunity》的研究中,德国的
时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。 --结构生物学 -- 1.清华大学 施一
随着技术进步和测序成本的大幅下滑,下一代测序(NGS)如雨后春笋般普及开来,研究人员在开展大规模基因组应用研究中倾向于选择NGS技术而非微阵列技术,这得益于可接受的测序成本以及越来越简单的、普及的测序方法。 NGS 系统和配套应用的不断成熟,诸如文库制备
文章导读超强子调控circRNA-Nfix缺失诱导成年小鼠心肌梗死后再生circRNAs正在成为心脏发育和疾病强有力的调节因子,但其在心脏再生中的作用仍然未知。鉴于此,作者与他的团队探究了与超增强子(SEs)相关的circRNA-Nfix在小鼠心肌梗死后再生过程中的功能,并探究了其调节心脏重塑的分子
骨关节炎(Osteoarthritis,简称OA)是中老年人中常见的一种退行性关节疾病。根据美国疾控中心的统计,在美国65岁以上的人群中,大约80%患有关节炎。软骨退化影响了骨关节炎的治疗。
现代分子生物学和免疫学的进展加深了我们对许多疾病的了解,并且导致了免疫新策略的产生,免疫学检测方法可分为体液免疫和细胞免疫测定。本文盘点了与免疫学有关的分子生物学实验技术汇总。 一、GST pull-down实验 GST是指谷胱甘肽巯基转移酶,GST pull-down实验是一个行之有效的验
早期研究认为肿瘤中大量扩增的原癌基因存在于染色体上。2017年,来自美国加州大学圣迭戈分校的Paul Mischel教授团队在Nature杂志上指出,它们是以染色体外DNA(extrachromosomal DNA,ecDNA)的形式存在的,但ecDNA的结构和功能一直缺乏直接的证据。 201
7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。 1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学 Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗
7位专家预测了2019年将推动他们各自所在的领域向前发展的技术进展,包括高分辨率成像和从头构建基因组大小的DNA分子等。对生命科学技术来说,2019年看起来非常令人期待。 1.Sarah Teichmann:扩展单细胞生物学 Sarah Teichmann是英国韦尔科姆基金会桑格研究所细胞遗
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实验材料核苷酸试剂、试剂盒冰水8-羟基喹啉秋水仙素固定剂酶解缓冲液仪器、耗材载玻片玻璃盖玻片解剖针及镊子实验步骤原位杂交的基本操作方法(图 14 .2 ) 演化自 Southern 杂交:标底是玻片上的染色体和细胞核,探针是带标记的待测 DNA 序列 [ 本书中即是转基因和对照,图 14.3(a)
ChIP技术的原理在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起,通过超声或酶处理将染色质切为小片段后,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,以富集存在组蛋白修饰或者转录调控的DNA片段,再通过多种下游检测技术(定量PCR、基因芯片、测序等)来检测此富集片段的DNA序
本文中,小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果,与大家一起学习! 【1】Cell:开发出空间单细胞测序技术,有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜 doi:10.1016/j.cell.2017.12.007 在一项新的研究中,来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传
关于印发餐饮服务食品安全检验机构技术装备基本标准和现场快速检测设备配备基本标准的通知 国食药监食[2011]130号 各省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团食品药品监督管理局: 为贯彻落实《食品安全法》、《食品安全法实施条例》以及《餐饮服务食品安全监督管理办法》,逐步建立
作为染色质的基本单元,核小体由大约147 bp的DNA和组蛋白八聚体(H2A, H2B, H3和H4)组成。核小体的动态定位和折叠组织会产生两种不同的染色质状态:“开放”(open)和“闭合”(closed)。核小体的定位和染色质状态的动态变化对以DNA为模板的生物学过程(比如,转录、DNA复制