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Science:外显子组测序让“生命密码”解读更容易

简单来说,外显子组就是遗传代码中蛋白质编码的组分,占整个基因组的1%-2%。测序仪每跑一次仅能读取一定数量的碱基,但通过测序外显子组,研究人员能更快地生成更多的碱基。与全基因组相比,它也可以用更低的成本做出更好的分辨率。 位于荷兰内梅亨的拉德伯德大学医学中心转译基因组学教授 Joris Veltman 在研究和临床测序应用中采用美国生命技术公司的 SOLiD 测序仪。他估算,他的实验室每年能够测出几千个外显子组,但只能测出 50 个左右的全基因组。“通量是我们选择外显子组的主要原因。”他说。 还有一个是可解释性。全基因组测序无疑会产生更多数据,包括外显子组不具备的非编码碱基、结构和单倍型相位信息。但人们不仅尚未弄清大多数核苷酸的作用,核苷酸改变后对功能产生的影响也是一个谜。然而,在蛋白编码基因中错义突变的涵义则更容易解读。“现在......阅读全文

Macrogen千年基因应邀赴汕头国际眼科中心进行学术交流

  12月21日,Macrogen千年基因应邀赴汕头大学•香港中文大学联合汕头国际眼科中心进行学术交流,该中心的陈建欢老师、陈浩宇主任等数十名研究人员参加了会议。会议期间,双方共同探讨了眼科疾病的研究进展及基因组学技术在该类疾病研究中的应用。基于汕头国际眼科中心在眼病基因组学领域取得的科研成果,以及

不必凑样品 让外显子组测序立即开展

  随着新一代测序的渐渐普及,人们对外显子组测序表现出了浓厚的兴趣,因为成本更低,而数据也更容易阐释。Life Technologies公司也顺应潮流,推出新的Ion AmpliSeq™外显子组试剂盒(Ion AmpliSeq™ Exome Kit)。此试剂盒带来了出色的外显子组覆盖度和均一

高通量测序技术研究进展介绍

  第二代测序技术, 又称新一代测序技术, 是相应于以Sanger 测序法为代表的第一代测序技术而得名。第二代测序中3种主流测序技术分别为依次出现的 Roche/454 焦磷酸测序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序(2006 年)和 ABI/SOLiD 连接酶测序(

连全基因组测序也找不出原因,天知道我到底得了什么病

  根据Global Genes统计,全球大约有3.5亿人患有罕见病,其中一半是儿童,约有80%的罕见病属于遗传性疾病。  从上世纪60年代开始,科学家们就开始对一些异常疾病进行DNA筛查;2003年,人类基因组测序完成之后,通过阅读个体测序所得的DNA序列,将其与健康个体的DNA序列进行比较,科学

Proton和HiSeq测序平台比较:SNPs检测均表现良好

  美国国家癌症研究所的研究人员在近日发表的有关Proton和HiSeq 平台的对比研究显示,在进行外显子组测序时,Life Technologies的Ion Proton和Illumina的HiSeq 2000在单核苷酸变异(SNPs)检测方面均表现良好,但在准确检测插入缺失时存在某些问题

外显子测序---产前诊断及儿科疾病诊断的新秀

  本周末,由美国贝勒医学院与香港中文大学联合举办的第一届贝勒医学院-香港中文大学临床遗传学大会如期在著名的威尔斯亲王医院召开。来自贝勒医学院,香港中文大学,香港大学,复旦大学,北京协和医院,马来西亚大学,墨尔本大学等数十个中美及周边国家学术与临床机构的专家学者齐聚一堂,进行了为期两天的学术报告与交

外显子组测序在孟德尔遗传疾病分子诊断中的应用

  孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一。对于,这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、表型特点进行临床判断,同时通过细胞、分子检测手段确认染色体水平的结构变异或基因水平的突变进行病因确认。传统的细胞或分子诊断方法包括核型分析、芯片分析、目标基因的一代Sanger测序等,而随着二代测序的发展,高通量

外显子组测序在孟德尔遗传疾病分子诊断中的应用

孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一。对于,这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、表型特点进行临床判断,同时通过细胞、分子检测手段确认染色体水平的结构变异或基因水平的突变进行病因确认。传统的细胞或分子诊断方法包括核型分析、芯片分析、目标基因的一代Sanger测序等,而随着二代测序的发展,高通量测序

Proton和HiSeq平台比较 单核苷酸变异检测表现良好

  美国国家癌症研究所的研究人员在近日发表的有关Proton和HiSeq 平台的对比研究显示,在进行外显子组测序时,Life Technologies的Ion Proton和Illumina的HiSeq 2000在单核苷酸变异检测方面均表现良好,但在准确检测插入缺失时存在某些问题。   该

序列捕获之新品荟萃

  2009年,基因组定向捕获工具的出现,让外显子组的捕获成为可能。科学家们普遍认为外显子组测序比全基因组测序更有优势,特别是对罕见的单基因疾病。不仅仅是费用更低,数据的阐释也更为简单。因此,外显子组测序也在2010年被《Science》杂志评为年度十大突破。   数百篇已发表的文章,也证实了外显

Proton和HiSeq外显子组平台比较

Proton和HiSeq外显子组平台比较:单核苷酸变异检测均表现良好美国国家癌症研究所的研究人员在近日发表的有关Proton和HiSeq 平台的对比研究显示,在进行外显子组测序时,Life Technologies的Ion Proton和Illumina的HiSeq 2000在单核苷酸变异检

外显子测序——产前诊断及儿科疾病诊断的新秀

  本周末,由美国贝勒医学院与香港中文大学联合举办的第一届贝勒医学院-香港中文大学临床遗传学大会如期在著名的威尔斯亲王医院召开。来自贝勒医学院,香港中文大学,香港大学,复旦大学,北京协和医院,马来西亚大学,墨尔本大学等数十个中美及周边国家学术与临床机构的专家学者齐聚一堂,进行了为期两天的学术报告与交

LifeTech宣布认证服务提供商的首批成员

  Life Technologies公司在周二宣布推出Ion AmpliSeq外显子组认证服务提供商计划(Ion AmpliSeq Exome Certified Service Provider program)及其首批成员。   据介绍,这一计划属于Ion认证服务提供商计划中的一部分,其

Nature子刊:对年轻癌症患者进行全基因组测序势在必行

  相关研究最近以“Clinical cancer genomic profiling by three-platform sequencing of whole genome, whole exome and transcriptome”为题发表在《Nature Communications》杂志

全基因组连锁分析和外显子测序非综合征耳聋家系中鉴定

  伯豪客户应用全基因组连锁分析和外显子测序在非综合征耳聋家系中鉴定   DMXL2致病变异   期刊:Genet Med   影响因子:7.710   发表时间:2016   使用服务:Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片和外显子

应用全基因组连锁分析和外显子测序在非综合征耳聋家...

应用全基因组连锁分析和外显子测序在非综合征耳聋家系中鉴定DMXL2致病变异期刊:Genet Med影响因子:7.710发表时间:2016使用服务:Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片和外显子组测序家系连锁分析则是研究单基因遗传疾病致病基因/位点的最有

基因外显子组测序,可以诊断近三成的临床疾病

  贝勒医学院分子和人类遗传学儿科学系、人类基因组测序中心和德克萨斯大学健康科学中心的研究人员最新一项报道称,在家族性帕金森病患者发现几个关键的突变基因,包括TNK2和TNR有稀有突变。在12个家系中,这两个基因有9个突变位点。这项研究为深入研究帕金森病的致病基因提供依据。  实际上,贝勒

Science大型低成本,外显子测序成果

  来自华盛顿大学医学院,霍德华休斯医学院等处的研究人员利用一种新型技术,完成了多达2446个样品外显子测序分析,找到了自闭症谱系障碍(ASD,Autism Spectrum Disorder)的多个频发突变,不仅为治疗ASD疾病提供了新思路,而且也提出了一种低成本,多基因测序新方法。相关成

NEJM发布基因组和外显子组测序的临床指南

  谁也没想到基因组测序技术这么快就进入了临床实践。现在,已经不少医生在测序的帮助下解决了之前难以确诊的疾病,尤其是罕见的儿童疾病。两位著名学者在六月十九日的《新英格兰医学》杂志上发表文章,为医生们提供了测序临床应用的入门指南,帮助他们更有效的利用这一新技术。   “这篇文章为医生们提供了可以遵循的

全外显子组测序接近成为“新家族史”

  贝勒医学院分子和人类遗传学儿科学系、人类基因组测序中心和德克萨斯大学健康科学中心的研究人员曾经报道称,在3386名接受全外显子组检测的患者当中,有大约四分之一的患者被诊断为一种已知的遗传疾病。  最近在《Journal of the American Medical Association》(J

【盘点】单细胞测序研究进展一览

  细胞是生物学的基本单位,近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术,该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组,更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降,破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始

精准医疗,全外显子组测序立功啦

  精准医疗计划(Precision Medicine Initiative)是美国奥巴马总统在2015年国情咨文演讲中宣布的一项新的国家项目,并称将为建立大量志愿者服用药物的生理和基因资料、建立个人基因组与癌症相关突变靶标、数据标准开发与保密等工作投资共计2.15亿美元。  精准医疗无疑是医疗技术

JAMA:罕见病诊断的新思路

  罕见病的诊断和治疗一直都是难题,而测序技术的出现则带来了一丝曙光。一般来说,患者出现一些症状后,通常先看医生,然后开展外显子组测序,并借助研究人员,找到分子机制。然而,根据《美国医学会杂志》(JAMA)上的一篇文章,这个顺序现在反过来了。  文章讲述了一个荷兰男孩的故事。他叫Vincent Pi

NatureGenetics揭示子宫癌新基因

  来自美国国立卫生研究院下属国家人类基因组研究所(NHGRI)的研究人员领导的一个研究小组近日鉴别出了与一种最致命形式的子宫癌――浆液性子宫内膜癌(serous endometrial cancer.)相关的数个基因。研究人员描述了在研究中发现的三种基因在疾病中常常发生改变的机制,表明这些

高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析

  随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以

高通量测序技术的原理及各平台优势和实践应用的分析

  随着人类基因组计划(human genome project )在2003年顺利完成,基因组测序技术取得了长足的进步,这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊,这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以

外显子组测序帮助发现影响总胆固醇及心肌梗死风险的...

外显子组测序帮助发现影响总胆固醇及心肌梗死风险的TM6SF2基因突变最近在Nature Genetics上发表的一篇文章1,介绍了在挪威人群样本中进行的一项外显子组水平的变异分析,发现了TM6SF2基因上的一个异义突变(p.Glu167Lys)与血液总胆固醇水平及心肌梗死发生风险相关,并对该基因进行

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

专家经验谈:如何减轻你的测序负担

  拷贝数变异(CNV)是指基因拷贝数出现的异常,主要表现为基因组大片段的缺失和重复。CNV是基因组结构变异的重要组成部分,与自闭症、认知功能缺陷、癌症等多种疾病有关。芯片是目前临床上检测CNV的主要工具,但芯片检测在有些方面也是力不从心。举例来说,芯片只能帮助我们判断是否存在序列重复(或缺失),要