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NCBIGenBank数据库的起源、功能和常遇问题及解答

GenBank数据库功能为一、提交获取的基因序列;二、查找已知基因的序列生物学特性信息,例如编码区,科学命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢? GenBank数据库起源 GenBank数据库是1982年由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立并维护的综合性序列数据库。大约每2个月会更新一次版本,截止到2004年9月最新的版本是Release143,共有37,343,937 条序列纪录,大约包含了来源于约140,000个物种 的41,808,045,653个碱基。所有数据记录被划分在若干个文件里,如细菌类、病毒类、灵长类、啮齿类,以及 EST 数据、基因组测序数据、大规模基因组序列数据等 16 类,其中 EST 数据等又被各自分成若干个文件。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列;由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据;以及与其它数据机构协作交换数据......阅读全文

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

一步一步教你使用NCBI数据库资源

相关专题随着ncbi 数据库各种资源的涌现,NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找,数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用,新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一 综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

蛋白质组学常用数据库一览

  一蛋白质数据库  1.UniProt (The Universal Protein Resource)  网址:http://www.uniprot.org/  http://www.ebi.ac.uk/uniprot/  简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞

光明日报:学术资源数据库“独家协议”伤害了谁

  由于学术资源数据库与学术期刊签署“独家协议”,为了查阅一个特定的学术期刊,读者往往只能去购买那个特定的数据库。难题随之而来:各个数据库分割了同一领域的学术期刊,各个都有自己的“独家”,财力有限,该买谁?   读者来信   “独家协议”不利于学术交流   网络的普及与发展,为科学研究学术资源

你的DNA被偷窥:基因信息揭示个人特征筛查罪犯

  谁动了我的DNA?   藏匿20多年的连环杀手最终被警方抓捕,DNA数据库在此过程中大显神威。然而另一方面,警方采集和利用DNA数据的情况已经发生了巨大变化,无辜大众的自由和隐私正受到越来越严重的威胁。为了保护海量DNA数据不被滥用,必须制定一系列法规了。   20世纪80年代中以来,一个连

SCIEX牵手诗丹德——不断开发并完善中药质谱数据库

  分析测试百科网讯 2016年5月5日,SCIEX和上海诗丹德生物技术有限公司于上海博雅酒店联合发布了中药质谱数据库(相关链接:SCIEX与诗丹德联合发布中药质谱数据库)。据悉这款中药质谱数据库历时两年才完成,包含2万2千多个天然产物的一级质谱数据库,同时在《中国药典》2

“基本农田数据库建设”解读:以图管地实现农田全程管理

  日前,国土资源部办公厅发布《关于加快开展基本农田数据库建设的通知》(以下简称《通知》),力图进一步加快基本农田数据库建设,提升基本农田管理效能,实现以图说数、以图管地的目标。近日,国土资源部耕地保护司有关负责人结合当前正在开展的基本农田划定工作,就基本农田数据库建设的背景、工作要求等进行了解答。

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

科技部发布科技基础资源调查专项项目指南

科技部关于发布科技基础资源调查专项2018年度项目指南的通知国科发基〔2017〕380号国务院各有关部门科技主管司局,各有关单位:  根据中央财政科技计划(专项、基金等)管理改革的总体要求,科技部、财政部按照需求导向和分类整合的原则,在原“科技基础性工作专项”基础上,重新整合设立“科技基础资源调查”

PI数据库及其在电厂SIS中的应用

   随着电力体制改革的深人开展,厂网分开、竞价上网己经成为必然的发展趋势。这就要求各电厂必须重视整合企业现有的软硬件资源,在整个电厂范围内实现信息共享,做到管控一体化。而目前电厂中的分布式控制系统DCS(Distributed Control System)等往往将数据分散在不同的计算机或控制系统

MALDI-TOF MS | 临床微生物鉴定中的一大新利器

  自20世纪80年代起,质谱技术就已经成为科学研究中用于蛋白分析的强大工具。随着技术的不断成熟和广泛使用,其在微生物检验常规诊断中的作用越来越受到关注,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of fl

B细胞表位数据库简介与预测方法

抗原表位预测适用于已知一级结构的蛋白质或多肽抗原的线性表位的预测。人们通过观察抗原表位与已知氨基酸序列的蛋白质某些结构特征关系,发现一些蛋白质的序列或结构特征与抗原表位有关。在抗原抗体的结合反应中,抗原参与结合的部位称为 B 细胞抗原决定簇或者表位。从空间结构上看,B 细胞表位可分为线性表位(也

生命科学国外重要数据库

EMBL数据库结构EMBL数据库的基本单位也是序列条目,包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成,每个字段由标识字起始,后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段,以次标识字或特性表说明符开始,最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。条目的关键字包括ID(序列名称),DE(序列

2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验

实验步骤:3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时,每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户(由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户,首先要创建一个新的项目。一旦建立,该项目就属于这个用户,这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度,尽量不要用手动输入操作。因此,

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仪器、耗材DBMS实验步骤3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时,每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户(由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户,首先要创建一个新的项目。一旦建立,该项目就属于这个用户,这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度,尽量不要用手动输入操作

代谢组学常使用的数据库

  代谢组主要是对小分子代谢物(一般50-1500 Da)进行高通量定性和定量分析,代谢组分析产生了大量的生物信息数据。代谢组数据库的开发对于归纳总结这些大数据,方便后续的代谢组学数据分析,揭示隐藏在大数据背后的生物学机理具有十分重要的作用。  目前常用的代谢组学数据库有HMDB、NIST、LMSD

合作结硕果:业界领先1300+中药高分辨质谱数据库

  安捷伦-诗丹德标准天然产物高分辨率质谱标准图谱库发布  分析测试百科网讯 2019年6月28日,世界中联中药分析专业委员会第十届学术年会在上海召开。本次会议上,安捷伦科技公司(以下简称“安捷伦”)与上海诗丹德标准技术服务有限公司(以下简称“诗丹德”)联合发布针对中药药效物质基础研究的标准天然产物

北大因知网涨价暂停续订:预算难追数据库涨幅

  “图书馆订购的‘中国期刊网’(中国知网)系列数据库2015年合同期已到,由于数据库商涨价过高,图书馆目前正在全力与对方进行2016年的续订谈判,上一年度合同截止到2016年3月31日,期满后数据库商随时可能中断北大的访问服务。”3月31日,北京大学官网上贴出中国知网(以下简称“知网”)即将停用的

微生物学检验基本技术(2)

第六节 自动化技术在微生物检验中的应用  微生物鉴定的自动化技术近十几年得到了快速发展。数码分类技术集数学、计算机、信息及自动化分析为一体,采用商品化和标准化的配套鉴定和抗菌药物敏感试验卡或条板,可快速准确地对临床数百种常见分离菌进行自动分析鉴定和药敏试验。目前自动化微生物鉴定和药敏分析系统已在世界

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注意!本月起SCI等四大数据库收录期刊将有大变化!?

  Web of ScienceTM核心合集作为全球权威的学术信息数据库,50多年来一直遵循严格的选刊标准,遴选全球最具学术影响力的高质量期刊。  Web of ScienceTM核心合集的四大期刊库分别是:1、Science Citation Index Expanded (科学引文索引):收录了

NGS检测试剂生产应获得《医疗器械生产许可证》

  为加强第二代测序技术检测试剂的规范和指导,进一步保证和提高相关产品的质量,8月8日,中国食品药品检定研究院(中检院)组织制定了《第二代测序技术检测试剂质量评价通用技术指导原则》(下称《指导原则》)。  该文件是中检院发布的首个质量评价技术指导原则,旨在对产品设计、研发及验证的各关键环节进行规范,

科技部发布科技基础资源调查专项2016年度项目指南

科技部关于发布科技基础资源调查专项2016年度项目指南的通知国科发基〔2016〕228号国务院各有关部门,军委科技委:   根据中央财政科技计划(专项、基金等)管理改革的总体要求,科技部、财政部按照需求导向和分类整合的原则,在原“科技基础性工作专项”基础上,重新整合设立“科技基础资源调查”专项。现将

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

蛋白质组技术的研究进展

大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信息仅

蛋白质组技术的研究进展(二)

3 蛋白质组技术的支柱---鉴定技术(Identification)    如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定.  在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comi

绿茶提取物中化学成分的鉴定

采用UNIFI鉴定绿茶提取物中的化学成分 本文介绍了使用以超高效液相色谱(UPLC®),四级杆飞行时间质谱(QTof MS)以及中药数据库为基础的UNIFI®天然产物解决方案分析绿茶中化学成分的方法。方法将实验采集、数据处理与中药数据库的导入有机结合起来, 使得复杂中药体系中化学组分的定性

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全球共享的基因组数据库办不下去了,怎么办?

  1资金困境  作为世界上最具权威性的人类疾病相关的基因目录第五十个生日时,它面临着令人不安的变化。在接下来的几年里,美国国家人类基因组研究所(NHGRI)预计退出作为基因组数据库的始祖——称为在线人类孟德尔遗传(OMIM)唯一的资助者。谁将继承标签尚未明确。当美国国家卫生研究院(NIH)评估其数