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2DE蛋白质组学的PROTICdb数据库实验

仪器、耗材DBMS实验步骤3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时,每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户(由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户,首先要创建一个新的项目。一旦建立,该项目就属于这个用户,这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度,尽量不要用手动输入操作。因此,网页上包含受控词汇或以前加载到数据库的其他数据的组合框。当建立一个新的 PROTICdb 数据库时,受控词汇库是空的,用户可根据需要填充。这将确保一个公认的,如果可能的话,尽可能标准化的词汇表。这对于查询非常重要,因为这可以减少同义词的使用以及错误拼写。网络界面包括以下 3 个主要内容:主菜单,弹出菜单和工作空间(图 23-1)。“ 用户登录”和当前项目的名称( 之前选中的项目)显示在 PROTICdb 徽标下方。数据必须加载到一个 PROTICdb 项目中。不过,有可能要建立一个或多个项目,来满足你整理数据的需要。这里介绍的......阅读全文

2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验

实验步骤:3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时,每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户(由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户,首先要创建一个新的项目。一旦建立,该项目就属于这个用户,这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度,尽量不要用手动输入操作。因此,

蛋白质组技术的研究进展

大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信息仅

蛋白质组技术的研究进展

  大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信

蛋白质组实验全套流程方案-1

 蛋白质组实验流程双向电泳的样品的制备样品制备原则样品制备是双向电泳中最关键的一步,将直接影响2-DE结果好坏。目前并没有一个通用的样品制备方法,尽管处理方法多种多样,但都遵循几个基本的原则:1)尽可能的提高样品蛋白的溶解度,抽提最大量的总蛋白,减少蛋白质的损失;2)减少对蛋白质的人为修饰

蛋白质组技术的研究进展(二)

3 蛋白质组技术的支柱---鉴定技术(Identification)    如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定.  在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comi

SCI医学论文写作技巧

  第一版(2010年9月)前言    医学论文设计水平的新颖性和创新性,是决定撰写的医学论文能否被SCI医学杂志编委和主编认同的第一门道;医学论文撰写水平的逻辑性和规范性,则是决定撰写的医学论文能否被SCI医学杂志接受的最终门道。发表SCI期刊医学论文的语言是英语,对于母语是非英语的中国临床医生

SCI医学论文写作技巧

  第一版(2010年9月)前言    医学论文设计水平的新颖性和创新性,是决定撰写的医学论文能否被SCI医学杂志编委和主编认同的第一门道;医学论文撰写水平的逻辑性和规范性,则是决定撰写的医学论文能否被SCI医学杂志接受的最终门道。发表SCI期刊医学论文的语言是英语,对于母语是非英语的中国临床医生

SCI医学论文写作技巧

  简明SCI期刊医学论文撰写手册   第一版(2010年9月)前言    医学论文设计水平的新颖性和创新性,是决定撰写的医学论文能否被SCI医学杂志编委和主编认同的第一门道;医学论文撰写水平的逻辑性和规范性,则是决定撰写的医学论文能否被SCI医学杂志接受的最终门道。发表SCI期刊医学论文的语言

花生转录组denovo测序揭示果针发育相关的功能基因

  近日,由广东省农业科学院作物研究所梁炫强研究员、陈小平博士,山东省农业科学院花生研究所所长禹山林研究员及国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)基因组中心负责人Rajeev Kumar Varshney等完成的花生转录组de novo测序的结果发表于Plant Biotechnology

蛋白质组学概念的起源和发展

  蛋白质组学的诞生和发展,离不开多学科和技术的逐渐交叉融合。这些学科技术包括(但不限于)基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学。近年来,分子医学、大数据技术和人工智能的发展,进一步加速推动了蛋白质组学的成长,使之在精准医疗领域展示出越来越大的应

2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验(三)

2. 质谱鉴定命令单个蛋白质点可能被命名为几个名称或代码,如检测点数、匹配数、采集数等。因此,用一个质谱图去关联一个适当的蛋白点没有多大意义。为了避免错误, PROTICdb 的工作流程之一是生成一个携带单一的,送去做质谱鉴定的蛋白点质谱仪 ID 的文件 ( 相当于一个命令)。质谱仪就可以将

蛋白质组学常用数据库一览

  一蛋白质数据库  1.UniProt (The Universal Protein Resource)  网址:http://www.uniprot.org/  http://www.ebi.ac.uk/uniprot/  简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞

蛋白质组鉴定技术

 如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定. 在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达. 并不是因为这些方法无效,而是因为它们通常耗时

四种蛋白鉴定分析方法

传统的蛋白鉴定方法,色谱柱如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达通常耗时、耗力,不适合高流通量的筛选。 目前,所选用的技术包括对于蛋白鉴定的图象分析、微量测序、进一步对肽片段进行鉴定的氨基酸组分分析和与质谱相关的技术。1&nb

cDNA文库的构建和筛选

材料许多生物是疾病研究或探索使细胞和机体应对和存活于不同刺激下的分子适应机制的优良模型。 cDNA 文库的构建和随后目的基因的筛选可促使研究者发现在调节和响应某些外部特定环境压力中有重要作用,而在其他体系中可能不表达或者不存在的新基因。确定这些新基因的可读框,进一步分析其编码蛋白质的功能可以开创全新

蛋白质组鉴定技术

如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定. 在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达. 并不是因为这些方法无效,而是因为它们通常耗时、耗

蛋白质组鉴定技术简述

如果目前分离蛋白质组的最好技术是2-DE,那么随之而来的挑战是数百数千个蛋白如何被鉴定。在这里,我们不考虑传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达。并不是因为这些方法无效,而是因为它们通常耗时、耗力,不

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

几种常用的蛋白鉴定方法

几种常用的蛋白鉴定方法 传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的 comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达通常耗时、耗力,不适合高流通量的筛选。 目前,所选用的技术包括对于蛋白鉴定的图象分析、微量测序、进一步对肽片段进行鉴定的氨基

几种常用的蛋白鉴定方法

传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达通常耗时、耗力,不适合高流通量的筛选。 目前,所选用的技术包括对于蛋白鉴定的图象分析、微量测序、进一步对肽片段进行鉴定的氨基酸组分分析和与质谱相关的技术。1 &nb

几种常用的蛋白鉴定方法

 传统的蛋白鉴定方法,如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达通常耗时、耗力,不适合高流通量的筛选。 目前,所选用的技术包括对于蛋白鉴定的图象分析、微量测序、进一步对肽片段进行鉴定的氨基酸组分分析和与质谱相关的技术

四种蛋白鉴定分析方法

传统的蛋白鉴定方法,色谱柱如免疫印迹法、内肽的化学测序、已知或未知蛋白的comigration分析,或者在一个有机体中有意义的基因的过表达 通常耗时、耗力,不适合高流通量的筛选。   目前,所选用的技术包括对于蛋白鉴定的图象分析、微量测序、进一步对肽片段进行鉴定的氨基酸组分分析和与质

cDNA文库的构建和筛选—在外界环境压力条件

实验步骤 一、材料 所有化学试剂均为分子生物学级纯度。所用塑料和玻璃制品,包括瓶子和移液器吸头均经高压蒸气灭菌。涉及核酸的操作均需带手套。 1.总 RNA提取 (1)无 RNase 水。加 I mL 焦 炭 酸 二 乙

蛋白质组与蛋白质组学简介-2

3 甲基化干扰实验用来检测蛋白质的结合位点。甲基化修饰的DNA探针可以干扰蛋白质的结合。结合位点上未被修饰的DNA片段才能与蛋白结合,然后将DNA从被修饰的碱基处切割,电泳分离,结合蛋白的DNA在结合位点上不能被修饰,不能切断,可确定结合位点的位置。 4 Dnase I 足纹分析 蛋白

肽质量检索实验

基本方案 其他方案             实验方法原理 实验材料

双向电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)-6

我们本次实验使用的是银染。银染的方法种类很多,目前有文献报道的就有100多种。但是其准确的染色机制还不是特别的清楚。大致的原理是银离子在碱性pH环境下被还原成金属银,沉淀在蛋白质的表面上而显色。 由于银染的灵敏度很高,可染出胶上低于1 ng/蛋白质点,故广泛的用在2D凝胶分析上。待找到自己感

2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验(二)

4. 梅拉尼生成的输出文件的上传( 1 ) 由梅拉尼软件生成一个检测报告,并把它输出到一制表分隔的文本格式文件 ( 见注释 9)。 文件扩展名为 “ txt.  ” 。 本演示中,使用 PROTICdb  Demo,   zip 中的 detections

2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验(一)

仪器、耗材 DBMS实验步骤 3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时,每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户(由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户,首先要创建一个新的项目。一旦建立,该项目就属于这个用户,这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度,尽量

肽质量检索实验

实验方法原理 实验材料 蛋白样品仪器、耗材 质谱仪实验步骤 鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念:(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的,通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被

肽质量检索实验_基本方案

实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念:(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的,通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被实验中所用水解试剂水