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生物信息分析数据挖掘

DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达,检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化,显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据,仅仅进行差异表达分析还远远不够,如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现,新的问题随之而来。如果将所有获得的数据集中起来,我们能否将未知功能的新基因归类到已知功能分类中?能否将基因表达与基因功能联系起来?能否发现新类型的共调控基因?能否从芯片表达数据中得出完整的基因调控网络?为了解决这些问题,聚类分析这种统计方法在生物芯片数据研究方面得到广泛应用。一旦通过实验确定了表达水平,接下来的聚类分析主要是找到那些有相似表达模式的基因(共表达基因)。因为许多功能相关的基因具有相似的表达模式,例如编码蛋白质复合物的基因很可能有相似的表达模式,通过这些共表达基因的寻找可以对一些未知基因的功能研究给予提示。另外,共表达基......阅读全文

陈润生院士等获颁中国生物信息学终身成就奖

  9月27日,第九届全国生物信息学与系统生物学学术大会在上海开幕。在为期2天半的会议期间,来自全国各地的700余名专家学者代表,将围绕“新冠病毒研究与转化医学信息学”“单细胞组学分析方法与应用”“人工智能与生物信息学”和“脑科学与生物信息学”等生物信息学诸多传统与新兴领域进行研讨与交流。  中国科

临床精准医疗必须重视的新兴科学:临床生物信息学

   由世界最大出版社“施普林格-自然”2016年出版的“临床生物信息学的应用”在短短几个月被下载近万次,引起国际同行的广泛重视和密切关注。该书融临床信息学、医学信息学、遗传信息学、生物信息学和系统生物学为一体,详细和系统地阐述了基因组学、蛋白组学、基因测序、基因表观学、代谢组学、计算机数学、大数据

肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能

  近年来,随着测序技术的迅猛发展,单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年,单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测,都是在大量细胞宏观水平上,对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上,对其遗传物质进行检测,从

从一代到四代,基因测序渐成生命密码解读者

  基因测序行业发展迅速,二代测序为主流技术。  当下,一代基因测序技术由于通量较低、测序时间较长,已经不能满足研究应用的需要,以高通量低成本为特征的二代测序技术为目前应用最广泛的测序技术,测序时间相较于一代技术大大降低。  基因测序作为精准医疗的重要一环,随着技术的进步以及成本的下降,近年来发展迅

专访李厦戎:一个在生物领域创业的数据控

  李厦戎称自己为数据控,他致力于机器学习算法和分布式系统的实际应用。目前他正在生物数据领域创业,创办聚道科技(Genedock),希望用数据技术推动生命健康行业革新。李厦戎曾在中国最大的移动数据服务平台友盟工作,他作为首席数据科学家,带领团队针对移动数据特点,构建了面向数十亿移动设备的ID映射和用

郑洪坤:“云模式”引领基因科技服务 2.0 时代

  生物信息和科技服务行业正在经历从1.0时代向2.0时代的变迁。在这个变迁的浪潮下,生物科研工作者,科技服务从业人员都面临着哪些挑战和机遇?从业十五年的百迈客CEO郑洪坤认为:云模式,才是打开基因科技服务2.0时代的正确方式。  基因科技服务1.0时代:测序数据少,分析以标准分析为主且主要由服务公

张玉奎院士等专家在2012年北京色谱年会上作大会报告

  2012年12月07日,北京,2012年北京色谱年会热烈召开。促进了北京地区色谱以及色谱相关领域的技术应用与交流。围绕“色谱新技术及其应用”的主题,展开多场报告,内容包括蛋白质组学、色谱技术、色谱与质谱、色谱与核磁共振、金属组学、代谢组学、生物气味研究、环境分析等。中国科学院大连化学物理研究所张

生物芯片有哪些分类

全球首个生物芯片产品问世虽然已有20多年的时间,但生物芯片分类方式仍没有完全统一的标准。比较常见的分类方式有3种,分别是按用途、作用方式和成分来分类。(1)用途分类生物电子芯片:用于生物计算机等生物电子产品的制造。生物分析芯片:用于各种生物大分子、细胞、组织的操作以及生物化学反应的检测。生物电子芯片

向50年创新致敬, 一览质谱领军者的风采

  -访赛默飞中国区色谱和质谱业务高级商务运营总监李剑峰赛默飞中国区色谱和质谱业务高级商务运营总监李剑峰(左)和分析测试百科网总经理卞利萍女士(右)  今年是赛默飞质谱业务成立50周年,在第三届全国质谱分析学术报告会上赛默飞展出了向创新历史致敬的一系列内容,参会者随处可感受到红色庆典的浓郁和热烈。分

生物医学基因大数据:现状与展望

  生物医学大数据广泛涉及人类健康相关的各个领域:临床医疗、公共卫生、医药研发、医疗市场与费用、个体行为与情绪、人类遗传学与组学、社会人口学、环境、健康网络与媒体数据。  大数据(big data)是指由于容量太大和过于复杂,无法在一定时间内用常规软件对其内容进行抓取、管理、存储、检索、共享、传输和

中国学者建立首个一站式蛋白质组数据分析云系统Firmiana

  随着蛋白质组学的飞速发展,其在生命科学和生物医药领域的重要作用和应用前景已经日益明晰。由此产生出的海量蛋白质组数据为蛋白质组解析和分析提出了更高的要求。然而,当今领域内蛋白质组产出大数据的实时、全面分析和知识挖掘能力成为了制约蛋白质组技术应用的瓶颈。遗憾的是,目前尚无平台能够完成从质谱原始文件收

国家基金委八大学部公布“优先发展领域及主要研究方向”

  “十三五”期间,通过支持我国优势学科和交叉学科的重要前沿方向,以及从国家重大需求中凝练可望取得重大原始创新的研究方向,进一步提升我国主要学科的国际地位,提高科学技术满足国家重大需求的能力。各科学部遴选优先发展领域及其主要研究方向的原则是:  (1)在重大前沿领域突出学科交叉,注重多学科协同攻关,

人工智能与数据挖掘驱动的肿瘤新药研发

  人工智能作为一种旨在模拟、延伸和扩展人的智能的科学,人工智能正在以前所未有的广度和越来越快的速度改变着世界的面貌。而在普瑞基准创始人季序我和梁晗看来,人工智能可以帮助我们更好地回答那些医学中最为本质的问题,对于新药研发、临床诊疗和医学基础研究,都有着不可估量的价值。 道路  在癌症诊治的过程中,

基因表达谱数据聚类分析相关内容

DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题,分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构,结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题,所采用的方法包括通过可视

2012中国医学科学院蛋白质组学研讨会大会报告

  中国医学科学院药物研究所 再帕尔研究员  来自中国医学科学院药物研究所的再帕尔·阿不力孜教授带来了题为《基于LC-MS/MS技术的代谢组学分析方法研究与应用进展》的报告。   再帕尔教授首先对比了NMR、LC-NMR与LC-MS、GC-MS在代谢组学分析当中的优缺点,发现在代谢组学复杂样本体系的

基因检测如果是支点,那杆杠呢?

  阿基米德曾经说过:“给我一个支点,我可以撬动地球。”笔者认为,未来健康行业的支点就是基因检测,谁能找到合适的支点,就有机会撬动“地球”。但是,支点有了,撬动健康行业的杆杠呢?抬动杆杆的那只“无形的手”又在哪里呢?笔者会从三个方面来聊聊这个话题:“没有唯一的支点”,“杆杠的效应”,“抬起杆杠的手在

生物芯片实验信号检测及数据处理

芯片实验完成后,芯片就可以放人商品化的生物芯片扫描仪中进行扫描、识别、提取和分析(扫描仪的操作根据商家提供的具体操作执行)。扫描仪得到图像后,必须对数据进行提取,才能进行后续的数据分析。图像处理和数据分析是基因芯片研究的核心技术之一。对于SNP实验结果分析较简单,而对于基因表达谱研究、CGH分析及高

科技部发布《“十三五”中医药科技创新专项规划》

  分析测试百科网讯 近日,按照《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》、《“十三五”国家科技创新规划》、《“健康中国2030”规划纲要》等总体部署,为加快推进中医药科技创新发展,科技部特制定《“十三五”中医药科技创新专项规划》:   “十三五”中医药科技创新专项规划  中医药蕴含着

化学药研发实验室信息化解决方案

  来源:研发创新平台   iLabPower研发创新平台可对化学药研发实验室的项目、人员、化合物信息、样品信息、谱图信息、实验方案/记录、化学/生物试剂、仪器/耗材等实现全面的数字化管理,建立统一高效的数字化创新平台。解决了传统管理模式对研发创新带来的阻碍,引领实验室研发模式的变革,更重要的是为

化学药研发实验室信息化解决方案

  实施效果   来源:研发创新平台   iLabPower研发创新平台可对化学药研发实验室的项目、人员、化合物信息、样品信息、谱图信息、实验方案/记录、化学/生物试剂、仪器/耗材等实现全面的数字化管理,建立统一高效的数字化创新平台。解决了传统管理模式对研发创新带来的阻碍,引领实验室研发模式的变

六部门印发《“十三五”卫生与健康科技创新专项规划》

  分析测试百科网讯 近日,按照《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》、《“十三五”国家科技创新规划》、《“健康中国2030”规划纲要》等的总体部署,为进一步完善卫生与健康科技创新体系,提升我国卫生与健康科技创新能力,显著增强科技创新对提高公众健康水平和促进健康产业发展的支撑引领作

美吉I-Sanger生信云树立科研服务云平台金标准

  云技术革命正迅速改变科研领域的生产方式和服务模式,以美吉生物I-Sanger为代表的生信云平台,经过不懈探索努力和自身数万科研用户服务实践,提出生信云平台应具备的社会责任,以去中心化的设计理念,通过强大、快捷的交互功能,免费为客户提供无限次的数据分析和增值服务体验,致力于“让人人都成为生信专家”

"万种原生生物基因组计划"在武汉启动

   “万种原生生物基因组计划”30日在武汉启动。该计划由中国科学院水生生物研究所联合西藏大学、河南农业大学、中国农业科学院兰州兽医研究所、中国科学院北京基因组研究所和华中科技大学等单位共同发起,旨在绘制万种代表性原生生物基因组图谱,建立一个大规模的原生生物遗传资源数据库。图片来源于网络  原生生物

"万种原生生物基因组计划"启动

  “万种原生生物基因组计划”30日在武汉启动。该计划由中国科学院水生生物研究所联合西藏大学、河南农业大学、中国农业科学院兰州兽医研究所、中国科学院北京基因组研究所和华中科技大学等单位共同发起,旨在绘制万种代表性原生生物基因组图谱,建立一个大规模的原生生物遗传资源数据库。  原生生物主要是由单细胞真

GEN:大数据挖掘对癌症治疗的四大影响

  2016年1月在瑞士达沃斯召开的世界经济论坛上的一个panel讨论中,美国副总统Joe Biden当场要求临床医生和研究者举例表示人类在抗击癌症中突破的障碍。当几个重要话题浮现时,最重要的议题是“大数据”,具体而言,即“大数据”的收集、分析和应用。  研究者表示:“大数据”是有效的,这是因为有重

EBioMedicine:鉴别出750多个生物标志物 助力癌症早期筛查

  近日,刊登在国际杂志EBioMedicine上的一项研究报告中,来自英国谢菲尔德大学的研究人员通过研究在血液中鉴别出了788个生物标志物(Biomarkers),这些生物标志物或可用于开发针对一般人群的早期癌症筛查测试技术。文章中,研究者表示,他们首次创建出了相关的癌症血液生物标志物的全面列表,

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

2017年度国家杰青科学基金建议资助项目申请人名单发布

  根据《国家杰出青年科学基金项目管理办法》的有关规定,现将2017年度国家杰出青年科学基金建议资助项目申请人名单予以公布。  建议资助项目申请人有违反《国家自然科学基金条例》《国家杰出青年科学基金项目管理办法》或其他学术不端行为的,任何单位和个人均可在15日内(8月4日——8月18日)向国家自然科

布鲁克推出用于生命科学等领域的最新质谱技术及解决方案

  2014年6月16日,巴尔的摩,马里兰州——今天,在第62届美国ASMS质谱年会上,布鲁克公司(NASDAQ: BRKR)宣布推出多款质谱产品,这些产品除了能在应用市场和工业化市场发挥作用外,还可应用于生命科学研究、蛋白质组学研究、临床研究等领域,另外,它还能为制药/生物制药/ CRO的客户提供

走好临床质谱最后一公里 第4届液质临床应用培训班闭幕

  分析测试百科网讯 2019年4月23-25日,由复旦大学附属中山医院检验科主办,复旦大学生物医学研究院 中国医药教育协会检验医学分会 、上海市生物医学工程学会检验医学专业委员会 和美国临床质谱协会(MSACL) 协办的“国 家 级 I 类 继 续 教 育 学 习 班 -第四届液相色谱–质谱技术临