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当宏基因组遇上单细胞测序

日前,科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性,使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性,但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上,研究者人员向人们展示了在四个温泉样本(北美和亚洲)中发现的一类新细菌Candidatus Kryptonia。这项研究共测序了22个Kryptonia基因组。 基因组分析显示,Kryptonia属于拟杆菌门。拟杆菌门的成员一般生存在肠道或海洋中,而Kryptonia是其中首个极端嗜热菌。研究人员指出,Kryptonia可能是通过水平基因转移从古生菌获得这种能力的。 16s rRNA检测无法发现这种细菌,这是因为在通用引物的结合处发生了删除事件。Nikos Kyrpides领导团队通过宏基因组测序和单细胞测序证实了这种细菌的存在,并将其命名为Kryptonia。 研......阅读全文

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

第七届国际基因组学大会在香港成功召开

  2012年11月29日至12月1日,为期三天的第七届国际基因组学大会暨2012年亚太区生物信息学峰会在香港九龙成功召开。本次会议由华大基因主办,《GigaScience》杂志协办。来自全球300多名专家学者云集香港,共同探讨了基因组学、生物信息学、云计算、生物伦理等研究领域内的最新进展,并深入探

“十二五”国家计划农村领域2013年度备选项目征集

  为深入贯彻《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》和2012年中央一号文件精神,做好2013年农村领域备选项目公开征集工作,按照科技部关于《农村领域国家科技计划管理改革暂行办法》,制定本指南。   一、推荐领域与方向   专题1:生物种业   (一)研究方向:超级稻新品

于军:从人类基因组计划到精准医学

  基因产业正受到前所未有的重视。今年,精准医学不仅被纳入“十三五”规划,作为精准医学的“排头兵”,基因组学也被纳入“十三五”百大项目名单,要“加速推动基因组学等生物技术大规模应用”。  对著名基因组学专家、中国基因组学奠基人于军教授来说,基因组学引领的技术应用得到如此重视,既让他感到欣慰———20

于军:人类基因组计划是我的生命

        于军,纽约大学医学院生物医学科学博士,师从台湾中研院院士孙同天教授;博士后研究追随美国“人类基因组计划”的领导者和设计者之一,著名基因组学家、美国科学院院士Maynard V.Olson。  1993年,于军参与“

基因组学推动生命科学大步向前

  2010年下旬,河南安阳曹操墓真伪之辩正酣。而一则来自上海的重磅消息更是引发了多方关注。复旦大学现代人类学教育部重点实验室宣布,向全国征集曹姓男性DNA样本,拟用基因组科学的手段验证出土的头骨是否为曹操本人。   一下子,基因组科学成为热门,这一话题“落入寻常百姓家”。   事实上,伴随着2

我国科学家首提“人类泛基因组”

人类基因组存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因   经过不懈研究和攻关,我国科研人员在人类基因组研究中获得新的重大进展――发现人类基因组中存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因。科研人员还首次提出了“人类泛基因组”的概念。   由深圳华大基因研究院领衔,华南理工大学参与的研

首届国际基因组学大会美洲分会在费城成功召开

  2012年9月27日至28日,为期两天的首届国际基因组学大会美洲分会(The International Conference on Genomics in the Americas,ICG Americas 2012)在美国费城儿童医院(CHOP)成功召开。本次会议由华大基因与费城儿童

学科发展带来的新趋势对生物学家意味着什么

   作为生命科学领域最新的分支学科,基因测序等新的生物医学技术正在颠覆传统的生物学研究方法。海量的数据处理正在把生物学家们的工作从实验台上拉向电脑旁。如今,全世界的生物学家不得不承认这样一种现实:要想成为一名生物学家,你还得是个统计学家,甚至是程序员。你得会写算法才行。  学科发展带来的新趋势对生

作物基因组学研究进展(一)

作物基因组学研究进展农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2018年度主要农

华大基因从1%到中国人的个体化基因组研究

  自1999年中国作为唯一的一个发展中国家加入人类基因组计划,到目前为止,已经独立完成了水稻和家蚕等大型基因组研究,并参与了家鸡、家猪、木瓜等多个重要动植物基因组图谱制作,在2007年还首次向世界公布了第一个中国人的个体化基因组序列。   中国虽然在这一领域起步较晚,但发展迅猛……   在深圳

DNA测序技术的现状和发展(四)

1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过,由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性,因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法(isothermal)。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增

中国科学家绘制小麦A、D基因组草图

  作为世界三大粮食作物之一,小麦养活了全球40%的人口,提供人类营养所需的20%的热能和蛋白质。   随着基因组学的发展,水稻和玉米的基因组相继被破译,但关于小麦基因组的测序研究依然困难重重、进展缓慢,小麦基因组成了横在科学家面前的一座大山。   中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工

陈润生: 当选院士意味承担更大责任

面对新当选中国科学院院士的耀眼头衔,中国科学院生物物理研究所研究员陈润生并没有想象中的激动,而是心态平和地接受了《科学时报》记者的采访。 “我想我这次能够当选院士主要是评审专家对我两方面工作的肯定。”陈润生谦和地告诉记者,“一是我长期坚持在生物信息学方面进行研究,对基因组的研究作出了一定的

基因组所国际合作项目椰枣基因组测序及功能研究获进展

  最近,由中国科学院北京基因组研究所与沙特阿卜杜拉国王科技城(King Abdulaziz City for Science and Technology, KACST)共同启动的合作项目“枣椰 (Phoenix dactylifera L.)基因组计划”获得系列进展,本月初其标志性研究—

我国科学家完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制

   近日,由中国水产科学研究院首席科学家孙效文牵头,中国水产科学研究院联合黑龙江水产研究所、中科院基因组研究所、哈佛大学、奥本大学等单位组建的国际合作研究团队,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,在国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果于9月21日在国际生物学权威期刊《自然—

华大智造测序仪进驻泰国国家基因工程和生物工程中心

  2019年8月5日,华大智造基因测序仪MGISEQ-2000RS 在泰国国家基因工程与生物工程中心(BIOTEC) 基因组研究实验室正式装机,标志着华大智造测序平台首次在泰国国家级研究机构投入使用。这是华大智造测序仪走出国门的夯实一步,截止目前全球已有22个国家使用华大智造测序仪,这也将进一步助

Nature 表观遗传学进展将遗传学、环境与疾病联系了起来!

  21世纪,表观遗传学的研究得到了快速发展,同时其产生了让研究人员感兴趣和憧憬的东西,当然了,这其中也存在一些大肆宣传的成分,本文中,我们回顾了表观遗传学在过去几十年里是如何演变的,同时分析了近年来改变科学家们对生物学理解的一些研究进展;我们讨论了表观遗传学和DNA序列改变之间的相互作用,以及表观

NIH出资$3.13亿用于疾病基因组测序研究

  美国国立卫生研究院(NIH)将资助一些基因组测序分析中心,致力于破解人类常见病和罕见病的基因信息。NIH下属的国家人类基因组研究所(NHGRI)14日宣布成立“常见疾病基因组学中心(CCDG)”,该中心将利用基因组测序技术,从基因水平研究心脏病、糖尿病、中风以及自闭症等常见疾病产生的原因。NHG

研究解开冬瓜“保守”的秘密

  几千年前,我们的祖先吃的蔬菜水果可没有现在这么丰富多样。  葫芦科作物的千变万化更是印证了这一点。很难想象,冬瓜、黄瓜、甜瓜、西瓜、葫芦、南瓜、丝瓜等葫芦科作物有着一个共同的祖先,是什么导致他们在历史长河里发展成不同形态大小和风味的?科学家们对此产生了浓厚的兴趣。  探究葫芦科作物“变异”的脉络

中国科学家成功破译树鼩基因组

  2013年2月6日,中科院昆明动物所、深圳华大基因研究院等单位对树进行了全基因组测序,并对其分类地位和相关生物学特征进行了深度解析。树基因组的完成,将为其在生物医学研究中用作动物模型奠定重要的遗传学基础,进而使其更好的应用于生物医药研究。研究成果在《自然•通讯》(Nature Communi

人工合成4条酵母染色体我国科学家开启“再造生命”新纪元

  大姑娘出嫁——头一回!3月10日出版的国际顶级学术期刊《科学》,以封面的形式同时刊发了中国科学家的4篇研究长文!  由天津大学、清华大学和华大基因分别完成的这4篇长文,介绍了真核生物基因组设计与化学合成方面的系列重大突破:完成了4条真核生物酿酒酵母染色体的从头设计与化学合成——要知道,酿酒酵母总

从砍柴割草到“编写生命密码”——记基因组学家杨焕明院士

  在世界上首次利用全基因组“霰弹法”策略对大型植物基因组进行测序,独立完成超级杂交水稻父本籼稻“9311”基因组的“工作框架图”;在抗击非典行动中研制了SARS的诊断用抗原、抗体和相关标记物,并在全球首个公布SARS诊断试剂……  他,就是中国科学院院士、深圳华大基因研究院研究员杨焕明,一名从砍柴

杨焕明院士:曾在全球首个公布SARS诊断试剂

   在世界上首次利用全基因组“霰弹法”策略对大型植物基因组进行测序,独立完成超级杂交水稻父本籼稻“9311”基因组的“工作框架图”;在抗击非典行动中研制了SARS的诊断用抗原、抗体和相关标记物,并在全球首个公布SARS诊断试剂……  他,就是中国科学院院士、深圳华大基因研究院研究员杨焕明,一名从砍

精准医学:是变革,还是新壶装旧酒?

  2015年1月20日,美国总统奥巴马在美国国会作国情咨文报告时提出精准医学一词,迅速成为新年伊始世界各国关注的热点。很多人不禁要问,奥巴马口中的精准医学长什么样子?为什么要在这个时候启动精准医学计划?精准医学的概念不是美国总统奥巴马首次提出的,却因他的大名而成为2015年医学界最热的关键词。今年

精准医学:是变革,还是新壶装旧酒

  精准医学的概念不是美国总统奥巴马首次提出的,却因他的大名而成为2015年医学界最热的关键词。今年,各种形式的医学学术会上,精准医学都成为必不可少的“座上宾”。  什么是精准医学?  ——在生命科学和医学实践所处的重要转折点上应运而生  2015年1月20日,美国总统奥巴马在美国国会作国情咨文报告

微缩化技术在宏基因组测序建库中的应用

2020年伊始,突如其来的新冠疫情牵动着每个人的心。自武汉卫健委首发肺炎疫情情况通报后的短短一个星期,新型冠状病毒就在实验室中被检出,并获得了该病毒的全基因组序列。如此快速地确定病原体抢占研究先机,宏基因组测序技术功不可没。 宏基因组学(Metagenomics),以环境样品中的微生物群体

国家重点基础研究发展计划09申报指南发布

  科技部基础研究司日前发布了《关于发布国家重点基础研究发展计划(含重大科学研究计划)2009年度项目申报指南的通知》。   国家重点基础研究发展计划是以国家重大需求为导向,对我国未来发展和科学技术进步具有战略性、前瞻性、全局性和带动性的基础研究发展计划,主要支持面向国家重大需求的基础研究领域和重

水稻功能基因组研究:我国要继续保持领先优势

  以“水稻功能基因组研究的现状和未来”为主题的第520次香山科学会议学术讨论会近日在北京召开。与会专家就水稻基因组测序及注释、水稻重要性状的调控网络、水稻多组学(表观组、蛋白组、代谢组、表型组等)研究,以及水稻基因组解析等方面展开了深入的讨论。   此次会议由中国科学院院士、华中农业大学教授张启发