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上海生科院《GenomeRes》生物信息学新成果

十月十三日,国际基因组研究权威刊物《Genome Research》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所(中国科学院—马普学会计算生物学伙伴研究所)的一项最新研究,题为“A probabilistic method for testing and estimating selection differences between populations”。该研究介绍了一种新的群体遗传学数据分析方法,这种概率统计方法可用于检测和估算群体间的选择差异。延伸阅读:序列分析/生物信息学的十个手机应用程序。 本文第一作者兼通讯作者是中科院—马普学会计算生物学伙伴研究所的何云刚研究员,他主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,并着重于基因组多态性的群体遗传学, 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、Cell Research等杂志。中科院院士、教育部长江学者讲座教授、国家“千人计划”金......阅读全文

遗传发育所揭示DNA甲基化在大豆驯化改良中的变异机制

  作物驯化是农业发展中最重要的事件之一。通过对野生作物的不断驯化改良,人类才得以获得符合生产生活需要的现代作物。驯化改良过程就是对作物群体基因组多样性进行选择的过程。目前对作物驯化改良的研究主要集中在对遗传变异的选择,在DNA水平鉴定到了大量的驯化选择区间。然而,除了遗传变异,表观遗传也在植物的生

达尔文加拉马克,可能才是完整的进化论

  随着科学的进一步发展,达尔文理论也显示出了一些不足之处。  所谓物竞天择,适者生存,现代生物学的许多主流研究方向都以查尔斯·达尔文(Charles Darwin)“自然选择”的进化论为基础:只有最能适应环境的生命体才能在物种演化的洪流中获得生存和繁衍的权利。这个自然选择的过程也被称为适应,而最容

哺乳类实验动物的遗传质量控制(国家标准信息发布)

GB 14923-2001                      哺乳类实验动物的遗传质量控制            &nbs

研究揭示树木遗传多样性对功能性状和群落生产力的影响

  大部分关于生物多样性与生态系统功能(BEF)的研究表明物种多样性能够促进群落生产力,这是由于物种之间的功能差异带来的物种多样性效应的作用结果。而生物多样性是多尺度的,除物种多样性外,种内遗传多样性及其与物种多样性的潜在交互作用对BEF关系的影响还知之甚少,特别是关于种内基因型之间的功能差异和对生

干细胞牛人Science:iPSC为疾病研究插上翅膀

  诱导多能干细胞(iPSC)技术为我们提供了超乎预想的可能性在培养皿中模拟人类疾病。将来自患者的体细胞重编程至胚胎干细胞样状态,随后再分化为疾病相关的细胞类型,生成的人类组织携带着可引起或促进疾病形成的遗传变异,由此为我们提供了无限的人类疾病组织资源。然而,尽管这种“培养皿中的疾病”(diseas

从达摩的眼皮到DNA寻踪,茶的驯化史不简单

  传说在公元500年左右,菩提达摩坐在一个洞穴里,清醒而专注地冥想,这一冥想就是9年。但最后,他还是打了个瞌睡。醒来之后,达摩对自己十分生气,于是扯掉自己的眼皮,厌恶地扔在了地上。谁想,从这被丢掉的眼皮中竟长出一株植物来,达摩的信徒用它泡水喝,既能活跃思维,又能安神镇心。这就是第一株茶树,茶水成为

医疗器械境外临床试验数据技术指导原则意见稿出炉

  为了更好满足公众对医疗器械的临床需要,促进医疗器械技术创新,依据《关于深化审评审批制度改革鼓励药品医疗器械创新的意见》关于接受境外临床试验数据的要求,我中心组织起草了《接受医疗器械境外临床试验数据技术指导原则(征求意见稿)》。  为使该指导原则更具有科学合理性及实际可操作性,即日起在我中心网上公

CFDA:接受医疗器械境外临床试验数据

  昨天,CFDA发了一则消息,金花特地查询了媒体圈,好像没看到有什么反应。   但这其实是一个非常重大的落地政策。这个政策的发布:   意味着我国医疗器械临床试验彻底与国际接轨,我国承认国外的临床试验数据,也允许医疗器械公司同时在境外和我国同时开展临床试验,现在具体的原则都已经出来了!   

哺乳类实验动物的遗传质量控制(一)

1 范围本标准规定了哺乳类实验动物的遗传分类及命名原则、繁殖交配方法和近交系动物的遗传质量标准。   本标准适用于哺乳实验动物的遗传分类、命名、繁殖及近交系小鼠、大鼠的遗传纯度检测。2 哺乳类实验动物的遗传分类及命名   根据遗传特点的不同,实验动物分为近交系、封闭群和杂

哺乳类实验动物的遗传质量控制(一)

1 范围本标准规定了哺乳类实验动物的遗传分类及命名原则、繁殖交配方法和近交系动物的遗传质量标准。本标准适用于哺乳实验动物的遗传分类、命名、繁殖及近交系小鼠、大鼠的遗传纯度检测。2 哺乳类实验动物的遗传分类及命名根据遗传特点的不同,实验动物分为近交系、封闭群和杂交群。2.1 近交系 ired stra

武汉植物园濒危植物残存居群数量性状遗传分化研究获进展

  自然选择以及遗传漂变是决定植物居群的遗传与表型分化的重要进化力量。在一些常见的动植物中,自然选择(selection)以及遗传漂变(genetic drift)如何影响物种的适应性表型性状分化的研究已有大量的报道,然而对于片断化分布的濒危物种而言,小且相互隔离的居群的数量性状如何响应自然选择

濒危植物残存居群数量性状遗传分化研究获进展

  自然选择以及遗传漂变是决定植物居群的遗传与表型分化的重要进化力量。在一些常见的动植物中,自然选择(selection)以及遗传漂变(genetic drift)如何影响物种的适应性表型性状分化的研究已有大量的报道,然而对于片断化分布的濒危物种而言,小且相互隔离的居群的数量性状如何响应自然选择

分子标记

内容:一、遗传标记 二、DNA分子标记 三、染色体原位杂交 四、DNA分子标记的应用 长期以来,植物育种中选择都是基于植株的表型性状进行的,当性状的遗传基础较为简单或即使较为复杂但表现加性基因遗传效应时,表型选择是有效的。但水稻的许多重要农艺性状为数量性状,如

科研人员发现青藏高原冰川湖泊裂腹鱼的遗传和表达模式

  生物对环境的适应是进化生物学研究的基础问题,也是生态学研究的热点。然而,饱受争议的科学问题是:生活在同一区域内的物种能否在演化过程中分化出新的物种(同域分化)?尽管一些证据表明物种的分化是以这种方式发生的,但是关于分化过程中基因的表达模式和种群遗传学特征知之甚少。  为了探讨上述科学问题,中国科

微卫星DNA分子标记及其应用

  微卫星(Microsatellite,MS)又称短串联重复(Short Tandem Repeats,STR)或简单序列重复(Simple Sequnce Repeat,SSR),是指基因组中以少数几个核苷酸(多数为2-4个)为单位多次串联重复组成的长达几十个核苷酸的序列。其中最常见的是双核苷酸

微卫星DNA分子标记及其应用(二)

3. 微卫星分子标记技术的应用 微卫星DNA 作为遗传标记具有很大的优越性。近年来随着研究的不断深入,对微卫星标记的研究不仅具有重要的理论意义, 而且还具有较好的应用前景。3.1 微卫星多态性分析在自然界中,生物个体表现出来的各种遗传变异,在本质上就是DNA 的差异,因此通过研究DNA的变异来分

首次揭秘“个体之间衰老速度不同”的遗传基础!

   2017年11月9日,《自然》(Nature)杂志以长篇研究论文(Article)形式发表了中国科学院神经科学研究所、脑科学与智能技术卓越创新中心、神经科学国家重点实验室蔡时青研究组题为《胶质细胞-神经元信号的遗传多态性调节衰老速度》的研究工作。  衰老是有机体生理功能随时

科学家发现欧亚人群复杂疾病遗传基因差异

  记者4月11日从中科院昆明动物研究所获悉,日前,该所科学家通过国际合作,在复杂精神疾病——双向情感障碍的遗传学分析上取得成果,鉴定了个欧洲人群中新的双向情感障碍易感基因。此外,该研究也揭示了在复杂病症的遗传方面,不同种族人群的进化差异是导致易感基因差异的重要原因之一。   复杂疾病,也被称为多

张锋教授Nature子刊发文:编辑人类基因组需谨慎!

   过去的几天里,CRISPR领域又带来了一波吸引眼球的新闻。上周,MIT科技评论发布了一项重磅消息,俄勒冈健康与科学大学的Shoukhrat Mitalipov使用了CRISPR基因编辑技术首次在美国进行胚胎基因编辑(附:原文链接)。而紧接着,CRISPR技术先驱张锋便在Nature Medic

玉米品种容重的简要分析

     玉米种子的容重是我们检测玉米品种质量好坏的主要参考标准,在最近这几年里我们已经将这指数纳入了我们评价商品的指标中了。目前我们都是使用玉米容重器来对其进行检测的,但是目前的检测技术还是存在着一些漏洞,这样就需要我们在技术方面要不断的更新。为此,摸清玉米

常用的几种分子标记

RAPD利用 10 个碱基的一个或几个随机引物非定点地扩增 DNA 片段,一般一个引物可扩增 6-12 条 DNA 片段,利用凝胶电泳分开扩增的片段,从而进行基因多态性研究。 RAPD 是一种能快速进行基因多态性研究的技术,并且由于不涉及印迹杂交、放射性自显影等技术,因此简便易行。 SSR

借助电子容重器研究吉林省玉米品种容重特点

玉米籽粒容重是玉米商品品质的重要指标,近年来才纳入到玉米商品品质的评价指标中。目前对提高玉米容重的研究已引起人们的重视,但是对吉林省目前生产中应用的玉米品种容重的概况还缺乏系统研究。因此借助电子容重器,摸清吉林省玉米品种子粒容重的底数,为生产中正确选择高容重的玉米品种,提高玉米容重的研究都有着现实意

北京基因组所等揭示Y染色体表观信息遗传机制

  表观遗传学是与传统遗传学相对应的概念。遗传学以基于DNA序列的中心法则来传递遗传信息,在人群中,遗传信息在世代之间稳定遗传,那么表观遗传信息是否像遗传信息一样可被子代继承,尚缺少相关有力证据。DNA甲基化是非常重要的表观遗传信息,是表观遗传学研究的重要内容。目前,鲜少有DNA甲基化在人群中的继承

Nature:男人存在的意义是什么?

  来自英国东英吉利亚大学的一项新研究表明,称作“性选择”的一种进化动力可以解释,性作为繁衍后代的主导机制延续下来的原因。  生物学家们长期以来感到困惑:以无情追求效率而着称的进化选择,是如何允许雄性存在的——在那么多的物种中他们对于生殖的唯一贡献就是提供了精子。  发表在5月18日《自然》(Nat

Nature揭示男人存在的意义

  来自英国东英吉利亚大学的一项新研究表明,称作“性选择”的一种进化动力可以解释,性作为繁衍后代的主导机制延续下来的原因。  生物学家们长期以来感到困惑:以无情追求效率而著称的进化选择,是如何允许雄性存在的——在那么多的物种中他们对于生殖的唯一贡献就是提供了精子。  发表在5月18日《自然》(Nat

Science、Nature聚焦人类基因组研究

  生物通报道 两项研究探究了被认为是人类起源的撒哈拉以南非洲狩猎采集者和牧民的遗传学,研究结果揭示尽管南非click语言人群居住地相互靠近,但他们属于不同的遗传群体。   为了评估遗传差异程度,两个研究小组均检测了不同种群DNA中的单核苷酸多态(SNPs)。由瑞典乌普萨拉大学Carina

基因敲除技术简介

动物实验和实验动物都要求达到实验室操作规范(good laboratory practice, GLP)和标准操作程序(standard operating procedure, SOP)这些规范和操作对实验动物和实验室条件,工作人员素质,技术水平和操作方法都要求标准化。所有药物的安全评价试

『珍藏版』瘦素的那些事儿

  1950年,Ingalls发现了一种“肥胖基因”(ob),它的突变可以导致肥胖和糖尿病。Kennedy和Hervey分别于1956年和1958年发现了脂肪分泌的一种“饱感因子”,它能通过下丘脑控制动物摄食量,调节体重。历经几十年的研究与发展,科学家通过定位克隆技术得到 ob 基因。ob 基因编码

实验动物的选择

动物实验和实验动物都要求达到实验室操作规范(good laboratory practice, GLP)和标准操作程序(standard operating procedure, SOP)这些规范和操作对实验动物和实验室条件,工作人员素质,技术水平和操作方法都要求标准化。所有药物的安全评价试

选择实验动物的原则

  当前,动物实验和实验动物都要求达到实验室操作规范(good laboratory practice, GLP)和标准操作程序(standard operating procedure, SOP)这些规范和操作对实验动物和实验室条件,工作人员素质,技术水平和操作方法都要求标准化。所有药物