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上海生科院《GenomeRes》生物信息学新成果

十月十三日,国际基因组研究权威刊物《Genome Research》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所(中国科学院—马普学会计算生物学伙伴研究所)的一项最新研究,题为“A probabilistic method for testing and estimating selection differences between populations”。该研究介绍了一种新的群体遗传学数据分析方法,这种概率统计方法可用于检测和估算群体间的选择差异。延伸阅读:序列分析/生物信息学的十个手机应用程序。 本文第一作者兼通讯作者是中科院—马普学会计算生物学伙伴研究所的何云刚研究员,他主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究,并着重于基因组多态性的群体遗传学, 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。部分相关工作发表在PNAS、Cell Research等杂志。中科院院士、教育部长江学者讲座教授、国家“千人计划”金......阅读全文

Cell:染色体非整倍性有助解释癌症和遗传病的严重性差异

  非整倍性(aneuploidy)指的是细胞含有异常数量的染色体,而且已知是很多癌症和遗传病(包括唐氏综合征)的病因。唐氏综合征也是胎儿流产的主要原因。  非整倍性导致的疾病是不同寻常的,这是因为它们的严重性在不同人之间具有较大的变化。比如,将近90%的携带三条21号染色体的胎儿会在出生前流产。唐

我国正式加入《名古屋遗传资源议定书》

  2016年9月6日,我国正式成为《〈生物多样性公约〉关于获取遗传资源和公正公平分享其利用所产生惠益的名古屋议定书》(以下简称《名古屋遗传资源议定书》)缔约方,这标志着我国生物产业进入惠益共享时代,生物遗传资源监管工作将迈入日趋规范化的法治轨道。  一、相关背景  生物遗传资源是国家战略资源,是生

高海拔野生鸟类在序列和表达水平协同改变适应性进化

  高海拔环境的选择压力会驱动生物体表型和遗传的适应。研究组早期的研究表明不同高海拔物种在形态、生理、生化等表型特征出现趋同(Zhu et al. 2018. PNAS),而这种趋同表型的遗传适应机制是多样的,可能受到系统发育背景的严重影响。同时,由于野生鸟类采样困难且转录组测序样品质量要求较高,早

心理所揭示性别-学科刻板印象的可遗传性

  人们通常认为男生更适合学习和钻研理科或者工科方面的学科,而女生则适合学习与文史相关的课程,而未考虑其它相关的因素,如能力、知识、兴趣、特质等。这种固定、单一,甚至过分简化的分类方法,便是性别-学科刻板印象。  性别-学科刻板印象非常坚固,研究证明无论男女老少、无论何种民族与种族,都普遍存在类似的

研究中常用的两种小鼠背景品系的选择-C57BL/6与Balb/C

基因编辑鼠的种类很多,在实际应用中,要根据研究的内容和目的来选择合适的基因编辑鼠才能取得良好的实验结果。我们通常会根据研究内容从背景品系、修饰的基因、修饰的方式以及构建技术这几个方面进行考虑来选择合适的基因编辑鼠。今天我们就先来聊一聊研究中常用的两种背景品系及构建技术的选择。 研究中常用的

中外科学家成功解析西瓜基因组

  2012年11月26日,由北京市农林科学院、深圳华大基因研究院和康奈尔大学等多家单位合作完成的西瓜基因组相关研究成果在《自然•遗传学》(Nature Genetics)杂志发表。这项研究为西瓜基础生物学研究及其种质资源培育、抗病及遗传改良提供了宝贵资源,同时,也为葫芦科植物的进化和比较基因组

中外科学家成功解析西瓜基因组助力新品种培育及遗传改良

  2012年11月26日,由北京市农林科学院、深圳华大基因研究院和康奈尔大学等多家单位合作完成的西瓜基因组相关研究成果在《自然•遗传学》(Nature Genetics)杂志发表。这项研究为西瓜基础生物学研究及其种质资源培育、抗病及遗传改良提供了宝贵资源,同时,也为葫芦科植物的进化和比较基因组

2012中国医学科学院蛋白质组学研讨会大会报告

  2012中国医学科学院蛋白质组学研讨会于2012年11月28日在北京召开,来自相关领域的专家学者300余人出席了本次研讨会。会议邀请了强伯勤院士、何大澄教授等8位从事蛋白质组学及疾病研究领域的著名学者,作了关于蛋白质组学和基因组学、代谢组学等相关的精彩报告

中国科学家Nature Genetics发表基因组研究新成果

  红彤彤的现代番茄(西红柿)比起最初来自南美洲安第斯山脉区域、豌豆大小的野生祖先要大了近一百倍。为了追踪番茄育种的悠久历史,以及了解人类施加的选择如何改变了番茄的基因组,由来自中国农业科学院、华中农业大学等10多家国内外机构的研究人员组成的一个国际研究小组,对360个番茄品种,其中包括野生型和驯化

2012个体化用药前沿研讨会在沪召开

——关注后基因组时代的个体化用药发展   11月15日,由中国医师协会培训部,上海交通大学Bio-X研究院和复旦大学生物医学研究院联合主办,生物谷承办的“2012个体化用药前沿研讨会”在上海召开,大会为期两天,邀请了贺林院士、周宏灏院士、陈超、胡大一、石远凯、沈琳、蔡卫民等二十多位国

Nature | 仅隔两周,蛋白质组再揭肿瘤新靶点

  继两周前,nature上发表了利用蛋白质组学发现胰腺癌治疗靶点和诊断标志物的突破性成果后(添加该文链接)。5月2日,又一篇卵巢癌新靶点的文章在nature上重磅发表!!还是那个蛋白质组,却是肿瘤领域又一重要新发现!!!   肿瘤转移一直是困扰癌症治疗的一大问题。5月2日,来自芝加哥大学的Er

Nature | 仅隔两周,蛋白质组再揭肿瘤新靶点

   继两周前,nature上发表了利用蛋白质组学发现胰腺癌治疗靶点和诊断标志物的突破性成果后(添加该文链接)。5月2日,又一篇卵巢癌新靶点的文章在nature上重磅发表!!还是那个蛋白质组,却是肿瘤领域又一重要新发现!!!   肿瘤转移一直是困扰癌症治疗的一大问题。5月2日,来自芝加哥大学的E

蛋白质组再揭肿瘤新靶点

继两周前,nature上发表了利用蛋白质组学发现胰腺癌治疗靶点和诊断标志物的突破性成果后(添加该文链接)。5月2日,又一篇卵巢癌新靶点的文章在nature上重磅发表!!还是那个蛋白质组,却是肿瘤领域又一重要新发现!!!肿瘤转移一直是困扰癌症治疗的一大问题。5月2日,来自芝加哥大学的Ernst Len

国外遗传咨询师职业现状:需求多,机会多,顾虑更多

  遗传咨询是一个新兴的职业,对于那些希望利用遗传知识帮助病人同时进行研究的科学家们而言,遗传咨询师的工作可以为他们提供独特的价值。目前,国内的遗传咨询师职业还处于相对空白的阶段,测序君希望通过本文对国外遗传师的职业现状分析,为国内的遗传咨询师职业发展提供值得借鉴的诸多方面。  遗传咨询师数量少  

于军:人与黑猩猩的“百分之一差别理论”并未被否定

近日,美国《科学》杂志发表了题为《人类与黑猩猩差别仅有1%吗?》的评论,文章归纳了近两年来世界科学家有关人类与黑猩猩物种差异比较的研究成果,并认为这些研究已经将1975年提出的“1%差别理论”推上末路。但中国科学院北京基因研究所副所长于军研究员指出:“当谈到物种差别时,无论是公众还是科学家,如果没有

人与黑猩猩的“百分之一差别理论”并未被否定

近日,美国《科学》杂志发表了题为《人类与黑猩猩差别仅有1%吗?》的评论,文章归纳了近两年来世界科学家有关人类与黑猩猩物种差异比较的研究成果,并认为这些研究已经将1975年提出的“1%差别理论”推上末路。但中国科学院北京基因研究所副所长于军研究员指出:“当谈到物种差别时,无论是公众还是科学家,如果没有

人类胚胎的基因编辑是否有临床价值? | 观点

  在贺建奎事件引发的大讨论中,有两个反复出现的批评热点:选择CCR5基因的不适当和基因编辑技术的不成熟。本文试图从医学遗传学、生殖医学和分子生物学技术的角度对这两点提供一些新的看法,也希望这些观点对伦理学的讨论有所帮助。  胚胎基因编辑所涉及的技术  在讨论之前,我们先简单说明一下贺建奎所使用的“

鸟类迁徙路线形成原因和长距离迁徙关键基因揭秘

  鸟类的迁徙是令人着迷的自然现象之一。据估计,全球现存1万多种鸟类中约1/5是迁徙鸟类,世界上每年有数十亿只候鸟在繁殖地和越冬地之间迁徙,鸟类的迁徙路线几乎遍布全球。然而,这些路线如何进化而成?当前如何维持?在未来气候变化下可能有何改变?不同的迁徙策略是否有其遗传基础?这些问题是鸟类学和行为学关注

昆明动物所揭示人群进化历史差异对复杂病遗传分析的影响

  目前,复杂疾病(如双向情感障碍、抑郁症等)的遗传学分析已在世界范围人群中广泛开展。然而,即使是大样本量和高密度SNP的分析,在不同样本尤其是遗传背景差异很大的人群中往往不能重复出疾病易感基因的相关性。人群生活的环境因素,如气候、饮食和生活方式等可能是造成这种差异的原因,但更重要的原因可能是由于易

如何正确选择实验动物?

实验动物的选择是医学科学研究中首先要考虑的问题。因为实验动物选择恰当与否关系到课题质量的高低、经费开支的多少、研究途径正确与否以及实验方法  的简单与繁琐问题,甚至会影响到课题的成败及研究结果正确性。因此,必须从观念上将实验动物的选择看作科技项目立项查新的文献检索一样,作为医学科研工作中的

Nat Med:检测循环肿瘤细胞就可准确预测肺癌化疗效果

  2016年11月24日讯 /生物谷BIOON/ --最近一项研究表明,只需要进行一次血液检测就可以预测小细胞肺癌病人对治疗药物的应答情况。相关研究结果发表在国际学术期刊Nature Medicine上。  因为很难到达肿瘤发生部位,所以通过活检技术从肺癌病人体内获取肿瘤样本是一件非常困难的事情,

残疾人应否使用基因编辑技术引发大讨论

   再过几分钟,Ruthie Weiss的球队眼看就要输掉第四个球。尽管她站在旁边稍作休息,这名9岁的女孩却没有放弃。她请教练再次让她入场,然后她从一名队友面前跑过,直接投篮。“嗖”地一声,Ruthie得到两分。随着比赛进入倒计时,她又一次进球了。她们的球队赢得了这个季度的首场比赛,随之而来的欢呼

盘点近期最热门的基因组测序成果

  The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点,包括碎米荠、远东豹、中国甘草、光肩星天牛和黑花蝇。  种属:碎米荠(Cardamine hirsuta)  基因组大小:1亿9800万个碱基对  上个月(10月31日),欧洲的研究人员在《Nature Plants》上发表

中国科学家揭示东亚人群肤色因何变浅

  皮肤颜色的变化是人类进化历程中的重要事件。近日,中科院昆明动物研究所透露,该所科学家联合多家科研单位采集了近1000份东亚人群的血液样本和肤色表型数据。通过全基因组芯片分析,找到了深肤色的南亚语系人群(生活在中国云南以及东南亚国家)与浅肤色的中国汉族人群之间遗传差异最大的色素基因——OCA2,由

一条Y染色体如何确定曹操后人?人类学别有洞天

  2009年岁末,河南某村发现疑似曹操墓遗址的消息震动国人。巧合的是,复旦大学人类学实验室李辉教授在当年10月就开始调查全中国曹姓男子Y染色体,寻找曹操的后代。两个原本并无交集的工作产生了联系。李辉实验团队研究男性的Y染色体,是为了弄清Y染色体的演化,更精确地了解人类演化的过程,从而建立一套从现代

基因测序,揭示为何只有一部分乳腺癌复发

  乳腺癌复发病例有不同的基因图谱  虽然大多数乳腺癌可治愈,但有20%左右的病例会复发。日前,剑桥大学研究人员通过乳腺癌组织的基因检测,揭示了乳腺癌复发的遗传差异性。研究结果显示乳腺癌复发病例有不同的基因图谱,并建议研制靶向乳腺癌复发驱动基因的药物。  该研究由英国剑桥大学Wellcome Tru

新颖的融合蛋白表达系统

 研究者们在分离到某一基因后,要对其编码蛋白质进行研究最理所当然的工作就是表达——即:有目的性地合成外源基因产物。在重组DNA技术的发展早期,人们认为在基因的前面有一个强启动子和一个起始密码子就足以在大肠杆菌中获得很好的表达。随后,认识到获得有效的翻译所需的条件要复杂得多,除了要有强启动子

Science: 基因芯片正走向临床

  “现在差不多有上百例的症状具有可以与特定表型相关联的染色体重组。”牛津基因科技公司(Oxford Gene Techonology,英国牛津)临床和基因组对策中心副总裁James Clough指出,“取决于受测群体,传统显微镜核型检测法诊断率为5~8%,而基因芯片的诊断率则是18~25%

科学家称线粒体置换疗法并非100%有效

   线粒体置换疗法中的一个步骤——移液管正从一个未受精卵中提取核遗传物质。  图片来源:俄勒冈卫生科学大学胚胎干细胞和基因治疗中心  英国或将很快成为全球首个明确允许诞生含有三人DNA的经基因修饰胚胎的婴儿的国家。与此同时,新研究则表明这种旨在去除线粒体中因DNA导致的疾病疗法的治愈率并非100%

科学家称线粒体置换疗法并非100%有效

线粒体置换疗法中的一个步骤——移液管正从一个未受精卵中提取核遗传物质。  图片来源:俄勒冈卫生科学大学胚胎干细胞和基因治疗中心  英国或将很快成为全球首个明确允许诞生含有三人DNA的经基因修饰胚胎的婴儿的国家。与此同时,新研究则表明这种旨在去除线粒体中因DNA导致的疾病疗法的治愈率并非100%有效。