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我科学家引入信息论刷新基因测序精度

自从Alpha Go成了围棋界的No.1,“智能”的潜力被广而周知,尤其对于大量的重复性工作,写个“算法”让电脑“跑”,得出的结果说不定比人强。 科学家不仅有足够大的脑洞,还有着非凡的执行力。这次是生物学者,他们借鉴了信息学科的思维,发明了基因测序的新方法。日前,一篇名为《基于信息理论来修正错误的高准确度荧光产生DNA测序方法》的论文在《自然·生物技术》上在线发表。研究者来自北京大学黄岩谊教授带领的团队。 “这个设计很巧妙,”东南大学教授陆祖宏说,“或许在信息科学里是‘小伎俩’,但在生物学研究中是一种思维方式的突破,而且奏效了。” 测序精准是“王道” 和体育界的“更快、更高、更远”类似,基因测序界的“金标准”是“更快、更长、更正确、还不贵”。 大名鼎鼎的“人类基因组计划”基于1代测序技术,耗时十余年测出一套完整的人类基因组密码,而利用现有的2代测序技术,这个时间可以缩短到半天内。 “2代测序技术,又叫......阅读全文

北大7位学者历时7年刷新DNA测序精度

   日前,北京大学黄岩谊教授带领的团队在《自然—生物技术》期刊上在线发表《基于信息理论来修正错误的高准确度荧光产生DNA测序方法》,这标志着我国学者已成功刷新DNA信息解读的精确程度,从根本上提高了测序方法本身的精度,打破了国外在基因测序领域的技术垄断,极大推动了我国生命科学与医学的研究发展,同时

周晓光:MALDI诞生30年小记

  基质辅助激光解吸电离(也就是通常所说的MALDI)于1987年首次由Hillenkamp 及Karas提出,如今已经30年。从那时起,通过应用这一“软电离”技术与飞行时间质谱(MALDI -TOF MS)的结合,成功地实现了为生物大分子提供快速和高度可靠检测手段的目的,同时也为生命科学领域提供了

杨辉组/高彩霞组发现单碱基编辑系统存在严重脱靶效应

  2016年,David Liu团队在 Nature 期刊上首次报道了基于胞嘧啶脱氨酶APOBEC1(能催化C脱氨基变成U,而U在DNA复制过程中会被识别成T)和尿嘧啶糖基化酶抑制剂UGI(能防止尿嘧啶糖基化酶将U糖基化引起碱基切除修复)的单碱基编辑工具(BE3)首次实现可以在不引入DNA双链断裂

北京大学7位学者历时7年刷新DNA测序精度

  北京大学黄岩谊教授带领的团队在《Nature Biotechnology》期刊上在线发表《基于信息理论来修正错误的高准确度荧光产生DNA测序方法》,这标志着我国学者已成功刷新DNA信息解读的精确程度,从根本上提高了测序方法本身的精度,打破了国外在基因测序领域的技术垄断,极大推动了我国生命科学与医

用新一代测序寻找罕见变异 需谨慎

  新一代测序引入的误差,使得我们很难检测到罕见变异,而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。在Biotechniques最近的一篇新闻中,Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。  美国国家心脏、肺和血液研究所外显子组测序项目的研究人员,

Biotechniques:如何降低下一代测序1%的碱基错误识别?

  为什么复杂疾病的全基因组关联研究都是失败的?  下一代测序带来的误差,使得我们很难检测到罕见变异,而这些罕见变异在癌症等疾病中发挥着重要的作用。  在Biotechniques最近的一篇新闻中,Janelle Weaver报道了科学家们在描绘这些误差以及开发策略提高精度方面所取得的进步。  美国

“精准”技术诞生的人类婴儿:谢晓亮和北大的故事

第一位MALBAC宝宝周岁照(左:谢晓亮;右:陆思嘉)  1、女明星与被拒的申请  2013年,有关个体化医疗最大的新闻之一是女星安吉丽娜·朱莉宣布自己已“预防性”地切除了双侧乳腺,原因是她携带一种“错误”的基因——BRCA1,这种基因会极大增加携带着罹患乳腺癌和卵巢癌的可能性——她大概会有87%的

上半年,这些科学新成果或改变你我生活

科技创新驱动改革发展,创新成果改变你我生活。2018年上半年,我国在科学领域取得不少新突破和新发现,这些新成果不断刷新公众的科技感知力,也正在改变你我的生活。   世界首个体细胞克隆猴在我国诞生 重大脑疾病治疗有了新前景  

“智慧”的基因测序仪,造一个有多难?

自从AlphaGo成了围棋界的No.1,“智能”的潜力被广而周知,尤其对于大量的重复性工作,写个“算法”让电脑“跑”,得出的结果说不定比人强。科学家不仅有足够大的脑洞,还有着非凡的执行力。这次是生物学者,他们借鉴了信息学科的思维,发明了基因测序的新方法。日前,一篇名为《基于信息理论来修正错误的高准确

我国科学家引入信息论 刷新基因测序精度

   自从Alpha Go成了围棋界的No.1,“智能”的潜力被广而周知,尤其对于大量的重复性工作,写个“算法”让电脑“跑”,得出的结果说不定比人强。  科学家不仅有足够大的脑洞,还有着非凡的执行力。这次是生物学者,他们借鉴了信息学科的思维,发明了基因测序的新方法。日前,一篇名为《基于信息理论来修正

Nature子刊“大发现”:CRISPR可引发数百种“意外突变”!

  问世短短几年的CRISPR俨然已成为生命科学领域最耀眼的“明星”之一。除了作为常规的科研工具,这一被称为“魔剪”的基因编辑工具还被寄予了用于疾病治疗的厚望。目前,来自全球各国的科学家们正在开展CRISPR用于多种疾病治疗的研究,包括癌症、艾滋病、失明、免疫缺陷病症、杜氏肌营养不良症、镰状细胞病等

2016年中国、世界十大科技进展新闻揭晓

   由中国科学院、中国工程院主办,中国科学院学部工作局、中国工程院办公厅、中国科学报社承办,中国科学院院士和中国工程院院士投票评选的2016年中国十大科技进展新闻、世界十大科技进展新闻,2016年12月31日在京揭晓。  入选新闻囊括了一年来最重要的科学发现和技术突破。  入选的2016年中国十大

赛默飞在ASMS 2019:领创前行,“质”能谱动

  分析测试百科网讯 每年的ASMS大会,赛默飞总会以炫目的新产品带给大家惊喜,今年也不例外,2019 ASMS上两款新产品再次刷新了Orbitrap的记录,一款是体积小巧但性能超强的Orbitrap ExplorisTM 480质谱仪,一款是再次刷新性能极限的Orbitrap EclipseTM三

1100学者齐聚杭州 第二届质谱大会开幕

  分析测试百科网讯 2015年10月17日,第二届全国质谱分析学术报告会(质谱大会)在浙江大学紫荆港校区体育馆盛大开幕,本次大会由中国化学会、国家自然科学基金委员会主办,中国化学会质谱分析专业委员会、浙江大学化学系承办。浙江大学副校长罗建红教授、南京大学陈洪渊院士、中

哈佛遗传学大神George Church谈基因技术:人类增强还是人类异化?

  George Church:分子技术专家,DNA研究领域的领军人物,哈佛大学遗传学教授,哈佛医学院基因组研究中心主任。他于1985年参与到人类基因组计划,也是这个计划的负责人。他发明的新方法开创了个人基因组研究的时代。基于他发明的直接基因组测序的方法,自动测序软件被成功开发,并在1994年第一次

2016年度国际十大医学科技新闻

  植入微电极阵列帮瘫痪患者恢复运动能力  美国学者在《自然》杂志上发表的一项神经科学研究报告称,借助大脑运动皮层记录信号,首次成功地让一名瘫痪患者恢复多个手指、手和手腕的运动能力。  研究团队在一位24岁四肢瘫痪的男性被试者的运动皮层中,植入了微电极阵列,随后使用机器学习算法来解码神经元的活动,并

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

基因测序科技突飞猛进

  最新一期的美国《福布斯》于2010年12月底正式出刊,本期封面文章标题为“基因测序科技突飞猛进”。文章对基因创业企业家Jonathan Rothberg和他发明的功能强大的基因测序仪器做了介绍。文章认为,这项发明可能会在医药、食品、能源,甚至消费产品上的一场革命,由此形成规模可达100

CRISPR/Cas9应用近期重大进展

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。  

Leroy Hood:系统生物学将揭开后基因组时代新篇章

  加利福尼亚理工学院教授,美国系统生物学研究所所长,美国科学院、美国工程院和美国医学院院士,美国总统科学顾问。Leroy Hood教授是国际系统生物学创始人,也是国际人类基因组计划倡导者之一。他多年从事分子免疫学、生物技术以及基因组学的研究,先后发表文章600多篇,获得专利14项。

《细胞》:世界首个女性个人遗传图谱绘制完成

对人类卵子的两个极体进行高通量测序 第一个人类女性个人遗传图谱 极体基因组测序结果指导异常胚胎筛选   2013年12月20日,著名学术期刊《细胞》杂志发布世界上首个人类女性个人遗传谱图。   在这篇题为“Genome Analyses of single human oocytes”

云健康开启Illumina HiSeq X Ten全基因组测序时代

  1月20日,沪上百余位知名媒体人及社会各界名流云集悦达889广场6楼云健康医疗科技集团总部(Cloud Health Medical Group,Ltd),共同见证航母级健康平台——云健康的上海首度公开亮相。当天云健康宣布启动 Illumina HiSeq X Ten 全基因组测序,同时旗下云健

新测序技术将加快植物抗病育种

  最近,英国剑桥大学塞恩斯伯里实验室(TSL)和基因组分析中心(TGAC)的一个科学家小组,开发出一种新方法,可加速植物抗病基因的分离。该研究小组也在龙葵(Solanum americanum,马铃薯的一个野生近缘种)中发现了一个全新的枯萎病抗性基因。  植物病原体(如晚疫病)能够快速进化以战胜宿

新测序技术将加快植物抗病育种

  最近,英国剑桥大学塞恩斯伯里实验室(TSL)和基因组分析中心(TGAC)的一个科学家小组,开发出一种新方法,可加速植物抗病基因的分离。该研究小组也在龙葵(Solanum americanum,马铃薯的一个野生近缘种)中发现了一个全新的枯萎病抗性基因。  植物病原体(如晚疫病)能够快速进化以战胜宿

2017年5月CRISPR/Cas亮点盘点

  基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一,受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称,Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的,是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。  

细胞治疗类产品可按药品进行注册上市

  为贯彻落实中共中央办公厅、国务院办公厅《关于深化审评审批制度改革鼓励药品医疗器械创新的意见》(厅字〔2017〕42号)和《国务院关于改革药品医疗器械审评审批制度的意见》(国发〔2015〕44号),国家食品药品监督管理总局组织对《药品注册管理办法》进行了修订,起草了《药品注册管理办法(修订稿)》,

创世界纪录!深企新技术1分钟解码基因

  导读: 伴随着基因测序技术的快速发展,基因数据的生成呈现指数级增长,对检测速度和分析能力也提出更高要求。近日,深圳承启生物云计算平台,搭载自主研发的FANSe三代算法,在全世界刷新了一个记录,首次实现一分钟解析一个人近两万个基因信息,比以往的同类技术快了数十倍,准确度更是有了惊人的提升。  伴随

The Scientist Magazine评出2015年生命科学领域创新产品Top 10

  分析测试百科网讯 近日,The Scientist Magazine评选出了2015年度生命科学领域十大创新产品,包含了7个基因组学、1个蛋白组学和2个代谢组学进入该名单。该奖项旨在表彰对科学和医学领域产生巨大影响的

Nature Methods:2016年最值得关注的八大技术

  《Nature Methods》盘点2015年度技术,选出了最受关注的技术成果:单粒子低温电子显微镜(cryo-EM)技术。 除此之外,也整理出了2016年最值得关注的几项技术,分别为:细胞内蛋白标记(Protein labeling in cells)、细胞核结构(Unraveling nuc