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近期，中科院力学所非线性力学国家重点实验室白以龙团队针对灾变破坏幂律奇异性前兆及灾变破坏预测方法的研究取得重要进展，为理解灾变破坏机理，建立灾变预测方法提供了新角度。该研究成果已发表在《地球物理学研究杂志》。 非均匀脆性介质的灾变破坏是广泛存在于自然界、工程界的一类破坏现象，由于其突发性和不确定性，破坏性和危险性往往较大。 通过大量的大理岩、花岗岩试样的准静态单轴压缩实验，研究人员揭示了灾变破坏前响应函数的幂律奇异性指数在-1和-1/2之间分布。基于灾变破坏的能量准则阐明了临界幂律奇异性指数的物理意义，并结合幂函数近似方法从理论上导出了临界幂指数的变化区间为-1到-1/2，印证了实验观测的结果。 研究人员基于临界幂律奇异性指数的分布范围并引入折算指数，提出了一个实时预测灾变破坏时间点的方法。基于实验数据的预测检验证明了该方法的有效性。并且，随着数据采样点逐渐趋近于破坏时间，预测值越来越精确，......阅读全文
来自美国加州大学旧金山分校药理化学系，得克萨斯农工大学（Texas A&M University），Albert Einstein 医学院的研究人员利用一种变通的分子对接方法（一种用来寻找潜在药物的计算机辅助的模拟方法），设计出一种根据结构来预测某种具有未知活性的酶的功能的方法。如果这一新方
综合各种分析方法预测在实际进行蛋白质二级结构预测时，往往会综合应用各种分析方法和相关数据。综合方法不仅包括各种预测方法的综合，而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分类预测结果等信息的综合。实际应用中最常见的综合方法是同时使用多个软件进行预测，通过分析各个软件的特点以及各个软件预测结果，最
蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步，二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已
一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质，基因规定了组成蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成，但是，它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和相应的生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能，也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的。确定蛋白质的结构对于生物
蛋白质二级结构的预测开始于20世纪60年代中期。二级结构预测的方法大体分为三代，第一代是基于单个氨基酸残基统计分析，从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据。第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计分析，使用大量的数据作为统计基础，统计的对象不再是单个氨基酸残基，而
中国已成全球风电发展主角 风电是全球最具规模化开发前景的可再生能源。 中国政府高度重视风电发展，把加快发展风电作为优化能源结构、推动能源生产方式变革的重大战略举措，“十一五”以来实施了《可再生能源法》，制定了鼓励风电发展的区域电价、费用分摊、优先并网等一系列支持政策和配套措施，推动了
来自中科院上海药物研究所，美国莱斯大学的研究人员报道了最新研究成果，在可药性蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）界面预测与识别计算方法发展方面取得重要进展。这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》（PNAS）杂志上，文章的通讯作者是上海药物研究所蒋华良研究员，以及莱斯大学José N. Onuchic博
人工神经网络是一种复杂的信息处理模型。随着神经网络研究的兴起，科学家们也将神经网络用于生物信息学，其中包括二级结构的预测、蛋白质结构的分类、折叠方式的预测以及基因序列的分析等等。将神经网络用于二级结构预测的最早是由Qian和Sejnowskit提出的，他们受到神经网络在文字语言处理方面应用的启发，将
由于用X光晶体衍射和NMR核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用生化方法研究蛋白质的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需要，因此近几十年来许多科学家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维结构和功能，经过多年努力取得了一定的成果。蛋白质三维结构的预测方法通常包括：同源性建模和从头开始
从头预测模型的基本思想在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，上述两种蛋白质结构预测的方法都不能用，这时只能采用从头预测方法（Abinitio），即（直接）仅仅根据序列本身来预测其结构。在1994年之前，还没有一个从头算方法能够预测蛋白质的空间结构。从那以后，人们陆续提
摘要 自发活动观察法是一种简便、快速、有效的神经发育评价方法, 对早产儿神经系统损伤结局有很高的预测价值。本文概要的综述了该方法的理论基础、实施、评价方法、预测结果以及其局限性。旨在介绍一种新的神经系统损伤结局预测方法。主题词 11 早产儿 21 神经损伤 31 预测 随着围产医学的发展, 新生儿
这种方法是一种用物理化学方法进行二级结构预测的方法，或称为立体化学方法。在蛋白质中，氨基酸的理化性质对蛋白质的二级结构影响较大，因此在进行结构预测时考虑氨基酸残基的物理化学性质，如疏水性、极性、侧链基团的大小等，根据氨基酸残基各方面的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。“疏水性”是氨基酸的一
实验概要本实验分别对DNA片段、基因、启动子和外显子进行了甲基化的计算预测，并且随机选择了1000甲基化的和1000未甲基化的个体进行预测。用于甲基化预测的特征有：GC相关特征、四联体频率、转录因子结合位点(TFBSs)。所有预测方法均采用Weka提供的软件进行。实验步骤1. DNA甲基化数据本研究
在过去的几年中，许多生物的基因组完成了测序工作，如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具，已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取，那些基于表达序列同
【1】Genet in Med：科学家开发出一种能预测女性乳腺癌风险的新型工具 doi：10.1038/s41436-018-0406-9 近日，一项刊登在国际杂志Genetics in Medicine上的研究报告中，来自英国癌症研究中心(Cancer Research UK)的科学家们通
11月29日，《美国国家科学院院刊》（PNAS）在线发表了中国科学院上海药物研究所蒋华良课题组和美国莱斯大学（Rice University）José N. Onuchic 课题组合作的论文Elucidating the druggable interface of protein-protei
1 关于测报作用与体现形式我们讲，病虫测报是植保工作的基础，绝不是套话和空话。这好比打仗需要先侦察清楚敌情，然后再确定战斗方案，合理部署兵力，赢得战斗的胜利一样重要，但在实际工作中病虫测报的作用往往容易被忽视，甚至有人断言，病虫测报没有用！因此，必须强调和重申，病虫测报的基础地位不但不能动
蛋白质结构预测的生物学意义生物信息学研究的一个主要目标是了解蛋白质序列与三维结构的关系，但是序列与结构之间的关系是非常复杂的。人们已经掌握了一些蛋白质序列与二级结构之间的关系，但是对于蛋白质序列与空间结构之间的关系了解得比较少。预测蛋白质的二级结构只是预测折叠蛋白的三维形状的第一步。一些结构不是很规
随着生物信息学的发展，许多模式识别技术无法满足处理大量不相关特征的需求，因此特征选择技术（FS techniques）在生物信息学中的应用就变得越来越重要了。在过去的几年里，应用特征选择技术已经从仅仅作为一个说明性的例子发展到了建立模型所需要的先决条件了。特征选择技术最重要的目的有3点：（1）避免过
虫情发生情况，对于从事农林牧渔工作的人们来说，掌握这些信息是十分必要的，可以及时采取措施避免虫害带来的不利影响，基本上很多工作者都有自己的经验，不过有些方法弊端太多，并且不是特别准确，相比于虫情测报灯来说，也不是特别的便利，下面就以华山松球蚜虫害发生的统计概况为大家介绍一下！华山松球蚜虫情调查方法探
基因组测序在过去的几年中，许多生物的基因组完成了测序工作，如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用，正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具，已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取，那些基于
线索化模型产生的背景及发展上面已经提到，两个自然进化的蛋白质如果具有30%的等同序列，则它们是同源的蛋白质，具有基本相同的三维结构。那么，其余的是否就不是同源的呢？实际并非如此。在最新的蛋白质数据库PDB中，有上千对蛋白质具有同源的空间结构，但它们的序列等同部分小于25%，即远程同源。许多结构相似的
【导语】近期的国际药物会议中，我们总能听到来自FDA及跨国制药企业专家的报告中都在推荐及鼓励采用Modeling & Simulation 的方法加速药物研发及法规监管。其中生理药代动力学模型（PBPK）系最为推荐的方法。近几年FDA的很多Guidance也在推荐使用PBPK提高研究效率
心力衰竭(Heart Failure, HF)的发病率和死亡率都很高，当前用于预测HF发展的危险分层方法(Risk stratification approaches)还不完善。美国乔治华盛顿大学医学与健康科学学院(SMHS)和约翰霍普金斯大学医学院的研究人员，开发了一种新方法来确定是否患者
斯坦福大学医学院的研究人员开发出一种技术，可以在诊断急性淋巴细胞白血病儿童时确定其是否会在治疗后复发。使用这种技术预测白血病复发的准确率为85%，而当前使用的风险分层方法的准确性为66%。 该研究于3月5日以“Single-cell developmental classification o
2013年7月5日，新材料技术领域召开技术预测行业协会培训与交流会。高新司、战略院的相关同志以及钢铁、石化、纺织、轻工、建材等五个行业协会共四十余人参加了会议。 会上，高新司材料处通报了技术预测工作最新进展和要求，强调了技术预测工作的重要性，要求各行业协会做好本行业技术预测，精心组织，科学
近日，国际生物学期刊nature biotechnology在线刊登了美国科学家的一项最新研究成果，他们应用整合酶缺陷的慢病毒载体（IDLV）检测CRISPR-CAS9和TALEN对基因组造成的脱靶效应，最低可检测1%的脱靶频率。这项研究或对推广CRISPR-CAS9和TALEN技术，保证基因操
早期，由于数据的缺乏，预测方法多基于单条序列。随着序列和结构数据的增加，人们的研究转向同源序列分析，充分利用隐藏在同源序列中的结构信息，使得结构预测的准确率得到了较大的提高。同源分析的基础是序列比较，通过序列比较发现相似的序列，根据相似序列具有相似结构的原理，将相似序列（或者序列片段）所对应的二级结
细胞通过成千上万控制其生长和分化的蛋白相互协作而发挥功能，关键蛋白功能失常常会导致疾病。目前已经有许多关于探索所有人类蛋白功能的大规模研究项目。最近，de Recherches Cliniques de Montréal (IRCM)研究所Benoit Coulombe博士率领的研究小组新发展了一套
当缺乏密切相关的参考基因组时，大多数的基因预测方法检测的是来自转录组组件的编码序列。这些方法的应用有限，因为高的转录本片段和广泛的组装错误，可能会导致多余的或错误的编码序列预测。11月17日在国际学术期刊《Genome Biology》发表的一项研究中，来自中科院北京生命科学研究院的研究人员，提