乳腺癌全转录组关联分析发现新的风险基因

　　 美国范德堡大学和澳大利亚昆士兰医学研究所（QIMR Berghofer）领导的研究团队利用全转录组关联分析方法，找到与乳腺癌存在明显关联的48个基因。这项成果于6月18日发表在《Nature Genetics》上。

　　研究人员利用近12.3万名乳腺癌患者和近10.6万名对照的遗传预测基因表达谱，来搜索与乳腺癌相关的位点和基因。乳腺癌这种疾病虽经过十几年的全基因组关联研究，但仍有大量的遗传可能性无法解释。

　　根据基因型组织表达（GTEx）项目和癌症基因组图谱（TCGA）的现有基因表达数据，研究小组查看了病例和对照中数千个基因的表达谱，揭示34个之前发现的乳腺癌风险基因和14个新的候选基因。

　　“我们的研究发现多个有待进一步功能鉴定的候选基因，”通讯作者之一、QIMR Berghofer 的癌症研究人员Georgia Chenevix-Trench说。

　　去年曾经有一项乳腺癌的全转录组关联分析（TWAS）结果在《PLOS Genetics》杂志上发表。它通过数万名病例和对照的关联分析，发现了5个与乳腺癌存在关联的基因。这一次，研究人员开展了更大规模的TWAS研究，包含122,977名欧洲裔乳腺癌病例和105,974名对照。

　　研究小组利用67名GTEx参与者的转录组和基因型图谱以及TCGA评估的肿瘤和正常样本的表达信息，根据基因型来预测个体的基因表达。他们搜索了8,597个与乳腺癌存在潜在关联的基因，发现48个基因的预测表达谱与乳腺癌风险相一致，其中14个基因是之前未曾关注的。

　　接着，他们又开展了数量性状位点分析、GWAS目标预测分析、基因通路研究和体外功能分析，以便更好地了解在乳腺癌发展过程中可能“误入歧途”的一些生物学过程。通路分析突出了凋亡和免疫系统相关通路的重要性，例如，对乳腺细胞中候选基因的系统性敲低导致细胞增殖和克隆形成下降，而对照基因的敲低未检测到这一结果。

　　“我们开展的沉默实验表明，许多鉴定出的基因可能是乳腺癌的风险因素，它们影响细胞增殖和克隆形成能力，这是癌症的两大标志，”研究人员总结道，并指出“这些基因的进一步鉴定将为乳腺癌的生物学和遗传学提供更多见解。”