发布时间:2020-01-22 15:24 原文链接: 国家基因组科学数据中心发布2019新型冠状病毒资源库

  1月22日,国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防控制中心(CDC)、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时,对不同冠状病毒株的基因组序列做了变异分析与展示。

  2019新型冠状病毒资源库收录了来源于NCBI的GenBank数据库和GISAID数据库发布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地点、样本提供单位、数据递交单位等元信息。通过该资源库还可访问到国家基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库收录的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可基于Accession号、种名、属名、采样日期、采样地点、宿主、分离源、发布日期等元信息筛选感兴趣的冠状病毒株,个性化选取序列进行下载以开展相关的科学研究。

  2019新型冠状病毒资源库将持续更新元信息与基因组序列数据,实时监控NCBI的PubMed数据库中发表的2019新型冠状病毒和其他冠状病毒的学术文献、中新网与新华网发布的新闻,同步更新世界卫生组织与中国疾病预防控制中心发布的科普介绍,为用户开展学术研究、掌握科研进展、了解新闻动态与科学知识提供资源与窗口。

  2019新型冠状病毒资源库基于不同参考基因组序列开展2019-nCoV病毒株基因组变异分析,并对结果进行了统计与可视化展示。通过对全基因组序列相似性比较和变异位点分析,获取2019-nCoV病毒株之间、2019-nCoV病毒株与SARS冠状病毒以及与类SARS冠状病毒蝙蝠株之间的变异程度、变异区域、变异碱基的详细信息。经数据分析,2019-nCoV与2003年爆发的SARS病毒基因组序列相似度为80%,与2017年2月从国内的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列相似性最高,相似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异分析为追溯病毒来源、追踪病毒株变异路径、防控新型冠状病毒引发的疫情、治疗病毒性肺炎提供重要的数据基础与决策支持。

2019新型冠状病毒基因组序列发布动态

GWH数据库收录的冠状病毒科基因组序列信息

2019新型冠状病毒基因组变异分析:基因组变异分析的参考基因组为GenBank发布的2019新型冠状病毒株基因组序列MN908947.3,SARS-Cov为SARS 冠状病毒,bat-SL-CoVZC45为类SARS冠状病毒蝙蝠株,其余基因组序列来源于GISAID发布的2019新型冠状病毒株。红色竖线表示变异位点。

相关文章

高精度完整基因组助橡胶育种驶入“快车道”

橡胶树是天然橡胶的主要来源。“橡胶树育种面临的主要困难在于周期长和效率低,通过常规育种方法将多抗、高产性状聚合往往需要30~40年。”中国热带农业科学院橡胶研究所研究员程汉告诉《中国科学报》。然而,目......

小麦野生近缘种基因组“密码”被破解

记者宋喜群、冯帆从山东农业大学获悉,该校农学院教授孔令让研究团队首次组装了小麦远缘杂交常用物种中间偃麦草和鹅观草染色体水平的高质量基因组序列,解析了二者基因组结构差异与独立多倍化演化路径,对两者携带的......

烟草分枝发育的“开关基因”被发现

近日,中国农业科学院烟草研究所烟草功能基因组创新团队发现烟草分枝发育“开关基因”,预示着未来作物株型调控有了新靶点。相关研究成果发表在《植物生物技术》(PlantBiotechnologyJourna......

新研究破译薇甘菊入侵基因密码

薇甘菊作为全球十大最具危害的恶性入侵杂草之一,以其惊人的繁殖速度和强大的环境适应性,在亚洲、太平洋地区及中国华南地区造成严重生态破坏。然而,其基因组层面的适应性进化机制长期未被系统解析,制约了科学防控......

研究开发出酵母泛基因组数字模型与代谢网络分析方法

近日,中国科学院大连化学物理研究所研究员周雍进团队与上海交通大学副教授鲁洪中合作,在酵母系统生物学研究中取得新进展。研究团队通过整合分析全球1807株酿酒酵母菌株的基因组与生态位数据,构建了高覆盖度的......

基因组大数据还原野猪横跨欧亚的百万年迁徙历程

近日,中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队深入解析了中亚野猪种群在跨越欧亚大陆百万年的迁徙历程中适应环境的独特遗传密码,为理解大型哺乳动物如何应对环境变化提供了全新视角。相关研究成果......

脆弱拟杆菌石胆酸轴拮抗猪丁型冠病新机制获揭示

近日,华南农业大学兽医学院教授黄耀伟、副教授王斌团队,与浙江大学研究员朱书团队等合作,研究揭示了肠道共生菌脆弱拟杆菌通过其编码的胆盐水解酶调控宿主胆汁酸代谢,所产生的石胆酸直接抑制猪丁型冠状病毒纤突蛋......

科学家鉴定中东呼吸综合征冠状病毒离子通道

美国麻省理工学院教授洪梅(MeiHong)团队联合中国科学院上海药物研究所研究员高召兵、夏冰清团队,揭示了中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的包膜蛋白(E)跨膜区芳香网络协同介导阳离子通透的作......

科学家揭示冠状病毒装配的关键机制

中国科学院生物物理研究所胡俊杰研究组近期揭示了冠状病毒膜蛋白(M)的非经典拓扑结构驱动病毒装配的分子机制,这一发现为开发广谱抗冠状病毒策略提供了新的切入点。相关论文近日发表于《科学通报》。冠状病毒通过......

基因组密码被解锁:深度学习模型破解非编码区奥秘

人类基因组中超98%的遗传变异位于非编码区,这些变异通过调控染色质可及性、三维构象、剪接加工等多种分子机制影响基因表达,最终导致疾病发生。由于调控机制的复杂性和细胞类型特异性,目前解读非编码变异的分子......