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表达谱基因芯片实验

表达谱基因芯片可应用于:(1)疾病诊断;(2)新药开发;(3)环境保护。实验方法原理按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。在一定条件下,载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交。如果把样品中的核酸片段进行标记,在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号。 基因芯片基本技术流程图实验材料组织或细胞样本试剂、试剂盒TRIzol异丙醇乙醇氯仿dNTPs杂交试剂盒仪器、耗材电动玻璃匀浆机电子天平低温高速离心机低温高速台式离心机超净工作台制冰机电热恒温水槽电泳槽电泳仪微波炉凝胶成像仪台式离心机核酸定量分析仪移液枪可调电炉旋涡混合器杂交箱杂交舱S-200纯化柱真空浓缩仪盖玻片芯片扫描仪实验步骤一、总RNA提取 1. 将超低温保存的样品除去样品袋,在电子天平上称重后,转移至用液氮预冷的碾钵中,用杵子碾磨组织,其间不断加入液氮,直至碾磨成粉末状。 2. &......阅读全文

DNA microarray相关的基因表达数据处理攻略

基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具,本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

基因芯片的必备知识和操作流程

基因芯片  技术的诞生为生物技术工作人员打开了一道科研的便利之门,曾被评为1998年年度十大科技进展之一。本文对基因芯片的实验原理、技术基础、分类、用途、操作主要环节等内容做详细的介绍。 1.基本原理和技术基础 基因芯片以DNA杂交  为基本原理,基于A和T、G和C的

基因芯片技术的应用和发展趋势

随着基因芯片技术的日渐成熟, 在功能基因组、疾病基因组、系统生物学等领域中得到了广泛的应 用, 已经发表了上万篇研究论文, 每年发表的论文呈现增长的趋势. 芯片制备技术极大地推进了生物芯片的发展, 从实验室手工或机械点制芯片到工业化原位合成制备,&n

系统化生物芯片技术在功能基因组研究中的应用简介

 三、生物芯片技术研究应用点滴     人类基因组计划推动了各种生物基因组测序工作的进展,越来越多的生物全基因组序列被测定并公布,可是这才是解读“天书”的开始。掌握了基因组序列,却不知道基因序列背后所隐藏的秘密——即基因组的功能,就不能真正理解“天书”更

实质等同性(转录组学)实验

实验材料:小麦  试剂、试剂盒:β-巯基乙醇                                   &nb

芯片常见问题分析

1 芯片实验和定量PCR的优劣比较?   基因表达谱芯片实验可以对大量基因一次性进行定量研究,定量PCR则对大量基因需逐一进行定量研究。 2 在芯片制作过程中的PCR原液是否可以为客户保存?   可以抽干冷冻保存一年。 3 可否用DNA和芯片杂交?   不可以,因为芯片上的样品是cDNA而真核基因D

生物芯片实验信号检测及数据处理

芯片实验完成后,芯片就可以放人商品化的生物芯片扫描仪中进行扫描、识别、提取和分析(扫描仪的操作根据商家提供的具体操作执行)。扫描仪得到图像后,必须对数据进行提取,才能进行后续的数据分析。图像处理和数据分析是基因芯片研究的核心技术之一。对于SNP实验结果分析较简单,而对于基因表达谱研究、CGH分析及高

实质等同性(转录组学)实验2

3.9 芯片数据介绍对简单的实质等同性实验来说,一个比较转基因系与对照之间基因表达的散点图就已足够了。文献 [ 5 ] 中参与两个实验的样品都标注在图15. 2中。结果用 GeneSpring 软件包显示,绘制了每组比较小麦系之间每个基因成对的平均强度,并突出显示少数感兴趣的基因(统计上显著差异表达

microRNA 芯片联合应用探究胃癌细胞株原发性耐药分子机制

  microRNA 芯片与表达谱芯片的联合应用——探究胃癌细胞株的原发性耐药的分子机制    药物耐受是肿瘤治疗领域的一大难题,一般分为两种类型:其一为原发性耐药,即先前未经治疗的肿瘤细胞天生就对某种药物不敏感;其二是获得性耐药,指经过治疗的肿瘤细胞再次接受该药物治疗时变得不敏感。 目前,

高通量测序技术——第二代测序技术

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(de

高通量测序的应用及前景

一、高通量测序的应用 高通量测序可以帮助研究者跨过文库构建这一实验步骤,避免了亚克隆过程中引入的偏差。 依靠后期强大的生物信息学分析能力,对照一个参比基因组(reference genome)高通量测序技术可以非常轻松完成基因组重测序(re-sequence),2007年van Orsouw

液相芯片技术的原理与应用

液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible MultiAnalyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原抗体、酶底物、配体

Affymetrix水稻芯片在水稻强弱势颖花异步灌浆分子应用

  稻穗籽粒灌浆过程不是同步的,一个圆锥花序中颖花开花迟早与灌浆速率和粒充实率密切相关。先开的颖花(强势颖花)灌浆速率和粒充实率高;后开的颖花(弱势颖花)灌浆速率低,甚至不结颖果,因此弱势颖花低的灌浆速率严重影响和限制了“超级”水稻产量。水稻灌浆过程实际上是一个淀粉积累的过程,受

Affymetrix水稻芯片在水稻强弱势颖花异步灌浆分子机制...

Affymetrix水稻芯片在水稻强弱势颖花异步灌浆分子机制研究中的应用Guohui Zhu, Nenghui Ye, Jianchang Yang, Xinxiang Peng, and Jianhua ZhangRegulation of expression of starch synthes

甲基化芯片在表观遗传学中的应用

表观遗传改变可以定义为基因的遗传性或获得性改变,但是这种改变和DNA序列改变无关。DNA甲基化是最为常见的表观遗传改变;启动子或第一外显子CpG岛中的甲基化改变将导致基因表达失活;组蛋白的化学修饰也可以作为表观遗传改变;组蛋白发生乙酰化改变的基因通常被开启。CpG岛的异常甲基化是导致基因沉默和过度表

甲基化芯片在表观遗传学中的应用

  表观遗传改变可以定义为基因的遗传性或获得性改变,但是这种改变和DNA序列改变无关。DNA甲基化是最为常见的表观遗传改变;启动子或第一外显子CpG岛中的甲基化改变将导致基因表达失活;组蛋白的化学修饰也可以作为表观遗传改变;组蛋白发生乙酰化改变的基因通常被开启。    CpG岛的异常甲基化是导致基

液相芯片技术的原理与应用进展

   液相芯片,也称为微球体悬浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible Multi Analyte Profiling)技术的新型生物芯片技术平台,它是在不同荧光编码的微球上进行抗原 抗体、酶 底物、配体 受体的结合

生物芯片技术

一、 概述:     生物芯片这一名词最早是在80年代初提出的,主要指分子电子器件。美国海军实验室研究员Carter 等试图把有机功能分子或生物活性分子进行组装,想构建微功能单元,实现信息的获取、贮存、处理和传输等功能。用以研制仿生信息处理系统和生物

生物芯片概述

实验概要         生物芯片这一名词最早是在80年代初提出的,主要指分子电子器件。美国海军实验室研究员Carter  等试图把有机功能分子或生物活性分子进行组装,想构建微功能单元,实现信息的获取、贮存、处理和传输等功能。用以研制仿生信

高通量测序技术技术的应用及前景

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称

高通量测序技术技术的应用及前景

  高通量测序技术技术的应用及前景   (作者:生物芯片上海国家工程研究中心 滕晓坤, 肖华胜)   高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划

高通量测序技术技术的应用及前景

  高通量测序技术技术的应用及前景   (作者:生物芯片上海国家工程研究中心 滕晓坤, 肖华胜)   高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变, 一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划

microRNA 芯片与表达谱芯片的联合应用

microRNA 芯片与表达谱芯片的联合应用——探究胃癌细胞株的原发性耐药的分子机制药物耐受是肿瘤治疗领域的一大难题,一般分为两种类型:其一为原发性耐药,即先前未经治疗的肿瘤细胞天生就对某种药物不敏感;其二是获得性耐药,指经过治疗的肿瘤细胞再次接受该药物治疗时变得不敏感。 目前, 国际上许多科研

实质等同性(转录组学)实验(四)

3.9 芯片数据介绍对简单的实质等同性实验来说,一个比较转基因系与对照之间基因表达的散点图就已足够了。文献 [ 5 ] 中参与两个实验的样品都标注在图15. 2中。结果用 GeneSpring 软件包显示,绘制了每组比较小麦系之间每个基因成对的平均强度,并突出显示少数感兴趣的基因(统计上显著

基因芯片的应用

1998 年底美国科学促进会将基因芯片技术列为 1998 年度自然科学领域十大进展之一,足见其在科学史上的意义。现在,基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中。它以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力。这些应用主要包括基因表达检测、突变检测、基因组多态

主成分分析在生命科学研究中的应用(一)

主成分分析常常用于基因组全序列表达研究,但是,到底什么是主成分分析?如何将这种方法用于对高维度数据的分析中呢?生命科学研究中采用的一些测定方法,对每个样品所采集的数据的变量要多于所测定的样品数。例如,DNA芯片及质谱仪可以对上百个样品中数以千计的mRNAs或蛋白质水平进行测定。诸如此类的高维度测定使

Affymetrix Barley 基因芯片筛选发现小麦白粉病抗性基因Stpk-V

  小麦是目前世界上种植最广泛的粮食作物,全球至少三分之一的人口以小麦为主食。而小麦白粉病(powdery mildew)严重影响小麦的产量,小麦白粉病是由白粉菌(Blumeria graminis f. sp. tri1ci,Bgt)引起的世界性真菌病害,培养小麦白粉病抗性品种是控制白粉病的有效途

PWP1在调控胚胎干细胞分化过程中起重要作用

   胚胎干细胞具有自我更新和分化的全能性。但是,胚胎干细胞发育分化的分子机制目前还不是很清晰。研究胚胎干细胞调控机制有助于对胚胎的形成及胚胎发育相关的疾病有更深入了解。来自同济大学的研究人员通过在小鼠胚胎干细胞中研究一个WD-4蛋白——PWP1,为我们展现了该基因在调控胚胎干细胞分化过程中的重要作

Affymetrix Barley 基因芯片筛选发现小麦白粉病抗性基因Stpk-V

小麦是目前世界上种植最广泛的粮食作物,全球至少三分之一的人口以小麦为主食。而小麦白粉病(powdery mildew)严重影响小麦的产量,小麦白粉病是由白粉菌(Blumeria graminis f. sp. tri1ci,Bgt)引起的世界性真菌病害,培养小麦白粉病抗性品种是控制白粉病的有