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SAGE(Velculescuetal.1995) 是基于 PCR 技术的一种高灵敏度研究基因表达的方法，可得到 mRNA 文库的定性及定量信息。自 1995 年此技术产生以来，发表了大量的相关文章，表明 SAGE 可同时检测大量基因的表达水平的变化。实验材料玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒溶液与缓冲液引物仪器、耗材试剂盒MPC-EPCR仪Gene PulserII 型系统实验步骤一、一般原则若用于 SAGE 的 RNA 有足够的量，最好用 2.5~5 ug polyA+RNA, 可按实验方案 A 进行。这里我们还提供了实验方案 B，它在多个步骤上已做了修改，适用于仅有微量的原材料（例如，利用这个流程我们能从来自于 300fxm 脑切片的海马样品中获得基因表达谱)。后一实验方案尤适用研究神经组织表达，由于其复杂的神经环路及高度特化的结构，获得大量均质组织以分离 RNA 往往是不可能的。下面对两组实验方案第 1 步到第 8 步进行了详细......阅读全文
DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验，应用之一是比较实验，目的是比较两个条件下的基因表达差异，从中识别出与条件相关的特异性基因，例如，识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性，对于同一样本，往往有两次或更多次的重复实验，但是，由于 DNA 微
DNA微阵列基因表达数据分析 对于基因表达谱数据的分析是生物信息学 的研究热点和难点。转化为数学问题，分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构，结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题，所采用的方法包括通过可视
基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具，本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片，是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因
DNA微阵列基因表达数据分析 主成分分析 ( Princ ipal Component Analysis ， PCA ) 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法，它可以从多元事物中解析出主要影响因素，揭示事物的本质，简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变
利用实时定量PCR和2－△△CT法分析基因相对表达量 METHODS 25, 402–408 (2001)Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2－△△CT M
DNA微阵列基因表达数据分析 本文利用Matlab及其生物信息学 工具箱提供的函数识别差异表达基因并利用基因本体论确定差异表达基因的生物学功能。 引言 包含寡核苷酸或cDNA 探针的微阵列可用来比较基因组尺度的基因表达谱，微阵列试验的重要目的在于确定不同条件
实验材料:小麦 试剂、试剂盒:β-巯基乙醇 &nb
核酸分子杂交技术由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性，它已成为分子生物学中最常用的基本技术，被广泛应用于基因克隆的筛选，酶切图谱的制作，基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下（适宜的温室度及离子强度等）可按碱基互补原成双链。杂交的
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
土壤盐渍化是世界范围内限制农作物产量和品质的重大问题。棉花是改良盐碱地的先锋作物。培育棉花耐盐品种，开发利用大面积盐碱地是棉花种植的必然趋势，通过分子生物学手段挖掘棉花耐盐相关基因，创新棉花种质资源，对棉花耐盐性研究尤为重要。系统进化分析表明 GhVP 与盐生植物盐爪爪、灰绿藜的亲缘关系最近，进一步
AtlasTM cDNA表达距阵(Expression Array)同时对588种/1176种关键基因做全景表达图谱分析同时对大量已知基因的表达进行大规模高通量(High-htroughput)分析检测关键基因在细胞关键功能中的角色只需简单的杂交步骤就在数年前，核酸矩阵技术只能在资金雄厚的大实验室开
DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一，我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化（5-methylcytosine, 5mC），却不知道随着测序技术的快速发展，科研者们已经在真核生物中（果蝇 、真菌、莱茵衣藻、秀丽隐杆线虫等）发现了一种新的DNA甲基化修饰—DNA-6mA甲基化，且DNA-6m
转录后基因沉默，也称为RNA干扰，是指双链RNA分子阻断或者降低同源基因的表达的现象。这种现象可能是作为一种抑制病毒感染和转座子跳跃的细胞防御机制(Ketting et. al., 1999; Tabara et. al., 1999; Jensenet. al., 1999; Ratc
在今年一月，美国副总统拜登在瑞士达沃斯世界经济论坛的科学家小组讨论中提出了一系列攻克癌症的具体要求。其中，怎样通过大数据的收集、分析与应用来研究、预防与治疗癌症成为了一个格外引人注目的话题。 专家： Keith Perry：圣裘德儿童研究医院高级副总裁和首席信息官 Narayan Desa
活体动物体内光学成像(Optical in vivo Imaging)主要采用生物发光（bioluminescence）与荧光（fluorescence）两种技术。生物发光是用荧光素酶(Luciferase)基因标记细胞或DNA，而荧光技术则采用荧光报告基团（GFP、RFP, Cyt及dyes等）进
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
土壤盐渍化是世界范围内限制农作物产量和品质的重大问题。棉花是改良盐碱地的先锋作物。培育棉花耐盐品种，开发利用大面积盐碱地是棉花种植的必然趋势，通过分子生物学手段挖掘棉花耐盐相关基因，创新棉花种质资源，对棉花耐盐性研究尤为重要。系统进化分析表明 GhVP 与盐生植物盐爪爪、灰绿藜的亲缘关系最近，进一步
1. 真核生物表达的优越性和必要性① 真核生物具有转录后加工系统，可识别并删除基因中的内含子，剪切加工为成熟mRNA.②具备完善的翻译后加工系统，可进行糖基化、乙酰化等修饰，使蛋白形成正确的天然构型，因而真核生物表达系统产生的蛋白更接近天然状态，有利于其功能、生物活性的研究。③某些真核细胞可将基因表
简介：什么是PCR芯片？实时定量PCR是检测基因表达zui灵敏，zui可靠的方法。通过在试验过程中，实时监测荧光染料的信号变化，反映样品中的基因拷贝数。实时定量PCR线性范围广（能达到5个数量级），因此可以检测同一样品中表达量极低的基因和表达量很高的基因。但是，由于实时定量PCR需要制备
3.9 芯片数据介绍对简单的实质等同性实验来说，一个比较转基因系与对照之间基因表达的散点图就已足够了。文献 [ 5 ] 中参与两个实验的样品都标注在图15. 2中。结果用 GeneSpring 软件包显示，绘制了每组比较小麦系之间每个基因成对的平均强度，并突出显示少数感兴趣的基因（统计上显著差异表达
实验材料dCTP
RNAi技术RNA干扰(RNA interference， RNAi)是近年来发现的研究生物体基因表达、调控与功能的一项崭新技术，它利用了由小干扰RNA(small interfering RNA， siRNA)引起的生物细胞内同源基因的特异性沉默(silencing)现象，其本质是siRNA与对应
DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达，检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化，显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据，仅仅进行差异表达分析还远远不够，如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现
相对定量 相对定量得到的结果为特定样本中目的基因相对于另一参照样本的量的变化。 在某些不需要对基因进行绝对定量，只需要确定基因相对表达差异的情况下，如某样品在经过某种处理后目的基因表达量是增加了还是减少了，用相对定量的方法就可以得到结果，相对定量是一种更普遍、更简单的方法。 内参基因 实
1体外TNTRT7 转录/翻译系统表达重组基因体外翻译是研究基因表达、基因调控的一类重要技术，该技术可广泛用于基因表达量、启动序列等调控因子的确立，并结合PTT实验筛选天然突变或人工诱变的基因片段，还可用来进行蛋白和DNA结合方面的研究。早期的体外翻译研究大多是提取mRNA然后通过网织红细胞或麦胚系
为了分析qPCR数据，呃，我也是蛮拼的，下载了好多qPCR的分析软件，什么LinRegPCR、Markergaul、qCalculator、pyQPCR。 结果发现，这些软件，对我来说，都没什么卵用。比如这个pyQPCR，打开是这样的： 要输入qPCR中导出的TXT文件，但因为这个软件挺老的
用参照基因 ( 如GAPDH 或 ß-actin)能准确量化初始材料的载量,尤其当初始材料量常常受限时,进行相对基因表达分析实验十分方便。缺点是这个方法要求得到一个或多个在所有测试样本中恒定表达的已知参照基因，而且表达水平不受研究条件下处理方式的影响。确定这样的参照基因十分重要，最近有报道提出在
目前生物芯片尤其是基因芯片已广泛用于医学研究之中，已有很多商业化生产的生物芯片产品销售，研究者直接可以选择成型的产品使用，不需要自己制备芯片，因此如何正确使用芯片解决研究中的生物学问题是研究者更关注的。 基因芯片设计是最重要的部分，它关系到最终结果能否
实验材料dCTP试剂、试剂盒乙醇次氯酸钠β-葡萄糖醛酸酶基因活性测定液溴化乙锭仪器、耗材培养室MS 培养基实验步骤一、转基因插入位点的数目第一代（ T0）转基因植株外源基因的插入位点数目，一般都是通过遗传方法进行鉴定。虽然遗传分析可以在任何世代进行，但是一般选择转基因植株自交，或与野生型测交后得到的
实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析，为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析 1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后，用液氮速冻，以保证RNA不被降