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AgilentSureSelectQXTWGS文库制备的质量控制(三)

不同 gDNA 起始量的电泳叠加图显示,使用 2100 生物分析仪 (A) 和 4200 TapeStation (B) 系统,文库片段分子量分布(图 5)呈现出不同的弥散条带曲线。50 ng 的最佳 gDNA 起始量可得到平均分子量在 600–1000 bp 之间的文库曲线。最小的 gDNA 起始量产生的文库通常会导致其分子量范围趋向于更小。相反,gDNA 起始量过大会导致大 DNA 片段比例过高,从而产生的文库的分子量范围趋向于更大。此外,所有电泳图均未显示接头二聚体产物,表明文库纯度很高。SureSelectQXT 全基因组文库的定量分析对于多重测序,将 SureSelectQXT 全基因组文库合并,使每个插入标记的样品在库中的摩尔量相同。文库的最佳起始浓度取决于测序平台。它可能还需要根据文库的 DNA 片段分子量范围进行优化,以获得所需的最终量和数据质量。4200 TapeStation 和 2100 生物分......阅读全文

NGS文库制备的方法比较

  近年来,新一代测序(NGS)技术的应用日益广泛。随着测序技术的不断改进,制备核酸和构建NGS文库的方法也在改进。对于各种文库制备方法,我们该如何选择?近日,美国斯克里普斯研究所的研究人员在《Biotechniques》上发表文章,比较了各种文库制备策略。   总的来说,在NGS分析之前,制备R

“分子标签”技术,让每一个癌细胞都无所遁形

  随着精准医学和个性化医疗从概念走向实践,从梦想走进现实,基因组学研究和基因检测技术也在不断走向高精尖,单细胞测序无疑已经成为基因组学前沿研究领域的“新宠”。  在第二十届全国临床肿瘤大会暨2017年CSCO学术年会上,BD作为全球二代测序配套设备和耗材的优质生产商,携其全新的“分子标签”核心技术

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

  中华病理学杂志2017年3月第46卷第3期  近年二代基因测序(next-generation sequencing,NGS)技术快速发展,其应用已进展至临床检测,如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床

Illumina透露半导体测序仪的更多细节

   2016年度的基因组生物学技术进展大会(AGBT)于上周在美国奥兰多举行。Illumina的CEO Jay Flatley在大会上宣布了其半导体测序平台,即Firefly计划的更多细节。  Flatley表示,Firefly将打开新的市场,因为它是如此简单。最终目标是制成这样一种设备,输入的是

DNA测序技术的现状和发展(四)

1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过,由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性,因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法(isothermal)。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增

Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备的质量控制

  摘要   本应用简报按照 Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备方案,介绍了 Agilent 4200 TapeStation 系统在工作流程中的样品质量控制 (QC) 性能。基因组 DNA ScreenTape 分析法是对基因组 DNA 起始材料进行系列定量分析并提供完

Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备的质量控制

  本应用简报按照 Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备方案,介绍了 Agilent 4200 TapeStation 系统在工作流程中的样品质量控制 (QC) 性能。基因组 DNA ScreenTape 分析法是对基因组 DNA 起始材料进行系列定量分析并提供完整性信息的可

毛细管电泳(HPCE)的工作原理

  本应用简报按照 Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备方案,介绍了 Agilent 4200 TapeStation 系统在工作流程中的样品质量控制 (QC) 性能。基因组 DNA ScreenTape 分析法是对基因组 DNA 起始材料进行系列定量分析并提供完整性信息的可

基因建库突破性进展,助力我国精准医疗大有可为

  随着十三五规划和国家健康2030纲要的陆续出台,我国政府也在不断加大对精准医疗的支持力度。P4 China国际精准医疗大会在十三五规划国家精准医疗计划开启元年隆重举办,旨在汇聚政、产、学、研、资各方力量,并将政策、监管、资本、技术、应用、商业整合在一个平台,进一步探讨从系统生物学研究、精准诊断的

从ccfDNA中挖掘深度信息,你需要这个一体化方案

  如今,癌症研究人员的手头又有了一件让人激动不已的新工具:循环游离DNA(ccfDNA)——只需通过侵入性极小的液体活检即可采集得到。与从存档的FFPE肿瘤标本中采集的静态DNA相比,ccfDNA可提供原发和转移性肿瘤的实时突变信息。这将大大改善治疗决策和监控,对癌症及其他疾病的生物标志物的检测和

NGS文库制备新品实现5-hmC分析

  近年来,新一代测序(NGS)平台在甲基化研究中开始崭露头角。它们带来了非常灵敏的DNA甲基化图谱,以单分子分辨率覆盖整个CpG岛。然而,对于时下热门的5-hmC研究,似乎还缺乏专门的样品制备工具。为此,Zymo Research公司近日推出两款新的NGS文库制备试剂盒,适用于全基因组范围的5

PerkinElmer发布表观遗传学和NGS新品

  在上周举行的实验室自动化和筛查学会(SLAS)第二届年会上,PerkinElmer公司展示了一系列新产品,包括表观遗传学生化工具箱、JANUS® NGS Express™液体处理工作站和Sciclone® NGSx Workstation™平台。   表观遗传学新品   表观遗传学生化工

Thermo Fisher Scientific发布Ion Torrent技术更新和新产品预览

  上周,基因组生物学技术进展年会(AGBT) 在佛罗里达州马可岛举行,Thermo Fisher Scientific公司在会上发布了Ion Torrent测序技术的最新进展情况。  在周六召开的公司工作会议上,Ion Torrent 研发副总裁Allan Williams提前预告公司正在筹备Io

新一代高通量测序技术SOLiD简介

   目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligation

新一代高通量测序技术SOLiD简介

   目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligation

高通量测序技术SOLiD简介

目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligat

NGS样品制备:来自五位专家的建议

  对于新一代测序(NGS)而言,样品制备的重要性不言而喻。每次测序的成本可不低,若样品制备得不好,则实验就会彻底糊掉。在此,五位专家就如何改善NGS的样品制备过程,提出了他们的宝贵建议。  欧洲分子生物学实验室(EMBL)的技术人员Ferris Jung:  你需要密切留意起始材料的质量。无论样品

科学狂人:文库制备对宏基因组测序影响很大

  我们体内生活着不计其数的微生物,它们组成的生态系统就是微生物组。近年来人们发现这些微生物对人体健康有着重要的影响,微生物组研究因此受到了极大的重视,甚至被称为是人体的“第二基因组”。  微生物组参与了许多重要的机体功能,比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。科学

让基因组测序绕过PCR扩增

  在基因组测序中,PCR扩增似乎是绕不过去的一步。然而,PCR也带来一些问题,包括不均匀扩增,导致某些序列的比例过高。对目前的新一代测序(NGS)平台而言,测序某些碱基组成上存在严重偏向的基因组区域仍是一大挑战。在GEN杂志上,Patricia Fitzpatrick Dimond博士介绍了PCR

让基因组测序绕过PCR

 在基因组测序中,PCR扩增似乎是绕不过去的一步。然而,PCR也带来一些问题,包括不均匀扩增,导致某些序列的比例过高。对目前的新一代测序(NGS)平台而言,测序某些碱基组成上存在严重偏向的基因组区域仍是一大挑战。在GEN杂志上,Patricia Fitzpatrick Dimond博士介绍

Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备的质量控制(一)

摘要本应用简报按照 Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备方案,介绍了 Agilent 4200 TapeStation 系统在工作流程中的样品质量控制 (QC) 性能。基因组 DNA ScreenTape 分析法是对基因组 DNA 起始材料进行系列定量分析并提供完整性

llumina高通量测序平台的应用

  Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收

llumina高通量测序平台的应用

  Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收

新一代测序技术之三国时代(上):Illumina

【摘要】2005年454公司首推划时代的新一代测序仪,从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶,让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间,骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代测序

九大测序平台对比(二)

2.454企业: Roche推出时间: 2005年主流型号: Genome Sequencer FLX Titanium(2008年推出)样品要求: 5 μg of DNA,浓度≥300 ng/μL测序原理:焦磷酸测序在测序时,使用了一种叫做“Pico TiterPlate”(PTP)的平板,它

采用 RNA ScreenTape 分析法进行 DV200 评估(一)

摘要RNA 测序文库制备工作流程的成功与否在很大程度上取决于 RNA 起始材料的质量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法获得的 RNA 完整值当量 (RINe) 是一种评估标准 RNA 测序的样品完整性的可靠且可重现的指标。由于 RNA 降解以及样品体积有限,从福尔马

采用 RNA ScreenTape 分析法进行 DV200 评估

  Eva Graf   安捷伦科技有限公司   Waldbronn, Germany   摘要   RNA 测序文库制备工作流程的成功与否在很大程度上取决于 RNA 起始材料的质量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法获得的 RNA 完整值当量 (RINe) 是一种评

建立标准化的RNA-seq,为液体活检扫清障碍

  检测一管血液或尿液,通过其中的标志物来帮助诊断或治疗疾病,这个新思路让人们激动不已。不过,尽管RNA测序(RNA-seq)越来越多地用于小片段RNA的分析,但文库制备方法的准确性和重复性还是存在问题。  密歇根大学的Muneesh Tewari教授认为:“不同的人采用不同的方法来测序小RNA,有

重磅|华大智造首度公开旗下测序仪文库构建核心序列

  2018年9月8日,在华大基因集团19周年庆前夕,华大智造首次向业内公开华大智造测序仪文库构建核心序列,致敬华大基因集团。华大智造成立于2016年,一直致力于研发和生产基因测序设备。如行业内小伙伴们所知,华大智造已拥有四款高通量测序仪——BGISEQ-500、BGISEQ-50、MGISEQ-2

llumina高通量测序平台的应用(二)

3、可逆化学阻断技术测序        利用边合成边测序(Sequencing by synthesis)的原理,加入改造过的DNA聚合酶和带有4种荧光标记的dNTP。这些核苷酸是“可逆终止子”,因为3’羟基末