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体外转录

· In Vitro RNA Transcription (Promega)For in vitro preparation single-stranded RNA probes or microgram quantities of defined RNA transcripts from cloned DNA inserts.· In Vitro RNA Transcription (FAQ) (Ambion)Answers basic questions about in vitro transcription, such as template preparation, yi......阅读全文

高通量的转录因子活性检测

  转录因子(transcription factor,TF)在真核生物的基因表达过程中发挥着重要作用,或调节基因表达的强度,或控制目的基因的时空特异性表达,或应答外界刺激和环境胁迫。近年来,随着干细胞研究的不断升温,人们对转录因子的兴趣也日益浓厚。同一个基因组,为何最终分化成不

张余课题组揭示细菌Class III转录激活机制

  9月28日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室研究员张余课题组在Nature Chemical Biology上,在线发表题为CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism的研究论文,主要研究细菌

花生转录组denovo测序揭示果针发育相关的功能基因

  近日,由广东省农业科学院作物研究所梁炫强研究员、陈小平博士,山东省农业科学院花生研究所所长禹山林研究员及国际半干旱热带作物研究所(ICRISAT)基因组中心负责人Rajeev Kumar Varshney等完成的花生转录组de novo测序的结果发表于Plant Biotechnology

lncRNA表达与RNA的延伸

LncRNA的火热研究已经有几年的时间了,关于lncRNA总归是有说不完的话题。目前对lncRNA的基础分析都已形成了一定的模式。然后,今年来lncRNA的相关文章依然如雨后春笋。  长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RN

外源基因在真核细胞中的表达系统

1. 真核生物表达的优越性和必要性① 真核生物具有转录后加工系统,可识别并删除基因中的内含子,剪切加工为成熟mRNA.②具备完善的翻译后加工系统,可进行糖基化、乙酰化等修饰,使蛋白形成正确的天然构型,因而真核生物表达系统产生的蛋白更接近天然状态,有利于其功能、生物活性的研究。③某些真核细胞可将基因表

克隆基因的表达(expression of cloned gene)-3

(3)原核生物的基因组基本上是单倍体,而真核基因组是二倍体。(4)如前所述,细菌多数基因按功能相关成串排列,组成操纵元的基因表达调控的单元,共同开启或关闭,转录出多顺反子(polycistron)的mRNA;真核生物则是一个结构基因转录生成一条mRNA,即mRNA是单顺反子(monocistron)

中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用

  近日发表在RNA Biology上的研究中,来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序,揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子(TEs)对RNA剪接的重要作用。  转座子(TEs)在后

Science:相分离与基因转录间存在怎样的关联?

  DNA结合转录因子(TF)是真核基因表达的典型调节因子。针对转录因子的早期研究揭示出它们的结构良好的DNA结合结构域(DNA binding domain, DBD)并鉴定出转录所需的功能上至关重要的激活结构域(activation domain, AD)。后来很明显的是,许多激活结构域包含着固

中国植物叶绿体基因组研究颠覆学界认知

  中国科学家一项历时五年的研究成果颠覆了学界对植物叶绿体基因组的认知——科学家发现整个叶绿体基因组都是可以转录的。该研究成果已于近日发表在了《自然》出版集团的《科学报告》上。  《科学报告》的审稿专家一致认为,“这一成果首次发现了我们从来没有想象过的现象,颠覆了传统遗传学上认为的只有叶绿体编码基因

酵母前体mRNA剪接提取物实验

真核生物前体 mRNA ( pre-mRNA ) 的剪接分为两步,即先从前体切去内含子,然后将两个外显子连接在一起形成成熟的  mRNA。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞。实验方法原理剪接反应的典型做法是使用核提取物,即 S100 提取物补充 SR 蛋白或粗提取物的部分纯化组

研究发现植物叶绿体基因组可以全部转录的新机制

  叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能、供给地球上的其它生物能量来源的重要细胞器,对叶绿体的功能和叶绿体基因组转录机制的研究一直以来是全球细胞生物学家、遗传学家和分子生物学家孜孜以求的研究热点。中国科学院昆明植物研究所研究员高立志带领的研究团队,历时五年,通过对三种高等植物(水稻、玉米和拟南芥

酵母前体mRNA剪接提取物实验

            实验方法原理 剪接反应的典型做法是使用核提取物,即 S100 提取物补充 SR 蛋白或粗提取物的部分纯化组分,最常使用的是 HeLa 细胞的提取物。前体 mRNA 底物通常采用噬菌体

狙击艾滋病毒――“引蛇出洞”还是“关门打狗”?

  曾庆平   有很多非专业或跨专业人士对于人类为何数十年攻克不了艾滋病难题感到迷惑不解,那是因为他们不太了解艾滋病毒致病的“特洛伊木马”机制。   艾滋病毒之所以能“摧毁”人类的免疫系统,是因为它们专门感染并杀死免疫细胞。不过,只要它们在免疫细胞内复制并产生新的病毒,人体都能立即识别它们并设法

研究蛋白质与DNA相互作用的主要方法

一、引言在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。重组DNA技术的发展,人们已分离到了许多重要的基因。现在的关键问题是需要揭示环境因子及发育信号究竟是如何控制基因的转录活性。为此需要:a、鉴定分析参与基因表达调控的DNA元件

外源性RNA的转录反应预测RNA病毒的广谱抗病毒药

  所有RNA病毒都通过与正常运输细胞RNA转录本不同的过程将其基因组传递到目标宿主细胞中。来自正常的细胞RNA转录的运输。病毒RNA的传递最多。进入大多数细胞的病毒DNA的运输因此触发了先天的抗病毒防御机制,将病毒RNA识别为异物。反过来,病毒已经进化出了破坏这些防御的机制,让它们在其中茁壮成长。

研究蛋白质与DNA相互作用的主要方法

  一、引言   在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。   重组DNA技术的发展,人们已分离到了许多重要的基因。现在的关键问题是需要揭示环境因子及发育信号究竟是如何控制基因的转录活性。为此需要:   a、鉴定分析

真核基因转录水平的调控-2

(3)增强子的位置可在基因5′上游、基因内或其3′下游的序列中,而其作用与所在基因旁侧部位的方向似无关系,因为无论正向还是反向,它都具有增强效应;(4)增强子所含核苷酸序列大多为重复序列,其内部含有的核心序列,对于它进入到另一宿主之后重新产生增强子效应至关重要;(5)增强子一般都具有组织和细胞特异性

ArrayStar转录因子活性ELISA检测法

ArrayStarTM转录因子活性ELISA试剂盒可以快速、灵敏地检测细胞核提取物中转录因子的DNA结合活性。试剂盒采用96微孔板,标记探针是生物素标记的双链寡核甘酸片段,含有转录因子的特异性DNA结合序列。当标记探针与细胞核抽提物一起孵育时,核抽提物中活性形式的转录因子与探针特异性结合,形成转录因

酵母前体mRNA剪接提取物实验(二)

(12) RNA 洗脱缓冲液:20 mmol/L Tris-HCl ( pH 7.6),0.5 mol/L NaCl,10 mmol/L EDTA,2% ( V/V ) 苯酚(Tris EDTA 或 NaAc-EDTA 平衡),4°C 保存。(13) 7.5 moI/L 乙酸铵(NH4Ac):用 0

Nature Methods报道革新性结合蛋白分析技术:SMiLE-seq

  洛桑联邦理工大学的科学家们开发出了一种革新性测序技术,能更快,更准确,更高效的分析DNA结合蛋白,这将会改变遗传学的游戏规则。这一研究成果公布在1月16日的Nature Methods杂志上。  基因是指产生细胞所有蛋白质的DNA编码,作为这一重要生理进程的开始,基因首先必须从DNA转录成RNA

Nature Methods报道革新性结合蛋白分析技术:SMiLE-seq

  生物通报道:洛桑联邦理工大学的科学家们开发出了一种革新性测序技术,能更快,更准确,更高效的分析DNA结合蛋白,这将会改变遗传学的游戏规则。这一研究成果公布在1月16日的Nature Methods杂志上。  基因是指产生细胞所有蛋白质的DNA编码,作为这一重要生理进程的开始,基因首先必须从DNA

多组学探讨自噬如何通过ATG8相关途径玉米细胞生理进程

  玉米,作为一种深受广大人民群众喜爱的食物,出现在了全国大部地区的餐桌上,主食亦可、做菜亦可、零食亦可……简直就是居家旅行,必备食物。人们饿了吃玉米,玉米饿了吃什么呢?它真的会吃自己……   这不是个玩笑,在缺氮条件下,玉米会利用自噬来完成细胞质的回收再利用……近期发表于植物学顶级期刊《Natu

原核表达载体的重要调控元件(启动子、SD序列与终止子)

1.启动子 启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并起始RNA合成的序列,它是基因表达不可缺少的重要调控序列。没有启动子,基因就不能转录。由于细菌RNA聚合酶不能识别真核基因的启动子,因此原核表达载体所用的启动子必须是原核启动子。 原核启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成,

3.1.1 RNA 标准转录反应

利用 DNA 聚合酶 I 的大片段(Klenow 酶)的 3'— 5'外切酶活性将 3'黏性末端转化成平末端。具体方法是在体外转录体系尚未加入核苷酸和 RNA 聚合酶时,加入 Klenoow 片段 (终浓度为 5U/ug),于 22℃ 孵育 15mim, 然后再加入核苷酸混合物和RNA 聚合酶实验材

基因的复制与表达

  生物的遗传物质基础是核酸(nucleic acid),它也是基因的基本结构,它们的化学组成分子结构符合遗传物质的稳定性、连续性及多样性的要求。  (一)核酸的化学组成  核酸结构的基本单位是核苷酸(nucleic acid),每个核苷酸由1个磷酸、1个五碳糖和1个碱基3部分组成。核

正粘病毒培养和增殖

(1)培养〖HT5SS〗 甲型流感病毒虽能引起人和多种动物的疾病,但大多数毒株具有比较明显的宿主特异性。各型流感病毒都能在鸡胚内良好增殖。初代分离时最好应用羊膜腔接种法,但许多毒株也能适应于鸡胚尿囊腔,特别是已在羊膜腔内传代的毒株。丙型流感病毒只能在羊膜腔内增殖。多数流感病毒可在牛胚肾、

研究发现TNF-α会刺激炎症基因响应,诱发DNA主动去甲基化

  近期,中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室研究员朱冰课题组在eLife上,在线发表题为Sustained TNF-α stimulation leads to transcriptional memory that greatly enhances signal sensitivit

史上最详细人DNA转录前起始复合体结构出炉!

  作为所有生命必不可少的一个过程,基因表达分两步:DNA转录为RNA,然后RNA翻译为蛋白。  在一项新的研究中,来自美国佐治亚州立大学、加州大学伯克利分校和西北大学等多家机构的研究人员将低温电镜技术(Cryo-EM)和最新的计算建模方法结合在一起,史无前例地详细解析出近原子分辨率下的人转录前起始

科学家们在抗逆转录病毒治疗领域的重要研究成果

  本文中,小编整理了多篇研究报告,共同解读科学家们在抗逆转录病毒治疗领域的重要研究进展,分享给大家!  【1】J Clin Invest:长期接受抗逆转录病毒治疗的个体中,感染艾滋病毒的细胞持续存在脑脊液中  doi:10.1172/JCI127413  近日,一项发表在Journal of Cl

RNA 标准转录反应

            实验材料 模板 DNA 或质粒 试剂、试剂盒 TE 异