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NimbleGen大麦外显子组捕获快速定位多节矮秆突变基因

在农业生产中,性状相关的基因定位对于科学育种十分重要,传统的遗传重组定位具有指导意义和实用价值,但传统方法周期长、耗费大。随着二代测序的发展,DNA测序速度大大加快、成本大大降低,使得通过测序法进行的基因定位(mapping-by-sequencing)成为越来越多动植物研究的主要手段。对合适的样本群体,在完整的基因组参考序列的条件下,结合传统集群分离分析(BSA)和二代测序方法,可以快速定位性状相关基因。在短短几天内,可通过数据运算界定出基因所在区域,进一步锁定基因。这一方法已经在拟南芥、水稻、玉米、小鼠、斑马鱼等等的基因定位中得到了应用。通常这一应用的前提需要一个高质量、较完整的参考基因组序列,包括所有基因及其他基因组序列信息。然而,在农业中的许多重要作物,如大麦、小麦等等的基因组图谱并不完整。最近德国科学家在Genome Biology上发表文章1,介绍了通过外显子组二代测序方法定位一个影响大麦出叶速率(leaf init......阅读全文

NimbleGen大麦外显子组捕获快速定位多节矮秆突变基因

在农业生产中,性状相关的基因定位对于科学育种十分重要,传统的遗传重组定位具有指导意义和实用价值,但传统方法周期长、耗费大。随着二代测序的发展,DNA测序速度大大加快、成本大大降低,使得通过测序法进行的基因定位(mapping-by-sequencing)成为越来越多动植物研究的主要手段。对合适的样本

外显子捕获与扩增

            实验材料 大肠杆菌菌株 HB101 质粒 pSPL3 COS-7 细胞 载体 pBluescriptⅡ

外显子捕获与扩增(三)

凝胶琼脂糖凝胶(1.5%m/V), 用 TBE 配制核酸与寡核苷酸寡核苷酸引物 [20 mmol/L,TE(pH8.0) 配制]分别提取自转染有对照载体和重组载体的 COS-7 细胞的 RNA(阶段 3)。培养基含 50ug/ml 氨苄青霉素的 LB 琼脂平板专用设备自动微量加样器所用的加样器尖头微

外显子捕获与扩增(一)

实验材料 大肠杆菌菌株 HB101 质粒 pSPL3COS-7 细胞载体 pBluescriptⅡ大肠杆菌 DH5α试剂、试剂盒 pSPL3 多克隆位点图谱限制性内切核酸酶PvuⅡT4DNA 连接酶LB 琼脂平板黏粒载体TESOC 培养基琼脂糖凝胶LB 肉汤培养基PBS胰酶-EDTA 溶液D

外显子捕获与扩增(二)

材料缓冲液与溶液按合适比例稀释贮存液。无二价阳离子的磷酸缓冲液(PBS)酶及缓冲液胰酶-EDTA 溶液核酸与寡核苷酸DNA用于转染的质粒 DNA 制备见本方案阶段 1, 步骤 10~12。用作对照的质粒载体(步骤 3)培养基含 10% 热灭活胎牛血清的 Dulbecco's modified

Nature子刊:外显子组测序揭示体细胞突变

  半侧巨脑综合症HME是一种罕见的严重大脑发育畸形,患者大脑两个半球之一过度生长,造成大脑发育不对称。在患有严重癫痫的儿童中常常诊断出这种疾病,而其病因还鲜为人知。目前该疾病的治疗手段是通过手术摘除大脑的患病部分,但手术会对患者的语言和认知能力造成损害。   加利福尼亚大学的研究团队发现,半侧巨

Nature Gen:外显子测序发现肺癌新突变基因

  最近,来自美国几所主要大学和俄罗斯ITMO大学的研究人员,在肺癌细胞中发现了一些新的驱动突变(driver mutations),可能用于基因靶向治疗和免疫治疗。相关研究结果发表在最新一期的《Nature Genetics》杂志。  在超过1000名肺癌或鳞状细胞癌患者中,研究者对他们的肿瘤外显

序列捕获之新品荟萃

  2009年,基因组定向捕获工具的出现,让外显子组的捕获成为可能。科学家们普遍认为外显子组测序比全基因组测序更有优势,特别是对罕见的单基因疾病。不仅仅是费用更低,数据的阐释也更为简单。因此,外显子组测序也在2010年被《Science》杂志评为年度十大突破。   数百篇已发表的文章,也证实了外显

汕大女博导外显子组测序发现白内障突变

  汕头大学-香港中文大学联合汕头国际眼科中心的张铭志教授,从事眼科临床专业逾30年,专业方向白内障、青光眼、视光等,是我国最早开展白内障超声乳化手术和白内障屈光手术的知名专家之一,对合并有白内障青光眼的手术治疗,其研究结果引起国际同行的高度关注,并建立手术治疗模型。近年来将临床研究与基础研究相结合

NimbleGenSeqCap用于加拿大一4000外显子组测序项目

  最近罗氏NimbleGen的SeqCap EZ Exome产品被加拿大多伦多一医院基因组服务中心选中,用于一个癌症生物标记物研究。该中心将开展一项4000个外显子组测序项目,用于发现癌症相关的生物标记物。   第一批购买的产品还包括一台Caliper Sciclone NGS Work