NimbleGen大麦外显子组捕获快速定位多节矮秆突变基因
在农业生产中，性状相关的基因定位对于科学育种十分重要，传统的遗传重组定位具有指导意义和实用价值，但传统方法周期长、耗费大。随着二代测序的发展，DNA测序速度大大加快、成本大大降低，使得通过测序法进行的基因定位（mapping-by-sequencing）成为越来越多动植物研究的主要手段。对合适的样本群体，在完整的基因组参考序列的条件下，结合传统集群分离分析(BSA)和二代测序方法，可以快速定位性状相关基因。在短短几天内，可通过数据运算界定出基因所在区域，进一步锁定基因。这一方法已经在拟南芥、水稻、玉米、小鼠、斑马鱼等等的基因定位中得到了应用。通常这一应用的前提需要一个高质量、较完整的参考基因组序列，包括所有基因及其他基因组序列信息。然而，在农业中的许多重要作物，如大麦、小麦等等的基因组图谱并不完整。最近德国科学家在Genome Biology上发表文章1，介绍了通过外显子组二代测序方法定位一个影响大麦出叶速率(leaf init......阅读全文
NimbleGen大麦外显子组捕获快速定位多节矮秆突变基因
在农业生产中，性状相关的基因定位对于科学育种十分重要，传统的遗传重组定位具有指导意义和实用价值，但传统方法周期长、耗费大。随着二代测序的发展，DNA测序速度大大加快、成本大大降低，使得通过测序法进行的基因定位（mapping-by-sequencing）成为越来越多动植物研究的主要手段。对合适的样本
罗氏NimbleGen综合性癌症基因捕获进行全面癌症突变检测
个人化癌症治疗是癌症治疗的发展方向与研究热点，相关的各种分子检测方案的发展迅猛。美国一个癌症中心开发了一个两步法方案用于指导药物选择、选择合适的患者参加药物临床实验。 这两步检测法包括：第一步，对少量癌症基因的突变热点进行测序，这些基因通常有较为明确的针对性治疗方案或者靶向药物，此作为快速的初步筛
NimbleGenSeqCap用于加拿大一4000外显子组测序项目
最近罗氏NimbleGen的SeqCap EZ Exome产品被加拿大多伦多一医院基因组服务中心选中，用于一个癌症生物标记物研究。该中心将开展一项4000个外显子组测序项目，用于发现癌症相关的生物标记物。 第一批购买的产品还包括一台Caliper Sciclone NGS Work
序列捕获之新品荟萃
2009年，基因组定向捕获工具的出现，让外显子组的捕获成为可能。科学家们普遍认为外显子组测序比全基因组测序更有优势，特别是对罕见的单基因疾病。不仅仅是费用更低，数据的阐释也更为简单。因此，外显子组测序也在2010年被《Science》杂志评为年度十大突破。 数百篇已发表的文章，也证实了外显
万人药物基因组研究项目采用罗氏NimbleGen序列捕获技术
来自美国的药物基因组研究专家将开展一个由一万人参加的药物基因组项目，将参加这个的医疗记录与他们的基因组信息进行关联，这些信息主要包括了84个与药物应答相关的基因情况。 为了获得与药物治疗相关的基因信息，研究人员将利用NimbleGen序列捕获产品，从全基因组DNA中富集这些
精准医疗，全外显子组测序立功啦
精准医疗计划(Precision Medicine Initiative)是美国奥巴马总统在2015年国情咨文演讲中宣布的一项新的国家项目，并称将为建立大量志愿者服用药物的生理和基因资料、建立个人基因组与癌症相关突变靶标、数据标准开发与保密等工作投资共计2.15亿美元。 精准医疗无疑是医疗技术
孟德尔遗传病可用基因的突变进行病因确认
孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一.对于,这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、表型特点进行临床判断,同时通过细胞、分子检测手段确认染色体水平的结构变异或基因水平的突变进行病因确认.传统的细胞或分子诊断方法包括核型分析、芯片分析、目标基因的一代Sanger测序等,而随着二代测序的发展,高
外显子组测序在孟德尔遗传疾病分子诊断中的应用
孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一。对于，这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、表型特点进行临床判断，同时通过细胞、分子检测手段确认染色体水平的结构变异或基因水平的突变进行病因确认。传统的细胞或分子诊断方法包括核型分析、芯片分析、目标基因的一代Sanger测序等，而随着二代测序的发展，高通量
外显子组测序在孟德尔遗传疾病分子诊断中的应用
孟德尔遗传病是新生儿出生缺陷的重要原因之一。对于，这些疾病的诊断通常基于儿童的病症、表型特点进行临床判断，同时通过细胞、分子检测手段确认染色体水平的结构变异或基因水平的突变进行病因确认。传统的细胞或分子诊断方法包括核型分析、芯片分析、目标基因的一代Sanger测序等，而随着二代测序的发展，高通量测序
靶向捕获测序应用于多基因遗传病银屑病的致病基因鉴...
靶向捕获测序应用于多基因遗传病银屑病的致病基因鉴定银屑病，俗称干癣，是一种常见的具有特征性皮损的慢性易于复发的炎症性皮肤病，被认为是是遗传因素与环境因素等多种因素相互作用的多基因遗传病。 在以往对多基因遗传病的发病机理探索中，研究者们通过正常与疾病对照样本的基于SNP芯片的全基因组GWAS实验，寻找
靶向捕获让ctDNA无处遁形
循环肿瘤DNA（ctDNA）是一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物，可用于肿瘤发展及预后状态的无创测定。现有的ctDNA检测方法要根据每位癌症患者的情况来制定繁琐的检测步骤，且敏感度低，难以适用于广泛的临床应用。近期在Nature Medicine上发表的一篇文章中1，研究人员介绍了一种全新的ctDNA
Nature公布大麦基因组图谱
大麦是世界上最重要的粮食作物之一，17日Nature公布了目前为止最完善的大麦基因组测序图谱。这项由美国农业部主导的大工程，在德国、日本、芬兰、澳大利亚、英国、美国和中国科学家们的共同努力下，历经六年终于取得了重大进展。大麦基因组图谱将成为人们提高大麦产量、增强大麦抗虫抗病能力、增加大麦营养价值
Science：外显子组测序让“生命密码”解读更容易
简单来说，外显子组就是遗传代码中蛋白质编码的组分，占整个基因组的1%-2%。测序仪每跑一次仅能读取一定数量的碱基，但通过测序外显子组，研究人员能更快地生成更多的碱基。与全基因组相比，它也可以用更低的成本做出更好的分辨率。 位于荷兰内梅亨的拉德伯德大学医学中心转译基因组学教授 J
高通量测序技术的应用
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行重头测序(de novosequencing)，获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测
外显子捕获与扩增
实验材料 大肠杆菌菌株 HB101 质粒 pSPL3 COS-7 细胞 载体 pBluescriptⅡ 大肠杆菌 DH5α
高通量测序的技术应用的介绍
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de novosequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重测
关于高通量测序的技术应用介绍
测序技术推进科学研究的发展。随着第二代测序技术的迅猛发展，科学界也开始越来越多地应用第二代测序技术来解决生物学问题。比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序（de novo sequencing），获得该物种的参考序列，为后续研究和分子育种奠定基础；对有参考序列的物种，进行全基因组重
Nature：ALS背后的遗传改变
一项发表在《Nature》上的新研究进一步提供证据，说明细胞骨架通路的改变可能会刺激肌萎缩性脊髓侧索硬化症(ALS)。这项研究是由马萨诸塞大学的研究人员领导的，他们利用外显子组测序来寻找家族性ALS背后的遗传改变。 肌萎缩性脊髓侧索硬化症又称路格瑞氏症(Lou Gehrig's dis
罗氏定制捕获芯片用于白血病亚型分子标记发现
近期在新英格兰杂志上发表的一篇文章1对这类白血病的分子机制进行的深入研究。作者对27例慢性中性粒细胞白血病以及非典型CML骨髓或血液样本进行了部分基因定向高深度测序，分析基因突变的情况，发现一个基因CSF3R的突变在这个类群病人中尤其常见。 许多白血病的致病机制尚不清楚，其中慢性中性粒细胞
罗氏推出序列捕获新产品
罗氏公司近日宣布推出多款SeqCap EZ Library目标富集新产品。SeqCap EZ Library这种方法可在新一代测序之前实现整个外显子组或定制区域的富集。这些新产品旨在加强基础和临床研究中的遗传变异发现和检测，而出色的捕获效率也能将测序费用降至最低。它们经过优化，适用于各种新一
外显子捕获与扩增（三）
凝胶琼脂糖凝胶（1.5%m/V), 用 TBE 配制核酸与寡核苷酸寡核苷酸引物 [20 mmol/L,TE(pH8.0) 配制]分别提取自转染有对照载体和重组载体的 COS-7 细胞的 RNA(阶段 3)。培养基含 50ug/ml 氨苄青霉素的 LB 琼脂平板专用设备自动微量加样器所用的加样器尖头微
外显子捕获与扩增1
本方案以哺乳动物穿梭载体 pSPL3 为例，描述了外显子扩增的方法，内容分为以下五个阶段。阶段 1: 文库的构建; 阶段 2: 电穿孔法将文库转染 COS-7 细胞; 阶段 3:mRNA 的提取; 阶段 4: 反转录 PCR; 阶段 5: 克隆分析。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：
外显子捕获与扩增2
阶段 3:mRNA 的提取材料缓冲液与溶液按合适比例稀释贮存液。DEPC 处理水乙醇NaCl(5mol/L)酚酚：氯仿无二价阳离子的磷酸缓冲液（PBS)SDS(5%m/V)TMK 缓冲液10 mmol/LTris-HCl(pH7.5)10 mmol/LKCl1 mmol/LMgCl2Triton X
外显子捕获与扩增（一）
实验材料 大肠杆菌菌株 HB101 质粒 pSPL3COS-7 细胞载体 pBluescriptⅡ大肠杆菌 DH5α试剂、试剂盒 pSPL3 多克隆位点图谱限制性内切核酸酶PvuⅡT4DNA 连接酶LB 琼脂平板黏粒载体TESOC 培养基琼脂糖凝胶LB 肉汤培养基PBS胰酶-EDTA 溶液D
外显子捕获的操作步骤
(1)基因组DNA经“霰弹法”切成小片段后，克隆在位于“外显子捕获序列”下游的克隆位点上。(2)将这些重组载体汇总后感染反转录病毒的专宿包装细胞系(ecotropicretroviral packaging cell line)——ψ2细胞系。ψ2细胞提供蛋白质产物使载体(自身不能合成病毒蛋白质)成
外显子捕获与扩增（二）
材料缓冲液与溶液按合适比例稀释贮存液。无二价阳离子的磷酸缓冲液（PBS）酶及缓冲液胰酶-EDTA 溶液核酸与寡核苷酸DNA用于转染的质粒 DNA 制备见本方案阶段 1, 步骤 10~12。用作对照的质粒载体（步骤 3)培养基含 10% 热灭活胎牛血清的 Dulbecco's modified
外显子捕获的操作步骤
(1)基因组DNA经“霰弹法”切成小片段后，克隆在位于“外显子捕获序列”下游的克隆位点上。(2)将这些重组载体汇总后感染反转录病毒的专宿包装细胞系(ecotropicretroviral packaging cell line)——ψ2细胞系。ψ2细胞提供蛋白质产物使载体(自身不能合成病毒蛋白质)成
关于外显子捕获的简介
外显子捕获(exon trapping) 是构建一种载体，从其插入片段中识别和回收外显子序列，从而克隆目的基因。捕获外显子的载体pETV—SD是一种反转录病毒穿梭载体，即可在不同种生物中如大肠杆菌和酵母，细菌和哺乳动物细胞等进行复制的载体。因为凡是有内含子和外显子的基因在转录后都要经过RNA剪接
新方法准确检测Lynch综合征相关突变
贝勒医学院等机构的研究人员近日开发出一种更准确的方法，检测PMS2基因中的突变。这个基因的突变与遗传性非息肉结肠直肠癌（Lynch综合征）和Turcot综合征相关。研究结果在线发表于《the Journal of Molecular Diagnostics》上。 为了提高PMS2基因突变检测的
新一代超高通量基因组测序系统－GS－FLX开创科研无限新...
新一代超高通量基因组测序系统 GS FLX开创科研无限新可能GS FLX系统是由罗氏454生命科学公司推出的目前应用最广的超高通量基因组测序系统，研究人员利用高准确性、长读长的GS FLX系统快速的获得高质量的生物数据，取得科研突破性进展。自GS系统问世以来，于世界顶级杂志共发表250余篇高质量