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加拿大建成首个人类小分子代谢物数据库

加拿大阿尔伯塔大学的研究小组日前宣布,他们建成了世界上首个人类小分子代谢物组数据库。专家认为,这将对许多传染病、遗传病或环境引发的疾病的诊断、预防和监测产生重大影响。 人类小分子代谢物组是所有人体内产生的小分子代谢物的总称,是化学意义上的“人类基因组”。科学家认为,如果说人类基因组描绘了生命的蓝图,那么就可以讲小分子代谢物组展示的是生命的成分。由于小分子代谢物对人体健康和生理的影响更为直接,研究小组认为该项目将比人类基因组计划带来更加直接的医疗影响。 小组发表在最新一期《核酸研究》杂志上的报告称,目前,科学家已经在人体中分析识别出了2500多种小分子代谢物、1200种药物分子和3500种食物成分。加拿大人类小分子代谢物组计划起步于2004年。参与该计划的50位科学家分别来自阿尔伯塔大学和卡尔加利大学。他们在2年半的时间里研究并收集了所有已知的人类代谢物及其与化学、生物和疾病有关的数据,将其编入了人类小分子代谢物组......阅读全文

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

一步一步教你使用NCBI数据库资源2

6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列

昆明动物所构建秀丽线虫脂代谢途径网络

  动物模型对研究脂代谢调控和代谢性疾病是必不可少的。模式生物秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)是第一个全基因组被测序的真核生物(1998年)。在过去的10多年中,由于其生活周期短、低成本、易培养和操作等优点,秀丽线虫成为一个研究脂代谢调控、肥胖和肥胖相关代谢性疾

非靶向代谢组学更适宜选用哪些代谢组学通路数据库?

据相关介绍表明非靶向代谢组学的研究成果为众多的药物靶学、疾病机理研究以及疾病诊断提供有力依据。它还推动了免疫组化以及免疫荧光等技术的发展,事实上长期供应非靶向代谢组学更是由此迅速推进了研究步伐,现在就非靶向代谢组学更适宜选用哪些代谢组学通路数据库作简要阐述:1.HMDB非靶向代谢组学的代谢通路必须借

多囊卵巢综合征病人基因组的DNA甲基化免疫沉淀反应分析

  多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)是一种复杂的、病因不明的疾病,最新研究结果表明,胰岛素耐受(insulin resistance , IR)在PCOS的发生过程中起了重要的作用。本研究主要致力于探究IR在PCOS发生过程中的分子机制,运用基因组DN

多囊卵巢综合征病人基因组DNA甲基化免疫沉淀反应分析

  多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)是一种复杂的、病因不明的疾病,最新研究结果表明,胰岛素耐受(insulin resistance , IR)在PCOS的发生过程中起了重要的作用。本研究主要致力于探究IR在PCOS发生过程中的分子机制,运用基

芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物合成基因

   芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物,能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素(proanthocyanidins,PA)的沉积,该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络,研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄

多囊卵巢综合征病人基因组的DNA甲基化免疫沉淀反应分析

多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)是一种复杂的、病因不明的疾病,最新研究结果表明,胰岛素耐受(insulin resistance , IR)在PCOS的发生过程中起了重要的作用。本研究主要致力于探究IR在PCOS发生过程中的分子机制,运用基因组

生物芯片技术在药物R&D中的应用(四)

3 生物芯片在毒理学研究中的应用  对药物进行毒性评价,是药物筛选过程中十分重要的一个环节。现在毒理学家多采用鼠为模型通过动物实验来确定药物的潜在毒性。这些方法需要使用大剂量的药物,花上几年时间,花费巨大。 DNA芯片技术可将药物毒性与基因表达特征联系起来,通过基因表达分析便可确定药物毒性,

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用

   随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,

代谢组学常使用的数据库

  代谢组主要是对小分子代谢物(一般50-1500 Da)进行高通量定性和定量分析,代谢组分析产生了大量的生物信息数据。代谢组数据库的开发对于归纳总结这些大数据,方便后续的代谢组学数据分析,揭示隐藏在大数据背后的生物学机理具有十分重要的作用。  目前常用的代谢组学数据库有HMDB、NIST、LMSD

“代谢组学”技术与方法研究

【基于质谱的分析方法联用对”代谢组学”进行研究】 代谢组学”研究可分为:“发现代谢组学”和“靶标代谢组学”,两者共同组成了“代谢组学”研究的“生态系统”。本文将介绍基于质谱的分析方法联合统计学分析法对“代谢组学”进行研究。质谱能在一个广泛的动态范围内保持极高的检测灵敏度、高度的稳定性、重现

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能

贺林院士呼吁精准医学不应泛用更不应滥用

  随着基因组科学的迅猛发展,人类对临床药物治疗的认识和要求发生了重大变化。人类基因组计划的实施和研究进展,促进了遗传药理学和药物基因组学的发展,使得药物治疗的模式也开始由过去的“经验性用药”转向以人为本的“个体化用药”模式的改变。  12月10日,中国药理学会药物基因组学专业委员会主任委员贺林院士

是什么将天赋基因检测拉下神坛

  一些检测机构宣传的基因检测几乎无所不能,不仅可以预测早恋、网瘾倾向,还可以检测出孩子的天赋,有的放矢地培养孩子。基因测试真有这么神奇吗?  “王侯将相,宁有种乎”,这个历史问题在基因检测公司的网站上,答案几乎都是“yes”。  近日,部分开展基因测序业务的公司连续投放广告,称通过采集DNA样本、

千亿级市场的消费级基因检测 乱象丛生

   真靠谱吗:同一人同一时段收到两份不同报告,检测结果得打个问号  监管缺失:号称有千亿级市场的消费级基因检测发展过快,乱象丛生  基因检测公司技术人员在进行DNA质量检测。  基因检测公司技术人员在查看送检样本的基因检测解析报告。  一名参与基因检测的市民用手机查看自己的报告。  前段

一口唾液就能了解你的“前世今生”?基因检测乱象丛生

基因检测公司技术人员在进行DNA质量检测。基因检测公司技术人员在查看送检样本的基因检测解析报告。一名参与基因检测的市民用手机查看自己的报告。  前段时间,杭州市民郑波带着全家人做了一次基因检测。根据宣传,只要一口唾液,就能给出包括祖源分析、遗传特征、遗传性疾病、患病风险等个人身体信息。  如今,像郑

从FDA批准首个癌症消费级基因检测看中国市场

  美国FDA宣布23andMe获得首个直接面向消费者(DTC)的癌症风险基因检测授权。这项检测的意义是什么,中国市场如何?基因慧就此专访了7位相关企业创始人,并分析相关市场趋势,供参考,欢迎留言讨论。  划重点  1. 此产品针对3个癌种的BRCA基因的3个突变  2. FDA对DTC基因检测政策

施一公:基因测序将成下一个千亿美元产业

  “下一个千亿美元的科技产业”,西湖大学校长、清华大学教授施一公在现场致辞提及基因测序时,硕大的屏幕上展示出他的PPT内容。  11月29日,施一公在北京举办的2018亿欧创新大会上说,测序是精准医疗的技术基础,可以从根本上改变对疾病检测,对人类未来的预测,“基础研究推动技术发展,最后应用于社会,

通过进食障碍基因的收集来识别与进食障碍相关的代谢通路

  利用蛋白-蛋白相互作用数据重建的与进食障碍核心基因相关的蛋白相互作用子网络 (53个进食障碍相关的核心基因编码的蛋白用橙色表示。25个桥连基因编码的蛋白用蓝色表示, 用来连接53个核心蛋白)   结合“脂肪细胞因子信号通路”和“内脏脂肪沉着和代谢综合征”两个通路获得与进食障碍相关的体重调控

第三条路线,我学者实现环境宏基因组功能基因发掘突破

  从环境宏基因组中挖掘功能基因通常有两条技术路线,一条是建立克隆文库后直接用筛选压力筛选阳性克隆,一条是通过设计引物,从宏基因组中克隆目标基因,然后进行功能研究。近日,李小方研究员团队发展了第三条技术路线,实现了规模化、回避筛选压力的功能宏基因组路线,并用于了金属硫蛋白基因的高通量挖掘。该研究以“

营养所在脂肪酸与代谢性疾病的系列研究中取得进展

  最近,营养及脂质研究领域的国际杂志《美国临床营养学》(American Journal of Clinical Nutrition)和《脂质研究》(Journal of Lipid Research)分别刊登了中科院上海生科院营养科学研究所林旭研究组利用其建立的亚洲最大的红细胞膜脂肪酸数

微生物检测:NGS和质谱为行业变革带来契机

微生物检测主要用于辅助诊断,百亿级市场市场空间,潜力很大你可能知道,“抗生素滥用”在中国很普遍。改变这个现状就要靠微生物检测。2011年卫生部颁布了史上最苛刻的《抗菌药物临床管理办法》,把微生物检测的地位提到了前所未有的高度。微生物检测属于IVD的一个细分领域,是对感染性疾病的病原体或代谢物进行检测

最新综述:光遗传学在生物医学领域中应用

  核心刊物”栏目期刊:科学通报,中国科学C辑:生命科学,均是由中国科学院和国家自然科学基金委员会共同主办的,我国学术期刊中的知名品牌,被国内外各主要检索系统收录,如国内的《中国科学论文与引文数据库》(CSTPCD)、《中国科学引文数据库》(CSCD)等;美国的SCI、CA、EI,英国的SA,日本的

科技部“十二五”现代生物制造科技发展专项规划发布

关于印发十二五现代生物制造科技发展专项规划的通知国科发计〔2011〕587号  各省、自治区、直辖市、计划单列市科技厅(委、局),新疆生产建设兵团科技局,国务院有关部门科技主管单位,各有关单位:  为了贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》,指导现代生物制造科技发展,加

能预知未来? “基因检测”真有这么神奇吗?

   测身体、测情商、测天赋,这是如今部分商家打出的基因检测广告,听上去天花乱坠,似乎什么都能测,这些基因检测产品果真有这么神奇吗?   几年前,江苏省江阴市的陈伟珊老人通过购买保健品,获得了一个做基因检测的机会。在做了整套基因检测之后,陈伟珊拿到了一本300多页、对她来说就像天书一样的基因报告。报

研究人员揭示肿瘤转移前的免疫逃逸机制

  吸烟者群体中常患的侵袭性肺鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma, SCC)的发生能够分成连续的不同阶段,根据组织形态学主要分为0-8共九个阶段,分别为:正常荧光组织、低荧光组织、增生、化生、轻度发育异常、中度发育异常、严重发育异常、原位癌、侵袭性鳞状细胞癌。这种划分使得对癌

在Matlab中探索基因表达数据分析

DNA微阵列基因表达数据分析 本文利用Matlab及其生物信息学  工具箱提供的函数识别差异表达基因并利用基因本体论确定差异表达基因的生物学功能。 引言 包含寡核苷酸或cDNA  探针的微阵列可用来比较基因组尺度的基因表达谱,微阵列试验的重要目的在于确定不同条件

蛋白质组学在植物科学研究中的应用

1 植物群体遗传蛋白质组学 1.l 遗传多样性蛋白质研究基于基因组学的一些遗传标记,如RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)、RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)、SSR(Simple Sequen

破译中国人基因密码:“中国十万人基因组计划”将4年完成

  我是谁?我从哪里来?我将到哪儿去?这一终极哲学命题,有多种不同的解答视角。从基因角度给出的答案,无疑是非常重要的一种。近一段时间,有关基因领域的新闻将基因检测、基因编辑、癌症的靶向治疗等原本属于生物医学领域的专业话题,一下子变成了公众话题。人们对于基因的好奇在于:基因是如何影响人类的长相、身高、