第三条路线，我学者实现环境宏基因组功能基因发掘突破
从环境宏基因组中挖掘功能基因通常有两条技术路线，一条是建立克隆文库后直接用筛选压力筛选阳性克隆，一条是通过设计引物，从宏基因组中克隆目标基因，然后进行功能研究。近日，李小方研究员团队发展了第三条技术路线，实现了规模化、回避筛选压力的功能宏基因组路线，并用于了金属硫蛋白基因的高通量挖掘。该研究以“Metagenomics-guided discovery of potential bacterial metallothionein genes conferring Cu/Cd resistance from soil microbiome”为题发表在国际知名期刊 Applied and Environmental Microbiology上。基于本地数据库挖掘-进化分析-化学合成-功能基因组技术路线的环境DNA功能基因挖掘路线 金属硫蛋白（Metallothionein, MT）是一类富含半胱氨酸的小分子蛋白，具有高效螯合金......阅读全文
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水（Acid mine drainage, AMD）中的微生物群落进行研究，相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
核蛋白基因组指纹技术
Fine Mapping of Genomic Targets of Nuclear Proteins in Cultured CellsAchim Breiling and Valerio OrlandoDulbecco Telethon Institute, Institute of Genet
通过cDNA宏阵列和基因表达谱检测－环境毒物的毒理效应...
实验步骤 一.材料1.扩增和制备克隆（1）甘 油 保 存 的E.coli, 质 粒 含 有 目 标 cDNA 插入片段。（2）Tag 聚合酶和缓冲液（New Englang Biolabs cat. no. M0267)。（3）10 mmol/L dNTP 混合物。（4）用来扩增载体中插入片段的引物
通过cDNA宏阵列和基因表达谱检测环境毒物毒理效应实验
本章主要介绍如何通过制备和使用 cDNA 宏阵列来检测环境毒物对基因表达的影响，同时具体介绍实验所用到的材料与方法。由于一些非传统模式的物种研究购买不到商业化的芯片，应用本章讲述的方法，研究人员可以自行设计和使用适合自己实验目的的芯片。我们有意略去了实验中统计分析方面的内容，因为统计分析的方法仍有待
基因组分析在现实环境的实际应用
这次我们来说说，基因组分析在具有多样性的现实环境里，是如何投入使用的。
基因组分析阐明考拉生存环境
日前，日本京都大学灵长类研究所的研究人员参加的国际研究团队，通过基因组（全遗传信息）分析阐明，在澳大利亚东部生活的有袋类考拉，是从以主食桉树叶所持有的毒素中感觉到的苦味而择食，并仅选择桉树叶为食从而进化的。该研究成果发表在美国《自然—遗传学》杂志电子版。 研究表明，桉树叶含有毒性而味苦，几乎所
《科学》：古老蛋白塑造细菌紧凑基因组
该发现可能有助于开发其它标靶Rho的抗生素 与人类相比，细菌不携带过多的“垃圾DNA”，它们的基因组要“整洁”得多。比如大肠杆菌大约90%的基因组都包含编码蛋白质的DNA，而人类基因组的90%都是非编码的“垃圾DNA”。 美国科学家近日研究发现，细菌基因组的这种“整洁”可能要归功于一种名为R
通－过－cDNA宏阵列和基因表达谱检测－环境毒物的毒理效应
实验步骤 一.材料 1.扩增和制备克隆 （1）甘 油 保 存 的E.coli, 质 粒 含 有 目 标 cDNA 插入片段。 （2）Tag 聚合酶和缓冲液（New Englang Biolabs cat. no. M0267
PNAS热点文章：表观基因组可因环境而改变
长期以来，人们普遍认为作为有机体发育关键步骤的甲基化只是静态地DNA修饰，不会随环境条件变化而改变。Salk生物研究所的研究人员发现，处于逆境下植物的DNA甲基化模式会发生变化，从而改变对基因的调控。 科学家发现植物遭遇致病菌后，其表观遗传学密码会发生广泛的大量改
海马基因组及环境适应进化机制获揭示
记者从中国科学院南海海洋研究所获悉，由该所研究员林强课题组主导，联合德国康斯坦茨大学、新加坡国家科技局和华大基因等共同揭示了海马在海洋近岸和岛礁栖息过程中的体型特化和繁殖适应性进化特征。相关研究12月15日以封面文章的形式发表在《自然》杂志上。 林强团队在国际上率先完成了海马的全基因组研究，揭
中科院农资中心团队部在环境功能基因发掘方法上获进展
从环境宏基因组中挖掘功能基因通常有两条技术路线，一条是建立克隆文库后直接用筛选压力筛选阳性克隆，一条是通过设计引物，从宏基因组中克隆目标基因，然后进行功能研究。近日，中科院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心研究员李小方团队发展了第三条技术路线，实现了规模化、回避筛选压力的功能宏基因组路线，并
谁在先？“鸡基因组”和“鸡蛋基因组”
是先有鸡还是先有鸡蛋？这个问题相当恼人，恐怕很难说清楚。现在，研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题：是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中，那个是第一个产生的？那些被复制了？ 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据，这种
基因组测序揭示水熊虫极端环境适应性
水熊虫是一种小型水生动物，又称为缓步动物，9月20日出版的《自然—通讯》发表了一篇有关其基因组测序的最新研究成果。该研究在缓步动物体内发现一种基因，其蛋白质能够抵抗人类培养细胞内的DNA损伤。这表明特异于缓步动物的蛋白质或有助于细胞抵抗DNA损伤来源。 缓步动物可以在极端的压力环境（包括真空）
于黎：在极端环境下基因组会发生什么变化
青藏高原平均海拔超过4000米。大多数人在那里会遇到问题，因为随着海拔升高，除气压外，氧分压也会随之降低，带来的后果就是呼吸困难和高原病。因此动物如何应对高海拔地区缺氧环境的快速适应机制也就成为了科学家们关注的热点问题。 近期来自云南大学、中科院昆明动物研究所、中科院北京基因研究所等
由德林等破译DNA磷硫酰化修饰基因组分布图谱
记者日前从上海交通大学获悉，该校微生物代谢国家重点实验室由德林研究小组在DNA磷硫酰化修饰方面取得突破。相关成果在线发表于《自然—通讯》杂志。 DNA是生命的遗传物质，由碳、氢、氧、氮、磷五种元素组成。中科院院士邓子新领衔的团队在前期工作中发现了DNA上存在一种全新的修饰——磷硫酰化
上海交大破译DNA磷硫酰化修饰基因组分布图谱
近日，上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室在DNA磷硫酰化修饰方面取得突破，《Nature Communications》在线发表了由德林教授研究小组的最新进展《Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modif
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
叶绿体基因组
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能的重要细胞器，叶绿体中进行的光合作用是严格地受到遗传控制的。早在20世纪初，人们就已知叶绿体的某些性状是呈非孟德尔式遗传的，但直到60年代才发现了叶绿体DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。叶绿体基因组是一个裸露的环状双链DNA分子，其大小在1
PNAS：特殊蛋白质可控制机体“基因组卫士”
近日，发表在国际杂志PNAS上的一篇研究报告中，来自蒙特利尔临床研究学院的科学家通过研究鉴别出了免疫反应已知机制的一种新的作用亮点，研究人员发现了一种新型特殊蛋白，其可以控制“基因组卫士”—p53肿瘤抑制蛋白的活性。 文章中，研究者对T细胞和B细胞的发育也进行了深入研究，这两种细胞均是保
抑癌蛋白p53如何与基因组结合？
最近，来自比利时鲁汶大学的遗传学家表明，肿瘤蛋白TP53知道应该结合到我们DNA上的哪个确切位置，来防止癌症。一旦与这个特定的DNA序列结合，这个蛋白质就可以激活正确的基因来修复受损的细胞。相关研究结果发表在国际著名期刊《Genome Research》。 体内所有的细胞都有相同的DNA，但是
张强峰博士Nature解析全基因组蛋白互作
来自美国哥伦比亚大学，同济大学等处的研究人员发表了题为“Structure-based prediction of proteinCprotein interactions on a genome-wide scale”的文章，提出了一种基于三维结构信息的全基因组蛋白质相互作用计算预测方
－千山药机拟控股宏灏基因－相中基因检测技术
千山药机3月13日晚间公告，拟出资3818万元收购宏灏基因41.5%股权，后对其增资2142万元，完成后公司持有宏灏基因52.57%的股份，成为该公司的控股股东。 宏灏基因成立于2004年，主营III类医疗器械：6840体外诊断试剂生产销售;药品、生物试剂研究;基因健康咨询服务等，截至20
纪宏斌《自然》发现新抑癌基因
来自美国波士顿和北卡罗莱纳州的研究人员合作发现一种特殊的基因能够抑制小鼠肺癌进程的关键步骤。研究人员将这些发现公布在8月5日的《自然》杂志的网络版上。这种叫做LKB1的基因在小鼠中不但是非小细胞肺癌的一种肿瘤抑制基因，而且其功能还可能比其他已知的抑制因子更加强大。 原文检索：Nature 44
研究发现锑氧化依赖的化能自养固氮过程
广东省科学院生态环境与土壤研究所研究员孙蔚旻团队发现了锑氧化依赖自养固氮的全新生物地球化学过程，同时利用DNA-SIP和宏基因组分箱确定了微生物红环菌科（Rhodocyclaceae）和根瘤菌科（Rhizobiaceae）参与此过程。相关研究发表于Environmental Science &
GenomeResearch发表基因组研究新发现基因组
多伦多大学的科学家们发现，作为基因组看门人的C2H2-锌指蛋白（C2H2-ZF）实际上肩负着更加多样化的职责。这项发表在Genome Research杂志上的研究，有助于我们更准确地解读个人基因组。C2H2-ZF有大约七百个成员，是规模最大的一种人类蛋白。然而，人们对这些蛋白一直知之甚少。C2H2-
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
铁硫蛋白的定义
铁硫蛋白是含铁的蛋白质，也是细胞色素类蛋白。是在蛋白质的中央含有四个原子，其中两个是铁，另两个是硫，称为【2Fe-2S】,或在蛋白质的中央含有八个原子，其中四个是铁，另四个是硫，称为【4Fe-4S】,并且通过硫与蛋白质的半胱氨酸残基相连。
揭示了磷硫酰化修饰在全基因组水平上的异质性
DNA是重要的遗传物质，储存着所有蛋白质和RNA的全部遗传信息。DNA上的任何一个微小的变化都有可能改变生命的遗传信息，影响生命活动，如经典的DNA甲基化修饰在生物界具有保护遗传稳定，调控DNA复制、转录以及翻译过程等重要功能。DNA磷硫酰化修饰是由邓子新发现的，DNA骨架上硫原子取代磷原子上
病毒蛋白与基因组RNA－构筑DNA蛋白复合结构多级可控构筑
生物大分子在自然进化中发展出一套独特的“自下而上”自组装方式进行各种复合结构的可控装配，为多功能生物纳米材料的加工制备提供了绝佳范例。其中，核酸-蛋白质纳米复合体系的可控构筑，不仅将实现生物学上两种基本组装模式的有效结合，以提供愈加复杂的生物结构模板，还有助于体内生物大分子相互作用的深入理解，对
出生前的环境或会影响机体的基因组印记
近日，一项刊登在国际杂志Proceedings of the National Academy of Sciences上的研究报告中，来自美国、澳大利亚和丹麦的科学家们通过研究发现了出生前的环境或许会调节机体基因组印记的证据，文章中，研究者描述了他们对此前多项研究中基因组数据的分析以及相关的基因