加拿大建成首个人类小分子代谢物数据库
加拿大阿尔伯塔大学的研究小组日前宣布，他们建成了世界上首个人类小分子代谢物组数据库。专家认为，这将对许多传染病、遗传病或环境引发的疾病的诊断、预防和监测产生重大影响。 人类小分子代谢物组是所有人体内产生的小分子代谢物的总称，是化学意义上的“人类基因组”。科学家认为，如果说人类基因组描绘了生命的蓝图，那么就可以讲小分子代谢物组展示的是生命的成分。由于小分子代谢物对人体健康和生理的影响更为直接，研究小组认为该项目将比人类基因组计划带来更加直接的医疗影响。 小组发表在最新一期《核酸研究》杂志上的报告称，目前，科学家已经在人体中分析识别出了2500多种小分子代谢物、1200种药物分子和3500种食物成分。加拿大人类小分子代谢物组计划起步于2004年。参与该计划的50位科学家分别来自阿尔伯塔大学和卡尔加利大学。他们在2年半的时间里研究并收集了所有已知的人类代谢物及其与化学、生物和疾病有关的数据，将其编入了人类小分子代谢物组......阅读全文
细胞代谢信号通路相关的基因介绍SDHD基因
这个基因编码呼吸链复合物ii的一个成员，负责琥珀酸的氧化。编码蛋白是将复合物锚定在线粒体内膜基质侧的两个完整膜蛋白之一。该基因突变与肿瘤的形成有关，包括遗传性副神经节瘤。疾病的传播几乎完全通过父系等位基因发生，这表明该位点可能是母系印记。这个基因在1号、2号、3号、7号和18号染色体上有假基因。选择
细胞代谢信号通路相关的基因介绍SDHA基因
这个基因编码琥珀酸泛醌氧化还原酶的一个主要催化亚单位，一个线粒体呼吸链的复合物。该复合物由四个核编码亚单位组成，位于线粒体内膜。这种基因突变与一种线粒体呼吸链缺乏症（leigh综合征）有关。在染色体3q29上发现了一个假基因。另外，已经发现该基因编码不同亚型的剪接转录变体。[由RefSeq提供，20
细胞代谢信号通路相关的基因介绍ATIC基因
该基因编码一种双功能蛋白，对从头嘌呤生物合成途径的最后两个步骤进行催化。N-末端结构域具有磷酸核糖氨基咪唑甲酰胺甲酰转移酶活性，C-末端结构域具有IMP环水解酶活性。该基因突变导致AICA核糖尿症。[由RefSeq提供，2009年9月]This gene encodes a bifunctional
细胞代谢信号通路相关的基因介绍POLE基因
该基因编码DNA聚合酶epsilon的催化亚单位。这种酶参与DNA修复和染色体DNA复制。该基因突变与结直肠癌12和面部畸形、免疫缺陷、利维多和身材矮小有关。This gene encodes the catalytic subunit of DNA polymerase epsilon. The
细胞代谢信号通路相关的基因介绍MYC基因
该基因编码的蛋白质是一种多功能的核磷蛋白，在细胞周期进展、凋亡和细胞转化中起到作用。作为调节特定靶基因转录的转录因子发挥作用。这种基因的突变、过度表达、重排和易位与多种造血肿瘤、白血病和淋巴瘤，包括伯基特淋巴瘤有关。有证据表明，来自上游、非aug（cug）帧和下游aug起始位点的选择性翻译起始导致两
细胞代谢信号通路相关的基因介绍UMPS基因
这个基因编码尿苷5'-单磷酸合酶。编码的蛋白质是一种双功能酶，对从头嘧啶生物合成途径的最后两个步骤进行催化。第一个反应是由N-末端的酶-磷酸核糖基转移酶进行的，该酶将乳清酸转化为5'-单磷酸盐。末端反应是由C末端酶OMP脱羧酶进行的，该酶能将5'-单磷酸列替丁转化为单磷酸尿苷
细胞代谢信号通路相关的基因介绍TYMS基因
胸苷酸合成酶利用5,10-亚甲基四氢叶酸（亚甲基四氢叶酸）作为辅因子催化脱氧尿苷酸甲基化为脱氧胸苷酸。此功能维持DNA复制和修复的关键DTMP（胸腺嘧啶-5-一磷酸素）池。这种酶作为肿瘤化疗药物的靶点一直备受关注。它被认为是5-氟尿嘧啶、5-氟尿嘧啶-2-原脱氧尿苷和一些叶酸类似物的主要作用部位。该
细胞代谢信号通路相关的基因介绍TPMT基因
该基因编码通过S-腺苷-L-蛋氨酸作为S-甲基供体和S-腺苷-L-同型半胱氨酸作为副产物代谢硫嘌呤药物的酶。硫嘌呤类药物如6-巯基嘌呤被用作化疗药物。影响这种酶活性的遗传多态性与个体内对此类药物的敏感性和毒性的变化相关，从而导致硫嘌呤s-甲基转移酶缺乏。相关假基因已在第3、18和X染色体上鉴定。[由
岛津又一合作成果——GCMS特色代谢物数据库正式发布
代谢组学(Metabonomics / Metabolomics)是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分，已广泛应用于食品及医药等领域。岛津一直致力于为代谢组学研究工作开发配套解决方案，数年前就推出了针对性的专业数据库，同时岛津也积极与国内客户开展合作进一步扩
沃特世发布用于离子迁移谱代谢物分析的参考数据库
分析测试百科网讯 2016年6月6日，沃特世在第ASMS2016上推出用于离子迁移质谱研究的代谢物分析参考数据库Metabolic Profiling CCS Library。该Metabolic Profiling CCS Library包括900多个碰撞截面（CCS）值，该数值主要是测量气相
岛津又一合作成果——GCMS特色代谢物数据库正式发布
代谢组学(Metabonomics / Metabolomics)是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分，已广泛应用于食品及医药等领域。岛津一直致力于为代谢组学研究工作开发配套解决方案，数年前就推出了针对性的专业数据库，同时岛津也积极与国内客户开展合作进一步扩
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
SNP基因分型（SNP－genotyping）的几个常用数据库
做SNP genotyping应该常看的几个database：1. NCBI dbSNP从这里出发可以连到下面几个网站。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=snp2. International HapMap ProjectThe Int
基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室教授张建伟课题组联合国内外高校与科研机构在《自然—通讯》与《分子植物》连续发表两篇研究论文。这两项工作以代表亚洲稻群体结构的
谷歌致力于基因数据市场，整合Tute－Genomics基因数据库
谷歌希望凭借人类基因组云端服务Google Genomics在基因组研究市场占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具来填满这个工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一项云端服务，帮助大学实验室和医院等机构将患者或科研对象的生物基因储存到云端上，推进人类基因组信息的存
北京基因组所构建完成质体基因组结构变异数据库
多相催化是实现高效定向化学转化的关键技术，其中的一个重要基础科学问题是如何通过精确设计和调控催化活性位结构及所在环境，从而强化其定向催化功能并创造新型高效催化剂。近日，中国科学技术大学熊宇杰教授课题组和江俊教授课题组继在电催化体系中提出表面极化概念后,再次通过与黄伟新教授课题组合作，证实界面极化
基因代谢速度决定哺乳动物进化
通常认为人类和黑猩猩之间仅有1%～2%的基因差异，但事实上，区分人类和黑猩猩的基因比科学家预料的要多。一项新的研究表明，把人类和近亲——黑猩猩区分开的是人类获得新基因、抛弃旧基因的速率。 人类比黑猩猩和其他哺乳动物基因代谢速度快。（图片提供：《科学》杂志网站） 人类和黑猩猩这两个物种
武汉科研团队破译并公布莲基因组数据库
近日，武汉市园林科学研究院和中科院武汉植物园携手研发出破译荷花遗传密码的莲基因组数据库。日前，该数据库在国际知名学术期刊公布，供各国荷花研究人员免费共享。 据介绍，水生植物莲是地球上最早出现的开花植物之一。研究发现，早在约1.4亿年前蕨类植物和恐龙称霸地球的时代，在北半球许多水域已有莲的分布。
庞大基因数据库解开“墨西哥人”复杂历史
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510401.shtm
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea。catas。cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到预期效果。
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
本报讯 日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea.catas.cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到
世界最大的自闭症基因组数据库公布
自闭症，或称为自闭症谱系障碍，是指包括了社会技能、重复行为、语言和非语言交流、以及与众不同的优势或差异等多表征型障碍。我们现在得知，自闭症分好多亚型，大多数由遗传和环境共同作用造成。据估计，每68名儿童中就有一人患有自闭症。虽然，目前自闭症的干预方法很多。但是大多数缺乏循证医学的证据。尚无最优治
基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popul
科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因 2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅狄格大学的遗传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库中的大约1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因
怎样用david数据库进行基因功能分析
Pathway功能分析及显著性判断对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显著性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显著，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。2. Pathway中基因相关性分析根据每两个基因共出现在同一pa
细胞代谢信号通路相关的基因介绍TET2基因
该基因编码的蛋白是一种催化甲基胞嘧啶转化为5-羟甲基胞嘧啶的甲基胞嘧啶双加氧酶。编码蛋白参与骨髓生成，该基因的缺陷与数种骨髓增生性疾病有关。该基因有两个编码不同亚型的变体。The protein encoded by this gene is a methylcytosine dioxygenase
细胞代谢信号通路相关的基因介绍STK11基因
STK11编码的蛋白属于丝氨酸/苏氨酸激酶家族，参与调控细胞极性。STK11是一个抑癌基因，该基因的突变与常染色体现象遗传病黑斑息肉综合征（Peutz-Jeghers syndrome）相关，该病的特征是在皮肤和口腔上长色素斑，胃肠道中长息肉，该类患者的肿瘤发生率是普通人群的10倍-18倍，以消化道
细胞代谢信号通路相关的基因介绍ERCC2基因
核苷酸切除修复途径是修复DNA损伤的机制。该基因编码的蛋白参与转录偶联核苷酸切除修复，是基础转录因子btf2/tfiih复合物的一个不可分割的成员。该基因产物具有ATP依赖性DNA解旋酶活性，属于解旋酶的RAD3/XPD亚家族。这种基因的缺陷可导致三种不同的疾病，即癌症易发综合征着色性干皮病互补组D
细胞代谢信号通路相关的基因介绍SLC19A基因
该基因编码的膜蛋白是叶酸的转运体，参与调节细胞内叶酸浓度。已经发现了三种编码该基因不同亚型的转录变体。[由RefSeq提供，2011年3月]The membrane protein encoded by this gene is a transporter of folate and is invo