7招搞定微生物同源性分析

医院感染病原菌同源性分析是确定感染途径和传播途径的重要工具，对于研判医院感染暴发、协助追踪感染来源、感染途径和定植规律，分析源自不同患者、不同部位、不同病区、患者与周围环境分离菌株的相关性，对医院感染的流行病学调查、监测和追踪以及耐药菌的诊治具有重要意义，因此我们应了解医院感染病原菌同源性分析方法。今天，本人为您简单阐述我们经常用到7种同源性分析方法。

（一）药敏谱分型

细菌耐药最主要机制是水平转移获得耐药基因，耐药表型相同可粗略地认为是同一克隆株，耐药表型不同可粗略地认为不是同一克隆株，临床微生物学实验室可通过分析医院感染病原菌的耐药表型来比较所研究菌株的同源性关系，该方法简单易行，不需特殊仪器设备。

（二）血清型分型

血清分型依据细菌表面多糖抗原的不同来分类，编码细菌表面多糖抗原合成酶的基因是细菌基因组中高度变化区域，在不同的环境压力下而改变，因而具有高度可变性。可对所研究的菌株进行一系列的凝集反应。本方法需要高度特异的抗血清，往往在应用中存在交叉凝集，不能凝集的现象。

（三）噬菌体分型

噬菌体是感染微生物的病毒，不同的噬菌体对识别细菌不同株，因此可以利用噬菌体这一特性来对细菌进行分型。噬菌体可将同一个血清型的细菌进一步分为若干不同的噬菌体型，因而噬菌体分型比血清分型更具特异性。但噬菌体分型时实验室必须配备一整套分型所用的噬菌体以及对照株，临床应用困难。

（四）重复序列PCR(rep-PCR)指纹分析技术

Rep-PCR技术是利用细菌基因组中广泛分布的短重复序列为引物靶序列，进行PCR扩增，通过对PCR产物电泳结果的比较，分析菌株间基因组存在的差异。在这种方式获得的图谱中，各菌株条带的大小和数量的不同代表着不同菌株重复序列间的距离和重复序列的数量，该技术对于大量或少量的菌株分型均适用，简单易行。

（五）脉冲场凝胶电泳(PFGE)

脉冲场凝胶电泳分型是在琼脂糖中提取的完整基因组DNA，内切酶消化后，通过脉冲场电泳分离获得DNA片段。根据片段大小、数量和相对位置关系的不同，将所要研究的菌株分为不同的基因型。该方法是细菌分型的传统的经典方法，应用广泛，但需要配备脉冲场电泳仪。

（六）多位点序列分型（MLST）

多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing，MLST)是近年来发展很快的分子生物学分析方法，通过扩增7管家基因450bp左右的核心片段，测序获得这些核酸序列，与数据库中这种细菌的等位基因进行比较，确定这些菌株的序列型。该方法具有很高的分辨能力，即可分辨所研究的一批菌株，还可与其它地区即其它国家菌株进行比较。

（七）全基因组序列比较

随着测序技术的飞速发展及价格下降，细菌基因组测序在微生物研究中的应用越来越多。全基因组序列比较分析是细菌分型最精确的方法。不仅可以在整体上比较菌株序列上的关系、相互间进化关系，还可比较菌株间耐药、毒力、代谢等功能上得差异。但测序后的生物信息学分析是应用的瓶颈，需要专业的软件，技术要求高，同时费用依然较高。

医院感染暴发是指在医疗机构或其科室的患者中，短时间内发生＞3例同种、同源感染病例的现象，是医院感染危害性的集中和最高体现，不仅延长患者住院时间，增加患者经济负担，严重时导致患者死亡，还会对医院、社会造成极其恶劣的影响。

因此，各级医院应结合医院感染的流行趋势和自身技术条件选择适当的同源性分析方法，以期尽早发现可能的医院感染暴发，采取必要的措施，加强医院感染的诊治和防控，减少医院感染的发生和耐药菌的播散。